RnoINT0078092 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000013312 | Kcnt2
Description
potassium sodium-activated channel subfamily T member 2 [Source:RGD Symbol;Acc:735074]
Coordinates
chr13:57243860-57256320:+
Coord C1 exon
chr13:57243860-57243919
Coord A exon
chr13:57243920-57256245
Coord C2 exon
chr13:57256246-57256320
Length
12326 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGA
5' ss Score
10.57
3' ss Seq
TATTCAACCTTTATTTATAGGGG
3' ss Score
6.66
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCTCGGTGGCATTGATAAGTCTATTTGAAACAATACTCCTTGGATATCTCAGTTATAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GGGAATATCTGGGAGCAGATTTTACGAGTTCCATTCATCTTGGAAATAATCAATGCAGTTCCCTTCATCATCTCA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000013312:ENSRNOT00000017884:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]