HsaINT0125324 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000186088 | GSAP
Description
gamma-secretase activating protein [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:28042]
Coordinates
chr7:77314370-77320819:-
Coord C1 exon
chr7:77320725-77320819
Coord A exon
chr7:77314490-77320724
Coord C2 exon
chr7:77314370-77314489
Length
6235 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAAGT
5' ss Score
10.65
3' ss Seq
CTCCAGATCTCTCATCCTAGGTT
3' ss Score
5.74
Exon sequences
Seq C1 exon
CAATAGTCGTGGCAGTGCTGCTGAATTTGCAGTTTTTCACATCATGACCAGGATTCTGGAAGCTACAAACAGTTTGTTTTTACCTCTGCCTCCTG
Seq A exon
GTAAGTGTTGGCTCTTTTGTCCTTTGGTATAATAAATTTATTTCTTCTTCATATGGGCCCTTGCCTTTGGTACATTATAAGTTTGATGATGAGACTTGTGTATGAGAAATTGTGTATCTGGTGTTACTGTGAGTGATGGGCCCTTAGGTTGGTCTCTGCTGACCAGAGCTCCTCTGACTACTAAACTATGATGTAGCTTATTACTAACTTTAGGGAACCTAGGCTTACCCCATGCAGCTTTCTAGGATAATTTGAACTAGTAGAACTAATTCAGGGAGCTCTGTCTCTGATGTCTCCAGGCCTAGTTTATCTGATTGAGATGTCTGAAGATTAACACTGGGAAGTCGGTCTGGCTTGGTGCCAAGAATTGAACTGATTCTTATACGCTTGGAGGCTAAAAAATTCCCTTGGAATTTTTAAATAGGATCAAGTCAGGCCACAAAACATCCTGGGGAGATGTATATGCAGTCATTCATTTAATTGGTCATTTGTTCATTTAGTCAACAAATATTTGTTGAGCAACTATGACATGACCGGTAACGTGCTAGAAATTAGAGCAATTACAAAGATTAGTAAGAGTCTAGTTGGGAAGATGTACATAGAAATCAGTATCCATTATGAGAAATAAGCCCCTGTTAGCTATAAACTGTCTTGTGCTCATTACATATCAGTTCATTTTTTTATTGTGTAAGAACACTTGAGACCTACCCTCTTAACAAATTTTTAAATGCACAATACAGTATTGTTAAATATAGGTACAATGTTGGATAGCAGGTCTTTAGAACTTACTCATCTTTCATAGCTGAAACTTTATACCCATTGAACAGCAATTACTTATCCCCTACTCCCCGGTTCCTGGCAAGCACTGTTCTACCTTCTGTGTCTATGAGTTTGACTACTTTAGATACTGCATGTAAGTGGAATCATGCAGTATCTGTCCTGTGACTGGCTTGTTTCACTTAGTGTAATGACCTGAAGTTTCATCCATGTTGTCACATGGAGCAGGATTTCATTTTTTAAGGCTGAGTAATACTCCATTGTAAATTCTACACTTTCTTCATCTGTCAGTAGACATTTAGGTTGTTTCCCTATCTTGGCTATTGTGAATATGTTGTGATAAACATGGGAGTATATACATATCTCTTCAAGATCCTGATTTCAGTTCTTACAGATATTTATCCAGAAATGAGATTACTGGATCATATATTGATTCTTTTTTTTAAATTTTTTGAGGAACCTCCATACTGTTCGCCACAGTGGCTGTACCACTTTACATTCCCACCAACAGTGTATAAGGATTCCAATTTCTCCACATTCTTGATAACACTTAAATTGTGGTTTTTTGATAGTAGCCAACCTGAGAGATGTGAGGTGATACCTCATTGTGGTTTTGATGTGCATTTCCCTGATGATTAGTGATGTCGAGCATATTTTCACATAAGTGTTGGCCATTTGTCTGCAATCTTTGGAGAAATGTCTATTCAAGTCCCTTGCCCATTTTTTAATCTGGTTGTTTTCTTGCTATTGAGGTTTGAGTTCCTTATATGTTTTAGATATTAACTCTTTGTTAGATATATGGTTTGCAAACACTTTTTGTCATCCTGTAGGTTTTGCCTTTACTCTTTGGATCGTTTCCTTTTATACATATATATTTTTATTATTATACTTTAAGTTTTAGGGTACATGTGCACAACACACAGGTTTGTTACATATGTATACATGTGCCATGTTGGTATGCTGCATCCATTAACTCATCATTTACATTAGGTACATCTCCTAATGCTATCCCTTCCCCCTCCCCCCACCCCACAACAGGCCCAGGATCGTTTCCTTTGCTGTGCAGAAGCTTTTTTGTTGGGTGTAGTCCCTCTTACATATTTTTGTTTTCATTGTTTGTGCTTTGGATGTCATATTCAAGGAATCATTGCCAAGACCAATGTCAAGAAGCTTTCCCTCTATGTTTCTTTTAGGGGTTTTTCAGTTTCAGGTCTTATGTTTAACTTTCTAATGCATTTTGAGTTGAATTTTGTTTATGGTAAAGATAAGGGTCCCATTTCATTCTTTTGCCTATGGACAGTTTTTCCAACACCATTTATCAGAGATACACGATCCTTTCCCCATTGTGTGTTCTTGGTGCTTTTGAAGATTAGTTGCCTAAACATGAATGGATTTATTATTGCATATAAAGTTCTAATGAGTGTTAAACTTTATGATAGCTGTAACTACATATCAGCTGATATTTAGTTACTTCATTCATATATATTCATCCATTCATCATTTGTTCATTGCTTCATTTTAGGCCAACATATATATGATACTCATTTTGTGCCACGTACTGTTGAAAGTACACACAAATTAGTACACTTAATTTTCATAAAATTTTAACTGGTAGAAACTTAAGTTGGACCACATTAAATTGTCAGTGCCCAACCATTTTTTGGCCAACAAAAATGGCACTTTCATGTGGTTCCACTTAATATTATTCCCATTTTATAGATGGTGAAACTGAGGCCAGAAAGGTTGAGTAATTTGCCTAAAGTCACATAGCTATTAAGTGACAGAGCTGATATTCAAATCCAGGCAGTTTGGCTCCAAAATCCATGCTGCTTCTTGAATTTTATATTCCAGTTGAATTAGTTGATGTTGAAACATGGGCTATTTATGGGCCTAAAGAATCCCTACAGCATATGCTGCTCTGCATTTATGACACATCTGATACGGTTTGGAATCCTTCATTCTTCATCCACCTTATTTAATGTCTGTCTGTATGGCAGTACAAAAGGAGTTGAAAGGGACCATTTGTGAGGGGAATGGATGGTTTAAAATTATCCCAATGGAATATGAGTTATGAGGTACACCCTAGAAAGATTGAAGGATTACAGGAAAACTACCTTTGTGGCTTAAATTCTTAATTGTTTGTTGTTAACACAAAAAATTTGGTAGGGAAATGGATTGACAGTTTTAGATTTGTTCATTACAGATATTCAAGCTTCTTTTGAAAATAAATGAAACTGACTTACTGGGGACATTGTTACGCCTGGAGATCATAAAAATCCACTTTCTACCCAACTCACATTCCTTCACAGTGATAAGGAGGGAAAACAAAGATGTTATCCATAGTGATCGAGAATTATTATAAGTAGACTTATGGCTTGTGTCTGTGGGTCAGGTAAGGAAAAGGTGTTTCTCATTTTTTTAATTATACTTTAAGTTCTAGGGTACATGTGCACAACGTGCAGGTTTGTAACATAGGTATACATGTGCCATGTTGGTTTGCTGCACCTATTAACTCGTCATTTACATTAGGTATTTCTCCTAATGCTATCCCTCCCCCAGCCCCCAACCCCACGACAGGCCCCAGTGTGTGATGTTCCCCCCCAACCCTTGTCCAAGTGTTCTCATTGTTCAATTCCCACCTATGAGTGAGAATGTGTGGTGTTTGGTTTTCTGTCCTTGGGATAGTTTGCTGAGAATGATGGTTTCAAGCTTCATCCATGTCCCTGCAAAGGACATGAACTCATCCTCTTTTATGGCTGCATAGTATTCCATGCTCTCTCCTTTTCTCTTGAATGTTTATTTCCATCATGTGACATGGAAATAGAGGGGGGAGGTGACACTGGATCATGTGTGTGTGTGCATGTGCATGCTTGTATGAATTCAGGGTGTTTCTATATGCACATGCGTAAGTGTGCTTGCTTTCCAGGCCTATTGGACTAATGATGACTGTTTGAGTTACGATTGTCAGAGACTTGTAACATGAATTGGTTAAAGTTAAGAAGAGAATGGGGAACACAAAAAGGAAGTCAGGGTTTAGAGCTAGGGCATTTGCTTTTAAAAAAAGGAACTGTATTGCACTTGCTGGCTAGAGGAGGCCAGGAGCCCTGGAAGATGAGGATTAAAGTTGGGTGGAGCTGATGACTAATTATAGCCAATTTGCTCTGTTGCTCAGAGCTGATGTATAGAGGCCAAGAACAGGTCCCTGAACTTGGGACTGTGCCCTGGGGATAGAGGATGAAGGGTCATCAGGGACCTTTAGCATATGAACACAGGGCTGGAGAGGGAAATTTGAATCCAGAAAATCAATATCATCAATAATCTAGTGTAAACTTTTCTTCAGAAATAATTTTGTAACTTTTTACTAATAGTTTTGTGAAGAATTTCCAAATCCATTTGAAAAACGTTGTTGTTAATTAACTAGTAAAATAGTGGAGTTTTTTTGGACTCAGGGAAGCTAGTGGACTCATCCTGTTAGCCCATTAACACATGCTTGTGGGCAGAGCCTGTACTTCATCTGACCCTTGATGTTACAAGGACTTAGGACTGTGCCCCATGGCTTGTGATTCATGTGTTTAGAGAGAGAAAATCCCATGATTTCTCTGAATCCAAGCCCTGCTCGTTGGGCATCATCCTTTTGTCAGGTACCTTCCCAAGAGTAGGCTATGATTCTTCTGTCAGTCATTCCCACATTCAATGAGTTGCAAAGCCTGTACATGTTACCATGCCTCTCTGATTCAGTGCCTCCATTACCTCTTATCCACGTTCAGGCAATAGCTTCTCTACAGGTCTTCATACCTTCTGTAGCAAATTATTACTCCAACTCATTCTTTGCCTGTTGCCATATTAATATCCCAATGGTAAATCTTCTGTTCTGCTTAAAAACTTTCATTACCTCCTCAAAGTCTCTCAAATTAATAAATCTCTATCATTCAGCATTCAACCTCTGTCACCTGCACTCATAAGCACAGAACTGGTCACATTTTTAAAAATGTCTATTTTTTGTAATTGATTGTCTGCCTCCCCCAGCAGACTGCAAGGTGTATGGGAGCAGCAGTTGTGCCTGTTTTGCTCATTTTTATACTCTTAGCCCCTTGCCAGGTGTGTGGAAGGGATGTGCTGAATAAATTAGCTTTTCCAACCTTACCTCTTAATCTTTCTCTCCTCTAATATGATTCCAACCCAGCTGGATCATTTACTATTTTCTGAATATGCCCTGTGCTTTC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Seq C2 exon
GTTTTCATACTCTGCACACCATCCTCGGGGTCCAGTGTCTCCCTTTGCATAACCTGCTGCATTGCATTGACAGTGGAGTGTTGCTTCTCACTGAAACAGCTGTCATAAGGCTCATGAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000186088:ENST00000257626:26
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF149591=GSAP-16=PU(24.3=94.4)
A:
NA
C2:
PF149591=GSAP-16=FE(57.1=100),PF056127=DUF781=PU(23.9=53.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development