HsaINT0124992 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000139144 | PIK3C2G
Description
phosphoinositide-3-kinase, class 2, gamma polypeptide [Source:HGNC Symbol;Acc:8973]
Coordinates
chr12:18658226-18691246:+
Coord C1 exon
chr12:18658226-18658395
Coord A exon
chr12:18658396-18691089
Coord C2 exon
chr12:18691090-18691246
Length
32694 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTCAGT
5' ss Score
8.68
3' ss Seq
CTACTGTTTTTGGTTTACAGGGA
3' ss Score
9.2
Exon sequences
Seq C1 exon
GCCTTGAGGAACTTTTTCTACTCCTGTGCTGGCTGGTGTGTGGTAACATTCATCCTGGGAGTATGTGACCGTCACAATGATAATATCATGCTGACAAAGTCGGGCCACATGTTTCATATTGACTTTGGAAAATTCTTAGGTCATGCACAAACATTTGGAGGGATAAAAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GGACCGAGCTCCTTTCATTTTTACTTCAGAGATGGAATACTTTATTACAGAGGGTGGGAAAAACCCACAGCATTTTCAAGATTTTGTGGAACTTTGCTGTCGTGCTTATAATATTATCAGAAAGCACAGCCAACTGCTCTTGAACCTGCTGGAAATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000139144-PIK3C2G:NM_004570:23
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0045422=PI3_PI4_kinase=FE(25.9=100)
A:
NA
C2:
PF0045422=PI3_PI4_kinase=FE(24.1=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)