GgaINT0048086 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000011082 | KCNH7
Description
potassium channel, voltage gated eag related subfamily H, member 7 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:18863]
Coordinates
chr7:20461925-20469697:+
Coord C1 exon
chr7:20461925-20462353
Coord A exon
chr7:20462354-20469482
Coord C2 exon
chr7:20469483-20469697
Length
7129 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATGG
5' ss Score
9.26
3' ss Seq
TATGTGATCTGATTTTTCAGGGC
3' ss Score
10.15
Exon sequences
Seq C1 exon
GCAAACTTTTTGGGTTCCGGTTACCTGGATTGAGACTTTTAACATATAGAAAACAGTCCTTACCACAAGAGGATCCCGATGCAGTGATAATCGACTCATCTAAGCACAGTGATGACTCAGTGGCTATGAAGCACTTTAAATCACCTACAAAAGAAAGTTGTAGTCCTTCAGAAGTGGATGACACAAAAGCACTGATTCAACCAAGTGAAGGTTCACCTTTGGTTAATATATCAGGACCTCTCGACCATTCATCACCTAAGCAGCAATGGGACAGACTTTACCCAGACATGATACAGACAAGCAATCCACTAACCCATTCCAGATCAAAGGAAAGCATATGTAGCATACGGAGAGCATCTTCAGTACATGACATAGAAGGATTTAACGTCCACCCGAAGAACATTTTTAGGGACCGTCATGCAAGTGAAG
Seq A exon
GTATGGTAGAAAAATCAAGTCAATATTCTGTGTTTTATTAAGAAAGAATTTCACGATTTTTCACAGTAATTACCAGTTTGTAAGCAAAACTACATATATTCATCTATAGACATTCAAAATCAAAATCACAATATTAAGGGAGAAAAATAAACCAGCTTTTTTTTTTAAACTCTAAATACTGCTTTTCATGTCTAAGCAGACCAATGAAGTTGCTCTTAGACCACCATCTGCCTTCTGTACAAGAAAACAGCAAAATTAGGCCAAACATCTGTAAAACTAATATTTGTACTTGAGGGGAAAAACGATTCAGACAATTAAGCCAGAACTGCATGCATAGTTCTGTCCCCATGCTCACATATCGCTCTAATCATATGGAATCCTACTTCAGAGATGGAACAGGTTTTTGTGTGGTTTTTTTTAATCTCTCGTGCATATTGTATATACACTAACCCAAAACTAATGCTTTTTCTTACACAATGGAGAATAATCCCCTCAGTAACTCCAGAGAAAGGCTTGATGGAATGTCTAGTGAAATACTTAAAATTTATATCAAGCAGCTCCATAAGTGCAAAGTACCCCATGCAAAGTCACGGAGCACAACCCACGGTTTCTTTATGTTGAAGAATGGAATGATTAGGAACTTAGGAAACAGAGGTTTTGAAACCCTGTGAATGGAAAAGTACTTTGTAACTGACTTCCACAGAAAACTGCCAAATACTTTTGTAGATACAAGTGACTTGTGTAATTTTTATTCAAGTTCGATGGCAAGTAACATATGTAGAATATTTTAAGAATTCAGAACCATGTGAATCTGTACTCAGTCTTTCATGACATAAGAAAATGAGTTTTTGTTTTCCACGATAGCTCATTTTTCACCTATTCATTGTCTCCAAGTGCAAAATCTACTTAAGTTCTCCTGCATTTTGGAAGGTATGGAGCAAGGTTTCTGCTTCCATACACCTCCTAAAACGTTAGTCTGAGTGTTCCACCCCCACTCAGGCTAATTCCTACAATAGCAGAAGTGATTCTTTCTTATACTACTCCTGTATTAAATATGAGAAATGTTTGGTTTTATTTTTTCAGAATCGTTTTTTGCTTCTCTTATACTCCCAATTTTTTCAGCACAAGTGAACCTGAAAATTCAGTTAAATCTATTCCAAACCGTGCCATTTTGATGCATTTCATTTTCACATTCAAGCCAAGATTTCAAGATTAGGATCTGGAGCCAAAGACACCAATGTTTAGGCATGTCTTTTGAAGTGTTACAAATGTTTCATTTTGGTTTTAACTACCCCAAATCTAAACCAACATTTCAAATAAAAAACGTTTAAAGATATCTATTTTGTCAGTTTCTATTTACAAAACTTATTCTGATTAAAGCACTTCACAGATGGTTCTTAAGATGTGTAAAAATCAAGTTTGATTACTAAGTTTTATTGGTTATAATAGCATAGAGTTCATGCAGAAAGAGCCAAACAATTTAATATTGACTGCAGGGAAGCACAAAAGATTTCTAGCTCCATTTCCCTGAGTAGCATTTTTCAAGTTTTAGATACTAAGAACAAGTGATTTTACTGTGAGAAGCAGAGAACACATTCAAATTCCTCTGACATCTTACTTCATAATAGTGTAAACAGATAAAACAACGTCATCCGATTTTACTTTCCATAAGCTACAAAACAATAGCGAATCTGTCCCTCCATTTAGGCCATACATACACACTCTAAAAAAAGTACAACAGAAGAGAGAACAGTTCTCAGTATTCCATTAGAATTATCAACCATTCCTGATGTTATCTTCTCCTAATTGCGTTTGGACTTGGCTGAAAGAATTTAAATTTCACTAGAAAGTCTCGTGCCGCATGCCTTAGCCAACAGCAGGCTGTAAACTCCCACCGATGTTTTCAAATGATCTATATAAACCCGTGTAACGCCATAGAAAGCACAGGAACAACAGCAGAGCAGCAAGGTCCTAAGTCACAGCAAGGGAGGACTTGCTCAAATACAACAGCCATAGGCACAGACATAAAAAGGAGAAGCTACTTACCTTCAGAAATCCCCAGAAACCTCAAGAGATGCTCAAGCCTCTACTGCCAACCCTTAAATGAGGTCTAGGAAGGGGTGGATCCTGGCTCCACCCCTTCTGGTCACTCAGTGTATTGCATGCACCTGAGCTCCCTTGGATTGGCCCTGCCTTTCCACCAGGTGCTCAATCACTGGTTCAAGTCCTGACTTAGCATTTCTCTTACATCAGGCAACCAAGATTCAGCCTAAATCCTCTTCTCTGGACTACAGATTCTGAGCAGAAGCTGTAGATACTGTACTGAAGAAAGTAAAATCCTAATTACTTACAGTATGTAAAAGTAAACTTCAGTCCTAATGTGGTATAGCAGCAATCATGCACTAAAAGGTAATACATTAAAAATGACAATTTAGGATTGTAAGTTCATTTTTGGGCATACTCAGTTGAATTCCATCCTAAAGTTACCTGTTTGACAGCAAAAGCAGCAGGGCAGGAACTGTATTCCACCAAACTCTAGCCAAACCCTTCTCATCTGAAGCATCAGCAAGCCAGATTTTGTAGGCGGGTACACAGATGCACATCAGGAATTTTGTTGTTTTCAGAAGGGTCCTCAGCCACTCCTGCAGTCTTCGAATTTCTTTGAGTTGGATCTCCAAAGCAGGTGACAATGGCTGGTGGCACACAGGGACACAGCTGTGTCCTGGGCCTGCGTTCCCGCCAATCTCGGGGCCCTCACACGCTCACCGAGCCCCTGCAGCCAGGCATGGTGGGCTGCACAAAGGGACGGCAGCCTGGGGGTCATGTACATCCCTGAGAAGGTAGGGTGGTTACTGTCCACTTGTGTGACTTCTTTAAATAACAATTATATGGTTTGATCTCAGGTGAAGGTTCAGGGATGAAGGTGCCTGTGAGGAGCAGGTGTACCTCATGAAGATAGCTTCTCTGCTGTTATTTCTCGCAAACGTACCCGTGTGCTGAAAAAAGGTCTAAGGCTCATCTTTCTCCTCAGTAGTTCCCCAGTACCCAGTGGGAAAAGGACAGTGCTCAGCTTGCTGCTATGTTAAAAGCAGTTCTGGGAGACATAACTCCTCCTGTGAGGACTGGGAAGGTGTGGGGTGTGTGTGAGGCCGCCCACGCAGCCCCTGCTGCTGGCCTGGGCTGCCCTCAGCTGTGAGTGCTTCAGTCTGGCTTAATTGCATTTGACTAGTTGCTGCCTTGTGGGTTAGATCTTTGGATTTCCAACCCAGCACAGGACTTGTGGAGAAACTATGTTGTTTTGCTGTTAAAGCAAGTTAGAGCCAATCCTACTCGTTTTTGCAGCTCGTGCTGATCAATTCCAAACTGTTTTACAAGCTGTTCTTTGACTGCCAAAGTGACTTCATCTTGCCTAAAACTTCGCATAATATAATCACTTTAATTCCAGCCACATATATTTTGAAGCAATGTTTTCTGCTTTTTTTTGACGTAGATTTTAGTTGTCTTTTTTCTCTCTTTTTCTTTGCTTTTATTATGCTGAAAACCAGACAATGGTCGCAATGTCAAAGGTAAAGTATCCGTCTAGACTATACCTTCCAGTGTCTCAGCAGCCACACTTTTTGGCATGTTACTTTGCCTGCTGAATGAAATGTTCAAAAGCAACATTCTCATGCTGGCCCCTCTAGAGTCAGGGCCATTACTGAAATTGTACATGTTAAACATGTAATTATTCTCTTAACTATTATCTCAAAGCACTAACTACCAATCCCTGGAAAAAGTGAAGGCATAGTTAAACGGTTATTGAGGTTAAGTATCTGCTAATTCAAACATAAAGGAAGGGTCGTAGTTCAGGTCGTTTAACTCATTACTGCTGTCTGAGCAGGCAAAACTTCTGTTGAAGCAACAAGGAGTTTTACCTGTGAATAGATGTAAAATCAGGCTGGGCCACTAATTAACTATCTATTGTACTAAGGTGGCTACTTGTCAGTTAACTATCTCAAAAGTAAAAGAATTGTTAATTAGGAGTCCTATGGAAATATCTTCACTTATTCCTATTTTGTCTCCTTAAAACTAGTTTCACGTTCCTGGATGGCAGGGGGTATGGTTTCAAGCTTCCTGTAGAGTTAAAGTGTACATGCATGCACTTCATTGCCAGTTACATGTTTAAATAATATTTCGTGCAGTTACAAAGCTGTTTCTATTCACCAGCACTGAGCTATGTCTTTTATATGCATTTTGAAAATCATCCATCTCTAAAAAACGATTAAAGTGTTTCAGTTATTTTAGCTGTGTCTGAAAACCAGTTTGTGATTCCATGCATGATGCAAAAAGTGTGCGTACTTGGTAAAGTATTCTCTTTAAACTGCATGCACTGCATGAGCTAGATTCTGTAGAGCGAGTCATGGACTATGAAATCATTGCATTTGCCTCGTGTTACGTTGGTAAAATCTTGGGGGAAAAAAATGCAGTCAGAGTAGTCTAAAACAGCTTTCATAAATGTATTTACTGCTTGTGAAAGATGTTGGCTTGACAGCTCAGAAAGTGAAATCCTTTGTTAATGCATTTTGTAAGCAGGGGCAGTGGAATCCTACCATAAAAATGGGGAGCTCACATTTAACCTTAAAGAATCCCCTTTGTACAGTATGCAGAAGTATATATTATTCTCCCTGCTTATTTAATTCTTTCCTGTTTTGCTGAAAGTGTCAATCAGGATGACAGTGTCATTTGTGATTTGTTATGGCCCTCTTTTTCTCCTTCCTGCTACAAGAATATAGGCAAAGTCCACTAGCTCTCAAGTAACAGCCAGCCCACATTGTACCTAAGGTCTAGTAAGGGGTTTTAATTAATTACCTTTATCAATGATATTTATATAAATAACTTTCACCAATTTTTAATGAAAAAGAAGGTGATTAAGAAAGGTTTTATTGTCATGTGGAATTAATTTAAATCTGGTATCATATGCTAAGGCATGAATGTTACGTAGAGGAGAGAGTAATTCCCTT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Seq C2 exon
GGCCTTTTAATCATATCAAATCAAGTCTGTTGGGATCCACATCGGATTCAAATCTCAACAAGTACAGCACAATCAACAAAATTCCTCAACTCACCCTGAACTTTTCAGATATCAAAAATGAAAAAAAATCTTCATCTCCTCCTTCTTCGGAGAAAGCAATTATTGCACCTAAGGTGAAAGATCGAACGCACAATGTAACAGAGAAGGTTACCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000011082:ENSGALT00000018056:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.701 A=NA C2=0.292
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]