HsaINT0085675 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000170871 | KIAA0232
Description
KIAA0232 [Source:HGNC Symbol;Acc:28992]
Coordinates
chr4:6806250-6826411:+
Coord C1 exon
chr4:6806250-6806333
Coord A exon
chr4:6806334-6825911
Coord C2 exon
chr4:6825912-6826411
Length
19578 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCAGTAAGT
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3' ss Seq
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000170871-KIAA0232:NM_014743:2
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.013
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF153761=DUF4603=PU(4.2=70.1),PF144001=Transglut_i_TM=PU(13.0=15.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)