BtaINT0079620 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000001899 | KCNH7
Description
potassium channel, voltage gated eag related subfamily H, member 7 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:18863]
Coordinates
chr2:34028139-34037905:+
Coord C1 exon
chr2:34028139-34028159
Coord A exon
chr2:34028160-34037690
Coord C2 exon
chr2:34037691-34037905
Length
9531 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAATG
5' ss Score
8.99
3' ss Seq
AATACTTTCCAATTTTTTAGGGC
3' ss Score
9.83
Exon sequences
Seq C1 exon
ACAATGGTCGCAATGTTAAAG
Seq A exon
GTAATGTATGAACTCAAGTTTCATCATCTGATGCTTAAATTGCCCCCTTACTCGGCATGTTAACTTGCCTGCTGTATGCCCTGTTCAATGCAACATCATGCTGCCCTTAGTGAGTCCAGGTGCCTGGTGGAGACATCATGGCTTGATTTTGGTGGAGATGTTGTTACTTTCTCAAATGTGTCACCAAAATGATTAAGAACTCCTTTTCCCTTCAAGGAATATAAGCCTAGGTTGACAATGAAGACTTCCTAAATATTTGAATAATTTGGAAAGAAGCAAATATTAAGCTAAATATATTTCAGCCAAAAAAAAATCTTTTTTGAGTACCAGATTAAATAAAATAAAGTGCTACATGACAGCATCACTTCACTTGTTCCTCTTTTGTTTCCTTAAAACTAGTGTCACGTTCCTGGATGGCAGGGGGTATGGTTTTAAGCTTACTGTAGTAGTAAACTGTATATGCATGATAGTCGTTTCCTATTTTCCTATATAACATTTCAATCATTTTTAATTGTGTCCTATATAAGTCTGAAATCACTAGCATGACCTAAAGCTAATGTAGGTTTAACTGGGCAATACCTGTGAATAAACCTGGATCTGACTAAAAATAGAAAATTCACTTCAGTTTTTCTACTCTATTGTACTAGATGCAAAAACCACAAAATATAAAACTCATATTATTCTCATCCAATTGGAAACTTTTGGAACTTAGTCCTGTAACATACGCTGTGCATGCTGCCATGGGTGTCCATATGGTGACAACTACTCATCTATGCATGTGTGTTGCATGGACACGTCTCCGTCAGTGACCGTCGTTACTTAGAGTTCGCTGTTCTGGCCTCTTCCATATGTCACTTTACTCTGATCACTGTGAAGTTTTGTATATTGATTTCTCAAATGCTTCCCTAACTAATTCAGAGCTGGTGATGATTATGAATTGAGAGCACTAGAAACTAAAGATGTTTTCTCATCAGCATCCCAGGTAATTTGAAAATAAGAGAAATCATGGCAGCTTCTCTCCATCCTAACTTCATTTTCTAAGTATTTCAAAAAGGGTCTGTGCAGGTGACCTCCAATCACAGGATGGAATTTCATATACATGATTGTTTTATCCTTGGCCTTTCCACTGAGATTTCTAAAAGGGAACAAATTAGTGTCAGCTGTGGGTAGTGATTTGAGTTGATATAATTCAGAACATAACCTCAAAAAACAGAGTACAGACAGCTCATGACAACTGGCCTGTGTGAAACATGACTGGCTTTAGCATTTAGCAATTAGCAATAAATTATTAGACATTAATTTTCCAGTGATCTTTAAATGCGTGAGAAACAAATATAATTTTCCTCAGTAAACAGGAAATTGAGCTTACTAATCTTCAGACTAGTAGTTCACATAGTTTTCATGTCATTCAAACTACATTAATTCATTTTTTCCTTATAGATTAAGCCATTTAATCTCCAACCCATTCCTTCAGTCCTCCATTTTTTAATAGCAATACTCTGAATAAAGACGAATCATAAAAGTCAGAATTTGGGATTAGGAAACTCTAACCCACTCTAGAAAGTTTTCACATATTAATATTTATAAAGTTAAAAGATAAAACATGAGCAATTTAATAAAAATTTAATGTAAATGTGCCCTCCAGTGTCTTTATTATTTGTTCAGGCTCTGATTTTGAAAACTATTTAAAAATATTTAAGTACCTGGCTCTTTGAGATTTTCACAGAGTAATTAGTATGCTAATTAGCCACAGGACAATGCATTAAAAGTGTGCTTTTTAAAATTTTGGGGGCCTTGTTACTAAGGCAAATTTTTAAAAATAAAAAAGTTTCTATACATCTTTGTTTGCAAATATATAATTACAGTTTTTTTTGCAATGTTGACTTAACCAAAAATAGTTTCTTTAACAAACTAAAATAAATGATTTAGAAATGTGCTTGGAAGGCCTTCAAGATCATCTAGTTTATTCCCCTTAGGCAAGAATATTGGTGAAATCTCTTGCACAGGTGGTAGAAGCATCTTTAGAGGATCCCATTCTTTAACTTTCTTGGAAAATCTATTTTTCCTGCCTATACAAAAGCTAATTTAAATCCTTCTTGCTGAAATGTAATTGTTTTCCCTTCATCTGTCCTGAGTGGACTAAGATACTAGCTGGTTACTTCTATTCCTTATGTAACATCACAGTGTAAAAACAGCAAATTGGTACTCAAATCTTTTCTGCTAAAATGGAATAATTTCCATCTTACCTTTTTTCTTAGGATCAATTTTGTTTTCCTTTAATAAATTCCCTTAACACTCTGAAATAAGATTTCAGAGTGTACAAAGTATATATAACCCATTATCAAAGAGTGAAAAAGTTAATTCAAATAATTGCACGTGCTGCTTATATGTATGTGTGAATGTGTACATCATATATTTAAACAATTTTTCTAATATATGAAATATGAACTCAATTCTAGTGGTTATTCTGTTTATTCTACTTCCCAAGTCACCATAAAAATTTACCCCACTTATACCACTTAGTAAGTCATTCAAAAAGTTTACCTCTCTATAGCTTCTACTCTTCATTATCCCAAAGTGAAAGTGAAAAGTGAAAGTGAAGTCACTCAGTCATGTCCGACTCTTTGCGACCCCATGGACTGTAGCCTATGAGGCTCCCCCGTCCACGGATTTTCCAGGCAAGAGTACTGGAGTGGATTGCCATTTCCTTCTCCAGGGGATCTTCCCGACCCAGAAATCGAACCCAGGTCTCCTGCATTGCAAGCAGACACTTTACCGTCTGAGCCACCAGGGAAGCCTCTTCATTATCCCAAGTAACTCTATACTCCACTGACAATGGTATGTTCAATTTCCAAGTCATCTGTGAATCTGGCATATGAGTCCTTTCACCTCCCCTCATAAAAGCTATCACATACACAAAGGAAATCAACTGATCTAATATAACTTTTATCTTATATGCTACATTGGCTGTTACCAAGTGTTTTTACTTGGTACAAACACTTTTACAAGTGTTTTTTACAAGAATTTGCAAATTGATTTTCAATCATGACAGTTTTCTTCTGTAAAGTATATGTCATGCACAGAAACAAACAACATGGATATTGATTACAAATAATTTGGTGAATAATTCTGATATATTTTTAGTTTCGAACTGGTTATCTTATGCTTATTGACAGTGGTCTTTTACAAAATCCAATTACTAAACACTACATCCACATTTTCTTTAATGTTAAGCCACTTCAGCAATTTAGGTTTTATTAAATTTAGCCAAATAAACTCACGCTGTAAGAAATACTATATAAAGATGATTTGAAAACACTCAGTCTTTTTGGTTTCCTTTTCTGTTCCCTTTGGCTCTCAAGAGCAATAATCTTTTTTTTTTAATAACATTATTTTTAAAAAAGTTTATCAGAAACCCAGCAGCATCTTTAAGACAATATATTCTCCTTTAGCATCTTGTGTGCATATGTATGCTAGTTGCTTAATGGGGTTGTTTAATCCAGTCAACCCCATGGACTGGAGCCCACCAGGCTCCTCTGTCTTTGGAATTCTCCAGGCAAGAACACTGGAGTGAGTTGTCATTTCCTTCTCCATTAGCATCTTGTAACTCATGATAAATTCAAATAACCTCATCATAAAAATTTTAAATACCTTTAATCTAAAATTCTTCCCAGATGTTGCTTTAGCCTGTACTTGATCTTTAAAAGCAGGATACTTCTTTGTAGCTGGAATCTGGCTTATTTTATATGTAATCAGCCACTTGTGATATATTTGAGCTTGATCCAACTGTTAGTCTTTTTCTATGATCCAAGGGATGTTGGCAATTTTATCTCAGGGTCCTCTGCCTTTTCTAAGTCCAGCTTGTACATTTGGAGTTCTTGGTTCACGTACTCTTGAAGCCTGGCTTGAAGGATTTTGAGCATTACCTTGCTAGCTTGTGAGATGAGGGCAATTGTGCAGTAGTTTGAGCATTCTTTAGCATTGCCCTTCTTTGGGATTGGAATGAAAACTGACATTTTCCAGTCCGGTGGCCACTGCTGATTTTTCCAAATTTTCTGGCCTATTGAGTGAAGCATTTTAACAGCATCATATTTTAGGATTTGAAATAGCTGAGCTGGAATTCCATCACCTCCGCTAGCTTTGTTTGTAGTGATGCTTCCTAAGGCCCACTTGACTTCACACTCCAGGATGTCTGACTCTAGGTGAGTTTAGTCTTCATGGTCTCCTGTTTTCCATATTCTACTAGAATATTAGAAAATTGTCTGTTCATCCATTTTGCAAATGTTTCTCTAAAAATTGTCAAGTCCTCCTAAATACTTTTGAGCTTTATTATTTTCTATTGAATCTAGTGTGTACATATTCAGTCACTCAGTGGTGTCTGACTCTTTGTAGCCCCATGGACTATACCCCTCCAGGCTCCTCTGTCCATGAGATTTCCCAGGCAAGAATACTGGAATGGGTTGCCATTTCCTTCTCCAGGGAATCTTCCTGACCCAGGGATCCAGCCGGTATCTCCTGGGTCTCCCTCATTGGCAGGCAGATTCTTTACCATGAGCCAGCCACCCTGGAATCCCCACTGCATCTACTATTTCCCTTTATTTCTGCCCATCTATTTTCTTTAAATTCATTTACTTTGTTTTACAGGTTATTCTCCTTTCTTTCATTAGCATTTTAAATGCCATCTGTTTATGATCACTCTCAGGGAGGCTTCATTTCACCTTTAAATCCTCAACCATGGCCTCTCTTAAAATAGACCTAGGAGGTAGGAAGCCCTGCATTCTAATTTCTGGTGCTTGATTCTTATTCCCTTTTGGCCTCCTATTGTGTATGCTTAGGCTTACAATTGGTAAAAACGAGGATATTACTAATACCTTCCTTAATTAAAATGTAGGAAGTTATTTTCATTAGAATTTAGACAGATTTCAGAGAAACCTAAACTGACACTGATAATCATTGCAGATACTAACAGACTGCTGCATATAAACACCTGCTTCAAAAGC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Seq C2 exon
GGCCTTTTAATCATATCAAGTCAAGCCTCCTGGGATCCACGTCGGATTCAAACCTCAACAAATACAGCACCATTAACAAGATTCCACAGCTCACTCTGAATTTTTCAGATGTCAAAGCTGAAAAAAAGAATGCATCCCCTCCTTCTTCAGATAAAACCATTATTGCGCCCAAAGTTAAAGATCGAACACACAATGTGACAGAGAAAGTTACCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000001899:ENSBTAT00000002469:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.306
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
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Rat
(rn6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
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INCLUSION PATTERN[edit]