HsaINT0126143 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000065243 | PKN2
Description
protein kinase N2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:9406]
Coordinates
chr1:88807684-88813733:+
Coord C1 exon
chr1:88807684-88807775
Coord A exon
chr1:88807776-88813556
Coord C2 exon
chr1:88813557-88813733
Length
5781 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTTAGT
5' ss Score
8.02
3' ss Seq
TAAAATATTTTCTTTTACAGCCT
3' ss Score
9.31
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGCTTTTAGCTGAATATAAAAACACAAATGAGATGTTTGCTATAAAAGCCTTAAAGAAAGGAGATATTGTGGCTCGAGATGAAGTAGACAG
Seq A exon
GTTAGTTTTTAAAAATGAAATTGTTTATTTTTCTGAATTTGTAAGTTAAGAGAAATGATATATGTATTACAACAGCAAAACTTTATGATTTTACAGTAATATGTGAAGAAATTAAATATAATGTATCTATATTTGACATAAGGTAGACATTAGTTTTTCTTTTTTGCCCCTTTTTACCCTTCTTGTGACAATTAACTGGTTAATGGATACCAAAAAAAGATAGTGAAATGTTTGAACTAATTTTGTTAAGTTTTTTATATATGGAAATATTAAAGTGTTTATATGGAATAGAAACTGTTATTCATCTGTGGTTTTGTGGGGCTATATTTCATTCTGTCTTAATGGAAATGACAAAGTCATTTACAAATAATCTACAGTTAATGGAATGGTTTAAAGTATTTTACAAAGCAGAATATGTTATCTTATTTTTTTCCTTTTATTTTTTTTAAAAACATGTTTTTTGACCCTAACGTCTGGGTCTAATAAAGTAAGTTGTGGTATCTTATACAATTGTTTTTTTATTTTTTGTTTATTTATTTATTTATTTTTTGAGACAGAGTCTCACTGTCTTCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCCATCTCGGCTCACTGCAACCTCCACCTCCTGGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGTCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGACGCATGCCACCACGTCCAGCTTTTTTTTGTATTTTTAGTAGAAATGGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTCATGATCCGCCAGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACCGTGCCCGGCCCCACAATTATTAAAATGCAAGGATTTGGTGGGGGTTAAGATTGTAATTCACTTAGAGAATATACTTTAAAAAATGACTATCTTAATACAGAATAATTAAATATGGACATTATTGTATAAAAATGGCATATTTATCACAGAAAGAGGCTTTCAATGGACATTTTTCTTACACCACTGTAGGAGGCATATGTTAATATTAATGGTAGACAGCTCTGTACAATGAAGAGAGCCCTGGACTATGACTGAGAAGGCTGACTTTTCTCGTCCTCATTGCTCCTCCTTAGTAAGGATTGACCCTAGGGCATTTCACTGAACATCTTTAAGCCCCAGTTAACTCATATATTTAAAAATATATTTGTTTTGGTAATACTTGCCTTAATGAGTTGTCTTGCTATGTAGATATGCCAAATTGCAACTTTTAATGTTTTTTTCCACCATATGGGTAGTTCTTAGAATAAGGACAGGCCTCAAAAGGTTGAGATTTATTTTTTTATGTTATATAAACTTTTCCTTTTGGATTTTCCTATTTATTTTTCACCTCTGTTTCTTTTTCACTGTTTCTCATACACCTCAATCACATCAAAATAAATGCTTTCTTGATATCTAATACTAAAGAGCTTGCTGGATATTTATAAAATATTCTGAGTACCATATTACATGTTTAGAATTATTTTTATGTTATACAAGCAGATAATTAAAGCAAGTCTTTGATCCCACCAAAGCAAGTCTTTGATTCTAAGTCTGTTTATAATTGGAATAATAGAAGGGTCAAATGTTTTCCTTTCCTGAAGGAATATTTGCTTTTCTCCAGATTCTTAAATGGTAAATTCATTTATTTTCTAAAATAATAGGAAACTGTTTACTACTTCTATTAATCTTGATTTACGTGGGCTTCTGCTACCTTGTTACGTCTTTGTGCTGAATCTTTGTAGGAAAATGCTTTCTAATGAAATCTATAGAAAGTTTGGATCACAGGATGATGCTGTAGCCAGAATCTAGGCCATTACCTCTACTGAAAATTAATCCAGTCTTGTGTAGAGACAGGGTCTCACTGTGTCACCCACACTGGAGTGCAGTAGCATGATCCTAGTTCACTGCAGCCTTGAATTCCTGGGCTCAAGCCATCCTCCTGCCTCAGCTTCCCATTGGGACCACAGGTGCATACAACTGATCCATCTACATTTCTTTCCCCCATAGTGTCAGGGTCTTGGTATGTTGTCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGGCTTCAAGCGATCCTCCTTGGCCTCCCGAAGTGTTGTGATTATAGGTGTAAGCCACCACACCCAGTCTTAACTTAAATCTCCACTTTTCAGTAACATGAAAATTTAAAAATCTCAAGTAGAACTGGTATAAAAAGAGAGAAAAGAAAAATCCAAGAGTGAGAAATAAAACACACTTTTAGAGAAATTTGAGGAATGAAGGTAAGAAAAAGGAGTACTTTTAAATTTCTAGCATACCTGAAAGAAGGCAAGAAAAAAATTTATAAGTTTTTTTTTAAGACTAGCTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTTTTGCTCTTGTTGACCAAACTGGAGTGCAATGGCATGAATTTGGCTCACTGCAACCTCTCCCTTTCAGGTTCAAGTGATTCTTTTGCCTCAGCCTCCCTAGTAGCTGGGATTACAGGCTTGCACCACCATGCCCTGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAAATGGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGAGCTCAGGTGATCTGCCCGCCTCAGCCTCCCAAGGTGCTGGGGTTACAGGCATGAGCCACCACACCCGGCCAAGACTAGCATATTTTTAAAAGTAATGTATTTCATTACTTGCAAGTATAAATAGTAAATAACTCAAGCTAAACTTATTATAACTGAGCAGAATTTTAAATATTTACTTTCCACTTCCTAGCTCATCTTTTTAAGCCATAGAGTTTGGTGTTATTGTTTATTTTTTAATAGCTGTTCCTAGTATACTTTATCTATATATTTTTTGAGACAGAGTCTCACTCTATTGTCCAGGCTGGAGTGCAGTGGAGTGATCTCGGCTCACTACAACCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTTCCTTAGCCTCCCAAGTAGCCAGGATTACAGGTGTGCACCACCATGCCCAGTTCATTTTTGTATTTTTAGTACAGACAGGGTTTCACCATGTTGACCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACCTCAGGTGATCCACCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGTGCCTGGCCTACTTTATGATTCTTAATGACAGTTCTCATAGTCTAAATTTTCTTTCTATAGTCTGTATTATATTATTTTACTTTGAAATTACCTTTTTTAATAAATCATAGAAAATTTCAAATCAACCTCTTTTTAAGTGAACACAAATTATGGATTCTAAAATAAAGTGTTAGATAATTTATGAACAAAGATCATATTCTGTGTACCTACCATTAGTAAAACACTCTAAGTCCCATTTGCCCTTCAGTTGCTGAGTAAGGATATTATGTTTATGTTACTGCAATGCCTCCTCACTCAGCTTCCTTTTCTTACCAATTTATATTTCAACACAACAGAATAGGGTTGGAAGTATATTTTTGTGTTTGTAGAAGAAAGCACAGCTAACCAGCTTATGTAGGATTCAATTCTAAGACCTTGGTTTTATTAATGATGTTTTCCCCTGACTAAAATAACTATTTATATAAGTTTTCAGGTTTCTAACTTATCTGAAAATGTAATGAACTTTGAAGGAAGTACACGAAACATGTTAGGATAGAACTAGTAACTTAGAGAAACGAGACATTAATACATTATGTAATAAAGGTGGCTAGATAGAGTTGAGGTTAAAATAAGCAATACAAACAATAGCAGTTCTTAGGAGGAAATCAGTGTACTGGTGTACTACTACACCATAGTACATATAGTGTACTACTCCCCAGGTGTGCAACTCTTCTAGTCTTCCCTATTTTATTAAACAGCAATACCAGTTGTTCAAGCCAGAACACAGTCATTCTTGGTGCTCTTTTCCCCTTACCTACAACACTCAAACTATTAGCAAGTCTGGTCAACTTCACCTCTAGGATATATCCCAAACCATACAAAGCATAAAACCAATAGTAAATCTCTATTGTATTTACTCTTAAATTTTCATTCCACATCTATAATCTGATGAAATATCAACTGACATTTGTGTTGCACTTTCACTTTGACCCCTTTATTTGATTCCTGTCATCATGATCAGAAGTATTTAGAGCAAGATTTAGGTAGAGTCTTATAAAAGAGGTTGGATTTTTGCTGGGTTTTGGTAGACAGAAGTTATTTGGGAATAAGGAGAGAAGAGTGATGACAATTTAGAGGGAAATGTTCTGGACAGGATGAATAAGGCTTAAAGTTTTAAATAAAGTTGGATTGTTGCATGGACTTTTAGGGACAATACACAGTTTAGATAATGTGGGACAAGTTGAAGATTCGTATGTAATAGCTTTTTTGTGTGCTATAAAATGCATAAAATTAAAATTATTTTGACAATTTGGATCTATAAAAGAGCCTTGCTCCTTTATCTCGCTGTCCTAAGACATCTGTGCAGATACCTCATCATTATTGTAATTCAGATAATTCCTGTGAATGGCATTGAAATCATTTCAAGGGGTAGTCCAGTCAATGGGTCTCAAATGTTTTATACCACTTATATGTTCCACCCAGTTCTAACCTAACACCTGTTCAGTTGAGAACAGTTGTTTCATTCATAAATTCACCCATAATGAATTAGTGAGTCACCCATAAATAAAAACTATGGACAGGGGCTGGTATGGTGGTTCATACCTGTAATCTCAGTACTTTGGGAGGCCAAGGCAGGAGGATTGCTTGAGACCAGAAGTTCAAGACAAGCCTGGGCAACATAGTGAGACCCTGTTCCTATCAAAAAAATAAAAGCCAGGCATGGTAGTATGTTCCTGTAGTACCAGCTACTCAGGAAGCTGAGGCAGGAGGTTCACTTGAGCCTAGGAGTTCAAGGTTACAGGGAGCCATGATGATATCACTGCACTCCAGCTCCTGAAAGACAGAGCAAGATCCTGTCTCAAAAAAACACACAACTATAGACAATGAAGAGAACATAT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Seq C2 exon
CCTGATGTGTGAAAAAAGAATTTTTGAAACTGTGAATAGTGTAAGGCATCCCTTTTTGGTGAACCTTTTTGCATGTTTCCAAACCAAAGAGCATGTTTGCTTTGTAATGGAATATGCTGCCGGTGGGGACCTAATGATGCACATTCATACTGATGTCTTTTCTGAACCAAGAGCTGT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000065243:ENST00000370521:15
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006920=Pkinase=FE(11.5=100)
A:
NA
C2:
PF0006920=Pkinase=FE(22.7=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development