HsaINT0118131 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000138315 | OIT3
Description
oncoprotein induced transcript 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:29953]
Coordinates
chr10:74673066-74684402:+
Coord C1 exon
chr10:74673066-74673226
Coord A exon
chr10:74673227-74683986
Coord C2 exon
chr10:74683987-74684402
Length
10760 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GATGTAGGT
5' ss Score
4.9
3' ss Seq
CTCACCCTGGCCTGGCTCAGGTG
3' ss Score
5.45
Exon sequences
Seq C1 exon
TCCCTGTGTTGTGCAAATCAAATGCCATTGAAGTGAACATCCCCAGGGAGCTGGTTGGTGGCCTGGAGCTCTTCCTGACCAACACCTCCTGCCGAGGAGTGTCCAACGGCACCCATGTCAACATCCTCTTCTCTCTCAAGACATGTGGTACAGTGGTCGAT
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTGGTGAATGACAAGATTGTGGCCAGCAACCTCGTGACAGGTCTACCCAAGCAGACCCCGGGGAGCAGCGGGGACTTCATCATCCGAACCAGCAAGCTGCTGATCCCGGTGACCTGCGAGTTTCCACGCCTGTACACCATTTCTGAAGGATACGTTCCCAACCTTCGAAACTCCCCACTGGAAATCATGAGCCGAAATCATGGGATCTTCCCATTCACTCTGGAGATCTTCAAGGACAATGAGTTTGAAGAGCCTTACCGGGAAGCTCTGCCCACCCTCAAGCTTCGTGACTCCCTCTACTTTGGCATTGAGCCCGTGGTGCACGTGAGCGGCTTGGAAAGCTTGGTGGAGAGCTGCTTTGCCACCCCCACCTCCAAGATCGACGAGGTCCTGAAATACTACCTCATCCGGGATGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000138315-OIT3:NM_152635:6
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0010018=Zona_pellucida=PU(20.0=92.6)
A:
NA
C2:
PF0010018=Zona_pellucida=FE(55.2=100)
Main Inclusion Isoform:
NA

Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)