HsaINT0085666 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000170871 | KIAA0232
Description
KIAA0232 [Source:HGNC Symbol;Acc:28992]
Coordinates
chr4:6784459-6826411:+
Coord C1 exon
chr4:6784459-6784568
Coord A exon
chr4:6784569-6825911
Coord C2 exon
chr4:6825912-6826411
Length
41343 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTACTG
5' ss Score
9.04
3' ss Seq
TTCCTCTCTCATTTTTGTAGGTT
3' ss Score
10.78
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
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Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)