Special

HsaINT0084461 @ hg38

Intron Retention

Gene
ENSG00000153822 | KCNJ16
Description
potassium voltage-gated channel subfamily J member 16 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:6262]
Coordinates
chr17:70108301-70130975:+
Coord C1 exon
chr17:70108301-70108381
Coord A exon
chr17:70108382-70130878
Coord C2 exon
chr17:70130879-70130975
Length
22497 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATGT
5' ss Score
9.79
3' ss Seq
TTTTTGTTTGTTTTGCACAGGAG
3' ss Score
8.41
Exon sequences
Seq C1 exon
ACATCCACATTCCACCCTGGGCCTTGCCCGTCTGGTGAGCCCAATCTCTGCTGGTCAGTCACGCAGTTGAGGTCAGGGAAG
Seq A exon
GTATGTTGGGATGGGCTGACATGAGGGGTAATGAGGGTCAAGATGAAAGTTAAGGCTAGGGACATTCTTTTGTGTGTGCATAGTTTAAAAGACAAATCAGTCATTTTGCATGTTGATATCTATAAATGACCACATCAACATATCTGCTTTAAAGTGGCCGTGTCCCAGTGGCTTCTTCTACCACTGTCACTTTTGAAGGAGGGTCCTGTTCCACTCCTTCATCACTATAGTGACCTCTATTAAACAAAAGAGGTACCAGGAATCAAACATTACATTTCAGATGTGAAATATCTCCCAATAAACCAGCATTCACTACTTCCACTGGGAATTCTCTGTGGCTAGAAAACTATTTTTGTTGAATCTTTGCCTTGATTTTCTGGGAAAGATATATTTTTAACCCCATTCACCTTCCTCCCTCCCTTTCTCCTTGCCCGTTTTTGCTAGCCCTCTGAGCTTGACATTGATAACTGTTTAGTATAATCAGTTGCCTAAATTTCCCTGCTTGTGAGTTTCTCCAATCCCTAGAGCTGAGGGCATTTGATTCCACACGCACGTCCTTCTGCTCTGGGCCGTGGGATGGGTCATTCCTAGAACTCCTAAGTGAGTGGCTCTAAAACTCATCTCAGGTGACTTAGCGAGCATTTCTTGCAGTGAGTTCTGCTCTGAACCTGTGCTCCAGTCCTAGTGACTGAGTGTTGTCTTTTCCTGAGTTCAGGTCCAAATAGCCACCATCACTCTGATTCCATGTCCAACAGTTCCTTTTATTATTAAGGCTTAAAACTTTAGTAATAAAATGAGATAAATTTCTCATGGCTTTTTTTCCCCAACATGTATTATCCTGTGACCCTGAATAAATATCCCAAACTAGTTAAGATTCAATTCTTTATCTTTAAAAAGGGGATAATATTGATCCCTTGTTCTCAGGGTAACTGGGAGAATTAAACATATTTCATGGGCATAAAATGCCTGGCATGTAAGAAGTGTTTCTCTCTGGCTGATAATTGTTATCTGATTATCCTCTCTCAGTTTGGAGGTCCTAAACCCCAGCTCCATATCTGGATCTGTTACTTTTTTTTGCCATACCTATTTGATGCAGACTTCTTAGCTACATAAATATCTACATACTGCCTATTATCCCTTTTCCTAACTTCCCCAACACTGGGTTTTCCCCTCTTTCTCTTCCCCCTGTTCTCTCACTGGGGGCCTGTTAAGCTGATTAAATAAGCCCTGCCCCTCTTTACTCCCTGTTCCAGCAGCTCAACTGAATTTCCGTCCTTTCACAGTCATAGCTGGATGCGTCCCAAGAACAGAAAATGCCACACTCCAGTGGGCAATCCTAAACTCTTGGCTTTCGACCTTAGAAGTCTGGCCACTACATTGCCTTTGAATCCACATGTGTCAGATCTAATAATACTTAGTTGAAGATTTACTATCTTCTCCCTAAATAACTGCTCCCTGCCACTGGGATGATCCTCTCAGCTCCCAGCCCCACAATCTGCTAGCATGGAGCTGTGAAAGCTGTATTCCATCAGCAAGGATCTCCCAAGGCTAAAAGACCCAGAAACCTGGCCATCTGCACCTACAATGTCAGGAGATATACCCTCTTCAAAGGGGAAGGCACTGCTTCTACTTAAACAGTTCTCCATTGTGATGACAATACATACTTTAATCCTGTAAAGTTTCTCCAGACACGAAGATGGAAATGTGCTTTTCTGCTTCCCAGTCTCAGGCATTCTTTTATCTCTAATTTGACATGACAAACAGACTCTCCATCGTCACCTGTTATGGTGTGAATGTCTCTTCATTTCATTAATGCAGGGCTGCCACTGACATAAAGGGTTTTTTTGTTTTGGGTCACTCTTCTGTACCCCTATCCTTCCCATATCTAATAATCACCATTATTATATTAAAAGGCAAATGTTCTGATCACAGCTTGATAGTGTCCTTGAAGTGAACAGGACGATTTTCTGTCTACCCAGTGAAAACAGCCTTTGGTCCTTCACAGTGATTTCACAGACAACCTAGAGCCTACGAGGAGACTGGAATGTTGATCTCTCTCAGGTCAGGAACCAGACTTACACACCTACACACTTCGTGCGCGCACACACACACACACACACAAACTCATTTCCGGCATCCAGTCTTTATGATGAGAGCTAGTTCTTCAGTAAGAGTCCAGCTTCTGGCTGCAGAAGGAATTAATGCCAAGATAATCCTGTGTACTTTGGATCCACGCAGTAGGAAGCTTCATGCTTGCTGCTTTCCTCAGGATGCCCTGTGACATCACCCACACTGGATTGTTTTTCCTTTTGTGTTAAAACACTTTGGCTTCATTCCAAAGGGTGTCTGAAGACAACAAGCCTTCCCTCCAGTCTACCCACTGGCCACGTAATCCCACAACTGGAAACATTCTTCTGCATGAAAAGGCATCACTCAATTAGCTCTCACTCAGAGCACCCCTCCCATGTCTCAGCTTCCTTTGACCTCTTTCCTTGCCGATGTTTTAGATTCTTAATGGTTTGGTCTGGTGGAGGTCTGCTACAGTCACTTGATACTTGTACTTGTGTCCCCCAGTGTGTATATCAAGGGCTGATATTATAAGGAGAGTGAGTAGATGCATCTCAGGAAAAATTAAAAATCACTTCAGATGCTGAAATAGTTCACTACAACCCTGGTGTCTGGAGTTGCAGGGAATAGGATATAATCTCCTCAATTCTAGAAAACATGGTTCAAGCTGTATACAAAAGATATACACATCTGAGGGTATGAGTGTGACATTAACCATTATGCACCACTCACACCAGTTACAGAGATCTGGGTTGCAATGCTAGTTTTTTTGCTTAGCTTGTTAATTTGCAAAACACAAAAGATATAATTTGCAAAACACAAAAGATATAATACAACCTGCTTTTCAAGATGGCTATTAGGATTATGGGAGAGTGACACAGCACTGAGCCCCAAAAAGAGGAGATGGAGCTGGGCTAAGGGGAACGTGTCACTAAAAGCAGAAGTGGGGAGCACACAGAAAAACCTTGATTAGCATCATAGATTGTCTGCGGGCTGGACCTTCAAAGTTGTACCACGCTGAATACTTGGTTGCACTATTAGACTTCCTGGCCATTACTGCTTGGATAGCTGAGATTTTGATTAGTGCTGTTCTATTAAACTGGTAGTAAAATATCTTTGGGGAAAGGAATGGGGTACATATGCTCGCAGACAGGCAAGGTCACTGATATGGTTTGGCTGTGTCCCCACCCAAATCTCATCTTCAGTTGTAGCTCCCATAATTCCCATGTGTGTGGGAGGGACCAGATGGGAGATAATTGAATCATGGGGTAGTTTCCCCCATACTGTTCCCATGGTAGTAAGTCTCACGAGAGCTGATGGTTTTATAAGGGGAAACCCCTTTTGCTTGGCTCTCATTCTCTCTTGCTGCTGCCAAGTAAGAAGTGCCTTTAGCCTTCCACCATGATTATGAGACCTCCCCAGCCACGTGGAACTGTGAGCCCATTAAACCTCTTTTTCTGTATATAAATTACCCAGTCTCAGGTATGTCTTTATCAGCAGTGTGAAAACTAACTAATACGGTCACCAATCTCAATGTGTTGCTTTCATACAAAGAACATTCTTTGATTCAAATGAGAAGAATATACATCAGAGTGGTCCTGCTCAGGAGAGGAAGTGGAGACCCCCTTTGCTTGATGGCACAGCATAGATGATGTGTTGCCACACTCAGGTGCCCCTGGGACCAAGAACCCGAGAACCAAGTATGAGTCCTGGAGGGCTAGGGGTTGATGGGCAGGGCCTTGCACTCCTTTTGGTTTTCACAAGGTTTTAGCGACATTTGGCCAAATATGAATAACAGGACAAATATTCCTTCAGCCTATTATGTCTTCTCTCGTAAATGTTTCTGGATAAGGGAGCTGGCATGGGCATATTCACAAGTTGTTGACAATCTGTCTTTGAGGACTGGTTTCTAATTTTTTTTTTTTTTAATGAGGGCATCCAGTCTATGTTTCTAGGGGAAAATTACATGAGATTTGGGAGTTCAAATGCCAATGATGTTTATAATTCTCAGCTAAAATGCCAGTATTTCTTTCCCTTGTCTTGAACTCTATGAATGAAAAAAAAAAATAGTGTTGGTTTATAGTATAATCCTTCCAGTTATGTTTTAAAGTTCTGCAGTACTCCCAAACCCATCAGTTGAATGATCTTTTCATAAATATTATCTATCATTTATGTGTACAAAATGGCATTTTGATTAAGTTAAAGCAAAAGGTAATTTTATTACCAGAGAAAATATTCATCTCATCCCTGTCCCCTTCTCTAATCAACCTCAAATAAAACAAGACCATGTGGTCTACAGTTAAAATTGTTATAAATAATATTTAATTAAATCAGTATCTAAAATTATTGATTTTTAAATACATATTGGAAATCTTTCTCCATGTAGCCATACCATACACATTCTTGGCTAAGAAATAATTTTGTTCTGGATGCAGGAAACCTACTTGTTCAATGCAAGCACCACTCAAATTTTCATAGGCAGATTATCTGCCGGATGAATTAGCCCAAGGAATTAAAATTAAAATTCCTAAACTTCCTTCTGCTCAACAACCCAGAATGTTTTCCTTGGTTACATCTTTCTCATCTGATAGCTTGATTTCAAGGGAACAAAAAATCAGTTTTAATGGGGCATTCTTTTCAAAGCAAATAATTTATTCCAAGTCAAATGCAAATTGATTTCTCACTATTTTCCTTTTATGGCTTATCTATGGCACCAACTTCCTTCATTCGCCTAGAAAATCAAGAAGTAACCACCCAAGCCAAATACCAGGGAAGCATCTTTGTTCCTTAAATGCTGGGAAAAGTCTTAACCCTAGTCACCTTTCTTTTGGATCTAGCAGCGTCTTTCTCACTTTGATATTATTCCACCATAGAAGTCTATATTCTCAAAGAGCTGTACTGACAGCAGGGCTGTGGTTTACTTGGCAAGACTG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ATCAGGGTTGGGGTTACTGACCCTTCTAACTTCCCCTCTCTCAGACCTCCTCGTGGGATGAAGTAAATCAGGGAGTCTCTCGCTGCTTTCCTCAGTGTCTGTGGGTATTTAATAAACGTTGATGGAAACGCTTCACCAACCTGAGTGCATTGCCTCTCTTCTCTAGCCTCATCTATAAAAGAACTCTAAGTCATTTCTAAGCCAAGAAACGGCTGTGCTTTTACTACCTTTGTCATTATTATATGTCAGAATAGACCTTACCTGATTCAGCGTTTTCCTTCGAACTTCATATTCTACAGCTTTGTAATGATAGTTGATAGTAATTTTCATTTGCAATAAAAAAATAAAAGTTTAAACCAATGAAATAGCTGCAAGCCTGCTGTATCGGTTCGAACCCCAAGAGCGCGGTAACAAACACCACAAGGCGGTGTGGAGCAACACGCTGTTCTAATGAGCGCCTGGGTACAGACGGGCTGAGGTCTACAATGGCGTCAGCACCAAATGAGTATGCGGCAGGGGTTTATAAAGTCTCCTGTAAACAGGAAGTGTCTCAGTCTGATGTAACTGCTACGCAGTACGCGGACGGCCTCTCTTTCCGTCTTCAGCGGGTACGTGTCTTCCGGGCAGCCCTCTTCCTGCTTCTGCTATCTTGCTGACGCAGGCTGCTGACTCAAGTGGTCTTGAGCCTTGGGACTGGGCCTGAGAAGGGAGGAGTTATTCACCCTCCACCCCGCAGCTTCCAGGCCCAGTGGAAAGTCTTTCAATAGCCACCATCAGTTTCTACGGAGCAACATGTAAAAAATTACAAAAGTAGGAACATTGCAAATGCTTTCTCATGGCGGAATTAATGGCGACAAGAAAATTACGAAAGCATCGAAGCACTTTTAAGGCTGAGTTTTAATCCTAAGAAACACAAATGCTAAATATAAAATTCCAGTCAATCAACAAGTGCTAGCCTCGATTATTTAATGGTAAACAGTTGGGAAAAAGCTCAAATTAACACGAAATACTAAATAAGAGACTAATAAATATTTCATCTAGTTAGTGTGACAAAAAGGCCTCCATAAACTTCTTTGCTCATTGGGTAGGCTGAGAAATGGGTCAGATTGGATATGGTTTATTTGGTTACAATTGATCATTTGGCCTAAAGACAACTGTCTTTTAAAAAATGCGTTATTTATATCGTTGGAGAGTCAAGAAAAGGATGAGTGTATAGACCTAAACAGAATCTGAATGCTTGCCTTTGGCTAAGTTGAAGTTAATGATCACAATAATGAACCACATCAGGAAACATGGTGAGCTTGGGGCCGAATTTTCAGTTGTAACTTGTACCTCTCAAATTGTTACATTATTCAACAATACATTTTCCACACACTCAAATTTGTTCACTTGTAACTTGTATTAATTGAAAATTCATTCACTTTGGAAGGTGTTTTGAAAGAGGCTTGTGTATAGCAGTTGCTGGTACCCCTGGAATTCAAAATGATGCCAACTGAATGCCATTTCAAATAAAACCTTTCATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTTTTGGCAGAAGAAAAGAGCAGAGTCACACAGTAGCTCTCGATTTATGAACAGTGTTTTCTAACTCTCAGACTCCCACCGTGTGTGTAGTTCCCTTGAAGGAACTAGGTTGGACACATTTAACAAGAAAATAATTGTATCTCTATATCTGCTTTTTAATTTGAAATCATATGGACCTTTGATTATACTTCATCCCATTCTCATGCCTCCTATGACCAGTTGAGAGGGTGGACACTGAGAATCCTACAGCAGCTTCTTCTGTTTGTAAAATATTGTTCAATGACAAGTCAGACAGATAGAAACCTCCAAAGCATGGTGGCTATTGTGGACAAAATTTGTGAAAATATTTTACATTGGACCTTCCAGTAAGCATTTTCGCAGCCCTAGGTCACATCTTGAAATTATACAATTGGATCCCCCCAAATTGGGTTGAAGTGCTGACAAACGAGAGGATGTAACAGATCAAAACTGATCTGGATGATGGGTGAGTGAAGTGCAGGCAGATAGAGGACAGAGATAAACCCATACATGCCTTACGGGAGTTTGTGGCTTTAAGTGGAGTCCATCCTTGTAAGTGGTGCATTAAACAAAGAGTTTATTGTAAAGTGGGCCTGATCCCTGGAGGAAAAGAAAATTGATTCTTTTTCACTGGAGGGAAGTTAACTCTTTCTGTCCTTTTGCAGCAGAGAAGGTGCTGAACACATATTTAGTGATGAATTTCCCTGGTTAGTTCCAAGGGGTCTTTATGTCAGGAATAGTATTTATTCATACTGCATTTTCTATGTAATAGAGAGGCAGGATTCCCTAAAGTCCCCCGTTATAATCCCTTCATCCCATCTAGCACAGGTAGACTGTGAAAAACACATATTCTAATAGTTACTAAGCTGTTAAAATTGGCTACAATACTTTTATTTTTGTTTGTTTTGCACAG
Seq C2 exon
GAGTAACTCAAGATGATTTTGATGTTGCAGTTTTAAATTTCACTTTGACTTGAGCTGGGAAATCCTTTGGCCTATTATACCATGGATGCTAAAAATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000153822:ENST00000585558:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

5' UTR

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=NA A=NA C2=0.500
Domain overlap (PFAM):

C1:
NA
A:
NA
C2:
NO


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:
NA


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
Other assemblies
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Autistic and control brains
  • Pre-implantation embryo development