MmuINT1008225 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000029190 | D5Ertd579e
Description
DNA segment, Chr 5, ERATO Doi 579, expressed [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1261849]
Coordinates
chr5:36672748-36695937:-
Coord C1 exon
chr5:36695855-36695937
Coord A exon
chr5:36673243-36695854
Coord C2 exon
chr5:36672748-36673242
Length
22612 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGGC
5' ss Score
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10.66
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
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Protein Impact
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Features
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Domain overlap (PFAM):
C1:
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A:
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C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types