HsaINT0118629 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000070882 | OSBPL3
Description
oxysterol binding protein like 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:16370]
Coordinates
chr7:24852504-24861769:-
Coord C1 exon
chr7:24861613-24861769
Coord A exon
chr7:24852635-24861612
Coord C2 exon
chr7:24852504-24852634
Length
8978 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAAT
5' ss Score
8.88
3' ss Seq
TAATGATTCTATCTCTATAGTTT
3' ss Score
6.13
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCCCGAAACCTTTTTCTGGCCCAGTAAGACTACACTCCTCCAATCCTAATTTGTCAACACTAGATTTTGGAGAAGAGAAAAATTATTCTGATGGCTCTGAAACCTCATCAGAGTTTTCTAAAATGCAAGAAGATCTGTGTCATATTGCCCATAAAG
Seq A exon
GTAAATGAGTTTTCTTTCTTCCTAATGTGTTTGATGAAAATGTTAAGTGCATGTCTGAATGTGAGATGTCCTTAGAGAGAGTATCTTAGTTGGTTCATTTTCTGCTCTATTAAGATTTAGGGAAACCTAATCTTTATTTTATTTCCCTAGTAGTGGAGAATGTATTGGCAAGAACTTTCTTTTTAACCTTGTGGGGGAGACAATGAGAGAGAGTTAGTACTTTAAAAGCTGAGCAATTCATGTGATGTTGGTGGGAGTGTAAATTGGTAATTTTCTGGAGGGCAATATGATATTATTTTCTCACTATTTTTAAAATCTGCCTATCTAGCAATTCCACTTTGAAGAATTCATTGTAGGAATTAACTTAGAATTTATCCAAACAAAGTATCCATTTTGCATTGTCACATCAAAAATTAGAAATAGGTATTCAACATCATTAGCCATTAGGAAAATGCAGATTAAAGCCATGATGAGATATCACTACACACCTATTAGAAGAGCCAAAGTTAAAAGGAAATATAGTATCAAATGCTGGTGAAAATGCATATAAATTTAATCTGTCATACATTGCTTGTAGCTATGTAAAATGGTGTAGCCACTCTGGAAAACAGTTTGGCAGTGTTGTATAAAATTAAACATGCATTTACCATGCAACCCAACACTCATTTCTGAGCATTTGTTCCAGATAAATGAAAATTTATGTCCACACACAAATCTATACCCATGTTCAAAGCAAGTTTATTTGTATTGGCCAAAGACTGGAAACAAACTCAAGTGGTTTTCAACAGATGAATGGTTAAACAAACTGTGGTACATCCATACAATGGAATACTCCTCAGCAATACCAAGGAACAAACTATTGATATACATAGCAACTTGGATGGATCTCAGGGACGTTATGCTGACAGAAAATAACCAATCTCAAAACATTACATAGTATAGGTGTATTACTCCATTTTCATGCTGCTGATAAAGACATACCCGAAACTGGGTAATTTATAAAGAAAAAGAGGTTTAATGGACTCACAGTTCCATGTGGCTGGGGAGGCCTCACAATCATGGCAGATGACGAAAAGCATGTCTTACATGGTGGCAGGCAAGAGAGAATTAAAGCTAAGTGAAAAGGGAAACCCCTTATAAAACCATCAGATCTCATGAGACTTATTTACTACCACAAGAACAGTATTTGGGAAGCCACCCCCGTGATTCAATTATCCTTCACTGAGTCCCTCCCATAACACATGGGAATTATGGGAGCTATAATTCAAGATAAGATTTGGGTGGGGACACAGCCAAACCATATCTGTAGGGTTCCACTTACATAAATGTTTTGAAATGATATAATTATGGAGATGGAGGAAGTAAAGGGGAGTGTGATTATAAAGGGGTAGCACAAGGGATCTTGTAGTGATGAAAAATTCTGTATCCTGATTGTGGTGCTGGTTACAGGAATGTGGACATGTGATAAAATTGCATTTACTTATACCCACACACATACAAACAGATCAGTGAATGTAAATCTGGTGAAATCTGAATAAAATCTGTAGATTATACTAATGTCAACTCCCACGTTTTTATATTGTACCATAGATGTGTAAGATGTAACTACTGGGAGAAACTGGGTATAGGGTATGTGGGACTTTACTATTTTGCAATTACCTGTAAGTCAATAATGATTTCAAAATAAAAGGTTAAAAAAATAGAAATAATCTAAATGCCAAACAATAGGGGATTGAATTTTTTCAAAAACGTAATATAATAGAATACTCACTAATAATAATAATGAGAGCTACTTAACATCGAGCACATAACTGTCACGTCAGGTATTTGCTAATTACTTTACGTGCATTATTTTAATTCTAGCTGCAGCCTGCGAAGTAGGTATCATTATGATCTCTATTGCATAAATAAGAAACTTGAGACTTAGATAAAATAACAGCTTCCTGAGGGTCACATGGTTACAAAGCAGCCAGCATGAGACTTGAATTCTCACCTGTTTGACCCCAGAGTCCATAATCCTTACCTGGTATTTCTCTGCTCTTACAGATGGAGTGGCCAGCGTTATTTTTTATAGTTGTAGAAAGATGTCCTCAGCATAAAATGTAAAGTAAAAATGTAAGGTTACAAAACAATATATAGGTATGATCCTATTTCGGGCATATATAGGTATACTAAAAAGTCTGGAAGGATATATACAAACATTTAAGTGATGGAGGCTGGAGTTCTAAGTGCTTATTTATCTTTCTGCTTAACTTTTTTTTCAATTTTCATATATTATTTCTTAAAGAGAAAATGGATTTAAAATTTTTCAGTGGGAGGGCAGTGTGTAATATGGGAAGAGAGAAGATATTCCCTCTATTGCCTTCCTTTCCTACTTCGTATTTTTGTTTCGTACATTACTGATTCCTTCAGCTCTCTCTTCCCTTACCCTCTAAATTTAAAACATGTTGGATATGAGGTGGGTTATAAGGAAACCATTTCATCCTTTATACAGATTGCTACCTGGAATGCTTGTCCTAATTACCATTAGACTGTTATGAGTGTTTTGTTGTGCAGTTCATCCGTGAAATGGCAAGAGTTACCTGGCCCACCCTTAAAGGATCTTCAAAGAATTTGAAGAATTAAAATAATCAGTTGCAATTAGGGCATCTTAAGTTTTGTGGGAGGAAATTCCTATAAAACATTGTTACTTTTTAATAATACAAACTTTTAAACAATGAGAAGATAATGCCTCCCTACACAGAGGAAATGTCCTGAGTTTCACCTCCATTGAAGAAGCTGCCTCCTCAGCAGGACAAAGGTTGCCATACTGAGTGGATCCATTGATCCAGTCCTCCTGCAGAGGTCTCCACCTTGTTGAAAGTCTGTAATGGGCCCCATCCAGCAGTTCTGTCTTTCCCACTTTGTGAAAACCTGCTGGCTGCAGAGCTGCCACATACCTAGACTGGGCCAAGGTTTGTCCTGGAGAAAGGTCCAATGCACTTATTCAACAGTTGCCTGAGCCCTGTGGGCTTACAGACAACAAATTCCACAGGGAGCCTAACAAGGTGTTTCATTCCTGTGGTTTTACAGTACACTTGCAGAGAGGGAAAGATCTTCCTTTTCCTGGTTCAGGGAGTCTCTTGCACAGATTGTAATTTGGGGGCCTCAGAGAATAAAGACAGCTCTCAGGTTTGTACTAAGTCCTGTGACCTTGCATGCCTTCTCACTTCCATACATTCAAACTCGAAGCATCTTGACCTTTCTTCCTGTGTAAACCTCGTTTTGTTACTGACAGTATCTATTGTACTTTCTCGACTGCATCACTATTCTGTTGACTACAATTCCAAAGCAGCTGAACTAAAGGCAAGAATTCCAGTGATGTAACATAGTCTCTGCGACCTTCACCTTGTTAAATGCATCTGAATTCTCCTGGTTTTGTAGATCAAATGGTAGGGAACCAAAATACACCCATGCTAGTTTTAAAAGTCCTTATTCTATATTATAGACTGTGAGTTTGATTTTTATGGCATATTGTTGAACCAGTTGTTGGCTTATGTTTCTGGCTTTGTGTGGATGTTCACACACATATAAGCAGAGAATGAAATATATTGAAACCTAAAAGTCTTAAGTAATTTTTGTTGCATATATTAGCTTTTACATTTCCCAAAATATGTTTTATGGAACACTTTACCCATAAAGTACTTCTAAAAATGAAACAAAAACTTCATGATTAAAAATGTTTGGAAAACACTGCTGACTATGGTCTCCTTTGGATTTACATAAGAACAGTAAATAGTAAAGGCCCTGAGAAGTCCTGCAGCAAAAAACAACACAAAAATCTGTTGGCTTTGTTTAACTCAGTGACTTTCAATATTATTTGGGAATCTTCCCCCCTATTCCCAACAGCTATTAACATCCTGGAATTTAAGTTTCTGAGAAACATACTTTAAAAAACATTGTAAATAATAAGCCTTTTTGGAGCTCCCTCTGTACTGGCTAAGTAGGCCACCTCTGTTACTGACTAGCTGTGGAAATTTGACTTCATTTATTAACCTCTCTGGCCCTTGATAGCCTGTTAAATGTCGTATAGTAGTTGTCCTGACTCTTTTGGTTCTCAAAATCTGTAGTTATTTTCTTTGATTATTTTACACTGAATAGAAAGAGTCCCTACTATTGCTTATTGTTACAAGAAGGCTTTCTGAGAGAGTGTTCTGTTAGCAGAAACAGAAATGACCAAACTTGGTGAGGAGATTTAGGATGGCAAAGCAAGGAACAAGACAGGGCTAGGGTCAGGTGTTCTGAATGGAAGCGGATATCTGTGTTCTTTGACTTGGAAGGGAAGCAAATGATGTTTTAGGGACACTTTTCCTACAAGTGAAGGAAATCCTCATTCACAAATGTGAAAGCTACATAGAACAAAGTCAAAACTGTATTTACCTATTCTTTTCTTTCTGGATTCTTTCCCTATGTTGAGTAGTAAGTATTGAGTGGTCATTTTCTGAACCATTTTCAGCTTATGGAAGCATTGAATAAAAAGCCAAGTGTGTTACAATGATACCTCTTTCATAGATTAAAAAGCTAAAAGAGATATATGACTGAACAAAAAGCCAAGTCATTTATTGTTCATAAATTAGAATTCAGCATAAATGTGCTGAGCAATTAGATTCATAAGTAGGACCATTTAGTAAAGTTACCTAATGTATCTAAATCAATTTGGATGGAATATGGGTTAAAAAGAATTTTAAAATCATGGGCATCCTGTGAGGTTTGAAACTGCTGCAGATTACAGAAGATCAGAGTGTCCCAGATATATTAGGAATGTTAACATTTCAAAGAAAATTCACCTAAAATTTGGTTTCCAATTAAAAAGGGGGAAAAATGAGTCTCACTGTTTGTTAGGTGCTCTGTGATAGTAGGTTTTCTCATTGCTTAAAGCGCTCCTCAGATGTGCCCATCATCTACATGTACAGATGTAGAAACGTATTTTGGACAAATCCTGAATATAATTGTCCAAAATA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Seq C2 exon
TTTACTTCACTTTAAGGTCAGCTTTTAATATCATGTCAGCGGAGAGAGAGAAACTGAAGCAGCTGATGGAGCAGGATGCCTCCTCCTCCCCGTCTGCTCAGGTCATTGGTCTGAAGAACGCCCTGTCATCC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000070882:ENST00000313367:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.525 A=NA C2=0.348
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development