HsaINT0124992 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000139144 | PIK3C2G
Description
phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase catalytic subunit type 2 gamma [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:8973]
Coordinates
chr12:18505292-18538312:+
Coord C1 exon
chr12:18505292-18505461
Coord A exon
chr12:18505462-18538155
Coord C2 exon
chr12:18538156-18538312
Length
32694 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTCAGT
5' ss Score
8.68
3' ss Seq
CTACTGTTTTTGGTTTACAGGGA
3' ss Score
9.2
Exon sequences
Seq C1 exon
GCCTTGAGGAACTTTTTCTACTCCTGTGCTGGCTGGTGTGTGGTAACATTCATCCTGGGAGTATGTGACCGTCACAATGATAATATCATGCTGACAAAGTCGGGCCACATGTTTCATATTGACTTTGGAAAATTCTTAGGTCATGCACAAACATTTGGAGGGATAAAAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GGACCGAGCTCCTTTCATTTTTACTTCAGAGATGGAATACTTTATTACAGAGGGTGGGAAAAACCCACAGCATTTTCAAGATTTTGTGGAACTTTGCTGTCGTGCTTATAATATTATCAGAAAGCACAGCCAACTGCTCTTGAACCTGCTGGAAATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000139144:ENST00000433979:23
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0045422=PI3_PI4_kinase=FE(25.9=100)
A:
NA
C2:
PF0045422=PI3_PI4_kinase=FE(24.1=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development