DreINT0179408 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000052244 | zgc:158564
Description
zgc:158564 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070112-1662]
Coordinates
chr7:39393038-39398050:+
Coord C1 exon
chr7:39393038-39393290
Coord A exon
chr7:39393291-39397502
Coord C2 exon
chr7:39397503-39398050
Length
4212 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGA
5' ss Score
10.77
3' ss Seq
TTTTTTTCTCTCTCCCTCAGGTT
3' ss Score
13.92
Exon sequences
Seq C1 exon
TTAAAGTCCTTCTCTGTCAGCCATGTTGGCTCAACCCGACCTGTCATATGATGTTTGGCGACATATGATGCAAGCCGGTCTTGATCCAAAATGTCGTCAGTTCAGGACGTAATCGTAACGCACTCTCTGCCCCGCGCCTGATATCTGTGACGCGATTGCGGCGGACCTTCAGAGCTCGAGCTCGGAACGGCAGCGGGAGAGAAGTCATCGCTTCTCCTGCTGCTATTTAGCACACTGCGTAGGGTCACAGCAG
Seq A exon
GTAAGATTATTTCACCATGTTACGTTGCGTTTCGACATGTTGCGTCTCATTTATATTAGTAATAGTCTGCAGGCCCGACTTGGAATGAATGTTGATGTTTTAGGCCATCTTGTCAAGTATTACAAACGCCTGTAGCCAGGCAAATGAGCCGCGCCTCCTCCCCGGTTTAGCAACAACGGTGCACTAGCCTAGCTTAAAGCTAACGTTACCGCGTACTACTTGGAACTAGAACCTCTGTTTTTTCAATTCCAGATGTATTTTCATACCTATGTGAATACACTGTGTGTGCGTTTAGACCGTTTATGAGTTTCCCTGTGCAGCATAAACATTTACGTCGCTTCTAGTTTTCGAGGAAGTGATTAACCGGGACTAGCGTTTCACTCTCTGGCGTAAAATGGTGTCCGAGTTCGCAAGCCAACGACACTGTGTGAGCGGTCATCTGTTTACATCTCATCTGCGCCAGGAAAACCATTTAAACGACAGTAACTTAGATTTTGCCCGACGGTTAAAGCCAAATCACGGGTTTCATAACACAAAAAGGAAGCTTGTGCATTCTGAGGAAATCTCTTGCCAGGAAGGATTTTCTAAGTTAGGTCGGTTGTTTAACTGCGCATGGTTATTAACTTAATGTTATATGTCGCACTTTTCTCGCCCAACAACACGAATGTTAGCTGAATCATGCTGAGTAAGGGGAAAGTGGTTTGTGGTTCGTCTGCTGCGCTCTTACAACTAAGTGGCCGGTGCAGGGAAATTTTACATAAACGTGTTGTAATGTTGTCGATCTGAAATGATCTGAAATGTTTAAGTTATAAGTAACTTGTATATGGTGTGGATAATTGAGCACTTTAATATTTCTCTGCCTGCTGGTCTCTGGCTTGTGTCAGGTGATAGCTGTAGCTCGTAGCCAGTCAGCTGGCCTGTCATTCCGCTCCTCTCCTGTCATTGTCGAACAATGCGAGCTATTTTGATGCTGTTAACAGACGTTTTATTGGGACGTCGTTGGTGCTTTCGCCTTTGGGTGGTCTTTTAAATGAATGGACACAACCAAACGTACGGCTTGAATCCTAACGTGATTTACTTAAGCCATATAAGGGGGCAAACGTCAAGGGCATAGTATTTCACGCTGTAATTCCCCCTTGCCAGTTAAAACACGGATCCTGTACGAATGCAAAAGAAAAGGGCATGCATTTGAATATGATTGCTGTGCAATTTTATTGGGCATTTTTACGACTTTGATATGCATTTTAAATTGTTAAATTGGTCTTAAATGCAAATATAAAGGTTTCTGTTATTTGCAACGACATGAGAATCTCTAAAGTGCGGTTTAGTCAATGAAAGCGCTATTCAACGCTCTTCTACAGAGCGCTCACTGTATATGATGAGCAGTGACGACAGAAGGGGGCGTGGCGGACCGGTGTCTTGAAATGTTTTTAGTTTTAACTTGGATTGGAAACAAACCATTTGTCCACTCCACATCTTGTTCTTTGTAATTTCCACATTCAAGCAAGTAGCACCTCCAGTAGTTTGTAAATGGGGTAGTCAGATTGGCACAGTAAAAGTCCCAGGTGACACAGTTCACTAAGTAAATGCAGTTGTAGTTTGAAGGGTGTTCTGCTAGAGCTCTATGATATTGGGAAAATGTACGACTGGTTAGTATTATGATAATGATATGTCTTGTGATATTTCCCTTGAGAAATTAAATTTTTATTAGCTATTTAAAATTATGTAATCCATTATACAAAAATAAATGGATAATTGAAATTTTAATCCAAGTCTAATTCAGGCAACAATGAAAATGAAAACTGTCAAGGTGCGAGCATGTAAACTTTTAAACACTATAAATGATTGAAAACTTTGGCAGATGTTCTTATTTGCTGCTGTCATTTTCCTTGTTTCTATGTACTCTTGCCATTTAATATTTATTTTCAGTTCTCTGATCTGAGTTCACTTTTGGGCCCGGTCTAGCCAATAGCATAATAGCACCTATTGTAGGACATAAAATAAACTTCACACCTCTCTGTGATATGAATATGTAGTATTATTACAGTAACTATAATTTTTTTATATATTGTGTGCAGCCATATACTTTTAATTTAATGCTCATAAGTGACTTCTGTAATGGTTTATAGTTGATCATACTGTAGTCAAATTAAAATACATTTAGTATTTACATGAAACCAGTTCTTATAAATATATAATAAGTAATAAATATAATAAAGTGTGAGAAAATGGTGGCATGATTTTCCTTTAAGTTGAGTCGTGGAGAGTAAAGCTAGGAGATTTGTTTATTCTATAAGGTAATCAAACATGCATTAAAAAATGATAATAATAATACATGAATTAAAAAATACATTTTAGAAATGAACTTTTTTGTTACTGTTTAAATTTAAAGACAATTATTTAAGTTCAAATCATGATTTATATTGTATGTTAAAGTATTATTCATAACAAGTTATCAGTTAACTAGTTATCACGGACTTTCGTTCACACTTAATTTTTTTAGTTTTTGTTGAGAATGAAATGCTAAGATTGATTTGGGGGTTTTGTCTTAGGAGTGGATTAAGTTTTGGGTGAAAGTGCATTGATAATTCTACACGATGCTTGTTTTGTTTTTTAGGCATGTAGTGTTTGCCTTATAAAAAGCTATAAAGTGTGCTCATGTCATGTGCTTATACATTTAAAACTGTTTAAAGTTAGTTTGTGGCACATTTTTGTTTAAAACTCTTTTGAAACTCAAGTATTGTCTTGCTTAACAAGACAGCAGAAACAAGTCATAATTAGGGAACATTCCAGACATCATACCTCACACCTTGGGCAATGAATTGGGTTCACTTTACAATGAAAAATATCTTTATATGCTCATCTTATAGTTTTTAAGTTGAACGATATATTTTTAAAAGCTGCTGACTTAATATAATTAATATAATGACAGCCGAATGTTGTTTAATGTGTTTTAGATTCGACCTGTAATGCAATTTAAATCAAGAGGAACTGTTCGGCTCTTTATGAACCTTTCTTTTTTTTCTTTTATTGTCTTTTTAAAACCTACTTGTTGTCTGCTATTACAGCATGCAAGATGTGCTAACTGTAACTTTATAGTTGCAGTATGGGTTGTTATATATGATGCATGACAAGTAGCTAAATGAGTGCTGCCATGAGTGGTTGACAGTTCCTTTTGACAACTTCTGGTGTCGTTTAAAAATCACTGGTGAATCTTCACACATAACTCAGAGGAACTGTTTGTAACATTAAGTTAACAGAACTCATTTGTAGAATTAAATTGGGATAGCTTTTGGTTATTTGTACCATGCAAGTGTGAATATTCATATTGTAACACATCCTCAAATATTGTCTAGCTTGATTGCAACCGGATTGAATTCCACATAGTATTCATACCAAACCATATTAAGCCTCACCTTAAAACAATGCTGACTAATCCCAAAACTTTGTTGCTGGAGCACTTGTAATAAAAATGCATGAGCATATAGAAGTTTTACTTTTGTTTTGCATTTCCAAAGCCAAATATAGTGCATACTACAGATTTAATGAAATTCTTGACCTTTATCACAATTAAAGTGACACTGCAAGACATTTGGTTTACAAATTTATAGACTCTTCAATAATTAAGTGAAAGTATCATGTACCAAATTGTGTTATACAGACTATTGACTGCTACTCAAGTTGTAAAATCATGCAGTATCCACCAATATAAAAAATAAGCTAGAATTTTCATTTAAAAAGCATATGTGATAATCTGCAATTATTAAATAATAAGCACTTTCTTTACACAATAAATCGTACAAATAATGTTTGCTAATATGTGTTGTTAAAATGAAATGTTTGCTTAAGTCTTATAACAGCCATGCACAGAAATTTTAAATGTTGAATATTAATCTCTTGTTCATTCTTTTCTGAAAAAGCCCTTAGTGTTCTTTCATAAGAATGAACTGGTGTAAATTTGCTCATAAGTACTAGTGTGAAAGCACCTTGAGTTCCTTTGCATGCTGGTCCATCATTTTTGGTGGTTCTGTTTTATAGTTGTCTAAATTGGTTTGTGTGGGTTCGCTAACAGCTTTTTGTGTACATCAAGTGCCAAACACAAGTGTTGTCTAGACAGAAATCTCAAAAATACCATGAACAATAAATAATTGTATTATTTGCTCTAAAAACTAAATGCTGCTGTTCTTTTTGTTTTTTTTCTCTCTCCCTCAG
Seq C2 exon
GTTGATCCTGGAACCAGCTGTCCTCCCAAGATGAACCCGTATGAGTGAATGCGAGCCTGCTCCATAAGCTGTTAGCTTCCAGTGGTCAAAGCCATGCCTGAAGATTAGAGCCTCGTCTTGCTTAAAGCAATACAAATATACAGAAGATTCTACATGAGTCTTCATGTAGACCTTCTTGTGTTTGTCCTGCTGGATTAAGTCCTTCCTCCCCTGCTATAAAATCAGCTCTGTCCCCTTCATACCACTCCCTCTTGCACTTTCATGTCCACCTGGGAACATGCAGCTGCATTTGAGAATGGCTCCAACCTAGTCTCATGCGTCCAATGAGTGGCGAGTCAGACGGCCCTGCTCCTGAAAGAGTCTCGCAGGCCTTCCCTTTGTCAGGCCCTGTGTCCTCCTCAGAGATGTCCTCACTGCAGTCACTAGGGCCAGTGCAGAGCTGGCTGGGTCAGGAGCTGGAGAAATGTGGCATAGATGCAATGATCTACACCCGCTATGTCCTTAGCCTGCTACTGCACGACAGCTATGACTATGACCTGCAGGACCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000052244:ENSDART00000146171:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.361
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF153761=DUF4603=PU(7.9=50.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]