HsaINT0119165 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000154814 | OXNAD1
Description
oxidoreductase NAD binding domain containing 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:25128]
Coordinates
chr3:16286342-16294997:+
Coord C1 exon
chr3:16286342-16286448
Coord A exon
chr3:16286449-16294855
Coord C2 exon
chr3:16294856-16294997
Length
8407 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GTGGTAAGT
5' ss Score
10.36
3' ss Seq
TTATTTGGCTTTCTTTTTAGGGT
3' ss Score
11.6
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTGTGTCAGCAGCTAAGGTGTGTGGAGCTGCCAGTGAGTCACCGTCAGTGAAGAGCCTCCGCTTGCTTGTTGCTGATCAAGACTTTTCCTTTAAAGCTGGCCAGTG
Seq A exon
GTAAGTGACTTTTCTGTGTTCCATGTATGTATGTTCAAGAAGGTGCCATCAGATAGAAGGTATTATTTTTTCTCCTGGAAAAGGCTAGCCATTCCCTTGAGGAAGAGGAATTCTAAATCATATCTGCTCAGGGTGAGCCTTTGTTGGCACAGAGGATCTGATTCCTTTTCTGGCCTCAGAGCCCACTTGGGTTTTGAGCCCGTGGCTCCCTCAGTCGTATATGAAAATTGCTGTCTTGTGTTTTCCACATTCAAACAAAGCTAGTTCTGGCCCATGGAACTGACAGCTCTGATAATTAGACTCTTCAGGAATGGTTGCTAACAGAATGCACTTCAGTAATCTAATCTCCTTGAGTTACGTGTTGCAGGAGATTCATAGGTTTTTTAAAAGTAGTCTTCTTCGTGTCCAATGCAGAGTAAACAAAGTATCCTGAAGAGAAGAGGAACTAGTGATGTCATCACAGGGCTCACTACCCTCTTGACTGAATTTGTCTATCATATGTACCTTATTTGGGTTGAATTTAAATACTTTGCCTAATTTGTTATCAGGATTCCCCAGTCAGGCCCAGCTCCCCAGAACCCCCACACAAATCATAAGTCTGTCCCATTTGACTCGGGACTGATCAGCATGCTGACTGGGTAACATTTCCTCCGAATGGGGCCTCCCTGAGCTTCAATTCAAGTTCAATTGTAAGGAAAGCAACTTGAATTTCCCTAGGAAAGGTGTGTTTGGGTGTGTGTGTCCTTTATTTTAATAAAGCATTCATTTCTAAATGGATTTCTGGCATGTCAGTCTTGATAGTGTTTCTTAGGAGTCACTTGACTAATTTTGGCAGTCCATCTGGAAATGTGGTTTTGTTAGAAGGAGGATGTGTGATAATAGCAAGTGTGATAATAGCAAGAGTTAGCAGTCTTGTGTGTTAATAGTTTGCCTTTGAATTTAGAACTAGAAAACAAGATGCTGATTGCAATAATTTGGGTTTGTGAAGCAATTTACTGCAATCTTTGCACATGTTCGATGATACACATTAAATGCATTTTGCCTGTTTTAGGGGGCGGGCAACATATTTACCCTTCAAAAATGGTTTAGCAGTCATTATATTGAAAAGTGGAAACTTTAATTGTAATGATCTGTTTTCCATATTTCCTTTCTGTGGAAATGTTTGTGTCCTGTGCAAAGCACTGTCTCCGTGCCTTCAACTCTGAATCCTGCCAAGACTCAGACCCAGCCTCCTGGTTAGGAAAAGCCTGTGCATTGGTTATTGTGCTGCCACCGTGGTGTGCCTGCAAGTGTAATGCACTTGCTAACCTCAGTTACCTGATAAGAAAATGTCCTCATTCCCTAGTGATATTTGTAGAAATAGAGTCCTACTGTGATTCTCAAGATGAAATGATTTGGGATTGGTGTCATGTATACCATCCCAATGAATGGATTTGGCCATTTCACTGAATTTAGGCCTGGTTTTCGTATGTGCCTGTCAGACTTCTTCGGAGGTCGGACTTGGCGGGTAAGGATCACTGGCTGGTAGTGTGTGACGCTTTCCCTCCCAGGTGTTGATCAGCATTCATTCCAGGCCCCTGGGCCCTCCTCTTTCAACAAATTTTACCCTTACCATTGATTTATGGTTCTAGGGGTTGTGAGTTCCTTTTGATATTTGACCTTATGGTCACAGAATGGCCATTTTGCTGAGGTTGGCGGTGTCTGTCCCTTCCATGCTGTTGCTTGAATGGCTTTGTGCTCTAGGCTGTCTCAGACCATCAGCTTGGTAGTAACAGCCATGTGGTACTTTGGAGAAGAGGGCAAGGATTAGGGATAGGAAGTGAGGATGTGGCTGCCATGCAGTTTGTGTAGGTAGGATTATCAGACTGGAGAGCTGCTAGAAATCAAGGAGAGGGTTGCTGTTGGGCTTATCTTTGGGGTAAGAGATTGGGCCGTGATTCCACATCTCTGAATTTTTGACCAGTGGCTTCCTCTGACACCTACCAAACTCTGAGAATGAGGTTCCAGGCACAACTCTAACTAAATAAATGAATGTTGTCTGTGACTAGCTGGAGCTTTGGCCACAGATCCCCATGTAGACACCTTCAGCATAGATCAGATATAGGCCTCAAGGGGCTCTTTTTGCACTACACTGTATTCTTACTGGGCCTTGCAGAGAGGGCTGGTTCCTGTAGCAATAAACCAGTTCCAAGAACTGTAGCAATCCAATCCCGAGAGAAAGGCCAAAGGCAGAACCACCTCAAAACATCTCTCACATGAGCAGGGTTGAACTTCTTGGTTCATCTTACTAGTAGGCCTACCACTTGCTAGCTCCTTGGTGAGGCCTGCCCTTGACCAGAATTCCTCCTCCCTTGGGGTGGAAAGCTTGGCACTCACTCTTGGGTCTGGAGCATGCCACCACTGGTCCTCACACAGTGTGCAGCTGCCCTGAGTTTCTAGATTCACATTTGGCTGTGGTGCTCACTGCCTGCCTCTGGCATTGGTTATGCTACTGTGGGTAGCAGTGTATTGTCGCCTAGTGCCCTGGAGACTGCTCAGCTCACATGCTTGCTTTCTACCAGCCAGCTCTGTGATGTGGTCAGTTTCCTTATTTGTCTGGGCTTCAGTTCTCATATCTTCAAAGAGGGAGCAGTAGTATTCCTACGTTTTGGGATATTTAAAGTGTTTAGCATAATGCCTACTGTTAACTTCATTTGTTTGATTTTAGCTTTTGTTATTGCTAATAAGTATTTCATTCAGTTAGATCATATGTGCTGATAAGGCCCAGGGGACAGATTCCAATTCTTATCTCCTTGGTCAGTTTCCCTGCACTGAAGCTGTTGATTGGAAGAGTGGCAGGCCAGGCAGGAGTGGGGGCTTATCACCACCATGTCACCACTGATGCCCCAGTCAGTACTCAATCCACACTTGGCTGGGTATAGCTTGCCTCCTGAGGGGAAGTAAGGCCAAAGCATTTTCACAGAGTGGAGGGAATTCCTGGTCCTAGTGTGTCTGACTTTCTACAAGATAACATAAGTTTAGATGCTAGAAAGCAACTTTGAGCCCTGCTGAGAGAAAGAGGACACCAAGAAGAAACACTGGAGGAGCAAGATTAGAGAAATAAGACTTTATACCTACCCTTGAGCAGGGCTGCCACACTGTAGATAGATAATATCCTTGCAACCTACACAAGCATGTGTGGCAGCCCTGATTCTCACAGGACTGCACATAACATAGCACTGTATTCCTTGGCATCTTTTTCAAACTGTGTCCTCCCCCATTACTCATCTGGTAAGCATTGTGTGTCTTTTAAGACTGTTTAAAGGGCATCTCTTCTGTGAAGTCTTTCTTAATTCCTGTACTCCTGGTAGAATTGACTCCTCCTTCCTCTGCCTTGCCTCGCTACGCTAAGCAGATTTTATCATTGCCCATTTAATTGTATGTATTTGTTAATTTTCCTCCTCTTAGAGTGGGTTCATTGAGGGCAGCAACTAAGACATATGTGCATCTTTGTACCTCCAGCAAGTACCACAGTGCCTGTATATGGTAGGCAGGTGCTCTCTTAGATGTTTGCATTAAGTGAATGAGTGAGGGGCTCTGAGAACTGTAGGCAAGGACTAAAGAGTTCTGGGATCTCATAGTATAGCTGCTGTGTGCTTGGCACTGGGGCTCCCTTTGTGGACAGGACCTGGCTGCCTGGTGTGTCATGGTTGGATGTGGACATCCACTGCTTCACCGCGCACCTAGGCTCCTTCTGCATACACTCACTCATTGGGTATATAGTAAGGGCTTTAACTCATGGCTCCAAGAGTGCTCATCCTGCAAAGGACATTTTTAAAGGTGTGTGTTTAAGGTATAATTCTTTCTTGGACAGATGTTTTATGAAATATGTATTGTGCATATTTTCTTAAATCCATTCAGATGAAGTTTTTATGTAACTTAAATTCTTCTGTATTTTTTAATGAAGGAGTCCTTTTTTTCCAAAGGTAGCTTTCCAGAGTTACTAGAGAAGAGGGTTGGTTCCCTTTCATTCAACTGAGAGAATGGCCTTCATCAGCATTGAGCAGCAGAGGGCACTGTAGTTCAGGAGATGAAGCAGCAAAAGTAGCTTATTAATGTATTTATTTTTTAAACATGGAAATAATGGAGATTTTTGTATACCTCCTCTGTGATAGCATATAGCAACTGTGTTAACAAATGCTAACGATAGTCTTTTAAATTTTTATCTTGTCAGAAATGAAAAGAAAGTTAAAGTACTCATGGAAAAGAGTCAAGTGAAAATAGGTTAAAGTTGGCCAAAGACCTTTTCTGGAGCACTTCCAATCCAGAACTGGTTTTTAAACACTTATAATAAATGACTGGAAATGTAAGGCCATAGACTGCAGGAGAATATTTTTTTAAGGTCATAGATCAGATTAGAGAACATCTTTTGCTTTTCTTTTAGGCCTGTATGTAGGTAAGCAACTGGGGAAGGATGATACTTTTTGCTCTTGTGATGGCTGTGAAACACCTAGATTGGATGTTTATGTTTCCCAGATATGGGGATGAGAATTTTTTGTGGTTCTGTGTTCCAATACATTTTTCTTGGTATGTGACTAGGTTTATTGCATTTCCTAGAATCCTCACCAAAAAAGGGTTTCTGTGGCATAGAATTATTGAAAGCTTGAAACCCAGGAGTTCTAGACTACAGGATGTGGTTAGAAGAAAAGAAGGAAACGTTAAGACTTGTGTAACTCAGAGGCCATATCGGCCTATTAAGTCTGTCAAATACTAGTGGGAGAGTTTTTGTTGCTTTTCTTGACCCTTTTTTCATACTTTTTAAAACTTAAAAAGACTGTTATGTTGAGATATATTCATATAAAATTCAAACATTTAAAGTGTACAATTCAGAGGTTTTAGTATATTAACAGAGTTGTGCAGCTATCAGCACAATCACATTTAGAACATTTTTATCCCAGAAAGAAACTCTGTAATGATTCTTATTCATTCCCTATCCTCCTGCCCGGCTTAGATGACCACTA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Seq C2 exon
GGTTGATTTCTTTATTCCAGGAGTCTCTGTGGTTGGTGGGTTTTCAATATGCTCCAGTCCCAGACTGCTAGAACAAGAGAGAGTGATAGAATTGGCAGTGAAATATACGAACCACCCTCCTGCCCTCTGGGTTCACAATACG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000154814:ENST00000285083:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development