DreINT0141999 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000062750 | si:ch73-74h11.1
Description
si:ch73-74h11.1 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-091204-215]
Coordinates
chr20:17049104-17056490:-
Coord C1 exon
chr20:17056185-17056490
Coord A exon
chr20:17050369-17056184
Coord C2 exon
chr20:17049104-17050368
Length
5816 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGG
5' ss Score
9.99
3' ss Seq
TATTTGATTTTTCAAAACAGAAA
3' ss Score
6.38
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGATTCCTGCTCTCAGTGGTCTTGCTGCTACAATAGACCAAAAGCAGCTGCTTCAGGTTTCCAACACTGTATCCAAAATGCACTTTCAAACAAGTGTTGCTAATGACTCCAGAATGCTCAACCAGGACATAAACAATGATGGGTTAACAGAATCTGATGGCCGGATTTGGTACAGAGAAAACACAATTTCAACGGCCAACCACCGCAACAGTGCTCTCTATTCTGCATCATTCATTCAAGAAAAGCAAGACATTTATGGGGACATGGCATTAGGAGATGTCTTTCTGAATGAATACTTCTCTCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000062750:ENSDART00000148312:13
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.020 A=NA C2=0.246
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0104912=Cadherin_C=FE(52.6=100)
A:
NA
C2:
PF0104912=Cadherin_C=PD(31.8=23.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]