Special

HsaINT0085666 @ hg38

Intron Retention

Gene
ENSG00000170871 | KIAA0232
Description
KIAA0232 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:28992]
Coordinates
chr4:6782740-6804606:+
Coord C1 exon
chr4:6782740-6782841
Coord A exon
chr4:6782842-6804522
Coord C2 exon
chr4:6804523-6804606
Length
21681 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTACTG
5' ss Score
9.04
3' ss Seq
CCTGCTTCACTGTTGTGTAGGTA
3' ss Score
7.16
Exon sequences
Seq C1 exon
CGCAGGCCAGGGCCGCCCGGCGCTCGGCAGCCGCCCGCAGCCCCTCGGAGCCAGAGGAGAGGCGCCCCCGCCGGCCGCCGCGCCGCCCGGCAGCCTCGGCAG
Seq A exon
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GAAAGAAGAGTAATAGTCGAATATGAGTGCATATAGCTGGGGGCAGTGGCTCATGCTTGTAATCCCAACTCTTTAGGTGGCTGAGATGGAAGGATCACTTGAGGTCAAGAGTTCAGGACCAGCCTAGGCAACATACTGGGCATACTTGAGCAACATACTCTGTCTTGACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCCAGGTTTGGTGGGTGCATGCTTGTGGTCCCTGCTACTGTGGAAGGTGAGGTGGGAGGATCACTTGAGCCCAGGAGTTCTAGGCTGTAGTAAGCTATGATTGTACCACTGCACCTCCAGCCTGGATGACAGAAGAATACTTTACCTCTTGAAAGAAATTAAAATGAGTGCATATATATATATATATATATATATGGACTTTCTCATATAAATTGAAGCCCAGCTCCCTTAAGTTCAAATGGAAATATTCCATGAGTAGTTGGAAATATAGATTGAGAAGACAAGGTAAGAGAAAGATTTGTAGGGGGTGACTTTTGATAAATTACACAAATCTTTGACATTATCAAACATGAATGCCAAACATTGAAACATGAATGTTCAAGGGTCTGTCACACAGCTCTCAAGTTATCTGGTTACTGGTAGTTAGGTAATAGTTGGAAGATTCCAGTAGTTACGTAGTTACTGGTAGTTAGAAAATACTTGAAGGATTCATTTGGATAAGATTACCCTGATTAAAATTTCAAGTATAGTAATTTCTTTCTAGAGTTGTCTAATTTCATATTCACTTAAAGAGAATACTTTTTACTAACCTCAGAGTCAAGTATTTCATGTTAAAGAACTTGACCAGAATTTATAAAAAAGGAATAACCAATTTTATATTTGACATGAGTCATTTGGAAGTGGATTTTTATGTTTAATGTTTGGATTGTTAGCTATTTTCTTTCCATGTTTGTTTTTCCTTTTCTGAGCCATACAGTGGGTATTTTTCCTACCTATTTTCTTCCTTTACATTTACCTTGTAACATAGTATTTGTGACTTGAACATATCTGAAATTTTAAGGAGATATCCTTATAGGGCTCTACAGATAGTCATTTTTGAGGGGAAAGGTTTTAATTAACATAAAATTCCAATCCAAGATGTATCACCTTTGTTAAGTGTGGCACTTTGCTGAGTATTTAAAATGTGTTTTTGAGAATGTTACATGTTAACCTGTCTTTAAAGTATTTGTATTTGAGGTTTTGAGAAATATATCTATTTTATTTATTTGGGGAGAGTTCCATAAGATAAACATCACAGCTAGTAGGAATTCTCAATGTGTTTCCCAGATTCAAGGATGCCTTAAAGTGCAATTAAATTTGGTAGCATTTCTAACACTTTTAGCAGCTGTACCTAATACTTAGCAAATGTTTGTTAAATACAGGTATTCCTGCTCTAGCGGGCCTCCCTCCACCAGCCCCTGGAGTGCTCCCTCTTGTTCTGGTACATGAACACTAGTGTGCCCTACTCTGCCATCCTCAGTTTAGAGCCACTGACCAGTTGCGTTCATTACCTAGTGGAAGCTCTGCCATTAACATCCCATTATCAGACAGCTGTCTTTTGGTCCATTAAAAACTGTGATTGCTTTGTAAAGTGTTAAGAAACCTAAGATCATTTTAATGATGGTAGGTACGTCTTTGATACTAAAATGCCTGCTTCACTGTTGTGTAG
Seq C2 exon
GTAGTGTACACTGATAAAGGTAGGGCGCGGTGGACTCTGCCCCTGTAACCGTTCCGGAGAATGCGTTGAGAATGAAGACAACCA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000170871:ENST00000307659:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

5' UTR

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):

C1:
NA
A:
NA
C2:
NA


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:
NA


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
ALTERNATIVE
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Autistic and control brains
  • Pre-implantation embryo development