HsaINT1017152 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000184611 | KCNH7
Description
potassium voltage-gated channel subfamily H member 7 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:18863]
Coordinates
chr2:162504443-162512674:-
Coord C1 exon
chr2:162512654-162512674
Coord A exon
chr2:162504658-162512653
Coord C2 exon
chr2:162504443-162504657
Length
7996 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAATG
5' ss Score
8.99
3' ss Seq
AATACTTTCCATTTTTTTAGGGC
3' ss Score
10.48
Exon sequences
Seq C1 exon
ACAATGGTCGCAATGTCAAAG
Seq A exon
GTAATGTACAAACTCAAATTTCACCATCTGATGTTCAACCTGCCCCTTTACTCGGCATGTTAACTTGCCTGCTGTATGCCCTGTTCAGTGCAACATCTTCATGCTGCCCTTAGCTATTTGGGGTGCCTGGTGGAGACATCATGGCTTGATTTTGCTACAGACATTGTTATTTCTCTGCTGTGTTACCAAAATGATCATGAGCTCCTTTTGCCTGCAAGAATTATAAGCCTAGGTTGACAATGAATACTTCCTAAATATTTAAATCACTTGGAAAAACACAAATATCAAGCTAAATATATTCTGATGTGACAGAGGCACAAAAGCCTATTTCAGGAAAACAAAAAATTTGAGTGCAAGATTAAATAAAATAAGCAAAGTGCTACATGACAGCATCACTTCACTTGTTCCTCTTTTGTTTCCTCAAAACTAGTTTCACGTTCCTGGATGGCAGGGGGTATGGTTTTCAGCTTACTGTAGTAGTAAACTATATATGCATGACAGTTGTTTTCTATTTTTCTCTATTATATTTTAATCATTTTAATTTTGTTCTCTATTAATCTGAAATCACTGGCATGACCTACAACTACCATAGGGTTATATTTAACTGGGAATACTCTGGATAAATTTGGATTGGGCTGAAAATTTGGAATTCAATTCTGTTTTCTACTATATCATAGTAGATACAAGGATCACAAAATATGATAACCATATTATTATCATCAAATTGAAAACCATTGGGATTTGGTCTTTCAACATAGGCCATGCATGCTGCTGTGGGTGTGCAAATGGTGATTGTGACTTATTTTGTGCATGTGTGTTGCATGAACACGTCTCCACCAGTAACCGTCATTACTTAGAATTCACTGTTTTGACCACTCTCTCCTGTATGTCACTGGTACACTGACCACTGTGCAATTTTGTATATTGATTTCTCAATTGCTTCCCTAAAATAATTCAGAGCTGGTGATGGTTATGAATTAATAGCGCTAGGGAGCAAAAATGTTTGGTCAGCAACCTAGGGAAATTTGAAAATCAGGGAAATTATGGCAGTATCCCCCCAAACCCACCCCAATTTTATTTTGTAGGCACTTTAAAAGGGTCTATGCAGGTTGACCCCAATAGTGGGATGGGATTTCACCTACATCATTGTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGACCTGTCCACTGTGATTTCTAAAAGGGAGCAAATTAGTGTCAACTGTGTGTGGTGGTTTGCATTGACATAATTCAGAATGTAACCTCAAGAAGCAGGATACAGATAGTTCTTGCCAACTAGCTTTAGGATTTAACAATTAGCAGTAAATTAGTAGGCATTAATTAATTTTCTAGTGATTTTTAAATGTAGTGATAAATGAACCTAATTTTTCTCAACAAATAGAAAATTGGACTTGTTTAACTTTCAAACTACTAGTTCACATATATGTCAAAGTACAGCTATTTTATTTTAGTGTCATAAAACAATTCATTTACTCTCCAACCTTTTTTTCTCAACTCTCTCATTTTTAATAGGAGTAGTCTTTGAACACGGATATTCTTTATTTATTACATAGATTTCAGATTGCTCATCAATTTTACGATCACAATTTAAAGTATATGGTAGAATCATCAAAGTCAGAATTTGGCATTACAAATCTCTAAACCATTGCACAAAGTTTTCACATATTAATACTTAAGAAGTTATATCCCCAAATTGGAGAAAACATTTGCAAACTTAATTAAATTTAATGTAAATTTTCAATCCAAAGTCTTCATTACGTTTTTCAAGCTCTGGTTTTGAAAACTATTAACAATGTTTAAGTGTCTGCCTCTAAGATTTTTCACAAAGCCATTAACATTGCTAATTAGGTACAGGAACCCCCAAGTGTGCATTTTAAATTCTTTTGACTTTGCTTCTATACCAGATCTAAATAAAAAACTAAAAAATGCAGGTTTCTACACTGCTTTGTGTACAAAATGCATAATTATAATTAATTATTTCAATATTCAACCAAAAAACATTTTTTGGTTGAATTTAATTCTAATTATTTAATTCTGAATTAAATAAATAACGTAGGAATGTGTTGGTAATGTCTTCAATATCATCTGATTTATTCATGTCAGGTGAGGTATTGGCTAAATACCTTGCACAGGTGGTACATTTATCTCCAGAGGATGCCATTCTTTAACTTTCTCGGGAAGTCCGTGTTAGTGCCTGTTACACAAAGAGCTAACCTAAATCCTTCTTTCTGATATGTATTCTTTTCCCCTTCATCTGTCTCTACTGGACAGAGATACTAGCTGACTACTGCTAATCATGATGCAATATCACAGTAAAAAGACAGCAAATTGGTACTCTTTTTTCTAAAACTAATTTCCACTTAATCTTCTTTCTTAGGATCTATTTCGTTTCCCTTTAATAAATTTTCTTAGCATTATGATTCCTTAAGCTAACATTTCAAAGTTCTTTGTTAAAAATGTAAACCATTGTGAAAGAGTGGAAAAGTTATTTCAAATAAATTGCACATCCTGCATATACATATGTATGTATTATAATTTTTTAACAACTTCTCTAATATGTGAGAGGGGTACCTAATCCTACCTCCATCACTCATATATTAATTTTTACCTCCAACTTGGTGGCTTTTCTATTTTGCTTTACAAGTCATCAGTAAAAATCTACCTCACTTTCTCTACTTCGTAAATAAGTCATAATACAATTTTGCCCCTTTAATGCTCCCACCTCCTTGCTATCTCAAGTAACCCTGCTTCCCTCTGACATTGGTGTGTTCCATTTCCAATTAGTCTATGAATCTGTCATATGACTCTGAAGTAAAACTACTTTCAAGGTTTGTTACAGCTTTTATCTCCTCTCTAGCCTATATGACTCATAAATGAAATAAATGAATCTAATACAACTTGTTTCTCATAGGCTGCCTTGGCCATTACCCAGTATCTTGTCATCTGATAAGGATTTGCAAATTGATTTTCAATGATAACAGTTTACTCCTGCAAATAATATGTCATGCACTGAAACAGATAATATGAAGAAAAATAATTTGATGATTACTTCTTATGCATTTTTCTAAGTGCTAAACTGGTTGCCTTATACTTATTGATAGTGTTCTTTTACAAAGTTTAATTATTAAACACTGCATTTGCATCTTCTTTCATGTTAAGTCACTTGAGGAATTTGGGTTTTATTAAACTTTAGCTAAATAAACTCAGTGCCCTAAGATATATTGTACAAATACCTGATGATTTAAAAACAACCTTTGTCTGTTTGGTTTCCTTCTTTCCTATCACATTTGGCCCTCCAAAATGATTTTTTAAAGTAGCATTATTTTTTTAATCTATCAGATGCCCTTAGCTATATTTCCAGCACCATCTAAAAGAAAAACATATTCTCCTTTAGCATCTCATAACTCATGATAAATTTAAATAGCCTCATCGTATAAATTTTAAATATCTTTAAAATTCTTCCCAGTTGTTGCTTTAGCCTCTAGCTTCATGTCTAAATGTAGGTATTTCTTTGTAGTTGGAAATTGGCCTACTTTATGTTTAATCAGACCCTTGAAATATATTAAAGCACTCTCCAGCTGTTGGTTTAGTCTACTTGGTTACCTGTTTTCCACCTTCTCCTAATATATTGAAAAATGTAACCTGGTCATCCATCTTGCAAATGCTTCTCTGAAGAACATCAAGTCCACCTCTATGCTTCTGCGTTTTACATGACTTTCTACTGAATCTCTTATTTCCCTCTATTTCTGCCCATTCATTTCCTTTAAATTTATTTACTTTGTTTTTCAGGTTATTCTCCTTTCTTTCATTAGAATCCTAAATCCCATCTGTTCATGATCACTCTCAGTGAGGCTGCCTTTCACCTTTAAATCCTCAACCAAGGCCTCTCTGAATATAGACTTAGGAGGTAGGAAACCCTGCATTCTGGTCCTTTATTCTTATTCTTTTCTGGCCTCATATTCTGTCCACTTAGGTTTACAATCGGTGAAATAAGGATATTGTTAATACCTACCTTAGTTAAAATGTTGAAATTTTTTTCATTTGCATTTAGATGGGCTTAGAGGAATCTAAGCCAACACTGATCATCTTGAAGACTCTAGAAGTCTTCTGCATTTAAACATCTGCTTTAAAATCCGTAGAAAGAAGCATAATTATCTTTTTTATACAGCATGAAATAAATTTTAAATGCCTTATCTAAGTAGCTTGCACAAGTTATTTTAAGTAATATTTTAAGTTTTGCTGAATTAATTAAAATATAGATTAAAAGAAAATGTGGATTAACTATTTAAGACTAAGAGCCAAAAAAAAAAACCCAGAATAGAATAAGAGTTTAGAAGGTTTTTCTACCTGCAAATAAGAGAAGCTAAAATAGTGAATGCAATGAAGTTGCAAATTCTGAGGCCAAATTTGAGTATGACATTTTATCAACCAGTTTCTCAATCATATCAGATCCAATGTCTCCTTGTCTCATATTTTGTTATACTCATTTTCCTATCCTGAAATGGAACTCAGAGATAATTTAACCTATTTCTAAAATATCAACATGATTCCCTAACTGTAATATACAGGAGAAATAAAAGAAAAACAGTTTACAATAAAATATTTATTTCAATATGTTAGTGTTCAAATATAACTTCACTAGAAAACATAACACAATAATCAGACATATGAAGAAAACTTGGTTTTAAAAGCGTTAAGTACATGAGAAAGTATTCCATACAGGTACCAGATAAAATGGTACAGCAGGAGTATAAGTGGGCAGCATAATCAAAACTACCATTGAAGTCAAGAATTATATCAGACTTATTTATACATGAATTTTAAAAATGGGAAGTAACTAAAATTTAATTATGATTAATATACCAATATAAACTGAAGAGAAAATAAGGAAGTATGGTATTCTTATAAATGAGCTAGTTCTTGCTTTTAATAGTAGTGTCAAAATGATACCTTCTGTGATATAATGCAATAGTAGTGAATTGCA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Seq C2 exon
GGCCTTTTAATCATATCAAGTCAAGCCTCCTGGGATCCACATCAGATTCAAACCTCAACAAATACAGCACCATTAACAAGATTCCACAGCTCACTCTGAATTTTTCAGAGGTCAAAACTGAGAAAAAGAATTCATCACCTCCTTCTTCAGATAAAACCATTATTGCACCCAAGGTTAAAGATCGAACACACAATGTGACTGAGAAAGTGACCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000184611:ENST00000332142:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.431
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains