HsaINT1011889 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000134762 | DSC3
Description
desmocollin 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:3037]
Coordinates
chr18:30990008-30997048:-
Coord C1 exon
chr18:30996791-30997048
Coord A exon
chr18:30994373-30996790
Coord C2 exon
chr18:30990008-30994372
Length
2418 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAAGTGAGT
5' ss Score
7.97
3' ss Seq
TTTTTTAAAAAATTTTACAGAAA
3' ss Score
6.8
Exon sequences
Seq C1 exon
TGCTCTGCCAATGGATTTATGACCCAAACTACCAACAACTCTAGCCAAGGTTTTTGTGGTACTATGGGATCAGGAATGAAAAATGGAGGGCAGGAAACCATTGAAATGATGAAAGGAGGAAACCAGACCTTGGAATCCTGCCGGGGGGCTGGGCATCATCATACCCTGGACTCCTGCAGGGGAGGACACACGGAGGTGGACAACTGCAGATACACTTACTCGGAGTGGCACAGTTTTACTCAACCCCGTCTCGGTGAA
Seq A exon
GTGAGTTTCCTTAGGTGTTTTGAGTCTAAAATTTAAACCTCCGAATGGAGAAAAATAGACAATTCAAATTAACATATATTTTCTGTATTTTTCTGTGGGCTCTCTCTTGCTTGCTCTGTTCATTTTCCCGTGCTCTTTGATTTTGTTACATTATTTAATTTAAAAGAGATTTTATTTCATTTTTCATATTTCATTTAATTTATAAAATCCCATAAATATAGGATGTTTTTAATATTCTTCACTAACGTCTCATTTTTAGTTGTGTATTTACCTCATGAACCCTTTTGATATAGAAGATCGTGAAAGTAATTCTAGTTCCTCACAATTACAAACTTTTCAAATGAAATCTGTATTTCTCTGTGAAAACACCAACATTTGTATGCAGTTTTAGGATAAAGATTAAATAGCATGATTTATATATATTTTTATCTTATTGCAAATTGACAAAATTTAATTGTATATGTTTATGGGGCACAAAGTGATATTATGATTTATGTCTGCAATGTAGAATGATTAAATCACACTTAACATATGCATCACCTCAAATACTTATTTTTTGTGGTGAGAACATTTGAAATGTACTTTCTTTGCAATTTTGAAATATAACATATACTATTATTAACTATAGTCACCATTGCAGGACATATTTTAAATATACAAAGCACCATGCGAATGTAAAGTGCTTTTATTTTAAGGAAAGCAAGAATATGAAAGAAAGAAGGAATTAAAATAAGGAATTCTCTGTTCATACCAAAATCACCTATGAAGCAGAAGCTTTTTTCTTTCTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAGGCAGGGTCTTGCTCTGTCGCTGAGGCTGGAGTTCAGTGGTGCAATCTCCACTCACTGCAGCCTTGACCTCCTGGGCTCAGGTGATCCTTCTATGTCAGCCTCCTGAGTAGCTTGGACTACAGGTATACACCACCACACCTGGATAAATTTTGTATTTTTTGTGGAGAAGGTGTTTTGCCATGTTGCCCAGGTTGGTCTCCAATTCCCAGGCTCAAGTGATCCACCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCCGGGATTATACGCATGAGCCACTTGGCTTGGCAAAATCCTCTATGAAGCTTTTAAAACATAACTAATGGCTGTGTTCTACTCTAAAAGATTCTAATTTAATGAATTTGGGGTTTTTTGTTTGTTTTGTTTTTGTTTTACATTTCCGAGATGATTCAAATGTGCAGCTAGGTAGAAAGCCACTGGATTAGACACTCTTCTGGACTAAATTTTTACCTCTTTTATCAGAGGATACCAGTGCCATTGCAGGACAAACAGTAGACCTTTAATCCTTGAATGGAATGCAAATGGGTGATACTCTGGTATAGGGCTGTAGGTTATGTATCCATAGCATTTTGGAGGGTCAAATTCAAGTGTTAATTCTTTTTCTACTTCTAGACAGTCAGTATTTATGTAATATCAGGTTGAGATGGAGTGAAGCTTAAGACATAGTCTTAGGAGGGTTCCTCAGTTGCACACCAGGTAATGGGAGGTAAGGCTAACAATGTCATGAAGAAAGAACGTAAGCCATGCCAATGAACTCCACATAGGCAAGGAGTGGGCACACAGGTGAGGAAAGGGAGGAGACATGGCAGTTGACGAGTTGGCAGACAGGCCAGTGGCAGAGAGGGTAGATGTGGCTGAATGCATGGCGTCTTCATTATAAAAGCCCAGTTTTTGCAATATGGGTCATGTTCATTCTTTTTAATTTCATTGAACTTTTCGATGCATGTATATATTTTGCCATGTTTGAGTATCTTGGAAACTTGCTTCTGAAGTTAATGTGGTAAATCCTACCTAGTTTATAACTGCATATAATAGTGATTCAAGTTAACATGTATTGTACCTTTAATATGTGCTGGGCATAATAAGTGTATTATGCGTCATTATTTTGTCATTAATTTCTAAAATAATCTTGTTAGGTGGTCACTGAGACTAAAGGATATTTGGTCACTTGCCCAAAGTCATATAGCTAGTTGGTAAAGCCAGAGCTTTGACTCACAACCAAGGCTGTTTGACATCCTATCTCAAACTCCTAACCAGTATGACTATTGTCTCTATTTTTTAGACTAGACTGACCTCTGTGTATAAAATTTAGGGATAAGCATTTAATGACAACTTGAATGTACTTAAATATAAAACTTGTATACATAATTTTTTATTTATATGGAGCACTAGAAATGTAAACTATACTGACTTTATGGTATGGTTGTGATATAGACCAATCATTTGCATTTTCTGTGTGTAGGAATCCATTAGAGGACACACTGGTTAAAAATTAAACATAAAAGGTAAATAAAAATAAATTTTATGTTCATATATTTAAGTTGTTTAAAACTATAATGCAATTCATTTTTTAAAAAATTTTACAG
Seq C2 exon
AAATTGCATCGATGTAATCAGAATGAAGACCGCATGCCATCCCAAGATTATGTCCTCACTTATAACTATGAGGGAAGAGGATCTCCAGCTGGTTCTGTGGGCTGCTGCAGTGAAAAGCAGGAAGAAGATGGCCTTGACTTTTTAAATAATTTGGAACCCAAATTTATTACATTAGCAGAAGCATGCACAAAGAGATAATGTCACAGTGCTACAATTAGGTCTTTGTCAGACATTCTGGAGGTTTCCAAAAATAATATTGTAAAGTTCAATTTCAACATGTATGTATATGATGATTTTTTTCTCAATTTTGAATTATGCTACTCACCAATTTATATTTTTAAAGCAAGTTGTTGCTTATCTTTTCCAAAAAGTGAAAAATGTTAAAACAGACAACTGGTAAATCTCAAACTCCAGCACTGGAATTAAGGTCTCTAAAGCATCTGCTCTTTTTTTTTTTTACGGATATTTTAGTAATAAATATGCTGGATAAATATTAGTCCAACAATAGCTAAGTTATGCTAATATCACATTATTATGTATTCACTTTAAGTGATAGTTTAAAAAATAAACAAGAAATATTGAGTATCACTATGTGAAGAAAGTTTTGGAAAAGAAACAATGAAGACTGAATTAAATTAAAAATGTTGCAGCTCATAAAGAATTGGGACTCACCCCTACTGCACTACCAAATTCATTTGACTTTGGAGGCAAAATGTGTTGAAGTGCCCTATGAAGTAGCAATTTTCTATAGGAATATAGTTGGAAATAAATGTGTGTGTGTATATTATTATTAATCAATGCAATATTTAAAATGAAATGAGAACAAAGAGGAAAATGGTAAAAACTTGAAATGAGGCTGGGGTATAGTTTGTCCTACAATAGAAAAAAGAGAGAGCTTCCTAGGCCTGGGCTCTTAAATGCTGCATTATAACTGAGTCTATGAGGAAATAGTTCCTGTCCAATTTGTGTAATTTGTTTAAAATTGTAAATAAATTAAACTTTTCTGGTTTCTGTGGGAAGGAAATAGGGAATCCAATGGAACAGTAGCTTTGCTTTGCAGTCTGTTTCAAGATTTCTGCATCCACAAGTTAGTAGCAAACTGGGGAATACTCGCTGCAGCTGGGGTTCCCTGCTTTTTGGTAGCAAGGGTCCAGAGATGAGGTGTTTTTTTCGGGGAGCTAATAACAAAAACATTTTAAAACTTACCTTTACTGAAGTTAAATCCTCTATTGCTGTTTCTATTCTCTCTTATAGTGACCAACATCTTTTTAATTTAGATCCAAATAACCATGTCCTCCTAGAGTTTAGAGGCTAGAGGGAGCTGAGGGGAGGATCTTACTGAAAGCACCCTGGGGAGATTGATTGTCCTTAAACCTAAGCCCCACAAACTTGACACCTGATCAGGTCTGGGAGCTACAAAATTTCATTTTTCTCCTCACTGCCCTTCTTCTGAGTGGCATTGGCCTGAATCAAGGAAAGCCAGGCCTTGTGGGCCCCCTTCTTTCGGCTTTCTGCTAAAGCAACACCTCCAGCAGAGATTCCCTTAAGTGACTCCAGGTTTTCCACCATCCTTCAGCGTGAATTAATTTTTAATCAGTTTGCTTTCTCCAGAGAAATTTTAAAATAATAGAAGAAATAGAAATTTTGAATGTATAAAAGAAAAAGATCAAGTTGTCATTTTAGAACAGAGGGAACTTTGGGAGAAAGCAGCCCAAGTAGGTTATTTGTACAGTCAGAGGGCAACAGGAAGATGCAGGCCTTCAAGGGCAAGGAGAGGCCACAAGGAATATGGGTGGGAGTAAAAGCAACATCGTCTGCTTCATACTTTTTCCTAGGCTTGGCACTGCCTTTTCCTTTCTCAGGCCAATGGCAACTGCCATTTGAGTCCGGTGAGGGATCAGCCAACCTCTTCTCTATGGCTCACCTTATTTGGAGTGAGAAATCAAGGAGACAGAGCTGACTGCATGATGAGTCTGAAGGCATTTGCAGGATGAGCCTGAACTGGTTGTGCAGAACAAACAAGGCATTCATGGGAATTGTTGTATTCCTTCTGCAGCCCTCCTTCTGGGCACTAAGAAGGTCTATGAATTAAATGCCTATCTAAAATTCTGATTTATTCCTACATTTTCTGTTTTCTAATTTGACCCTAAAATCTATGTGTTTTAGACTTAGACTTTTTATTGCCCCCCCCCCCCCCTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTCGCTCTGACGCACAGGCTGGAGTGCAGTGGCTCCGATCTCTGCTCACTGAAAGCTCCGCCTCCCGGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCACCACCACGCCCGGCTAATTTTTTGTATTTTTAATAGAGACGGGGTTTCACTGTGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTCGTGATCCGCCTGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGACCCACCGCTCCCGGCCTTGTTTTCCGTTTAAAGTCGTCTTCTTTTAATGTAATCATTTTGAACATGTGTGAAAGTTGATCATACGAATTGGATCAATCTTGAAATACTCAACCAAAAGACAGTCGAGAAGCCAGGGGGAGAAAGAACTCAGGGCACAAAATATTGGTCTGAGAATGGAATTCTCTGTAAGCCTAGTTGCTGAAATTTCCTGCTGTATCCAGAAGCCAGTTTTATCTAACGGCTACTGAAACACCCACTGTGTTTTGCTCACTCCCTCACTCACCGATCAAAACCTGCTACCTCCCCAAGACTTTACTAGTGCCGATAAACTTTCTCAAAGAGCAACCAGTATCACTTCCCTGTTTATAAAACCTCTAACCATCTCTTTGTTCTTTGAACATGCTGAAAACCACCTGGTCTGCATGTATGCCCGAATTTGTAATTCTTTTCTCTCAAATGAAAATTTAATTTTAGGGATTCATTTCTATATTTTCACATATGTAGTATTATTATTTCCTTATATGTGTAAGGTGAAATTTATGGTATTTGAGTGTGCAAGAAAATATATTTTTAAAGCTTTCATTTTTCCCCCAGTGAATGATTTAGAATTTTTTATGTAAATATACAGAATGTTTTTTCTTACTTTTATAAGGAAGCAGCTGTCTAAAATGCAGTGGGGTTTGTTTTGCAATGTTTTAAACAGAGTTTTAGTATTGCTATTAAAAGAAGTTACTTTGCTTTTAAAGAAACTTGGCTGCTTAAAATAAGCAAAAATTGGATGCGTAAAGTAATATTTACAGATGTGGGGAGATGTAATAAAACAATATTAACTTGGTTTCTTGTTTTTGCTGTATTTAGAGATTAAATAATTCTAAGATGATCACTTTGCAAAATTATGCTTATGGCTGGCATGGAAATAGAAATAATTATGTCTTTGTTGTATTAATGGGGAATATTTTGGACAATGTTTCATTATCAAATTGTCGACATCATTAATATATATTGTAATGTTGGGAAGAGATCACTATTTTGAAGCACAGCTTTACAGATGAGTATCTATGATACATATGTATAATAAATTTTGATTGGGTATTAAAAGTATTAGAAGGTGGTTATAATTGCAGAGTATTCCATGAATAGTACACTGACACAGGGGTTTTACTTTGAGGACCAGTGTAGTCAAGGGAAAACATGAGTTAAAAAGAAAAGCAGGCGATATTGCAGTCTTGATTCTGCCACTTACAGGATAGATAACGCCTGAACTTTAATGACAAGATGATCCAACCATAAAGGTGCTCTGTGCTTCACAGTGAATCTTTTCCCCATGCAGGAGTGTGCTCCCCTACAAACGTTAAGACTGATCATTTCAAAAATCTATTAGCTATATCAAAAGCCTTACATTTTAATATAGGTTGAACCAAAATTTCAATTCCAGTAACTTCTATTGTAACCATTATTTTTGTGTATGTCTTCAAGAATGTTCATTGGATTTTTGTTTGTAATAGTAAAATACCGGATACATTTCACGTGTCCTTCAGTATTGATTTGGTTGAATATTGGGTCATAATGGTTGAGAAGCATGGACACTAGAGCCAGAATGCTTGGATATGAATCCTGGATCTGTCACTTACTTCTGTGTGACCTTTGAAAGGCTACTTATTTCCTCTCTTAGCTTTCTCATTAAAATCAATGAACAATGCCAGCCTCATGGGGTTGTTGAATGATTAAATGAGTTACTATACCTAAAGTACATAGAACACTGCCTGCACATAGTAAAAGAATTATAAGTGTGAGGTAGTTGGTAAAATTATGTAGTTGGATATACTACCGAACAATATCTCATCTCTTTTTAGGGAAATAAAGTTTGTGCATATATATAATCCCGAAACATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000134762:ENST00000360428:15
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.232 A=NA C2=0.231
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0104912=Cadherin_C=PU(47.2=68.6)
A:
NA
C2:
PF0104912=Cadherin_C=PD(51.2=97.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains