HsaINT0106312 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000003987 | MTMR7
Description
myotubularin related protein 7 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:7454]
Coordinates
chr8:17331150-17341497:-
Coord C1 exon
chr8:17341363-17341497
Coord A exon
chr8:17331283-17341362
Coord C2 exon
chr8:17331150-17331282
Length
10080 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAAGTAAGT
5' ss Score
9.72
3' ss Seq
TGTTTTGCTGACCACTGCAGCTT
3' ss Score
6.33
Exon sequences
Seq C1 exon
GCCTCCATCTGCCGGAGCAGCCAGCCCCTGTCCGGCTTCAGTGCCCGGTGCCTAGAGGACGAGCAGATGCTCCAGGCCATTAGGAAAGCCAATCCAGGAAGTGACTTCGTTTATGTCGTTGACACCCGGCCTAAA
Seq A exon
GTAAGTGTCACCGTTGCGATGCATGTCTTTGCACCTGAGTTGTGAAACTGGAGACAGGCAAAGGCTAGCCGACTGCCATCTCTTGTGCAGGTTGCTTCATCTGCAAAGGGGCGGTTCCTCTTGGCATAGTCAGTGTCTGGGCACCCTGCTGGCTACTTCCTGGAGGTCTAGTGCACCTGAAGCCTCCAACTATACAAGTACATTTCATATTTCCCCTGCCCCTAGCATTGTGCTGGGCACACAGGGGCACCCAAATGAATGTGGCTTCATTTTGGAGATTGTGCTCCTAAGTATACCGTATTAGTACTTGGTTTCTTTCTAAAACAGCCCTTTCTGCTCTGACAATAAAATTCACTCTGGAGCTCCAGCAGTTCAATTGTTGCGAAGTACTCAGCTATTATTTTTCAAATTCAACTTGTAGTAATCTATACCTATGACTTGGAAAGAACTATAAAATATAAGGTAAATTAAAAAATATTTTTTTCATAAAAAGTTCTAGGTGTGTAAAAAGGTGTAGAAAAAGATCTGAAAGGTTAAACCCTGAACTCTAAAAATTCCATGGAGAAGGGAGTAGGATTTGCGGACGTAGAGGGCTTTCTACTTGTTGATTGTTAGAAAAGTATTAGTTTACAATTATGTATGTATTAATTTATTAGTTTTCTAATTTAAGAAAACGAATAGGAAATAATATATCTAGACATCAAGGAGTGAGCCACATTGATCTTACACTTACCTCCCACTCAGCCTTAACTTTTTTGTTTTTAAGGAGAATCAGTGTTAAGTCCAATAAAATTCCAGTTTTTCTCCTTAGACCCAAGTCTTCTAAAACTTCAACAAGTGAAGTCCCCAGAGGGATGGACACAAAGTCACCTACAAGTGCATTGACTACAGCAGACAGAATGAGATGACAGAATGAAACGTCCCTTAGTCAGCTTATTTGCAATTGCACTTTCCTAGCCACTAATGAAAATGTGCCTGGACCTGTGACTGAGGAGAAAGATGAACGTCCAGTTCTGTCTCCTTGTATGGTAAGCAGAGGAGTCCAGGATGTCCTGTTAGGCAACAAGAGTGGGATAGAGAAATTATGTTTAATCTTGTTAAAAGAATTGGGGCTGGGCGCAGTGGCTTGTGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCGAAGGCAGGTGGATCATCTGAGGTCGGGAGTTTGAGACAAGCCTGACCAACATGGTGAAACCTCATCTCTATTAAAAATAACAAAAATTAGCTGGGCATCATGGTGCATGCCTGTAATCCCAGTTACTGGGGAGGCTGAGGCGGGAGAATCGCTTGAACACGGGAGGCGGAGGTTGCGGTGAGCCGAGATCGTGCCATTGCACTCCAGCCTGGGCAACAAGAGCGAAACTCCATCTCAAAAACAAAAAACAAAAAATTGAGAGAATGTATACCACACTGTTTACAGTGGTTTTTCCTGTGGGGTGAGAAGTTCATTTTAGGAAACTTTTCACTTCGTAAGTTAGAGTTTGAAATTTTTTTTCACTATAGAAAAGGTAAAAGAGCATAAGGACTTTAAATTTAGTTAAAAATAGAGTTACCATATGAATCAGCTGTTCCTTCCTAGGTATATAACCAAGAGAAATGAAAACTTATGTCCACATAAAAACTTGTATGTGAATATTTGTTCATTATTAGTAATAGCCTAAAATGTAAATAACCAAATGTTCATAAATGGAGAATGGATTTACAAAATATGGTATGTCCATTCAGTGGAATATTATTCAGCTATAAAAAGGAATGGACTATGGATACATACTGCAACATGGAGGAACCTTGAAAGTGTCATACTAAGAGGAAGAAGTCTGTCACAAAGGAATCATGAAATGCTTTCAACAGGCAATTTCAGAGCTATTGAAAGTAAACTGATGGTTGCCGAGGGCTGGGGGAAGGGAGAGAAATGGTGAGTGACCGCTAATGGGTAGTGGATGTCTCTTTAGGGTGATGGAAATATTCTAAAATGAGATCATGGTGATGGTTGCACAACTCTGTGGGTATACCAAACACCATTGAGTCGTATGCTTTAAATGGGTGAATAGTATGACATGTGAATTACATGTCAGTGAAGGTATTAAAAAAAGAACATAGGAAATAAACATTACAACAGGAAGGGTAAAATAGAACCAGCAGCTCAAGTCATTTAAAAGTGTACACTGTGGGGAAGAGGTAATTATAGACACGGTCTACACTCATTGGTGATCCCAGAAATCACGAGAACTGCATCCTATCCTTTGTGTGGATACTCAGGCCTTGGTGATTTTCACGGATTCTCTGAACTTCATGTCACCAAGTATTATGATTTGTGTCCAGGATAATGGAATGTGATGTTTTCCTAGAGTGAGATCAGTGCCCTACTCGTCCCCTCATCTCAGAACCATCCAGTCTTCTTCGGAGCAAAGCACACAGCGGGAGAGAAGTGTGTGGAGTTACTACTCACGGATGCCAGATGAGCGAATCAGTCCTGGAGATCAGTGATGAAACCGATACCACAGCTAGATCACATTCACATTCTACTAGATTATAAGTAAAGGGTCCCTTCCTTTTAAATTCTCAGAGCACGACACACAGATAAAAGTTTCAAACTGAAAAAAAAAAAAATAGCTCCTTTGCTGGAAGATTTTCACTGAAACATACCAGAAAATCTCTGGCTTTTACTGTTCTCTGTCAATTTGTGCCCTTCTCTCTGGCTCATTGTGTTTAAACCCTTCCTTCTAATGTGACTGCCTTCCCACCTCTTCTTCGTACCCTTTGTTGAAGCAAGGTGGGGCTGTTTTGAATTTCCTAATAGTTACAGATGATTTAATGATTAGCTGCTTAGATATACTGAAGACAAGATAAGAAAAGGAAGAGAAAAGACGGGGGCTTTACTGAGGAGAGATTGGGAAGCCTGTTTCTTACCCTGTTTTTTTCAGATTTAAATAAAGCCAGACAGATTCACCTACTAATTTTAGGACCAGTGATCCAGATATGTACTGTGTTGTGTAAACCTTCTAGGAAACGTGGCAGCTGTAGAGCCAGGCATATTCCAGATTTAAAATAAGTTAATCCAAAGGATTTGATTTGAAGGGTATATTTAGTGCTAAGTGTGTTTACTCTCAGCGATGAGTTTGACACTGATCCATTAAAGAAAACTGGGGTTTCGTACAAGCCATGCCCTCTTCTCATATTTATCCATGCACGCACACTTCACGTGAGTTTTAAACTGTTTACTTAGAGCTTTCATTCTTTTAAAGACTGTGTATGTTGATTTTTGTTCCAGAGTGTGTTAGGCCTCCTTGGTAGCCAGGAGACTGAGTTTGCTCTAGAAGGTGTGGACCCTGGCAAGCAGGCACTTCTCAGGTTTGCTCACAGGTTTCATTAAAAAGAAAAAGGATTAGGAGCTGACCTGAATCGTTCCTGGCCTTTGAGCAAGGCTAGCCCCACATGAGAACTTCCAGAGCTGCCTGTTCAGATGAAAGCCTCAGAATTACTTGTTGACATTTTTTGGGAGACACCAGCCTGGGCAACGTAGTGAGACCCCCATCTCTACAAAAAACAGAAAAAAATGAGCTGGATGTGGTGGCATGGGCCTGTAGTCCCAGCTATTTGGGAGGCTGAGGTGGGAGGATTGCTTAAGCCCAGGAGTTTGAGGCTGCACTGACCTGTGATTGTGCCACTGCACTGCAGCTTGGGCAACAGAGTGAGACCCTGTCTCGAAAGAAAAAGAAAAAATTGGGAGACAAAGTCAATGAAGTCTTCAAGCATGTATTGAATGTCAATTCCAAAAAAAAATTATACTCTTCAGGGCACGTATTAGTGCTAGGGTGTGGCGCTTTAAGAACATATGAAGGTGTTGTCGCAGTCTTCGCTGAATTTTCAAATGAGGGCTAACTCACTGCAGCCTTGTTCATGACTTTGTCATTAATTTGTTCTGGGACTTTGCTGAGCTTGTAAAAATGGCAGGCACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGGACGGAGTTTTACTCGCCCCCAGGCTGGAGCTCAGTGGCACGATCTCGGATCACTGCAACCTCCATCTCCCGGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGTTTACAGGTGCCCGCCACCACGCCCGGCTAATTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCGCCCTTCTCGGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTACAGGCGTGAGCCACGGTGCCCAGCCAAGGTACTTTCTCATTTAGTTCTTTTAAGAATCCTGGCAAGTTAGGAGGGTTTTGTTTTGTTTTGTTTCTTTTCATGGATAAGGGCTAGAACTTAAAGAGGTTAAGTAATTTGCCCAGGGTCTCACAGTTTACATTCCAGGATTCACATCCAGGCTTATCTAACCCCAGAGCCCACACTCGCTCCGTTTGACCATGGTGTTTTTTCTGTTTACAAAAATTCTCCAGCAGAGCCTCGTTTCCACGTGGAAGCTCTGTGGGGTTACCACCTCTGAGCACACGCCTGACGAGGCCAGAGAACCTCCCAGCAGCTCCTCTGACGCAGCCAGGGCCAGCGGAGGGGGTGCTGAGGCATGAAGAGAAGGGCCGAGGGCGAGGCAGCGCTTGCCTCCGTGACGCCTGGCCTTTTGTCCTTGCTCCTTCTCCAGAGACTTTGCTGTGGTTCTGCCCCGTGATTTCACCAGGTCAGCGAGGTTTTAGTTGTGTAACAGGATGTCACGTGGGATGTTTTTCTTTTTCTCTGGAATTAGTGAGTAGGTGGTTCCTACTCGCTGAGTCCTGGGAGGGGTCACCTAGGAAAGTCAGTGGTAGAGATGAGGGGTGCTTGAGAGAGGGGAATCGGGGGTCTCACACTTGCTGGTGGCCGTCATGGCAGCAACCAGAGTGAAGAGAACTGGGGCGAGGGCAGTGTCCAGTGGCCGTGGAGCAATCTGTGCTCCCTCCTTTTGGCAGGGCAAGGATGGAGAAATTTCCTGTGGGTCCAGTGGAGCCTGAGGAAGGAAGTTGAGCATGAGCCATCTTGCTTCAGCATTCCTAAAAGGGCTCAGCCGCCGGGTGTCTTCAGCTGTAGGTGACTGGGGTGGGTGTGCTGGTGAGGGAAGTTGAGCGTACTGGAATAGACTCAAGCCAAGGCGCATCTCCTTTTTCAGTGAGATGTGTACTCCCTACCTCCAAAAACCTGCATCTATACCTTGGGAGATTGAGCACTTGGACGCTATGCCAGAGAGGGAAGTGGTGACCAACTCATGTCAACCGATGAAGAGAGAATTGGAACCCTGCCGAGCTTTCCAAAGAGAAATTTACCTCTTCTCTTCTCCCTCCTCTGCACCCATCCTCCCAGTACACAGATAGGGCCTACAATAAAGAGGAGAGGGAGGGTGGGCCGGAGCAAACCCCTCAGCAGTCCACACAGCCTGTAAGGCGGCGGGGAAGAGCTAATTTTGCGTCACATACGGGACTGGAATTCTAAGTTAGGCCGGATGGAGATTTTCTATCTGAATGTAAGTAAACCTGATGCTATTAAATCTGCCCAAGAGGTCCTTAGCGGGTAGAAAGGAGGATTTTGACTAGCACAGTTGTAGAGAATAGTTGCAAGGAATAAAATCAACTCACATGTTTGTGTCTGCACCACAAGTGAAGTTTCTTCCTGTAACCAGTTATATAGGAGGGAGAGAGAAAGACCGTCATTTGACCACCTGTGTTAGGGCAAGACCAAGTCCCCCTCCTGCCAAGATCAGCTTGTACGGTCATTTCCCAACCATGTCAGCGTAGGCACTGTCATTCTTCAGGCATTAAATGTAGCTGTGGAAATGGTAGACTTGAGGACTAAGGCAGTGACCAGGCTGACCTTTAACCTGATACCAAGATGAACACAGACTGAGTTTTTCTACATTTGATTGATTCAGGGTTAGGGTGAGAATCTCATGCTGTTTCTTCACAGTCTTGGCCTGCTCTCCCCGGGCCTCATTCTGTTATCCAGTCATTTATGCAGTTGCTCAGCCGGTCAGTAAATCTTCCTTGAGTGCCTGTTCCATGCCGGTTTGAAGGATACGGATGTGGCCATCAATGAGACACTCAGGGCCCCTCGTGGAGCCTGCGTTCTCCGTCCCTCCTCTCTGTCAGCGCTGAGGTTTTCCGTGCCCATCCCTCTCTGCTCGCTCCTTATTCCTGTGCATCTTCTCTGTTGTGGACACTAAATCAGTCTCCAGTTTTTCAGTTAGACTTGCTCAAAATCCTGGAGTTGCTCTCCGCTGCCACAGGTGGAGCCTCAGTTCCTTGGCTGGGCCTGTTGTAGTGGACCCTCAGTGCTTTCTAGCCTTCCCTCTTGCTGTAGCTGCCACACAGGAACCTTCGTCTTCACCTGGAGTGGTTCGCTCATTGGTTATGTAGAATGCCCTCCCCTCTCTCTCCATCCTTACAGATTGTGTTAAAGTCCAGCTCTAGCTTTCTCTCTTAAACAAAACGTTACCCCTGATCCCCAGGCCGACAGAGTTTCCTTAGATTTCAACTCCTGTCATTGTCACTGTCTCTCCCGTTGCTCAGCTCTTGCCCAGTCCTGGTGGATGTCATCTGGGACCACTGGGTGCCATGTGCTTTCCTTTCCATTGTCAGTTCTAAGCTGAAGGCAACAGGAACAGCTTCTTTTGATTCCACTTAACGCCTGGCCATAGTAGGTGTCTATACAGTGTTGACTTTGCTTCATTTATTAACTTCTCTGCACCCAAAGACACTGATATTATCAAACAGCAAATGAACCTTGTGTTAGGAAACAGGGTATTTTTGCAGTCCTACTTTTCACCTATCTGTTGTGTGTTTCTTAAACATGAATTGGAACTGAAGTGACTACCTTTATTGCTTTATCTACTTGAGAACTTTTAGGACCTGAAATGCATAGCTTTTCTTTAGTTGTGAAATGGAGTTCTCAGTCAAAGGGACAGAGGACCGTATTTGATGTAGTAATAGCGATTTGTTTATGTAAGGGATGCCGTATCTTACTGCGCACACATACACGTAAAATGTCCAAGATAACATTGAATTTTTATTAATTGTAAAACCGTATCTCCTGCTTTGAGGGTTCAGCTTTTGCTACATTATCAGGATAGGTCCTGTAAAAAAGGTGGAGATCCTAAGAAATTACACTTCAGCTGGTAGATGAAATATTGCCACCTTCTGTTCATTCTGAGAAGTGCACATTGATGTTCAGGAGGTTATTTGTGTTGCTGCTTTGCTTTTAAGGGAGATTACCAATCAGTTCTCCCAGATCAAGGATAATCAGCTATTTCATAATGTGTACATGGAGTCTTAATTATAGGTTAAAATAATATTTTAATTTTTGTTTATGTTTAAAAAATCTATTCTACATTCTAACTTTTGTAGACTGTGTAGTCTGTCTCTCTTTTTTTTTGTATCTCTGCCTGGGATAACCCTCCTGTCCCTTGTGGGTGAAGGAGGAGAATGATCAGTAACATGGGGTCTTGCTCTGTCACCTAGGCTGGAGTACAGTGGCACGATCACAGCTCACTGCAGCGTTGACCTCCCAGGCTCAAGCAGTCCTCCCACCTCTGCCTCCCAAGTAGGTGGGACTAGTCACATGCCACCATGTCTGGCTAATTTTTGCATTTTTTTGTAGAAATGGGGATTTGCCATGTTGCGCAGGCTGATCTTGAACTCCTGAGCTCAAGAGATCTCCCCACCTCTGCCTCCCAGAATGCTGGAATTACAGGCATGAGCCACTGTGCCTGGCTGGTTTTTCTTTCTTATGCTTTTTAAAAGAGTATCTCTGTGGTATGTGGTGAATAGGCTTCACTTGAATTAGTCAAGATACAGCATAAACGTAAGGTTCATGTCACGTAAGGATACTTTCAAATCTCCTATTAATTTTATTTATGATGCTTGTTATAAAGGATAAACCAACATCTTTGAAAAATAATTATACAAAGCAGTGATATTTTATTAGTTTTGGAAGAACAATGTCTATAGGTAATTTTACAAAAGTTTTCCCTATAAAATATTTATACTTCTTAAAGTGTGAACATAAGTTGTCTTAAAATGCATTATTTTAATATTTTTTTCTTGATTAAGGCCAAACTCTTTATTCTCGTAGCATGCCTGGGAGAAAGATGACACCCTTTTGTGGATGGGAACAGTGTCCTGAGGGGCTGATGTGGCCCAGCTGATGTCACATAAGCCACGTCATGGAGCAGGGCTGCTATTGAAATGTGAGGTGTCTGCCAGCCTGGGCTCCTATGGCAATGGCTTATCCTCTGCTGTTTTTTTCACTTCTAATATACTTTATTTCTATTATTTCAATTACAAACTTCATATATGCTCTCGGTATCAATGAAAGATTACAGGGGCATCCAAAGTAGTACTGATGGCATTCTCCTGTCGCCTGCCATGCTGTCTTTCTGCTGTAATTGCTGCCAAATTGGTACCGTTTTCTATACATTTTTATTCTGCTTGATAAACACGCAAAAACTTAAATACATATCTATAAGTTGGTTTTATAAAAATGGATGATTGTATGAATATTATTCTGTAGCTTACTCTTTTCACTTGTCATGGGCCAATGCCAAGTCTATGCACAGAGGGTCTCTGACTTAATGGTTCGACCTATATGATTTTGTGGCTTTTTACAATGGTGCAAAAGCAATAGACATTCAGAAAGTGTACTTCTCTTGTGATGCTGGGCAGCAGCAGCGGCAGCAGCTCCCAGTTTGCCATGCACTTTTCACTTACGGCATTTTCAACTTCCAATGGGCTCATCATGATATAACCCCATCGTAAGCCTCAGAGCATCTGTCTGTCTGCTGTGTGATCTGTGCCCTCCTTCTTGGTCACTGCTCGCAGGTCAGGGCATGATAAACCATTGTGTATCCTGTCATTGTCCTATTGAGATAGTCATGGGTTTTCAGCTTTTTTCAATAAACATTCTTGGGCATCTATTTTTATGTGCTGGTACTTTTAATTTTGTCAGACTTTTAGGAGATCTGTGTCAAAGAACATATGTGTCTTTAACTTTAAACTTAGCTCTTTTAGCTTTTAAAAAGTACTATTGTGCACTGTGCTTTTAAAAGCAGATATTTTTTTCTGGTGGTGAGTTCTCAGTGTAGGTTCTCTGCCTGGGTTAGCCCTCCTGTCCTTGGTGGGTGGAGGAGGAGAATGGTCAGCGAATGCTGTTTTCTAGGATGTGATGACCTGCTTAATAAAATAGCAAGAATGTTTACACATTCTAGAAACCGATGCATTTCCCAGCTAAAGTAGGACTTGTCCCCTTCTTGATTTTAGCCACGCAGGCTAGGACAGTGTTTGGATTTAATAAACTTCTTCAGATACCACTGTGACTTAACCTAGTTTGCACTTGGAGACCCCAACTTCTCATATGCAAAATTATAATAATGAAAGTGATCAAAAAGCCCAATAGATCTCTAGATTTAAATAAGGCGGCTGGTGGAAATGTCTCTGGAGACTTGGTTGCATTCCCTCTCTTCATTTTATTCAGTAATTCCTGCTCAAGGTTTAACTGGGCATCTGAGGGATCTTGTGGGCAAATTAGAATGATGCAACCATTCCTATTTGATAACGTGTTTATTGGCAATCTAATACTAGAAGATATAATAATGTATAGAGCCTTATTTTGACAGCTGTTTCTGCTGATATTCTTCTGCCAACCTACCGGTTATGTGTGGTATTAAATTGGACTACTTGGTTCCATCACAGAATTCCACATTCAGTTTGGCATCTCTGACGGGGACTGCAAGTGACATCTCCAGAAGGGTTTATCAGTAGACTGCTTTCCAGCTAAGAAAATGTGACCCACACTGACAAATTCATGCTGTTGAATATAAGCTCAGCAGGAGTCCCTGAAGCTATGTAGTTCAGTACAAGGTTGCAGTGATTCAAATAAGCGTATTATGTTTCCGTACATCATTCTGAATGCTTTGATTGGG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Seq C2 exon
CTTAATGCAATGGCAAATCGTGCTGCAGGGAAAGGCTATGAGAATGAAGACAATTATTCCAATATCAAGTTTCAGTTTATCGGGATAGAGAACATCCATGTCATGAGGAACAGTCTGCAGAAAATGCTGGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000003987:ENST00000180173:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.067
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF066029=Myotub-related=FE(12.8=100)
A:
NA
C2:
PF066029=Myotub-related=FE(12.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development