HsaINT0084382 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000184611 | KCNH7
Description
potassium voltage-gated channel, subfamily H (eag-related), member 7 [Source:HGNC Symbol;Acc:18863]
Coordinates
chr2:163360953-163369184:-
Coord C1 exon
chr2:163369164-163369184
Coord A exon
chr2:163361168-163369163
Coord C2 exon
chr2:163360953-163361167
Length
7996 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAATG
5' ss Score
8.99
3' ss Seq
AATACTTTCCATTTTTTTAGGGC
3' ss Score
10.48
Exon sequences
Seq C1 exon
ACAATGGTCGCAATGTCAAAG
Seq A exon
GTAATGTACAAACTCAAATTTCACCATCTGATGTTCAACCTGCCCCTTTACTCGGCATGTTAACTTGCCTGCTGTATGCCCTGTTCAGTGCAACATCTTCATGCTGCCCTTAGCTATTTGGGGTGCCTGGTGGAGACATCATGGCTTGATTTTGCTACAGACATTGTTATTTCTCTGCTGTGTTACCAAAATGATCATGAGCTCCTTTTGCCTGCAAGAATTATAAGCCTAGGTTGACAATGAATACTTCCTAAATATTTAAATCACTTGGAAAAACACAAATATCAAGCTAAATATATTCTGATGTGACAGAGGCACAAAAGCCTATTTCAGGAAAACAAAAAATTTGAGTGCAAGATTAAATAAAATAAGCAAAGTGCTACATGACAGCATCACTTCACTTGTTCCTCTTTTGTTTCCTCAAAACTAGTTTCACGTTCCTGGATGGCAGGGGGTATGGTTTTCAGCTTACTGTAGTAGTAAACTATATATGCATGACAGTTGTTTTCTATTTTTCTCTATTATATTTTAATCATTTTAATTTTGTTCTCTATTAATCTGAAATCACTGGCATGACCTACAACTACCATAGGGTTATATTTAACTGGGAATACTCTGGATAAATTTGGATTGGGCTGAAAATTTGGAATTCAATTCTGTTTTCTACTATATCATAGTAGATACAAGGATCACAAAATATGATAACCATATTATTATCATCAAATTGAAAACCATTGGGATTTGGTCTTTCAACATAGGCCATGCATGCTGCTGTGGGTGTGCAAATGGTGATTGTGACTTATTTTGTGCATGTGTGTTGCATGAACACGTCTCCACCAGTAACCGTCATTACTTAGAATTCACTGTTTTGACCACTCTCTCCTGTATGTCACTGGTACACTGACCACTGTGCAATTTTGTATATTGATTTCTCAATTGCTTCCCTAAAATAATTCAGAGCTGGTGATGGTTATGAATTAATAGCGCTAGGGAGCAAAAATGTTTGGTCAGCAACCTAGGGAAATTTGAAAATCAGGGAAATTATGGCAGTATCCCCCCAAACCCACCCCAATTTTATTTTGTAGGCACTTTAAAAGGGTCTATGCAGGTTGACCCCAATAGTGGGATGGGATTTCACCTACATCATTGTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGACCTGTCCACTGTGATTTCTAAAAGGGAGCAAATTAGTGTCAACTGTGTGTGGTGGTTTGCATTGACATAATTCAGAATGTAACCTCAAGAAGCAGGATACAGATAGTTCTTGCCAACTAGCTTTAGGATTTAACAATTAGCAGTAAATTAGTAGGCATTAATTAATTTTCTAGTGATTTTTAAATGTAGTGATAAATGAACCTAATTTTTCTCAACAAATAGAAAATTGGACTTGTTTAACTTTCAAACTACTAGTTCACATATATGTCAAAGTACAGCTATTTTATTTTAGTGTCATAAAACAATTCATTTACTCTCCAACCTTTTTTTCTCAACTCTCTCATTTTTAATAGGAGTAGTCTTTGAACACGGATATTCTTTATTTATTACATAGATTTCAGATTGCTCATCAATTTTACGATCACAATTTAAAGTATATGGTAGAATCATCAAAGTCAGAATTTGGCATTACAAATCTCTAAACCATTGCACAAAGTTTTCACATATTAATACTTAAGAAGTTATATCCCCAAATTGGAGAAAACATTTGCAAACTTAATTAAATTTAATGTAAATTTTCAATCCAAAGTCTTCATTACGTTTTTCAAGCTCTGGTTTTGAAAACTATTAACAATGTTTAAGTGTCTGCCTCTAAGATTTTTCACAAAGCCATTAACATTGCTAATTAGGTACAGGAACCCCCAAGTGTGCATTTTAAATTCTTTTGACTTTGCTTCTATACCAGATCTAAATAAAAAACTAAAAAATGCAGGTTTCTACACTGCTTTGTGTACAAAATGCATAATTATAATTAATTATTTCAATATTCAACCAAAAAACATTTTTTGGTTGAATTTAATTCTAATTATTTAATTCTGAATTAAATAAATAACGTAGGAATGTGTTGGTAATGTCTTCAATATCATCTGATTTATTCATGTCAGGTGAGGTATTGGCTAAATACCTTGCACAGGTGGTACATTTATCTCCAGAGGATGCCATTCTTTAACTTTCTCGGGAAGTCCGTGTTAGTGCCTGTTACACAAAGAGCTAACCTAAATCCTTCTTTCTGATATGTATTCTTTTCCCCTTCATCTGTCTCTACTGGACAGAGATACTAGCTGACTACTGCTAATCATGATGCAATATCACAGTAAAAAGACAGCAAATTGGTACTCTTTTTTCTAAAACTAATTTCCACTTAATCTTCTTTCTTAGGATCTATTTCGTTTCCCTTTAATAAATTTTCTTAGCATTATGATTCCTTAAGCTAACATTTCAAAGTTCTTTGTTAAAAATGTAAACCATTGTGAAAGAGTGGAAAAGTTATTTCAAATAAATTGCACATCCTGCATATACATATGTATGTATTATAATTTTTTAACAACTTCTCTAATATGTGAGAGGGGTACCTAATCCTACCTCCATCACTCATATATTAATTTTTACCTCCAACTTGGTGGCTTTTCTATTTTGCTTTACAAGTCATCAGTAAAAATCTACCTCACTTTCTCTACTTCGTAAATAAGTCATAATACAATTTTGCCCCTTTAATGCTCCCACCTCCTTGCTATCTCAAGTAACCCTGCTTCCCTCTGACATTGGTGTGTTCCATTTCCAATTAGTCTATGAATCTGTCATATGACTCTGAAGTAAAACTACTTTCAAGGTTTGTTACAGCTTTTATCTCCTCTCTAGCCTATATGACTCATAAATGAAATAAATGAATCTAATACAACTTGTTTCTCATAGGCTGCCTTGGCCATTACCCAGTATCTTGTCATCTGATAAGGATTTGCAAATTGATTTTCAATGATAACAGTTTACTCCTGCAAATAATATGTCATGCACTGAAACAGATAATATGAAGAAAAATAATTTGATGATTACTTCTTATGCATTTTTCTAAGTGCTAAACTGGTTGCCTTATACTTATTGATAGTGTTCTTTTACAAAGTTTAATTATTAAACACTGCATTTGCATCTTCTTTCATGTTAAGTCACTTGAGGAATTTGGGTTTTATTAAACTTTAGCTAAATAAACTCAGTGCCCTAAGATATATTGTACAAATACCTGATGATTTAAAAACAACCTTTGTCTGTTTGGTTTCCTTCTTTCCTATCACATTTGGCCCTCCAAAATGATTTTTTAAAGTAGCATTATTTTTTTAATCTATCAGATGCCCTTAGCTATATTTCCAGCACCATCTAAAAGAAAAACATATTCTCCTTTAGCATCTCATAACTCATGATAAATTTAAATAGCCTCATCGTATAAATTTTAAATATCTTTAAAATTCTTCCCAGTTGTTGCTTTAGCCTCTAGCTTCATGTCTAAATGTAGGTATTTCTTTGTAGTTGGAAATTGGCCTACTTTATGTTTAATCAGACCCTTGAAATATATTAAAGCACTCTCCAGCTGTTGGTTTAGTCTACTTGGTTACCTGTTTTCCACCTTCTCCTAATATATTGAAAAATGTAACCTGGTCATCCATCTTGCAAATGCTTCTCTGAAGAACATCAAGTCCACCTCTATGCTTCTGCGTTTTACATGACTTTCTACTGAATCTCTTATTTCCCTCTATTTCTGCCCATTCATTTCCTTTAAATTTATTTACTTTGTTTTTCAGGTTATTCTCCTTTCTTTCATTAGAATCCTAAATCCCATCTGTTCATGATCACTCTCAGTGAGGCTGCCTTTCACCTTTAAATCCTCAACCAAGGCCTCTCTGAATATAGACTTAGGAGGTAGGAAACCCTGCATTCTGGTCCTTTATTCTTATTCTTTTCTGGCCTCATATTCTGTCCACTTAGGTTTACAATCGGTGAAATAAGGATATTGTTAATACCTACCTTAGTTAAAATGTTGAAATTTTTTTCATTTGCATTTAGATGGGCTTAGAGGAATCTAAGCCAACACTGATCATCTTGAAGACTCTAGAAGTCTTCTGCATTTAAACATCTGCTTTAAAATCCGTAGAAAGAAGCATAATTATCTTTTTTATACAGCATGAAATAAATTTTAAATGCCTTATCTAAGTAGCTTGCACAAGTTATTTTAAGTAATATTTTAAGTTTTGCTGAATTAATTAAAATATAGATTAAAAGAAAATGTGGATTAACTATTTAAGACTAAGAGCCAAAAAAAAAAACCCAGAATAGAATAAGAGTTTAGAAGGTTTTTCTACCTGCAAATAAGAGAAGCTAAAATAGTGAATGCAATGAAGTTGCAAATTCTGAGGCCAAATTTGAGTATGACATTTTATCAACCAGTTTCTCAATCATATCAGATCCAATGTCTCCTTGTCTCATATTTTGTTATACTCATTTTCCTATCCTGAAATGGAACTCAGAGATAATTTAACCTATTTCTAAAATATCAACATGATTCCCTAACTGTAATATACAGGAGAAATAAAAGAAAAACAGTTTACAATAAAATATTTATTTCAATATGTTAGTGTTCAAATATAACTTCACTAGAAAACATAACACAATAATCAGACATATGAAGAAAACTTGGTTTTAAAAGCGTTAAGTACATGAGAAAGTATTCCATACAGGTACCAGATAAAATGGTACAGCAGGAGTATAAGTGGGCAGCATAATCAAAACTACCATTGAAGTCAAGAATTATATCAGACTTATTTATACATGAATTTTAAAAATGGGAAGTAACTAAAATTTAATTATGATTAATATACCAATATAAACTGAAGAGAAAATAAGGAAGTATGGTATTCTTATAAATGAGCTAGTTCTTGCTTTTAATAGTAGTGTCAAAATGATACCTTCTGTGATATAATGCAATAGTAGTGAATTGCA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Seq C2 exon
GGCCTTTTAATCATATCAAGTCAAGCCTCCTGGGATCCACATCAGATTCAAACCTCAACAAATACAGCACCATTAACAAGATTCCACAGCTCACTCTGAATTTTTCAGAGGTCAAAACTGAGAAAAAGAATTCATCACCTCCTTCTTCAGATAAAACCATTATTGCACCCAAGGTTAAAGATCGAACACACAATGTGACTGAGAAAGTGACCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000184611-KCNH7:NM_033272:5
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.366
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)