HsaINT0124384 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000144362 | PHOSPHO2
Description
phosphatase, orphan 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:28316]
Coordinates
chr2:170553871-170558218:+
Coord C1 exon
chr2:170553871-170554041
Coord A exon
chr2:170554042-170557455
Coord C2 exon
chr2:170557456-170558218
Length
3414 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTAAGT
5' ss Score
10.24
3' ss Seq
TAATATTTCTTCTTTTTCAGGGT
3' ss Score
10.97
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGTTAAGAAGTTTCCATTATTTTGCTCCAAACCAGAAGACTCTGTTCCCTGTATATAGAATAGGAGTAATATTTGAAAACAACTGGCTGATGTTTAAAACTGAAGATTGTCATGATTGTTTATCCTAATCCCAATGCTGAAGTAAGATTGTCTTGGAAATACTAAGTTGG
Seq A exon
GTAAGTATTTTTTAAAGGTTTATGTTGAGTGGTGAGAAAATACTAACAGAAAAAGATGGGAAAATTTTAAAAGTGCACTTTCAGATCAGCAGGGGAACTATGTTACCTCAGTCTCATGCTATTTTGAGGCTAATAATTCAGGAATTTCAGTAATTTGTGGCTAATTAAGTTTAGGTTTGAGGCAGTTTTCAAACAACAGTGAGTTACATTTGAAATTTGTTTTAATTATAAATTCAGAATTCTCAAAAAGCATATTTAATTTAAAATGTGCCTAGTTACAGTACTACTGTGATTGTCAATTATGCCTTATTATTTATTACATTGTTTCTGTAGGAAAGTGAATTCTGCATTTAAATTTCAGGGAACCAGTCAGAAGCATCTGGATTAGGCATTTAGTGATACAAGGATCCAGAATAACAAAAACTATGTACCAGCCACATTCACACAACAGGTGATACCCCTATAGGTTAATTATTCTCTAGATATTCTAAATTAAGAGACACAGAATACTTAGTCTTATGTGAGTCAAGAGCTCTATTCTGTCTTCACTACTGGGTGTCTACTGTTATAAACTGGAGAATATGTGTGGTTAAATGCCATGTTTTTCATTTTTAATTGATCTTTTTCTTATTGCTGTGGTTCTTTGCCTTTTTAGGATTTCTTGTAAAAACCTCAAAATGGTTATAAAGAGTATCACAGATGTGGTGTTATGGTTAGTGTGTACTTTGAAAGTAATGAATGTTTTTATGTAATTAAATATCTTTCTGCCAAAATTACCTACTTAGTGTTATATTTTTAAACTAATGAGTAGTCATTAAATATTCTATTTTTTAACACTAGAATTTGGTACTTAAAAGCATGAAGTCTGGAATCAAATCAACCTAAGATTCCAGCTCTGGCACTTTACTAACACCTAACCACTTCAAGATCCAGCTTATATATCTTTAAGATGAGGATAATAATGATTCCTACTTAATAGGGTTGTGACAATTAAATGGTATGATATTGCAAAGTTTTTAGGTCAGTGCCTGACATATAATGACTCTCAAAATTATTATTATTATCTGTTTACACACATTAATTATATCCTTTTCTGGATATTCTATATAGTTATTTTTTATAAATAATGTTTATTCTTACCATCAGTTGACCAGCTTATTCTTTCCTTTTCTCTTGAGATTTATAATTAATCACCTTCATTATATTCTAATGAAAACAGAGACATAAGTAATTGTCACACCACAAACAGTATGATTACTCAGGTGTATTCAAATTATTTGGCACCCCAGAGCTAAACTATCTAGAGCAGCTATAAATAAACATGTGAAAACTCTTAACCAAGTTACTTCTAGTTTGGAAGAATTAAATTGGCCTCCAGTTCTCAGGTAATTTGTTTAGAATATCATATAGAGTGTCAGCAATCATTTACTTATAATATTGATATTTAGAAATTGATTTTAAGCTAAATACTTTTTTAATTTTTTTGATTTCCACCTTTTAAGTTCAGGGGTACATGTGCAGGATGTGTAGATTTGTTACATAGGTAAGTGTGTGCCCTGATGGTTTGCTGCACAGATCATCACATCACCTAGGTATTGAGCCCAGCATCCACTAGCTGTTTTCCTGATGCTCTGCCTCCTCCCACCCCCACCCTCTGACAGGTCCCAGGGTATGTTATTCCCTTCCACGTGTTCTCATGATTCAGCTCCCACTTATAAGTGAGAACACATGGTGTTTGGTTTTTCTTGTTGTTGTTCCTGTGTTAGTTTGCTGAGGATAATGGCTTCCAGATCCATCCATGTCCCTGTAAAGGACATCATCTCATTCCTTTTTATAGCTGCATAATATTCCATGGTGTATAAGTACCTCATTTTCTTTATCCAGTCTGTCATTGATGGGCATTTAGGTTGATCCCATGTCTTTGCTATTGTGAACAGTGCTGCAGTGAACATACGCTTGCATGTATCTTTATAATAGAATGATTTACATTCCTTTGGGTATATACCCAGTAATGGGATTACTGGGTCAAGTGGTATTTCTGCCTCTACGTCTTTGAGGAATCACCACACTGTCTTCCACGATGGTTGAACTAATTTAATTTACACTCCTACCAACAGTGTAAAAGTGTTCCTTTTTCTCCACAACCTTGCCAGCATCTGTTATTTTTTGGCTTTTTAATAATAGCCATTCTGACTAGTATAAGATGGTATCTCGTTGTGGCTTTAGTTTGCATTTCTCTAATGATCAGTGATGTTGAGCTTTTTTTTCATATATTTCTTGGGCACATGTATTGTCTTCTTTCCAGAATTGTCTGTTTGTGTCTTTGCCCACTTCTTAATGGGGCTGTTTGTTTTTTCTTGTAAATTTGTTTAAGTTCCTTATCAAGGAACTACATGATTCTTATCAAAAAGGATTTTGGACAGATTTTATGGGCAGAGTCTTTAACTATTTGGGAGCTAAAGGTGTAAGAGAAGATAAAATGAAAAGAGCAGTGACATCGATGCCTTTCACTTCAGGGATGGTGGAACTTTTCAACTTTATAATAGTTGCTGGATATTAGACCTTTGTCAGATGGATAAATTGCAAAAATTTTCTCCCATTCTCTAAGTTGTCTGTTTACTCTGTTGATAGTTTCTTTTGCTGTGCAGAAGCTCTTTAGTTTAATTAGATACCATTTGTCAATTTTTGCTGTTGTTGCATTTGCTTTTGGCATCTTTGTCATGAAACCTTTGCCTTTGCTGTGTCCTGAATTGTATTGCCTAGATTTTCTTCTAGGTTTTTTATAGTGTTGGGTTTTACACTTAAGTCTTTAATCCACCTTGAGTTGATTTTTGTATATGGTGTTAAGGAAGGGGTCCAGTTTGTTTTCTGCATATGGCTAGCCAGTTATCCCAGCACCATTTATTAAATAGGGAATCCTTTCCCCATTGCTTGTTTTTGTTACTAAATACCTTTTCTTAAAAAGTTATTTTACATCTTCCAAGATTTCATGTTATGTTAAATTTGTTCAGAATTTTGGTTAGTACACAGAGAGTCCTTTATACATGATCTGTTATTTAATATGAGGATTGTAAATATTTTAATCTAATAAAATAAGTGTGGTTTGATTGATAATTTAATGATAGTAAGAAATGCTTTTTTTTCTTTCTTATAAATTCTATAAGAAACACACCTCCAGGAACACAATAATACTATGAATGTCCTTTTTATATATTTTGTTTTCCACTTAAAATACTCAAATACGAACTTTGCTTCTTAGAGAAAAGTGGTTAGGTAGTGGTCTTGAAGTGCTTAATTACTTTGTTTATATTCCTCCCTTTAGCAGATTAACATTTAGTTATGTTTATTAAATAAGTATTTTAGCTAGATATGTAAACAGAGTTTGTTTAGGGAATAATATTTCTTCTTTTTCAG
Seq C2 exon
GGTAATCCAAATCTATTTCTGGAACCATGAAAATTTTGCTAGTTTTTGACTTTGACAATACAATCATAGATGACAATAGTGACACTTGGATTGTACAATGTGCTCCCAACAAAAAGCTTCCTATTGAACTACGTGATTCTTATCGAAAAGGATTTTGGACAGAATTTATGGGCAGAGTCTTTAAGTATTTGGGAGATAAGGGTGTAAGAGAACATGAAATGAAAAGAGCAGTGACATCATTGCCTTTCACTCCAGGGATGGTGGAACTCTTCAACTTTATAAGAAAGAATAAGGATAAATTTGACTGCATTATTATTTCAGATTCAAATTCGGTCTTCATAGATTGGGTTTTAGAAGCTGCCAGTTTTCATGACATATTTGATAAAGTGTTTACAAATCCAGCAGCTTTTAATAGCAATGGTCATCTCACTGTTGAAAATTATCATACTCATTCTTGCAATAGATGCCCAAAGAATCTTTGCAAAAAGGTAGTTTTGATAGAATTTGTAGATAAACAGTTACAACAGGGAGTGAATTATACACAAATTGTTTATATTGGTGATGGTGGAAATGATGTCTGTCCAGTCACCTTTTTAAAGAATGATGATGTTGCCATGCCACGGAAAGGATATACCTTACAGAAAACTCTTTCCAGAATGTCTCAAAATCTTGAGCCTATGGAATATTCTGTTGTAGTTTGGTCCTCAGGTGTTGATATAATTTCTCATTTACAATTTCTAATAAAGGATTAATATGTCAGCAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000144362-PHOSPHO2:NM_001008489:3
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF068887=Put_Phosphatase=WD(100=97.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)