HsaINT0061952 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000078098 | FAP
Description
fibroblast activation protein alpha [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:3590]
Coordinates
chr2:162189656-162194748:-
Coord C1 exon
chr2:162194701-162194748
Coord A exon
chr2:162189755-162194700
Coord C2 exon
chr2:162189656-162189754
Length
4946 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTACTC
5' ss Score
7.46
3' ss Seq
GAACATTTAACATTTTTCAGAAA
3' ss Score
5.72
Exon sequences
Seq C1 exon
GCCCAGGCATCCCCATTTCCACCCTTCATGATGGACGCACTGATCAAG
Seq A exon
GTACTCTCTCTTGCATGTTATCTATCTTGTCTCAAGTAATCCTGAACTCTCTGTGATGCTCCGCTAGAGAAAGCAGGACAGTTTCTCCACACCACCAAGGGGAACTGCGATGGAATCCTGTTATCACATCACTTATTATTGCACAGATTTGGATATTATTTGGGTCAAATATGATCCTATGAAATTTAATAATTCTTTGCAGTGAGAACCTGGCATAACACAGATAGATGAGTTATATCAGAGGGTTTAATTCTATCTTCTCCAATCAGCCTTATAAAAAGCACAGATTAGAATTGGGAAAAAACTTAGCACATTCAGTACGATCTTCCTTCCAAAATAGAATCCCTAGGGTGTTTTTTTTTTTTTTTCCTCAGGGATTGGGGGTAGGGGGTTGTTTGCATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGTAACATCCCAAACTGGAAACAAATTCTACATGTAACTTCTTCAGTTCAGAGCAGAGGGTGACTGTCACACCAGCTTTTTTTGTTTTAACAGCTACATCACATTGTTGCCACGTATGAACGCCCTGAAATTTGGAGGCTCTTTCCATTTTCAACTGCTATCAAGACAGTCCTCCTCTATCCTGTATTTGTGATATTGGTTCAAAATAGTTCACATCTCAAAGACGACCAGTTTTGCTCGCAGCAGAGTTGTCCAAGTATCTAATTGCTCTGATACTCTTCCTGCTGGCTCTCCATTATCTTTTGATTTACTATTAAACAACATTATAGGGTTGGAGTTGTTGGAGGCCAGGGACAATGAGGCAGATGCCACTTTCTTCAGCACTCATGCCTGCGATTGTCCCTGGACAGCTTTGGTGACAAGTCAGGAGACTGCCTTGGGATTACTTTGGCTGTCAGCTCAATGGCTCAAGTGTAGGTGAAAATAACAAGAAAAAAAAACAAAAACAGAATCAATTTGGGAACTCTGGACAGGACAGGCATTGTGATAATGGGACTGTGAATTTAGTTTCATTTTAAGGTTTTTTTTGAAACCTTGTGTCTAATAAGGAAATACTTTTAAGAATAACAGATTATATTTCTTAATTTGACCATCTCAGTCAGTGAGATTGATTTCAAGTCGACAAGGTTTTGTTTTAATAGAAATCACTATTAGCATATAATTCTCATCTTTTCAAGACTGCAAAATAATAGCCAGCCTTTCTTTTTCCATAGCATGAATTTCTACTTTCTTGAGATCCTTGTTAGATTCCTGGCAGATCTGTGTACTGATTTTGAAGCTCTATTACTTCACTCACTATTTACAAAATAGGTACGCCCTCAGATATGTCAGATGTAATTAAATAAGTACCAACAGAAAAAATCAAATTCTTTCAGAGCACAGTTCCACAACTTACCTAATGTGAAATTATTCTCCTATGTTCATTATAAATACGGATTCCCAGGACTTCCCCAAAGATTTTAATGTGGTACGTCTTAAGTTATGCTTGGAAATTTGTATTTTTAATAGTAAATGTTCAGCTGCTGTTTTGGAGCAGATGCTGTGTCTCTTATTTACATTGCATTTGGTGTCAGCAATCTCATTCAACAAATATTTATGGAACTTCTACCACATTAAGCCAGGCACTGTGCTAGGTCCTGGATCTATCTATAAAATAAAGAGATACTGGGTTAGACGATGTCCTTGTCCTCAAGGAGGTTATAGATGAGTGGGGAATATGAACATGGAAATGGGCAGTTACAATACAGTGGGGTAAGTTCTAAGATAGGGGAACTGCAGAAAGCCTGGAAGCACACAGGAAGAGCAGCTCATCTGGGTTTGGGGGGTTAGGAAATGTTTACTAATGATAACTACCACAAACCCGAGACTCATGAATATGAAGTAGGTGATAATGCTATTTGGATGATTGGCTTGATACTAATGGTTTTTTACTGAAATAGAGGAGTCATTGTGGAGATCAGGTTTTGGGAGGATGATGAATTTTGTTTTAAATGTTGAGCTTGAGGCACTGATGAGATACCTAAGTGGAGCTGCTCTGTAGTGACATCATTTTGGATCTGGATGCCAGAAGATCAGTTTGGACTGAAGATAACGATGAAAGTCATTAATTTATGGAGCATGTGGTAACTCAGGCCTTGGAAGTGGATGATATGAGCCGAGTGGACAAAACAAGAGTGGATAGGGTTAGTGGGGAGTGAGCCTACAACGAAACTGTGTGGAACATCAACACTTGAGAAATGGAAGGAGAAAAATGAGCCTGGAGAGGAGACCAAGAAGGAACAGAAGGAGGGGGATAAACTTGAGAGTATGGTATTGTGGAAAGCAGGGGAGGAGAAGAGCTCAAGGAGGAGGAAATAATCAGCTGTACCAGATGCTGCAGAGAGTGAGGGAAGGCTTGCTCTAAATTAATGGACTTAGCAAGAGGGAGATTGACATTAGCTTGGTCAGAGCCATTTCAGTGGAGCAGTGGAGGTGGAAGCCAGATTAAAGCAAAATTAGGTCTGCATAAGTAAGTTTAAAAAGACAGTATTTCCAGTTGGTCTGAGTGTGATGAGAAGAGGGGATTGGTGGGACGATGGCTGTAAAAGATTGATGTAGGTTTAATTTTGTTTTTGAAAGAGGATAAACATTTGAGTATGAGTGGATGTGATAGAGGAAATCAGCAGAAAAAATGGAAGGAAAACATAGAGGAGGGAGGTCCCTAAGAAGTTGAGAGAGGATGAAGATCAGAGACAGGTAAATGGATTAATCTCTTGTGATGTGATGAGACAGAATAAAGAAATTGTTGGTAGAATTGCATGAAAGTTGGAACACAGTGAAGTGGCTTCATTTTCCCTGCAAAGAGGGGGAAGTTTATTTGAAAACAGCAGGTAGTACTTGAACCAGATTCCGTGGGAATCCAGAAGAGCTGGAATTGTCAGGGAGGGCCCAGTTAAAGCTTAGTTGCTTTGGGCACAGAAAATGCTCATTAAAATTAATCAATTCATGACATGCCCTTATTAATCAGCCTTTCTATGGATTCTCCCCATAATTTAATCAGCAATATGGGATTTTAAAACGATTCAAACAGAAATCAAGTATAAGATCCATCATTGTTACAACTCAATTTCATCACAATGAAGAGCCTACAAATACATGTGGAAGCAGATACTACATGCCAGATACTAGGTGCTGTGTGTGCTTGGTACTGAGTATACGGTGATGGGAGAAAGAAAGTAAAATGTGTGGTCTGACCTGTACTCCCTTTGCTAGGTTATGGGTTTTTAATGCACAGCCTTATTGAGAAGCCCAGCTGCCACCTCTCACTCTTGCCACTGCCCCCTGTGAGATTCTGTTTGTGCTCCAAGAGGTGGAAAAATTGCCCAGTCACTATCCATAAAAAATGCAACTCTGAACCATAAAAGCATTTAGATTAAATTTTGCATTTCATTAAGTCATGTATCAGAAAAGTTCGATAGCTAAGAATAGAATGAAGAAGGAGTCAAAGCCATAACCACGTGACAACACCCGGATACTGTCTCCCACTTCCAGTGCTTGTGGTAAAATAATACAAATAGTAATCAGTCAATCAATCAGCCAGTCTGTGTGCTTGATCCACACAGGAGTCTCTTTATCGATGGCAGCTCCACAAACAGAATCCACGCAAGAATGAAGGGTTGGCTCTACTGTACTTAGAATTGTGTATTCATTTTACTTTTTTGGTTTTAACTTTTAAGGTGTCACAAGTATCTCTTCCCTGATGGATTACCCAAAGTTAATGTGAAATTCATTATGTATCTTATACAAATCATACCCAAAACATCTATACTTGTGCTAAGATTAAATATAACATGTTGGAGCAAAATGCCATGAGTATATGAAAACTGAGAGTTACAAGAGAAGTGGTTTGGCAAACTTAGTATAGTTACAAGCACTCCTCCAGCTCTCTCTCTTCAGAGACCACTCTTTCAAAAAGGCATAAAAACAAGAAGTCCATGGACATCTTTTGTAGCAATAGATATACCTCACAAGTCATCCAGCCCCTCTTTTAAAATATAAAGCTAAAACTCCACATATTATTTGAAAGGCTAACTTTTCTCTAGAAGATGCTGATATCAATCCCAGGTTCAAAATAAGGTCTATAAAAAGCCCGCTATTGCTAGAAACCTATTTGCATGTATTACCAATCTACAGATTCAAGAGATCAATGGATTTGTTCCTTTTCAAATATTAAGGTGTGAAATATAACTGAGCTCAAGTATAAATAGCAGGTTTTAGATTTTTTAAAGATTTAAGACAGAGAAAGAGCATAGTGTGTGTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATACACAATATATATTGTTGTCTTACTCAGATATATCACTACCTTGAGAGAAAGGATCTGAAAGAATAGCATACAACTAATTCAATTACCAAAAACAGGAGAATATCCTTTATTAATCAAGTACAACAGGAAAGCGTAAGAAAGAAAGATTTTAAAAATCACAGAAATAATATTCAACTTTACACATTAAAAATTAAAAAGCAAATTTTGGAAATACACAATTAATTATTTTAAATTTGAGGCCCCAGCAATCCAGATTGTATTTCCACTACATTTTTTTAAGTATATGATAAAAGAAATATCACCTGCTTAGGTCATGGCTTTAAACTTAAAAACAAAACAGCTTTAGATGGGAAAACGTGATTGAATAAACATTGTTGCTCCTGTGATTTTTGCTCAAAATGTGTTCTGATGCTATTAGAATTAGTTAAAGACACAGTGATTAAAATGTGATGTCCTTCATAAGCTTATATCTGCTCTAAAGGCTGGATTATAAATACATTTGTCAATATGAAACTTCACTTCTTAAGCGAGCTTTTCACAGTTTCAGTTTCACCCATATTGAAGTCAAAGGAATTTTAAGGAAAAAAATTGTTTATGGAAATACTATTGATTAAAAATGAACATTTAACATTTTTCAG
Seq C2 exon
AAATTAAAATCCTGGAAGAAAACAAGGAATTGGAAAATGCTTTGAAAAATATCCAGCTGCCTAAAGAGGAAATTAAGAAACTTGAAGTAGATGAAATTA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000078098:ENST00000188790:17
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0093016=DPPIV_N=PD(1.4=29.4)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development