HsaINT0118131 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000138315 | OIT3
Description
oncoprotein induced transcript 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:29953]
Coordinates
chr10:72913308-72924644:+
Coord C1 exon
chr10:72913308-72913468
Coord A exon
chr10:72913469-72924228
Coord C2 exon
chr10:72924229-72924644
Length
10760 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GATGTAGGT
5' ss Score
4.9
3' ss Seq
CTCACCCTGGCCTGGCTCAGGTG
3' ss Score
5.45
Exon sequences
Seq C1 exon
TCCCTGTGTTGTGCAAATCAAATGCCATTGAAGTGAACATCCCCAGGGAGCTGGTTGGTGGCCTGGAGCTCTTCCTGACCAACACCTCCTGCCGAGGAGTGTCCAACGGCACCCATGTCAACATCCTCTTCTCTCTCAAGACATGTGGTACAGTGGTCGAT
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTGGTGAATGACAAGATTGTGGCCAGCAACCTCGTGACAGGTCTACCCAAGCAGACCCCGGGGAGCAGCGGGGACTTCATCATCCGAACCAGCAAGCTGCTGATCCCGGTGACCTGCGAGTTTCCACGCCTGTACACCATTTCTGAAGGATACGTTCCCAACCTTCGAAACTCCCCACTGGAAATCATGAGCCGAAATCATGGGATCTTCCCATTCACTCTGGAGATCTTCAAGGACAATGAGTTTGAAGAGCCTTACCGGGAAGCTCTGCCCACCCTCAAGCTTCGTGACTCCCTCTACTTTGGCATTGAGCCCGTGGTGCACGTGAGCGGCTTGGAAAGCTTGGTGGAGAGCTGCTTTGCCACCCCCACCTCCAAGATCGACGAGGTCCTGAAATACTACCTCATCCGGGATGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000138315:ENST00000334011:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0010018=Zona_pellucida=PU(20.0=92.6)
A:
NA
C2:
PF0010018=Zona_pellucida=FE(55.2=100)
Main Inclusion Isoform:
NA

Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development