HsaINT0052303 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000134762 | DSC3
Description
desmocollin 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:3037]
Coordinates
chr18:28570052-28577014:-
Coord C1 exon
chr18:28576757-28577014
Coord A exon
chr18:28574339-28576756
Coord C2 exon
chr18:28570052-28574338
Length
2418 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAAGTGAGT
5' ss Score
7.97
3' ss Seq
TTTTTTAAAAAATTTTACAGAAA
3' ss Score
6.8
Exon sequences
Seq C1 exon
TGCTCTGCCAATGGATTTATGACCCAAACTACCAACAACTCTAGCCAAGGTTTTTGTGGTACTATGGGATCAGGAATGAAAAATGGAGGGCAGGAAACCATTGAAATGATGAAAGGAGGAAACCAGACCTTGGAATCCTGCCGGGGGGCTGGGCATCATCATACCCTGGACTCCTGCAGGGGAGGACACACGGAGGTGGACAACTGCAGATACACTTACTCGGAGTGGCACAGTTTTACTCAACCCCGTCTCGGTGAA
Seq A exon
GTGAGTTTCCTTAGGTGTTTTGAGTCTAAAATTTAAACCTCCGAATGGAGAAAAATAGACAATTCAAATTAACATATATTTTCTGTATTTTTCTGTGGGCTCTCTCTTGCTTGCTCTGTTCATTTTCCCGTGCTCTTTGATTTTGTTACATTATTTAATTTAAAAGAGATTTTATTTCATTTTTCATATTTCATTTAATTTATAAAATCCCATAAATATAGGATGTTTTTAATATTCTTCACTAACGTCTCATTTTTAGTTGTGTATTTACCTCATGAACCCTTTTGATATAGAAGATCGTGAAAGTAATTCTAGTTCCTCACAATTACAAACTTTTCAAATGAAATCTGTATTTCTCTGTGAAAACACCAACATTTGTATGCAGTTTTAGGATAAAGATTAAATAGCATGATTTATATATATTTTTATCTTATTGCAAATTGACAAAATTTAATTGTATATGTTTATGGGGCACAAAGTGATATTATGATTTATGTCTGCAATGTAGAATGATTAAATCACACTTAACATATGCATCACCTCAAATACTTATTTTTTGTGGTGAGAACATTTGAAATGTACTTTCTTTGCAATTTTGAAATATAACATATACTATTATTAACTATAGTCACCATTGCAGGACATATTTTAAATATACAAAGCACCATGCGAATGTAAAGTGCTTTTATTTTAAGGAAAGCAAGAATATGAAAGAAAGAAGGAATTAAAATAAGGAATTCTCTGTTCATACCAAAATCACCTATGAAGCAGAAGCTTTTTTCTTTCTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAGGCAGGGTCTTGCTCTGTCGCTGAGGCTGGAGTTCAGTGGTGCAATCTCCACTCACTGCAGCCTTGACCTCCTGGGCTCAGGTGATCCTTCTATGTCAGCCTCCTGAGTAGCTTGGACTACAGGTATACACCACCACACCTGGATAAATTTTGTATTTTTTGTGGAGAAGGTGTTTTGCCATGTTGCCCAGGTTGGTCTCCAATTCCCAGGCTCAAGTGATCCACCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCCGGGATTATACGCATGAGCCACTTGGCTTGGCAAAATCCTCTATGAAGCTTTTAAAACATAACTAATGGCTGTGTTCTACTCTAAAAGATTCTAATTTAATGAATTTGGGGTTTTTTGTTTGTTTTGTTTTTGTTTTACATTTCCGAGATGATTCAAATGTGCAGCTAGGTAGAAAGCCACTGGATTAGACACTCTTCTGGACTAAATTTTTACCTCTTTTATCAGAGGATACCAGTGCCATTGCAGGACAAACAGTAGACCTTTAATCCTTGAATGGAATGCAAATGGGTGATACTCTGGTATAGGGCTGTAGGTTATGTATCCATAGCATTTTGGAGGGTCAAATTCAAGTGTTAATTCTTTTTCTACTTCTAGACAGTCAGTATTTATGTAATATCAGGTTGAGATGGAGTGAAGCTTAAGACATAGTCTTAGGAGGGTTCCTCAGTTGCACACCAGGTAATGGGAGGTAAGGCTAACAATGTCATGAAGAAAGAACGTAAGCCATGCCAATGAACTCCACATAGGCAAGGAGTGGGCACACAGGTGAGGAAAGGGAGGAGACATGGCAGTTGACGAGTTGGCAGACAGGCCAGTGGCAGAGAGGGTAGATGTGGCTGAATGCATGGCGTCTTCATTATAAAAGCCCAGTTTTTGCAATATGGGTCATGTTCATTCTTTTTAATTTCATTGAACTTTTCGATGCATGTATATATTTTGCCATGTTTGAGTATCTTGGAAACTTGCTTCTGAAGTTAATGTGGTAAATCCTACCTAGTTTATAACTGCATATAATAGTGATTCAAGTTAACATGTATTGTACCTTTAATATGTGCTGGGCATAATAAGTGTATTATGCGTCATTATTTTGTCATTAATTTCTAAAATAATCTTGTTAGGTGGTCACTGAGACTAAAGGATATTTGGTCACTTGCCCAAAGTCATATAGCTAGTTGGTAAAGCCAGAGCTTTGACTCACAACCAAGGCTGTTTGACATCCTATCTCAAACTCCTAACCAGTATGACTATTGTCTCTATTTTTTAGACTAGACTGACCTCTGTGTATAAAATTTAGGGATAAGCATTTAATGACAACTTGAATGTACTTAAATATAAAACTTGTATACATAATTTTTTATTTATATGGAGCACTAGAAATGTAAACTATACTGACTTTATGGTATGGTTGTGATATAGACCAATCATTTGCATTTTCTGTGTGTAGGAATCCATTAGAGGACACACTGGTTAAAAATTAAACATAAAAGGTAAATAAAAATAAATTTTATGTTCATATATTTAAGTTGTTTAAAACTATAATGCAATTCATTTTTTAAAAAATTTTACAG
Seq C2 exon
AAATTGCATCGATGTAATCAGAATGAAGACCGCATGCCATCCCAAGATTATGTCCTCACTTATAACTATGAGGGAAGAGGATCTCCAGCTGGTTCTGTGGGCTGCTGCAGTGAAAAGCAGGAAGAAGATGGCCTTGACTTTTTAAATAATTTGGAACCCAAATTTATTACATTAGCAGAAGCATGCACAAAGAGATAATGTCACAGTGCTACAATTAGGTCTTTGTCAGACATTCTGGAGGTTTCCAAAAATAATATTGTAAAGTTCAATTTCAACATGTATGTATATGATGATTTTTTTCTCAATTTTGAATTATGCTACTCACCAATTTATATTTTTAAAGCAAGTTGTTGCTTATCTTTTCCAAAAAGTGAAAAATGTTAAAACAGACAACTGGTAAATCTCAAACTCCAGCACTGGAATTAAGGTCTCTAAAGCATCTGCTCTTTTTTTTTTTTACGGATATTTTAGTAATAAATATGCTGGATAAATATTAGTCCAACAATAGCTAAGTTATGCTAATATCACATTATTATGTATTCACTTTAAGTGATAGTTTAAAAAATAAACAAGAAATATTGAGTATCACTATGTGAAGAAAGTTTTGGAAAAGAAACAATGAAGACTGAATTAAATTAAAAATGTTGCAGCTCATAAAGAATTGGGACTCACCCCTACTGCACTACCAAATTCATTTGACTTTGGAGGCAAAATGTGTTGAAGTGCCCTATGAAGTAGCAATTTTCTATAGGAATATAGTTGGAAATAAATGTGTGTGTGTATATTATTATTAATCAATGCAATATTTAAAATGAAATGAGAACAAAGAGGAAAATGGTAAAAACTTGAAATGAGGCTGGGGTATAGTTTGTCCTACAATAGAAAAAAGAGAGAGCTTCCTAGGCCTGGGCTCTTAAATGCTGCATTATAACTGAGTCTATGAGGAAATAGTTCCTGTCCAATTTGTGTAATTTGTTTAAAATTGTAAATAAATTAAACTTTTCTGGTTTCTGTGGGAAGGAAATAGGGAATCCAATGGAACAGTAGCTTTGCTTTGCAGTCTGTTTCAAGATTTCTGCATCCACAAGTTAGTAGCAAACTGGGGAATACTCGCTGCAGCTGGGGTTCCCTGCTTTTTGGTAGCAAGGGTCCAGAGATGAGGTGTTTTTTTCGGGGAGCTAATAACAAAAACATTTTAAAACTTACCTTTACTGAAGTTAAATCCTCTATTGCTGTTTCTATTCTCTCTTATAGTGACCAACATCTTTTTAATTTAGATCCAAATAACCATGTCCTCCTAGAGTTTAGAGGCTAGAGGGAGCTGAGGGGAGGATCTTACTGAAAGCACCCTGGGGAGATTGATTGTCCTTAAACCTAAGCCCCACAAACTTGACACCTGATCAGGTCTGGGAGCTACAAAATTTCATTTTTCTCCTCACTGCCCTTCTTCTGAGTGGCATTGGCCTGAATCAAGGAAAGCCAGGCCTTGTGGGCCCCCTTCTTTCGGCTTTCTGCTAAAGCAACACCTCCAGCAGAGATTCCCTTAAGTGACTCCAGGTTTTCCACCATCCTTCAGCGTGAATTAATTTTTAATCAGTTTGCTTTCTCCAGAGAAATTTTAAAATAATAGAAGAAATAGAAATTTTGAATGTATAAAAGAAAAAGATCAAGTTGTCATTTTAGAACAGAGGGAACTTTGGGAGAAAGCAGCCCAAGTAGGTTATTTGTACAGTCAGAGGGCAACAGGAAGATGCAGGCCTTCAAGGGCAAGGAGAGGCCACAAGGAATATGGGTGGGAGTAAAAGCAACATCGTCTGCTTCATACTTTTTCCTAGGCTTGGCACTGCCTTTTCCTTTCTCAGGCCAATGGCAACTGCCATTTGAGTCCGGTGAGGGATCAGCCAACCTCTTCTCTATGGCTCACCTTATTTGGAGTGAGAAATCAAGGAGACAGAGCTGACTGCATGATGAGTCTGAAGGCATTTGCAGGATGAGCCTGAACTGGTTGTGCAGAACAAACAAGGCATTCATGGGAATTGTTGTATTCCTTCTGCAGCCCTCCTTCTGGGCACTAAGAAGGTCTATGAATTAAATGCCTATCTAAAATTCTGATTTATTCCTACATTTTCTGTTTTCTAATTTGACCCTAAAATCTATGTGTTTTAGACTTAGACTTTTTATTGCCCCCCCCCCCCCCTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTCGCTCTGACGCACAGGCTGGAGTGCAGTGGCTCCGATCTCTGCTCACTGAAAGCTCCGCCTCCCGGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCACCACCACGCCCGGCTAATTTTTTGTATTTTTAATAGAGACGGGGTTTCACTGTGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTCGTGATCCGCCTGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGACCCACCGCTCCCGGCCTTGTTTTCCGTTTAAAGTCGTCTTCTTTTAATGTAATCATTTTGAACATGTGTGAAAGTTGATCATACGAATTGGATCAATCTTGAAATACTCAACCAAAAGACAGTCGAGAAGCCAGGGGGAGAAAGAACTCAGGGCACAAAATATTGGTCTGAGAATGGAATTCTCTGTAAGCCTAGTTGCTGAAATTTCCTGCTGTATCCAGAAGCCAGTTTTATCTAACGGCTACTGAAACACCCACTGTGTTTTGCTCACTCCCTCACTCACCGATCAAAACCTGCTACCTCCCCAAGACTTTACTAGTGCCGATAAACTTTCTCAAAGAGCAACCAGTATCACTTCCCTGTTTATAAAACCTCTAACCATCTCTTTGTTCTTTGAACATGCTGAAAACCACCTGGTCTGCATGTATGCCCGAATTTGTAATTCTTTTCTCTCAAATGAAAATTTAATTTTAGGGATTCATTTCTATATTTTCACATATGTAGTATTATTATTTCCTTATATGTGTAAGGTGAAATTTATGGTATTTGAGTGTGCAAGAAAATATATTTTTAAAGCTTTCATTTTTCCCCCAGTGAATGATTTAGAATTTTTTATGTAAATATACAGAATGTTTTTTCTTACTTTTATAAGGAAGCAGCTGTCTAAAATGCAGTGGGGTTTGTTTTGCAATGTTTTAAACAGAGTTTTAGTATTGCTATTAAAAGAAGTTACTTTGCTTTTAAAGAAACTTGGCTGCTTAAAATAAGCAAAAATTGGATGCGTAAAGTAATATTTACAGATGTGGGGAGATGTAATAAAACAATATTAACTTGGTTTCTTGTTTTTGCTGTATTTAGAGATTAAATAATTCTAAGATGATCACTTTGCAAAATTATGCTTATGGCTGGCATGGAAATAGAAATAATTATGTCTTTGTTGTATTAATGGGGAATATTTTGGACAATGTTTCATTATCAAATTGTCGACATCATTAATATATATTGTAATGTTGGGAAGAGATCACTATTTTGAAGCACAGCTTTACAGATGAGTATCTATGATACATATGTATAATAAATTTTGATTGGGTATTAAAAGTATTAGAAGGTGGTTATAATTGCAGAGTATTCCATGAATAGTACACTGACACAGGGGTTTTACTTTGAGGACCAGTGTAGTCAAGGGAAAACATGAGTTAAAAAGAAAAGCAGGCGATATTGCAGTCTTGATTCTGCCACTTACAGGATAGATAACGCCTGAACTTTAATGACAAGATGATCCAACCATAAAGGTGCTCTGTGCTTCACAGTGAATCTTTTCCCCATGCAGGAGTGTGCTCCCCTACAAACGTTAAGACTGATCATTTCAAAAATCTATTAGCTATATCAAAAGCCTTACATTTTAATATAGGTTGAACCAAAATTTCAATTCCAGTAACTTCTATTGTAACCATTATTTTTGTGTATGTCTTCAAGAATGTTCATTGGATTTTTGTTTGTAATAGTAAAATACCGGATACATTTCACGTGTCCTTCAGTATTGATTTGGTTGAATATTGGGTCATAATGGTTGAGAAGCATGGACACTAGAGCCAGAATGCTTGGATATGAATCCTGGATCTGTCACTTACTTCTGTGTGACCTTTGAAAGGCTACTTATTTCCTCTCTTAGCTTTCTCATTAAAATCAATGAACAATGCCAGCCTCATGGGGTTGTTGAATGATTAAATGAGTTACTATACCTAAAGTACATAGAACACTGCCTGCACATAGTAAAAGAATTATAAGTGTGAGGTAGTTGGTAAAATTATGTA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000134762-DSC3:NM_001941:15
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.233 A=NA C2=0.231
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0104912=Cadherin_C=PU(47.2=68.6)
A:
NA
C2:
PF0104912=Cadherin_C=PD(51.2=97.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)