HsaINT1017302 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000170871 | KIAA0232
Description
KIAA0232 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:28992]
Coordinates
chr4:6804523-6824684:+
Coord C1 exon
chr4:6804523-6804606
Coord A exon
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Coord C2 exon
chr4:6824185-6824684
Length
19578 bp
Sequences
Splice sites
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CCAGTAAGT
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Seq C2 exon
GTTCTGCCGGAGACTTCCATTTGGCCTCAATGTGAAATTAAAGTAGAAAATCACATCTACATGCATGTTGCTATCAGGATGTTGATTCATTAGTCATGCCTGAAGAGGGAAAGTCTGTTTTAGGTGGCTGACTACCAGCAAAAATAAATGCTTATCCTACATGTCAAGCATCTCTACTTTTTACTGGAGTGAAAATCCCCTCCAGATACCAACAGAATATCAACTGCAGAAAATGCTTCACATTTTAAGGATGTCGGCAACCTAAATTCATGTACCCTATCTGTACAGTTGTTGTGGATGGTTTGCCATCTGAAAGCTCCTCAAGTTCTTATCCAGGCCCTGTGTCTGTTTCTGAAATGTCTCTGCTTCATGCTTTGGGTCCAGTGCAGACCTGGCTGGGACAAGAGCTCGAGAAATGTGGCATTGATGCCATGATTTACACTCGGTATGTCCTCAGTCTTCTGCTGCATGACAGCTATGACTACGACCTGCAGGAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000170871:ENST00000307659:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.011
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF153761=DUF4603=PU(4.2=70.1),PF144001=Transglut_i_TM=PU(13.0=15.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains