HsaINT0122123 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000138735 | PDE5A
Description
phosphodiesterase 5A, cGMP-specific [Source:HGNC Symbol;Acc:8784]
Coordinates
chr4:120446704-120460174:-
Coord C1 exon
chr4:120460115-120460174
Coord A exon
chr4:120446851-120460114
Coord C2 exon
chr4:120446704-120446850
Length
13264 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GCGGTAATT
5' ss Score
6.84
3' ss Seq
TTCTTCTTTCCTTACCCAAGGCT
3' ss Score
5.76
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTCTGTCGTATCATGCTTCAGCAGCAGAGGAAGAAACAAGAGAGCTACAGTCGTTAGCG
Seq A exon
GTAATTATCCTCTTTCTTTTTAAAAATTACTAATTACAGACACCTAATTTAACCAAATTTGGTAAATATTTAGATGGATACTTATAAAAATGTTTAATTAACTCTGCTTTCTTGCAGGGATGCAAAGTCACTGATAATACAAAGCAAAAGGCATTAAATAACTTATACTGACTGTGTAATATAGTGTATGATTCTGATATTTGTTTTCCAGTAATTGTTATAATCATTACATCTTTTTGGGGCCAAAATTAAATTTACTTTTCTTTTAGTTCCTGGAGAAATGGGGACCATGAGGTGGTTGTTTGGCTAGGGTAATAACAAAACAATTTATAGTTTGTTACTGATACCTACTCTGTATTATCAAGAATTGAGAGTGATTTTAATTTCTGACCATATGGCTTATAAAATGCTGTTTGAAATTGGGGTCAAATAAGGTCAGTTCCTGAATTCTCTTTGCATTATTTAGCATACAATGAGAGAAAAGCACATGGATATGTAAGTAGATGTATGTTGTAGGTCTTGGTTTGGAATGGCTTGGTTGAGATTAATGAAAATTTGAGGCACTTTAACACTTTACAACCTAGGTTGTCCTCCTGTGTTTAAATGTATTTGCGATGACATAGGTAAGGGCCATGTGAGTTGTGACAACAGTTATGTAAGGAATGAGAAAAGTGTGAACAGATCATTGAGAGTCTTTTTCTGTCATCCTCATCATAGTTTGCCACATGCTAAACTCTTTGTGCCCTTATGTACATCTTCTCATGTAAACTGCACAACTGTTTTCTCATGTAAACTTCATAACTATGTTATGAAGGCCGCACTGAAGCCTGGAGAAGCCCAGTGACTTGCTCAAGGTCACTGCCATGCAGTGAAAGAATGAGGATACAAGTTCACCATCCAGAGCTTGTGCACAGAACACTGTGCTGAGACAGGAAAGATGATCCAAATATTTTGACCTTGGCAATTCAAAGAATGATGGTGACATTAATTCATAAAAGTGGAAATATTAAGATGAATATTAAGAATCACATGATTCAAGCAACACCCTTCATAGCTGCTCCTCCACTCTCTTTTACACAAAACATTATAATTTTTGAATAGTCTATATTCATTTCTTCCACCATTTACTTTTACCTTTTGCAGTTTCACTTCCCTGAAACTGCAGGTTTGATTTAGGACAAGGTAAGTTTGAGGTGCTGGTTGAACAACCAAGTGAACATCTTCAGCAATCAGAAAAGGCAGGACTCAAGCGATGAGGTGGTGGTGTTTAGAACTAGAGGTGGAGATTTGGGAGTTAACATCCCATGGTAGTGAAATCATAGGGGTGCATCAATTGGGAGAGAATGCAGAGAGGTAGAGAGACTGAGAACAGAACTCCTGTGAATATAGCCTTAGATGGAAGGAACAGGAAAAGAAAACAGCCAAGAAGGTAGAGAAGTGGTAGTTAAACAAGGAGGAAGATTTAGGATAGTGCAGTGGCACAGAAGGCAAAATAAAGTAGTTTCAAAAAGGGAGGAGATCTCATCAGTGGTAGGAAGGATGAGAAATATGAGGATTGTGAAAAAGCTGCTGTGGATTCGTTGATTAAGTGATTATTGAGAACGCAGTTTCAGGGAAGTGAAACTGCAAAAGGTAAAAGTAAATGGTGGAAGAAATGAATATAGACTATTCAAAAATTGTAATGTTTTGTGTAAAACAGAGTGGAGGAGCAGCTATGAAGGATGTTGCCCGAATCATGTGAAGTTTTTTATTGTTTGGTTAGGTTTTGAATGTGTGAGCTGGCATTGCTCACAAGCAAGAGAGGCAGAATGTTCTTAGGCAAAGGCGGAGGCACAGGAGTCAGTGTGAGAATAACAATGCAAGACAGTGAAGAGATAAGGACCTTGAAGAGGGCTAGGCATGAAAGAGCAACATTTCTTTTGCCCAAACAAGAGGATACAGATAATAATAATAGCTACATTTGTTGAGCACTTCCTGTATACCGAGCGTGTTTTAAGTTCTTTGTGTAAGTCAACTAAGTTTACTGAATCCACAACCTAAATGATCAGTATTGTTAGCATTTTGTAAGAGGGAATTTGTGGCTTAGAGAGTTTCTATTGTGCTTCTCAGGATCTCATTAGGTTGTAAGGAGGGAATGGTGCCAGTACTAAATCCAGGCAGTCTGGATCCAGAGCCCACACAAGATTGCACAGCACTGGAGAGAGAGTAAGTTAGACAGAACAAAGTAAAATGAGGACTTGTAAACATTTTCAGTTAAATCCATGAGTAAGAAACTGAGTCATTTGCCAGTGAAACTGAGTTAACTGCCAAGAACAATTCTATGAACTTTAGATACTAATTGCACCTGAAAGGTTAAGGTCCTTTTTGAGTTAACCTCATATGGAATTGTCTATATTTATTTTGTATGTTGATGACAGTATTTGAAGTGATGAACAGTTTTTCAATTATTTACAAAGCTTTACAGGTTTAAAGTATTATTCACCTCAGGCTTAATTGGCCCATTTGTCTATTCTTCCTAGAAGGATGTAGTTTTCGAGCAATATGTTTGGTGATTTAGAAATTGTCTACATATTGAAGTTCCTGCAGGCACTGCAGGGTTAAGTTATTTCTAAAATGAAGGTGAGGGTTACACTCTATCATTATATGTGTTGTTCTAGGTTAAAAAAAAAGCTAGCAATAATTTCTAAAGATGATATTCAAGTTTGTTTTTCACTTTGAAAATAGTAGTCTTTCAGAAAAATCTGAAAATTATTTTCTCAATGTTTATAATTTTAGCAAGAGAAAAATACTTTTGAATAACTGAAAATTGCTATATTCCAGTATTGTTCAAAACCAGCTGTTGTTGCATTTAGAAAATAGATTTCTGGCAGCTGCATTGAGAAATTTAGGGTTACATAGCTTGTAGGTCAAGTAATTCACTTAAATTGGTTGAAATTCAGCAACTGATTTCAGTTCTAGTTGTCTGTCAACCAAATAAAAATGCCTGTACAGCCCTAGCTACACAGGTGTTTGTATCATCCAGCAATCACCAAAATTGCTGTCGTTTGTCTGGTTATCTCAATTTAAAACCCAAAATAAATGGAAAAGCTATCAAATATTTTCTTAATTTTTATTTTAACAAATTTATTCTTAAGAGAATTAAATCTACTAAATATTTACGCCTGTGTCCAGAAAAATTTCTCCAGTTATAACAAAGTAATTAGTGGATAGGAAATTCAGAATCTTTATTTTTTCCACTTCTGTTGCTTGAGTGTTGTATCCCATTATAAATCTAACCTTCTCTTGGCTTAAAATTGGGTGTAGCATAAATTAGGTGTTAAACTGAGCATTTTGCATATATCTTTTAATGATCCTTAGTTGCAAGTTGCGGAGATAATAATAAAAGGACCCCGGCTGACCTGTTATGGTTATTAGAAAGTTAATTAATTATCAGAATATAATAAGTGCTTATTTATTATCTGAAAAACTAGGAAGTAAATATTTGATTCATTGATTGACAGCCTTTTTTGCCTTCTGTAGGAGATCAGTCAGGGTGGCGGGAAAAACTGTGGAAAGATGCAAACCTTCTTGGAAGGCTGGGAGGTTTTACAAAAGCTTCGGAAAAGGATTTGGCTGAAGGCAGCCAGATTCTCTTATCCGGTGCCTAAAAGCTTAGGTTAGATAGAAAGGGGATGAGGGGTGACCATGTTAATTACCCACAAGTGTGTTGACTCAAGGCCTCTGTCATTAAATCTGTACTAAATAAATGCCTGCAGCCCCAGCTTGTCAGGGCTGCAGCTGCTACAACTCTTTCTGTGGGTTACCTGGTCCCCTAGCCTGCTCTTTCATTGGATATCTGGGTCAGAGTGCATTTTCTCATCTGTTGCTCTGTCAGGGTCTGTGGGTCAGTCCCGGCAACCTTCCTTTCTTGTTAGAACAGTAAAATATATACCAGGGTTTGGTTTTATAAAATAGCTTCTCATTTTTGTCACGGAGGCAGTGCTGTTTCAGTTCAGTCCTTATAGCTTAGCTGACCATTTAGGCAGGATTTCTTAGGCCAGAATTTTCCTCATCTTGACCTTAACCTTTCAGAGCCAAAAACTTCCCATGACCCTGTCTTGATCACACATGTGTGTGATTGCTGCAGGTGACAGCAGTAAGGGGCGGAGCCAGGTACCTGACCCAAATCTCTGATGCCTAAGTCAGTGTTATGGCACTGATCAAGTTCCTTATGTCAAGATGACCATCATATTCCTTCATTTTTTGAAAACTCTGTATGGATGGCCAGATTATAAATGGAAAAATTTTGAGCAGATAATTTAACAAAGAAGTATTGGCCCGACTATCTTGATAACCACTATCACTGAACTGTAATTACCTATGGCATCCAGTAAGGCAGTGGTACCCAACCTTTTTGGCACCAGGGACTGATTTTGTGGAAGACAATTTTTCCAGGGGTTGGGTTGGGGGGCGGGCGGAATGGAGATATAGTCAGTATGGGAATAGTTTTGGGATGAAACTGTTTCACCTCAGATCATCAGGCATTAGATTCTCATAAGGAGCATGCAACCGAGATCCCTCACATGTACAGTTCTCATGCTCCTATGAGAATCTAATGCTGTCACTGATCTGACAGGAGGCAGAGCTCAGGCAGTAATTCTCACTCCCACTACTCACCACCTCCTGCTATGTGGCCTGGTTCCTAACCAGCCACGGTCGGGTACCAGTCCACAACTCAGTGGTTGGGAAGCCCCAAGGCATCATCTTCCTCAAACAGTCCTAGAAATCCTCTGAAACAATACTTTGGACTTTCTGTACACCATCGATTGAGACATTGATTTTTGTAGATGTATGTAACATTAACTGGGCTACATGTTTTTCACATTGGCAAGACCTACTAGATTTTCTGTTTGATTCTTTCTGCCTTCATGTGACAAGCTAATCTTGTCTGTTTTGATTTGATTTTACTAGTGGGTTACTTCCAGTGATAAGCTTAGCTCCAAAATATGAGGGCACTGTTC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Seq C2 exon
GCTGCTGTGGTGCCATCTGCCCAGACCCTTAAAATTACTGACTTTAGCTTCAGTGACTTTGAGCTGTCTGATCTGGAAACAGCACTGTGTACAATTCGGATGTTTACTGACCTCAACCTTGTGCAGAACTTCCAGATGAAACATGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000138735-PDE5A:NM_001083:11
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)