Special

HsaINT0118131 @ hg38

Intron Retention

Gene
Description
oncoprotein induced transcript 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:29953]
Coordinates
chr10:72913308-72924644:+
Coord C1 exon
chr10:72913308-72913468
Coord A exon
chr10:72913469-72924228
Coord C2 exon
chr10:72924229-72924644
Length
10760 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GATGTAGGT
5' ss Score
4.9
3' ss Seq
CTCACCCTGGCCTGGCTCAGGTG
3' ss Score
5.45
Exon sequences
Seq C1 exon
TCCCTGTGTTGTGCAAATCAAATGCCATTGAAGTGAACATCCCCAGGGAGCTGGTTGGTGGCCTGGAGCTCTTCCTGACCAACACCTCCTGCCGAGGAGTGTCCAACGGCACCCATGTCAACATCCTCTTCTCTCTCAAGACATGTGGTACAGTGGTCGAT
Seq A exon
GTAGGTTCCTCCTGGAGGGCACTTGGGGAATGACCAAAAGCCGGTTATTTGGGAGGCAGTGGACAGAGGTATGCCATGTGGCTTGTGTCATCGATGAGATATTTACACACAAAAGAACTGAGCTCAAAACATCTTACGTCATTCTTTTAACCAACGTGTTATTGAGCATCTGCTGTGGTCCTGGCACTGTGAAGAATTCTGCTATTCCTGTTTTCAAATAGTCCCATCTCTCCAGCATGCACAGACATTTTCCTGAATGCATCAGTACCAGTGGTACTGGGAGGCTGGCTACATCCTCTCTGACCAATTATTTTATTTGAAGAAAGCAACTAATACAGTTGGTGGTTCATTTGTGGTGCAGTGAATGAGTTCAAGTATTGAACCAGGTTGAGTGAAAAGGTTTATACTTTCATCCAAAAATCTGCACACAGCCCTGTGCTGGAGAGTTAGAAATGTATGAAATCCTGCCTTTTAGGAACTTGCACAGCAGAATTGAGATGACGACACAGAAAATGTAAGGAAAGGATGAACAGCGAGACAGATGACAGGTCCTGTAGGAGTCCAGTCAAGGGACAAACACAGGAGCAGTCAAGACAAGTGGGACTTGGATCCAGGTGGAAGTGTGTGTGTGGTTTACACAGCAGAGAGGAAAAGAAAGGGCCTTTCAGATAGGAAACAAGTGAGCTAGTCTCTGAGAGGGGATATGCAGGCCTGTGCAGAGGTGTGTGGAGAGTTTAGCCTACTGGAAAATGAAACCGGAAAAGTAGGTGGGGTGGGCTGAGCTTCCAAAGGCCTGCCTTGTGTGCTAGGGTGAGCCATCTGGATTTGATCCCACAGAAATGGGTTTAGGTGATGTGGTGATGAATGCCATGATCTGACAGCAACTTGCAAGATGGATAGAGCAGAGGGGGCCTGCATCTGGATCAGCACGGAGGCCTTTGCGATCCTTTGGTTAAATGAATATTTATTTATGACTCTAAATGAAAATCAGAAAGCTGATTCGACTTGCAGTGAGACAAGTGAGGGATATTCAAGGAGCAGGCGGTCCCACTTGAGGCAAGTTATGTCGATCGTATCTGTGGATAATCAAATGGACATGCCACATGGTAGGTTGGTACTATTGTCCCATGCATGGCAGAGCAGAGGAATCTGGTGATAAAAAGCTGAAAACCATCCGGTAAATGCCACAGCCAAAATTCTGAGTGTGCAAGAGTTCACACAAGGTCATGCTGCCGCAGTATCACCAGGTCTAAAACTCCTGAAAGAAACATAACAGGCGGAAGCTGTCCTTTTCTAAAATACCAGAGCTTTGAATTCGCTGATTCTGCATAGATCAGGTATTATGAGTAACACTCCAAAGGAATATGTGGGTCTGCCCAAGAAGTAGTGTGTAAAACTCTTTTTTTTTTTTAAATTTTGAGATGGAGTTTTGCTTTTGTTGCCCAGGCTGGCAATGGTACAATCTTGACTCACTGCAACCTCTGCCTCCCAGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCATCTGCCACCATGCCTGGCTAATTTTTGTATCTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTGGTCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCACCGGCCTCAGACCCCCAAAGTGCTGGGATTATAGGTGTAAGCCACTGTGCCCAGCCCTTTTTTTTTGGTATTATTTTCTTATTTATTAAAAAGTACACAACAAAGAGCTAGGCGGTATAATACCAATAGTTAGAATATAAAGCCATGTATAATAATGGGCTAATTAGGAGGTAGAAAGAAGTTCTAAATGAGAGCCATCTGAGTTTAAGCTACAGTTGATTCTTGTTATTCACAGTAGTTATGTTCTACAAAGCTGCCACAAGCAATAAATTAGGGAATACTGAAGCTAATTTCTTTAGCAATTAAGTATTGCTCCTAGGGGAAACACTGGGTTAGGTTCCTGTAATCCTCTGGTTGCAACATTTTTGTTAACTGATCAGTTAACAGTCTTGTTCTGTGTGTGTTTCTGTTTAAAGATACCTTATTTAACATACATTATAGATTCATTAACATTGCACTCATGGCCAGCAGCACCGCAACTCATGTCTGGAGTTTATCAAACACATATTTTCCCATTTTCCCTGTAAGGATCTCATAGCCTCCTTGTGCTTAGGATCACTAGATAGCCCATCTGCACTGCATTTGGGGGTCCCTTTAAACAGCAAAATCTCCCACGAAAGCACAAACATGCAAAAAACATGCCATTCTGTAGATCACAAAAAGGATCCTGGTTTACAATGAGAGCTAAAACAAGAAGGCAGTGGTGCCTTGTTGGACCTCAGCTGGGAATGTGCCACTGTGCACATTCTGTGAATAACCTCAGAAGCATAGTGAGTACTGATTTTGGGGTTATACATAAATATTAGCTGCTAGGTGAATTCACACATACCAAATCCATGAATAATGGGCATCAACTGTACATGGTAAACCTGAGGGGCTTCATAGAAGAGATGAGTTTGAGTGAGGCATTGAAGGGCGGGTAAATGAAGATGGGAATGATGGGTGAGGAAAGATGTCAGCCCCTAATGAGTTCTACTCTCATCGCACTCATCCCTTCCTGACCATAGATCATTTCTTACTCTCGTATACCATACTGTCTTTGAAGCTTAGTTTTATTTTTATTTTTATTTTAAGTTCAGGGGTACATGTGCAGCATGTGCAGGTTTGTTACATATGTAAATGTGTGTCATGGGGGTTGGTTATACAGATTATTTCATCACCCAGGTATTAAGCCTACTACCCGTTAGCTATATTTCCTGCTTCTCTCCCCCCTCCTACCTTCCACTCTCTGATAGGCCCCAGTGTGTGCTGTTCCACACTATGTGTCAGTGTGTTCTCATCATTTAGCTCCCACTTATAAGTGAGAACATGTGGTATTTGGTTTTCTGTTCCTGTGTTAGTTGGCTAAGGATAATGGCCTCCAGCTCCATCCACTCCCTGCAAAGGACATGATCTCATTCTTTTTTTGTGGCTGCAAGTATTCCATGGTGTATATGTACCACATTTTCTTTACCCAGCCTATCATTGATGGCATTTAGGTTGATTCCATGTCTTTGCTCTTGTGAATAGTGCTGCAGTAAACATACACGTGCATTACATGTGTCTTTATAATAGGATGATTTATAATCCTTTGGGTATATACCCAGTAATGGCATTGCTAGGTCAAAGGGTAGTTCTGTCTTCAGGTCTTTGAGGAAGCACCACACGGTGTTCCACAATGGTTGAACTAATTTACACTCCCACCAACAGTGTAAAAACATTCCTTTTTCTCCACAACCTCACCAGCATGTTATTTTCTGACTTTTTAATAGTAGCCATTCTGACTGGTGTGAGATGATATCTCATTGTGGTTTTGATTTGCATTTCTGTAATAATCAGTGATGTTGAGCTTTTTTTTCATATGCTTGTTGGCCACATGTATGTCTTCTTTTGAGACGTGTCTGCTCATGTCCTTTTCCCACGTTTTAATGTTTTTTTCTTATAAATTTCTTTAAGTTTCTTGTAGATGCTGGATATTAGACCTTCATCAGAGAAAAAAATTTTTCTCCCATTCTGTAGGTTGTCTGTTCACTCTGATGATAGCTTCTTTTGCTGTGTAGAAGCTCTTTAGTTTAATTAGATCCCATTTGCCAATGTTTGCTTTTATTGCAATTGCTTTTGGCATCTTCATCATGAAATCTTTGCTTGTGCCTCTGTCTCCAATGGTACTGCCTAGGTTGTCTTCCAGGATTTTTATAGTTTTGGGTTTTACATTTAAGGTTTTTTTTTTACTTTATTAAAATACTGAGTTTTATTTCATGTGTATATTTTTGTCTCCCCATCGTTTCCATGCCCAACCACCGCTACTACGATGTCCTATCATAACATTCCATACATACTTAAACCAAAGCAAAGGGTGGAGTTCCATCTTTAAAAACTAAACAGGCATTTTGGACAACACATTCTTGGCAATGGAACCTGGACAACATTTATCAAACATGGTAGGGAAAGTTCTCACTCTGCATTATAAAAGGGACAGCCAGATATCAACTGTTACAGAAATGAAATAAGATGGAAAATTTTTAACAAATTGTTTAAACTATTTTCTTAAAGAGACTTCCTCCACTGCCAGAGATCTTGAATAGCCTCTTGGTCAGTCATCCGGAAGCAATTCTTCACATAACTGATGAACTTGGCTGCCACTTTGGGAAGAGAATCACCTTTTTCTGTACTTGCTTGCATTTTTGCTTTAATGTCTTCTACAGAACTAGGTCCTTTTGGTGTTTTAGGAGTTTTTTCCTGTTTTTTGAAGGATTCTTGTCCTTTTGATCTTGGTGTTGATGATGGTTTTGAGTCTTTTCCATTCTGATTTGACTTCTGTACATTTTTGGCTGGAGTATCTTGTATAGATTTCTTCACTGGTGCTTTTTCTTCAGCTTCCTCATTATCTTCATCATTATCATCATTATCTTCATCATCATCTTCATCTTCTTCATCGTCATCATCATCATCATCATCATCTTCCTCAGCAGCAAGTTTTACTTTTTTCTGTGGAACCTTGCTACCACCTCCAGGGGCAGACTGCTTTCCAGTTATACTTAAGAGTTTCACATCCTCCTCCTCTTCACCTTCTGACTCTGCATCTTCCTCCACAGCTACTAAGTGCTGTCCACTAATATGCACTGTCCCTAAACCACACTTCAACTGTAAGATCACTGGGGGTGTTATTTCAAAGCCCCCAAGAGAAACCGTTGGCTATACAGACATTTTCAAAGTTGCCAGTGTGACTTTAATTGGACTGCCTTCGTAATTCATTGCCTCTGCTTCAACAATGTGCAATTCGTCCTTTGCACCAGCCCTTAAACTGACTGTTTTTAAAGATAACTGGTGCTCATCTTCATCATTATCCACCTTAAAGTGATCATCTTTGTCAGCCTTAA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Seq C2 exon
GTGGTGAATGACAAGATTGTGGCCAGCAACCTCGTGACAGGTCTACCCAAGCAGACCCCGGGGAGCAGCGGGGACTTCATCATCCGAACCAGCAAGCTGCTGATCCCGGTGACCTGCGAGTTTCCACGCCTGTACACCATTTCTGAAGGATACGTTCCCAACCTTCGAAACTCCCCACTGGAAATCATGAGCCGAAATCATGGGATCTTCCCATTCACTCTGGAGATCTTCAAGGACAATGAGTTTGAAGAGCCTTACCGGGAAGCTCTGCCCACCCTCAAGCTTCGTGACTCCCTCTACTTTGGCATTGAGCCCGTGGTGCACGTGAGCGGCTTGGAAAGCTTGGTGGAGAGCTGCTTTGCCACCCCCACCTCCAAGATCGACGAGGTCCTGAAATACTACCTCATCCGGGATGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000138315:ENST00000334011:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):

C1:
PF0010018=Zona_pellucida=PU(20.0=92.6)
A:
NA
C2:
PF0010018=Zona_pellucida=FE(55.2=100)


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
ALTERNATIVE
Chicken
(galGal3)
ALTERNATIVE
Zebrafish
(danRer10)
LOW PSI
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Autistic and control brains
  • Pre-implantation embryo development