HsaINT0084461 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000153822 | KCNJ16
Description
potassium inwardly-rectifying channel, subfamily J, member 16 [Source:HGNC Symbol;Acc:6262]
Coordinates
chr17:68096799-68127116:+
Coord C1 exon
chr17:68096799-68096907
Coord A exon
chr17:68096908-68127019
Coord C2 exon
chr17:68127020-68127116
Length
30112 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGATAAGA
5' ss Score
2.39
3' ss Seq
TTTTTGTTTGTTTTGCACAGGAG
3' ss Score
8.41
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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ATAATCCCTTCATCCCATCTAGCACAGGTAGACTGTGAAAAACACATATTCTAATAGTTACTAAGCTGTTAAAATTGGCTACAATACTTTTATTTTTGTTTGTTTTGCACAG
Seq C2 exon
GAGTAACTCAAGATGATTTTGATGTTGCAGTTTTAAATTTCACTTTGACTTGAGCTGGGAAATCCTTTGGCCTATTATACCATGGATGCTAAAAATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000153822-KCNJ16:NM_170741:2
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)