HsaINT0085666 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000170871 | KIAA0232
Description
KIAA0232 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:28992]
Coordinates
chr4:6782740-6804606:+
Coord C1 exon
chr4:6782740-6782841
Coord A exon
chr4:6782842-6804522
Coord C2 exon
chr4:6804523-6804606
Length
21681 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTACTG
5' ss Score
9.04
3' ss Seq
CCTGCTTCACTGTTGTGTAGGTA
3' ss Score
7.16
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTAGTGTACACTGATAAAGGTAGGGCGCGGTGGACTCTGCCCCTGTAACCGTTCCGGAGAATGCGTTGAGAATGAAGACAACCA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000170871:ENST00000307659:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development