Special

HsaINT0052286 @ hg38

Intron Retention

Gene
Description
desmocollin 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:3036]
Coordinates
chr18:31058840-31069151:-
Coord C1 exon
chr18:31068894-31069151
Coord A exon
chr18:31068213-31068893
Coord C2 exon
chr18:31058840-31068212
Length
681 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAAGTGAGT
5' ss Score
7.97
3' ss Seq
TGTGTTTTTCCCCTTGGCAGAAA
3' ss Score
9.56
Exon sequences
Seq C1 exon
TATTCTGCGAATGGCTTCACAACCCAAACTGTGGGCGCTTCTGCTCAGGGAGTTTGTGGCACCGTGGGATCAGGAATCAAAAACGGAGGTCAGGAGACCATCGAAATGGTGAAAGGAGGACACCAGACCTCGGAATCCTGCCGGGGGGCTGGCCACCATCACACCCTGGACTCCTGCAGGGGAGGACACACGGAGGTGGACAACTGCAGATACACTTACTCGGAGTGGCACAGTTTTACTCAGCCCCGTCTTGGTGAA
Seq A exon
GTGAGTTTTCCTAAGTGGCCTACAAATCTATTTTAATTTTCTTTAAACTTTATAAATAACTAACTGGATTCTGACTATAATTTTCAATTAATTATGAATCTACTAATTCTACTAATTGAAAGCTATTATTTTTCCTCAATTTTAATTTAGTTATGTTCAGATTTAAGTGGTTATTTACTTCCCCTCCTATTTTTTTAATTGAAAGAATTACTAAATAATGTGTGATGAGATTTAAATTACTGTCTCATGGCTTTGTGCTAATATTTCCCATCTGACAACTTGTACCTTAGAAACCAAAAATGTGGTACCAGCAAGACCAGCATGTACTATCACTATGTCTATCTGGGAAGAACTGAGCCCATATCAATTTGTCTTCAGTTTAATGGATGCATGTCACTTTCAGCTAAAATTTTGAAAGGGAAAGTAGTGACTATGTAAAATGAACACCTGTATACTTGCTGCCACATGCGTGACTTTTAGAAACATGCTATACTGAATTTATAGTGTGATGTATGAAACAGACCAATCATGTGCATTTTTTATGTATAGGAATCCATTAGAGGACACACTCTGATTAAAAATTAAACAATGAAAGGTAAATCAAAGCAATTACTTTTATGTTAGTAAATTTTGGTGTTTAAAATAATAATAATAAAAACGTTGTGTTTTTCCCCTTGGCAG
Seq C2 exon
AAAGTGTATCTGTGTAATCAAGATGAAAATCACAAGCATGCCCAAGACTATGTCCTGACATATAACTATGAAGGAAGAGGATCGGTGGCTGGGTCTGTAGGTTGTTGCAGTGAACGACAAGAAGAAGATGGGCTTGAATTTTTGGATAATTTGGAGCCCAAATTTAGGACACTAGCAGAAGCATGCATGAAGAGATGAGTGTGTTCTAATAAGTCTCTGAAAGCCAGTGGCTTTATGACTTTTAAAAAAAATTACAAACCAAGAATTTTTTAAAGCAGAAGATGCTATTTGTGGGGGTTTTTCTCTCATTATTTGGATGGAATCTCTTTGGTCAAATGCACATTTACAGAGAGACACTATAAACAAGTACACAAATTTTTCAATTTTTACATATTTTTAAATTACTTATCTTCTATCCAAGGAGGTCTACAGAGAAATTAAAGTCTGCCTTATTTGTTACATTTGGGTATAATGACAACAGCCAATTTATAGTGCAATAAAATGTAATTAATTCAAGTCCTTATTATAGACTATTTGAAGCACAACCTAATGGAAAATTGTAGAGACCTTGCTTTAACATTATCTCCAGTTAATTAAGTGTTCATGTGGTGCTTGGAAACTGTTGTTTTCCTGAACATCTAAAGTGTGTAGACTGCATTCTTGCTATTATTTTATTCTTGTAATGTGACCTTTTCACTGTGCAAAGGGAGATTTCTAGCCAGGCATTGACTATTACAATTTCATTTTGGTGGAGTTTAGTTTTAGGTTTTATTGTATATAAAATCCTGCACTGAATCTGTGTCTCCTCTGTTACCTACTTTTGCCAGTGAAATTTAAGTTTTAAAATACTTTCAGAATGTATTTTTACTACTGCAAGTTTTTGGTCTTTAAAATGTCAAGTAGCATCTCTCTCTTTCTCTCTGTCTCTTTCTGTTTCTCTCTCCAGTTTTTTTTTTTTTTTTAATTTCCATATGGGCTAAAGAATCCAAATATTTTAAAAATCTGTCTCTCTTTTCTTCTCTCATAAAGTGAATTATTCCTTTTTTTTGTTTTATGTAAGTGTATATATTCTTAGTTTTTCTTGAAATCATTGTAATGTTAACTTTGTTGTTTCAAATATCTTGGTGATTGCTTCATTATCTCTTCAACAAAAAAAACCTTTAATTTTGCCATTGAAACTGTAGAACTATGCCATGCTTTTATTAGAAGCAGTGCTCTGTGTTAACAACAAGAATGGTGTAATTAGAATTGGGATGTGGATATTTACTGTATGACAACACATTTACAGTTCTGTAATGCAAGGATGCAGTTTAAAAATGTGAAGTAGTGATGGTTTTTGAAATAAGCTTTAAAATATAGGGATCTTGAAGGCTCCCTGGGGTAACTATTTTATAACTTAGATAAAATGGCTAGTCATATCTGTGTGTTTGTAAAGTTATTTTTTTAATATTTTAAGATTACAATTTTAACAAATGTAGAAATGAGCCAAACTATTTAAATTTTAAAACAGTAAAACAAAATGAAACTTAATAGCTCACAAAATTCCAGTCCATGTTTCATGACTTATTTTAGTCAATGAATTTTCTATTTATACTAAACATATGGACATTTTAAATGTGTTTCTAATATTTTTGATTATCTATAATGTGCCTGTCTTCAATTCACAAGATTGGGTTATAACAATTATTTGCCAGATTAACACTAGGGAATTATTTGATAACCAGCTTATCTTATCAGTAGTTTTATTGCTGATCAGGCAAAAATAGTTTTCCAAAGTTATTTTTAATAAAGTATATACAAAATTCTTATATATTACTAGTCATGATAAAGTAAATTAAGCAGTTTTTAAAACTTAGTGTGAGTTTGTTCATCACAGGTCTGATATGAGTTTAAGGGATTTCGCACTCCCTGAATCAGAGAAGTAAGACCCCTTCCTTAGATTCCTGTTATACATTTTTTAAAATGTAGAGTTTGTTTTGGAGACATTTTCAGTGCATTGTTATTGCCATATTTATATAATATGACTATTCTAAAGGCTGTGAGGCCATGGGGTATTGGTTAAGTTGCTTGCTTTTGCTTTGTCCATTTTCATCATTTTAAAATGGGGGATAATAACAGAACTTGTTTCCTAGGGCCATTGTAAGTCACTTGAATAAAAAATAGTTTTGAAGCATGAGAGTCATACAGAGCGGTCCACCTAAAAGGCACTCCTGATAATAATAAATGATTTTAAACAAGTCACATGTACAATTCATTTCATGTTAACAAAAGGTCAATTAAGACAATAAGATACTGAAAAGATTTTTCTTTTCACTGTAGAACATGTCTCTTCATAATGATCACCTGATGACTGGGTCTTGTATGTTCAGTTTTTCAGAATACGTAGTGCAAAGATTGCTGAGGCATTCGTATGGGATTGCCTGGTTTGAAACACTGTGAAACTGTAAGGTTCAAATTGGATGAAAAGCAGAACATCTGCTTCTTAAAATGGGCACTAATTCTAACACCCTATGAAAATTATGTGTATTTTAGATTCTCCCTGTCAATCCCTTCCTTGGCTTCTTCCCTAGCTGTCCAGCTAGACATTAGCAGTCACTTGCCTGGGAGGTCATGGCTGTTTGGCAGTCGTCATAGTAACCCCAAGTGCTAAGACTTCCAAGTAAGAGTGTCTTGATGCAAATTCCGGCTCTATCCTTACTAGCTGTGGGATTTGAGAAGTCACTTAAGCTTTCTGTGCTTAGTTTCCTTACTTATAGGACCTGTACTGAGGAGGGTAGAGGAGTCTACTTGACAGGGCTTTGTCAGAGTTAATTCATGAAAAGAGTTGGCATAGAGTTAGCACTCAATCATGTACCTTAGCCACTGCTATTGTTCTATGAGCAGAGAACGCCTGAGTTGGGAACAATTTAGCTTCAGTCTCCACTCTGCTTTACTGCTGACATCTTGCCATGATGCTCTTATTCACCTTTCCCAGAAGCCCGACCAGTATTTCACCAGTGATGGCCTTTGGGAATTTCATGGCTCATAGTAGCTTCCAGGTCTCTCATTTGTGGTATTCAGCAAGTTACATCTTATTCATCCCTAGCCAGAAGTCAGTGTGATAAATCTTGATGCTTAACTGAAAAGGCAGGTAAAATTCTCGAGGAGGCAAAATCATAAAGAGTTTCCCGAAGAAATGGCTGGTGCTTCTTCAGCAAATGAAAAGCAGCAAGATCTTCTGTTCCATGCAGTGTGTGTCTGGGGGCTCCTGGTAATCATTACTTTTTCTTTATTCCCATCTTAAGACTGTTTTTATCTTGGATCCCAATTCTGTTTTGCCAAATCTGACTTTGACTACGGGCTTCCCTTTTGTCTCCATCTCCATTCCTGGACTCCAGATTGAAGTCTTGACAACTGACTTTGCTCTGATCAGCCCCTTTAGTATCATCTCCAAAATAAAATGCTTTCCCTTCTTTGTGCCTAGAATCATCTTGTTTTTCACCTCCTTAAATATTCAAAGCCCTAAGAAGTTACCTGATATCCGTATAAACCTACAGCTCTTATATCAGCTCCCCTGCGAGCCCCCTGTTAACCTAGCACTTCAAACTCATGCAAAAAGACAAACACATACTACCACATCAAATCAGGTTCTCCTGAGTTATTTACACAATGGTGCCCTTCTTCCACTTACTTAGGCTTGAAACAGAGAATCCTTGATTCCTCTCTCTTCTTTCCATAGCATCCTCTATTTTTTGCCAAAAACTGCCAAACTTTTGAGAATTGTAGACACAATTTCATTCATTAAATACTTTGTTTGTACTGTAGTCATTTGATGCCTTCCCAGTGCAGTCATATGTAGCCTTTTAAAACAGAGACTAGAAGGACTGTGCTTCTATGAGAAAGTGCAAGATGAATCAGCCACTCTCCCCACCCACACACTTGAATGCAAGTCAAGACACGGTGGATGTAAGGAGTGGGCTAATGCCTGTAAAACACATCACACAATGCCTGGCACATAGTAAGTGCATAATGCATGTTTTTAAAAAGCTTCAGATGATGTGAAAGAACTTCAGGACACTAGTGAGTGAACTTCTGCTTCTGCTACTCCCAATCCAAGCATTCATGAGGTTGAGGTGTACCCTATGTCAGCTGTTCCCACTCTTCACTTCATTCCTGATCAATATTCCCCCCCGCCAGTACCCCAGATTAAATCTTCAGCATCACTCAGCTCCAATGGTGTTTATGCTTCCAATTTCTTCCCTCTTCTCTTTTTTCAAGGGCCATCAAAGAGCAGATATGATCATGCCATTCTGCCTAAGAGCTTTCTATAGGGTTTTAGAGGATAAATTCTAAACACAAAATCACTTTTAAATACAGATGCTTCTTGACTTATGATGGGGTTACATCCTGATAAACCCATGGTAAATTGAAAATATTACAAATCAAAACAGCATTTTCCATTTACCATATGTTCAACTTAAAATAAGCTTATTGGGATGTAGTCTCATAAGTGTAGGAGAATGCTGAATGCATATTTCTTTGACACCATCATAAAGTTGAAATATCAGATCGAGCCATCTTAAGTTGAGGACCTTCTGTACTAATTTCCCCAATCTCCTTGTATCCTTCATTTTTCAATTTGTGCCTTGCTCATGATTAGTTCTCTTTTTACAATGTCTTTACTCATTGTCTCTTTCTTTGTAAAAATATTACTTTTTGAGGATCTAGTAAAAATACTACCGCCTAGACATTTGTGTGTCTAGAGCACATGGCTGTAAAGTTTTCATCTACAGGTTTGTGTGTGTGTTTCTTTTCTTTCATGTAGGACACTAAGGACCAAGAAAGGTGTTCACAATTGCATGCCTATACAACTCTGGCCATTAATTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAATCTCACTCTGTCACCTAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCATGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCCAGGTTCAAGCAATTCTTCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGG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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000134755:ENST00000280904:15
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

Alternative protein isoforms

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.209 A=NA C2=0.015
Domain overlap (PFAM):

C1:
PF0104912=Cadherin_C=PU(47.2=68.6)
A:
NA
C2:
PF0104912=Cadherin_C=PD(51.2=97.0)


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
TGGCTTCACAACCCAAACTGT
R:
CAACAACCTACAGACCCAGCC
Band lengths:
354-1035
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Autistic and control brains
  • Pre-implantation embryo development