MmuINT1026674 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000030228 | Pik3c2g
Description
phosphatidylinositol 3-kinase, C2 domain containing, gamma polypeptide [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1203730]
Coordinates
chr6:139860213-139875459:+
Coord C1 exon
chr6:139860213-139860382
Coord A exon
chr6:139860383-139875302
Coord C2 exon
chr6:139875303-139875459
Length
14920 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTCAGT
5' ss Score
8.68
3' ss Seq
TGCTATCTTTTTATTTATAGGGA
3' ss Score
8.93
Exon sequences
Seq C1 exon
GCCTTGAGGAACTTCTTTTACTCTTGTGCTGGCTGGTGTGTGGTGACATTCATCTTGGGAGTCTGTGACCGACATAATGACAATATCATGCTGACAAAGTCAGGTCACATGTTTCATATTGACTTTGGAAAATTCTTGGGTCATGCGCAAACATTTGGCGGTATCAAAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GGACAGAGCCCCTTTCATTTTTACTTCAGAGATGGAGTACTTTATTACTGAGGGTGGAAAAAACACACAGCATTTTCAAGACTTCGTGGAGCTTTGCTGCAGAGCTTACAACATCGTCAGGAAACACAGCCAGTTGATCCTGAGCCTTCTAGAGATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000030228:ENSMUST00000111868:15
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.007 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0045422=PI3_PI4_kinase=FE(25.9=100)
A:
NA
C2:
PF0045422=PI3_PI4_kinase=FE(24.1=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types