HsaINT0075309 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000198265 | HELZ
Description
helicase with zinc finger [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:16878]
Coordinates
chr17:67167463-67178926:-
Coord C1 exon
chr17:67178659-67178926
Coord A exon
chr17:67167797-67178658
Coord C2 exon
chr17:67167463-67167796
Length
10862 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAAGTAAGT
5' ss Score
10.08
3' ss Seq
GTTTTCTACTTCTGGTTTAGGTT
3' ss Score
9.99
Exon sequences
Seq C1 exon
ATCTCGAATACCTGATGCATGCAAAACAGCAGCTAGTAACCACAGCTAAACGTTGGGATTCTTCCTCTAAGACTATTATAGATTTTGAACCTAATGAAACTACTGATTTGGAGAAGAGCCTTCTTATCAGATACCAAATTCCCCTCTCTGCTGACCAGCTATTTACTCAGTCCGTTTTAGACAAATCATTGACCAAGAGCAACTATCAGTCACGGTTACATGACCTTCTTTATATTGAGGAGATAGCCCAGTATAAAGAAATCAGCAA
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTTCAACCTTAAAGTGCAATTGCAGATTCTGGCAAGCTTCATGCTCACTGGTGTTTCTGGAGGTGCAAAGTATGCTCAGAATGGACAACTTTTTGGTCGCTTTAAGCTTACTGAAACACTTTCTGAAGATACTTTGGCTGGACGACTGGTGATGACCAAAGTCAATGCTGTTTATTTATTACCAGTCCCTAAACAGAAGTTAGTACAGACCCAGGGAACCAAAGAGAAGGTTTATGAAGCTACTATTGAAGAAAAAACAAAGGAATATATATTTTTAAGGCTATCTAGGGAATGCTGTGAAGAACTTAATCTTCGGCCTGACTGTGACACACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000198265:ENST00000358691:13
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.001 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development