RnoINT0083285 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000027623 | LOC680039
Description
hypothetical protein LOC680039 [Source:RGD Symbol;Acc:1596848]
Coordinates
chr14:79261092-79282323:+
Coord C1 exon
chr14:79261092-79261190
Coord A exon
chr14:79261191-79281828
Coord C2 exon
chr14:79281829-79282323
Length
20638 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGGC
5' ss Score
9.88
3' ss Seq
TTTCTTTTTCATCTCTGTAGGTA
3' ss Score
12.05
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTACTGCCAGAGACTGACGTTGCCTCAATGTGAAATGAAAGTTGAAAATTGCATCTCCTTGTGTGTTGCTATCATGGTGTTGATTCACTGGTCATGCCTGAAGAGGGAAATTGTGCTGTAGAGAGCTGACTGCTGCGCGGTCACTGCCTATCCTCCATGTCCAGCCCCTCTCCTTTCTGCTGGAGTGAAATCCTCTCCGGATACCAACAGAACGTCCACTGTAGAAAATGCTTTGCATTTTAAGGATGTCAGCAACCTAAGTTCATGCGCCCTGTCTGTACAGTTGTTGTGGATGGTTTGCCATCTGAAAGCACCTCAAGTTCTTATCCAGGCCCTGTGTCTGTTTCTGACATGTCGCTGCTTCATGCATTGGGCCCAGTGCAAACCTGGCTGGGACAAGAGCTCGAGAAATGTGGCATTGATGCCATGATTTATTCGAGGTATATCCTCAGTCTTCTGCTGCATGACAGCTATGACTACGACCTGCAGGAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000027623:ENSRNOT00000029191:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.039
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF153761=DUF4603=PU(4.3=70.1),PF144001=Transglut_i_TM=PU(14.1=16.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]