RnoINT0077794 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000007528 | Kcnh7
Description
potassium voltage-gated channel subfamily H member 7 [Source:RGD Symbol;Acc:621112]
Coordinates
chr3:48801236-48810144:-
Coord C1 exon
chr3:48810124-48810144
Coord A exon
chr3:48801451-48810123
Coord C2 exon
chr3:48801236-48801450
Length
8673 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAATG
5' ss Score
8.99
3' ss Seq
ATACTTTCCCATATTTCTAGGAC
3' ss Score
9.29
Exon sequences
Seq C1 exon
ACAATGGTCGAAATGTCAAAG
Seq A exon
GTAATGTATAAAATCAAATTTCACCCTCTGGTGCTTAAAGTGCCCTCTACTTGGCATGTTAAGTTGCCTGCTGTATGCCCTGTTGATGCCACATCTCCATGCTGCCCTCAGCTACTCCAGGTGCCTGGTGGAGACATCATGGCTTGGTTTTGCTGGAGACATGATTACTTTCTCTGCTGTGCCATCAATGTGATGATGAACACCTTTTTTTATCCTGAGAAACAAGAATGTAATGATTGACAGTTGAACACTTCACAAATATATGGAAAGAAACGAGTATCGAGATAAATATATCCTAATGTAAAAGAATCACATGATCTGTTTCAGGGAATTTGTTTTCTCTTGAGTACAGGATTAAATAAAATGATCAGAGAGCTCTATAACAGAATCACTTCACTTGTTCCTCTTTTGTTTCCTTAAAACTAGTTTCACGTTCCTGGATGGCAGGGGGTATGGTTTTAAGCTTACTGTAGTAGTATACTGTGCTTGCATGACGGTCATTCTCTATTTTTCCTCTATTGTATTTCAACCACATTAAATTGTACTCTATAGGGGTTGGGGATTTAGCTCAGCGGTAGAGCACTTGCCTGGCAAGCGCAAGGCCCTGGGTTCGGTCCCCAGCTCTGAAAAAAAAAATAAATAAATAAAATAAATTGTACTCTATATAACTCTAACCGCTGGCATGGTTTACAGCAACCACAGGGTAATATTTAACTGGGAGATATTCTGGATAAATTTGGATTTGGCTAAATTAAGTCTAGTTCTATTTTGGCTACTAAAGTGGATGCAAGGATCAAAACGTTTGGCTTGACTTTTGGCCATGCATGCTGCTGTGGGTGTCTAAATGGTGACAGTGATCCATCTTCTGCATGCCTGTTGCATGATCATGTCTCCACCAGTCACCATTATTACTCGGGAACTTACTGTCTTGACCTCTCTCATGTCACTAGTAATCAGACCACTGTGTGGCTTTGTGTATTGACTTCTTAATTGCTTTCCTAATTAATTTGAAACTGCCACTTGCTGATGAATGAGTAGGAGTAGAGACTGTAGATGATATGTGATCAGAATCCCAGTATAATTTGGAAATAAATGAGATTGTGAGATCTTTTTTCCTCTCCTTGTCTATCATTTTGTAAACATTTCCAGAAAGGTCTGTGCAGGAGATCTCTAATAGTGCAGTGGGATTTTATCTACATGGTTATTCTGCCTTGGTCTGTCCATTGTGACTTTTGAAAGGGAGGAACTGATACCACATAGGTGGTCATTTTAGTTGACAATTCAGAATGAATCCTCAAAAAGAACATAAAGTCTTGCTGCCTGTGTGTTCCCTGGAAATACTTATGCATAATATTAGTAAACAAGTAGATATTGATTTTTCAGTGACACTTTAAAAAAACTAAAGTGAGAAGTGAATCTAGTTTGATTCAGGAAAGACATTACACCCTGGGTCGTCTATCGAGTAATAATCAGCAATAATTCAATAATATCAGTTAAATTATCATGCTATTAGAGGCAGTGTTCTAATTGGGACAGTGCTCTTTATCGGTAATTTAGGTGGCAATATTAATTTGAAAAACAAATAAAATATTGTTTGCGTGAGATGCATTTATTCATTTTTATGTTAGTCATCTTGGAGTGTCTCTCCTTCCAATCGGTTGCACACAGCCAACTTAGTGGAAATAAGTGCAAAGAAAAGGTCACCGTAGGAGGAAATCCCAATTAAACCTGAAAATTCTGATACTGCACATCTGTTACATTTCTTAACAATGCTTTATAATGAATGGTACAGAAAGCCAATAAAAATCAAGTATGACAAAGCTTTGGGATTATACCAATCAAAGAATAAATAATACCAAGTGGTTCAGTTTTGGGTCAATCTAGCACAGAAAAAAAGTCATTGTAGACTATCTTTGTAACCTGTGTCCTTAGGAGTTTTCAAATCTCATGGTACTTGGAGATAAAATGTCTTCCCACTGTCAGAGAAAAAATACCTTCAAGGTGCACAAAATTGCTGAATGATAGTAAATCAGACGTTTACCTGAGTACCGCGTTCTCTTCACCCACTTGTGGTCCTCGTCTTAAGCCTTGGGGTGCAATAAAGTATTGTCTGAAGAGCGCGGAAGATTCTTTTCTCATTTGACATCGGAAACAGTCAAGAGTGACGTGCGGATCTTGTTAATGGCTGCTGTATTTGTTGAGTTTAGAATCTGATGTGGACCGCAAACAGGCTACTTGATATCGATTGAAAGTCCTAGAAATAGGGAGAAGATCTGTCAAAAATATATCAGGGAAAATATTTATAAAAAAAACAAAAAGAAAATAAAAAAGATGTCTCGAAGCCTCACAATGATCCATGGACTGGTCGTATTCGTGACAAAGCAGTCAGTTTTTTTAAATGTGTAACAGCTTCTGCCACATAGAAGGACAAGGCTGAGAACCAGAGGGAAAGCTTTTTGGTACTGAAGTGTAAGTGTCACTTCGCTGCGGATGCTGCTTAATAAAACTAAAGAGAAAATAAAACCAGAGCAAAACAAAAATCAACAAATAAAAACCAATGTATAGCCCCCTGCTATGATGGATTCTAACCTTAAGGCTCTTCCCATGAGTTTGTTTCCCATCCTGGGGGTTACTTCAGGAAGCAATGGCCAGGTTAAATCATGTTGGTAATGAAACAATGAATGTTAATTTATACAGTCCCTGGTTGAGTTAACATCGCTCCGTCATGTCACTGAGAAGTGACAAGCGCAGTTTCTTTCATCCAGTCTGTCACTGTGTCCTGTGAAATGATCCCATCTGGACTTTCCACGAGAATTTACTTAGAGAGTGAAGATGACAATATGGCACATGTGAATACCTGCTCTAAATCCTGTAAAATCTTAGAATTCTTTCTGGGATCTTTAAAATCTTTATTTTAGTTAATTTTTTTAAATAGAAAAATCCTATAACTACGAATACAACTAGCCACACAAGAAGTTGCTATGGCAAGCACAACTTAAAGTAGGCACAGTCATAGTTAATAAACAGAGCATGTCTGAGTTAGGAAAGCATCCCGATCACTGATCATCATTACTGTTCTTACCAAAGACCCCATCGGAAAAGACAAGCCCCCTGGTACTGTCATAGATGAGGAGAGTCCTAACCAATGCCATCATTTCTTCAGGCCACGCTCTATGGTTGCCTAATTGGTGTGTCGAGATGGGTCTGGAGTTCCTTATGTGCGGATGTGCTTACTCTATGTAATCAATCTAAAACTTAGCTCATGAAGACTATGTTTAAGATATCAAAGACCCGTGTGGGCACAGTATGGTTTTGGTTGAGAGAGCAGAGGTGAGGGAAAACTCTCATTTTAGTTACTTCTGCCTGTTTATTATCTGAAACTTGCTCTACCATCACCATCCTCTGGTGTTCTCCAGTAATGCTCCAGAGTAATGTCTGAACATTAATCTCAGAGCTATCAACGGGCTAAAACCAAGGTGTCCTTCACGGCTTCCCCTTCCTGCAGGAAAGACATTTCTTGGTGCCCACACAATTATGCCCAGACTGAACGTCCTATTCAGCCTGTTATCTTCAATGGGTCCATAAAATTAAAATGACTCAGTAAAGTTGTGGTTACAGAAAAGGGAAGGAGAATATTACATCTTTATAGTATCAATCTTAAAAATAAATATTTATAATGAAAAAATATGGACTGACAGCATGCCTGAGTTGTAGCATTTAGGAGGCAAAGGGTGGGTAGATCTTATGAGTTGGGGCCAGTCTGATCTATACAATAAATCAGGCCAGAAGGGTAACATTGAGACATTTCTCAATGAGAAAACAACCTGACTCTTACATTGTATTAGTCAAAATAACGCAACTCACCAGCCAACATAATGCTAAGAACAATACCCACACATTTCGATCACCATTATATACTTAAATAGAAACATACAGGTTTATTATGAAGTTTATACCATTCTCAACAGTAATAATCTATTTGAGGTAATTAAAAGTTTTACGTAATGAACTGCCTGTCTTAAGGTGCTTTCCGGCCTGCTGAACTTCCCCCCAATGATGAGACCTAGCCCTTTAACAAATAATAAATGTTTGGCATGCATTACTTATCCATAAGGATATACCTTAATCTATAAACGACGATTGAAATAGGATCTAGAGAGGGCATCAAACTATTCAAATGCTTCTACCCGTAATGCATTTTTCATATGCCCTTTGAAGTTTCTACCTTCTGTCCTTAGTACTTTTAATGAATTGTTTCTCAGATCGGCATTTCCCTGTTTTGTGTAATAGTATTTTTTGCTACCTATTCAGGCAATTGTTAAAATCTTGACAATGCATTAGGATTCAGCTCCATCTAGACATTGTCTTCTTCCTAACTGGTATTTTCTTTCCTTGGGTAATTAATCTGTACTTAGGGGTATGAAAATTCATAAAGTGATGTACCCAATACAATTATTGAGATCATCCAACAGTGGCAAATTATACTGGGATTCTGATCACATATCATCTACAGTCTCTACTCCTACTCATTCATCAGCAAGTGGCAGTTTCAAATTAATTAGGAAAGCAATTAAGAAGTCAATACACAAAGCCACACAGTGGTCTGATTACTAGTGACATGAGAGAGGTCAAGACAGTAAGTTCCCCGAGGAATAATGGTGACTGGTGGAGACATGATCATGCAACAGGCATGCAGAAGATGGATCACTGTCACCATTTAGACACCCACAGGCAGCATGCATGGCCAAAAGTCAAGCCAAACGTTTTGATCCTTGCATCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTTGGAAATAAATGAGATTGTGAGATCTTTTTTCCTCTCCTTGTCTATCATTTTGTAAACATTTCCAGAAAGGTCTGTGCAGGAGATCTCTAATAGTGCAGTGGGATTTTATCTACATGGTTATTCTGCCTTGGTCTGTCCATTGTGACTTTTGAAAGGGAGGAACTGATACCACATAGGTGGTCATTTTAGT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Seq C2 exon
GACCTTTCAATCATATCAAGTCAAGCCTGTTGGGATCCACATCAGATTCAAACCTCAACAAATACAGCACCATTAACAAGATCCCGCAACTCACTCTGAACTTTTCAGATGTCAAAACTGAGAAAAAGAATACTTCCCCGCCTTCTTCAGACAAAACTATTATTGCACCCAAGGTTAAAGAGAGGACACACAACGTGACAGAGAAGGTAACTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000007528:ENSRNOT00000009920:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.917 A=NA C2=0.324
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]