HsaINT0084747 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000162687 | KCNT2
Description
potassium sodium-activated channel subfamily T member 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:18866]
Coordinates
chr1:196468994-196479238:-
Coord C1 exon
chr1:196479179-196479238
Coord A exon
chr1:196469069-196479178
Coord C2 exon
chr1:196468994-196469068
Length
10110 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGT
5' ss Score
11
3' ss Seq
TATTCATTCTTTCTTGGAAGGGA
3' ss Score
5.65
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTTCAGTGGCATTGATAAGTCTGTTTGAAACAATATTACTTGGTTATCTTAGTTATAAG
Seq A exon
GTAAGTTATTTTAATTAGCAGTTTCCCGCTGATAGAACACATCTGTAGTATTTACTCAGTATTCCTCTATTTATAGTTCGCACTGGAAGGTAAGGCTGACTCTTCTTGAGCCACTTTGTTTTGAGCCGCTCCAGTAGCTGATAAAAAGCTGTATGAATACGGTAATGTTTTCCTTGATGACTTACAAATGCTTTGCTAGTTCCTATGGGTTTACTTACCCATTATATGCATGCATATAGTGAGACAAGCAAATGGAATGGTTCAACTTTATTGTATTCAACATTGTTTTTTTCTGATTTGTACACAAAATATTGAGAAAGCAAAAACATGTCTCTTAGGAATTATTTTAATAAATTATCTTATTTTTTGATAAAGCTTTGTTTGGCTAACATGATTTAACAAGTATTTATTGAGCTCCTATTTAATGGAGAGCTCTGTAGTTCACATGATTCTTTTTTCAATGAGTTTACAGTCAAGAAAGGGGAGGTTACAGCAGAGCATCATACAGATAATAATAATACAAGCAGCATATAATGGGTAATTCCAGTGAGGTCTAAGAAAGTACTGTGGGGTTTTATAGAGAGAGCTCATATCATGGAATGAAAAGGAAACAGTAGTACTTGAACCATAGTGATTTCAATAAGGCAAGATGAAAAGACAGCACAATAGAGATTGATAAAATTAGCAAAGGCATAAAGGAAGGACTTTGCATGTAAAATTGGAGGAATAATAAATATATTTGTCTAGAACATGGGGGCATTGTATAGCAGCATATATTTTTAAGTTGATGGAAGATGACTAACACAAGATTCTGTAATTGAAATTCAGTTTTAGGAATATTAGTTCAGAATCTCTATGCAGCTCAGGTCAAATAGACATTATGGTGAAGTTCATGTGCTCAGTTAAGATGTGTTGCAGTATGAAAGGAAAACTGACAGTAAGATTTTGGCTGGATGAAAAGATTTACCAGTTTTAATGAAAGATTAATTATGAAGGTAGAAGCTAAAGAAATCAACTGATGGGTTGAGATAGGCGAAGAGAAGGAAATTCATAGCATTCTAATAGCTTCTAAGTTTGAAGGACTGGAAATACTGCAGTAAGACTAAGAAACAATCGTACCAAGAAAGAAGTCATATTGGGATCCACATAGATTAAATAATGGAATTAGTTTTGGAGGTGATGAATTTCAGGTACTGGTGAACACACAGATAAATAAGGTATGCAATTGAGAATGAGAATCTGGAACTTTTGAGAGGGAGATTTATTAAGACTTGACAGTCATTTTCACTATTAAGACCTGATAGTAAAGGAAGCCATGAGAATCTATCATGCATGGGTTAATCACCAGGGTGGAAACTAAGGCTTATGTTGATGGAGATGCTTAAATTCAGGGTTTTGGAGGAATAATAGAACAATCAGGGAAGACAGAGAAGTTAGAAAAGATAGAAAGTCATTGGAGTGGTTGTCATAATCATTACTAATTTTTGTTAATAGCCTTTTCATCTACTCTATCAAGTGTACTCAAGGTTATGTTTTTGGGGAACTCATATCTAGCACATCAATTTCTTTCTCACTTTTTTTTTGGAGGGGGAGGGGAAAGGGTCTCACACTGTCACCCAGGCTGGAGAGCAGTAGCATGATTATGGCTCACTGCAGCTTCAACTCCGCCTGGGTTCAAGCAATTCTCCCTACTCTCTTGACTAGCTGAGACTATACGTGCACACTGCCACCTGGCTAATTTTTTTTGTATTTTTTTGTAGAGACAGGATTTTGCCATGTTGCCCAGGCTGATCTCAAACTCCTTGGGTCAGGTGATCCTCCAACCTCAGCCTCCCAAAGGGCTTGGGTTACAGGCATGAGCCACTGCATCTGTCCCTCTCTCACTTTTTAAAACAAGAGTTTTGAAGATAACATTCTTCAGACTATTATTTAGTTCTAAATTTAGAGCAAGAAGTTTTTACAAACTCACCCTTTTTTCAGGCTCACTTTTTTTTTCTTTTTTAATTCTCATTATTGCCATCTTAAAAAAAACACTAATTTCTAAGAATGTCAGATTGATGAATAAGAAAGTATAGAAAGAAAAGAATGACAGCTTTAAAAAATATAGGTGGATTGATTAAAATTTATGAGAAGACATAGGATGTTAGAAATATCTGAGGAACAAAAAGTATCATATAAAAGCACATTTGCTATGTCAAGTATAAGAAACTTGAGAAAAGGCTATTGAGTTTACAAATTAGGAGGTCATTTGCTATTTGCCTACAATAGGTCAGTTATAATGGAATACAATTGAGTGTCAAAATTGTTAAATGGAGAATGTTGTTTGACTGGGGCAGGTGCTTACTCAAAGCAGTAGGATGAAGCAAGGATGACTGCTTCATGATAAAAAAAAATCTTCATTGTTTAAAAAAGAGAGAAAGTACAAGGCAGGAGTGAAATATTATAGGAAAGTTTATAATAAGTAAGAAGTAAGTAAGCTGGAATAGAAACCTGAGGTTTAATGATTAGTTTTGGAAAGTCTCCATTGTCTTTTGGGAGTGCAGAAGGTGGAAAGTCGTGGATCAATAAGTAAATTAGAGCTAGAGAAGAGAAATGAAAGAGCTTTCACATGGGAGCCACACATCCCTAAATTACCTAGAAAGTACTAAATCAATAATAAGCAATATAGATGAAGATAATGAAGAAGGGTCTTTTAAGGGTGTATTAGTATATCTCCTTGTCAAAATAGGTGCACTATAAATATGTCCTGATTGACAAATCTGGATATTGGGTAACTAGAAAAATAAAACAAAATAAAAAATCAAATAAATTAATATCCCAGTTCTTATCTTTAATGTTCATTAATATACATGCATACATATATATGATAAATGTTGAATGTAATATATAAATAATGGTATGCTTAAAATTTAGGCATGTGTGTTTTGGGGTAAATTAATCCTATCCCTTCCACTAGCACAGGAATATATACAAAACTGTAACATGGCCAAAATATTAATCTGCATTTGAAGATGTATTTGCTCCAACTTCTGGCTAAAATGTAATATGAAATTAAGATTGGTGTTTTGCTAATAGAACTCTTAGCACTAATTTTAAAAGCCATTTAAAAACACATATTGATTCAAGATAATTTTTATTGCAATCATATGATGATGACATTTATAATCAATTATTGCTTATAATTTATAAAATTAGAGCAGAAAATTGTAAGACCTAGCATGCAGAGCTAGATGATATATAATATTTCCATTTCAACCCTCATAAACATTAATGGCTTCGATGGAGGAAATGTAGACAGCAGTTAAGTCCAGTGTGTTACAGAGAAAACAGATAGGATAAATAGGAGTTATGTGACAGTAGAAGGATAGGTTGCTGTTAATTATCTTCTTTTTCCTCTCATCAATATAGTCCAATCTGTGAATCTCTTTGGTCCCTTCAACAGAGTGTTTGATAATTTTTTTAGAATGGGTAAATCAAGTAATTGGTAGTCATTTATGGTCTCTAAATAAAGCATGTTTGGTAGCAGAATTTAAAACATACTCCTTCCTTCAAGTTAGATTTTTTTTTTTTGAGACAAGGTTCTCACTCTGTTGCTCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGTGATTGTCTCTACCTCCTAGGAGGTATAGATCCGCTCGCCTCACCCTCCTAAGTGGCTTGGGACTGCAGGTGTGCACCACCACACCCGGCTAATATTTGTATCTTTTTTTAAGAGATGGGGTTTTGCTATGTTGCTTAGGCTGGTTTGGAACTCCTTGGCTCAAGTGATCTGCCTGCCTCCTCAGCCTCCCGAAGTGCTGGGATTATAGGCATGAGCCACCATGCCTGGCTAAGTTAGATTTTTTAAAGAAAAGTAATATACAGACACACAGAAATGGATATTGTATTGCACCAGCAATTGTTTCCACTGCTGATATTATTCTTTGATACTTATAATTCTGAAATAGTAATATTAATAGCAAATCCATATATAACTTTCTTGTATTTGTTTACATATGTATATTTATGGATAGATATGTATGCTTATATGTGTATACATTAAATATTTAAAAATACATTTAATACAGCATTATGCAAGCACTTTATAATTCTTGAAATTAGACATTCTAAAATAAGCATAACTAAATCATTAGCTACTAAAATAGTTTAAACTTTCATTGAGACTGTAGGTTTTGAAAACCAGACCAACTTAAAGCGAAATTACCTAGAACTATTAAAGTACATGTTGAGTTTAGCAGATAATGAATTAGCATCCATGACATGAACTTATTTTGTCTTCTGTCATACAGAAGTGCAGGTCTGTGCTTAAATCATCATTCCATTCATGTTTATAGCTAGTTGGCAAAACAAACATGGTAATCACCCAACACTAAAGTTCTTATTCTTTTGTCATCATAAATACCCTCTAATTCTTTATCAACTGCTTTCAAAATAAAGTTCTATTTATGCACACACATTCGTTAAATCAAAAGGAAACAAAAACAAACTCTGGCACAATTTCCAAACCTCCACACACAAAAATTCATCATACCTAGAACCCTTTTGTTAAATGTGCAATTCTTTTTTTCCATAATCACATTACAAAAAGCAACAATTTTGAAAGTTTAACACCACACTGGTTTATTTCTGGAAAAGAACAAAGAATTTAGTCCAGGACTCCTGAATACCAGATACTGTTGATTCTGCTTATCTTGTTCTGAAAATGGTAAATCTAAATATTGTTGGGTTTATATGTAGAAATACAAAGACTGCCATAGCGTTACGACACTATTTTAAATTCATCCAAAGAAGACAAATTACCAAACCTTTTATTAAATATTTTAAAATACAGGTATTCTTAACATTTAAGAACAAAAAGTATTTACAAAATGTTCCTTGGCTGAATTGGGGCTTGCAACAAATGAACTGCTATAACTAATATAATTTTTAAAGTGCTCTTTAGGGTTGCACAGATAGTAGTTCCAAGGTTCCATGTTTCTTTATGA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Seq C2 exon
GGAAACATCTGGGAACAGATTTTACGAATACCCTTCATCTTGGAAATAATTAATGCAGTTCCCTTCATTATCTCA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000162687:ENST00000294725:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
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Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
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F:
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R:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development