RnoINT0112264 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000011317 | Pkn2
Description
protein kinase N2 [Source:RGD Symbol;Acc:620146]
Coordinates
chr2:248751228-248756659:-
Coord C1 exon
chr2:248756568-248756659
Coord A exon
chr2:248751405-248756567
Coord C2 exon
chr2:248751228-248751404
Length
5163 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTCAGT
5' ss Score
8.94
3' ss Seq
GTTATTGTTTTTTCTTACAGCTT
3' ss Score
9.59
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGCTGTTGGCAGAATATAAACACACAAATGAAATGTTTGCAATAAAAGCCTTAAAGAAAGGGGACATTGTGGCACGAGATGAAGTAGACAG
Seq A exon
GTCAGTTTTTAAACTGAAGTTTTTCCTTGTGGTTAGAGATTAAGAGAGTAGATAGCAGAGATCTGAGTTCCTAGAAATATTGGATGATGCTAAATTTATCTATATGGCAAAATATAAACAGACATTAATTAAATGGTGTTTCTCTTTTCAGTCACTTCTTTCCCTTAAGCCAGGTTTGTTGATACCAAGTAAAGACAGGGAAATGTTTAAACTAATTCCATTATATTTTAAAAGGTTACAATGTTTATAAAATATTAAAATAGAATTGTTACTGATTTGTGACTTACTTAGTAAAACTAATCACATTTAGCCTGTGAAGCTGATTAAATGCTATGTCCTGATAATCCACAAGTAACTCAATGGTTAATATAGTCTGCTATTTGAAATATATCTATGAATTTTCCCTTCTATGTGATAGAAGTTATAGTTACTGCAGAAAGGTTTGTTGGAGGGGATGACTGGGAAGGGAGCAGTGGTAGGATGTAAAGTGAATAAGTAAAAAATAAAATTAAAATGAAAATTACAGTGTTTACTATATATATGTGCACACATGTAGAGGCATATGGCATACATGTTGAGACCAGGGACAGCTTATGAGCATGTGAGTCCTGGGGGTCAAATCAAGTTGTTGACTTTCTTAACAAGCGCTTTTTCCTGTTGAGCCATCTTGCTAGACCTCCCTTTATGTTTTTTCTCCTTAAAATCCATCCTTTTCTTTTTCCTTTGTATTTGTTTGTTTGCTTGCTTGTTTGTTTGTTTTTTCCAGTCAGGGTCTCTCTACACAGTTCTGTCCTGGAACTCACTGTCCCTGGCCTTGGACTCACAGAGATCCACCTCCCTTTGTCCTACTAGTTCTGGGTTCAAAGGTGTGCATCCTAAATCCCGGCTTACATTCCATTTTCATTACTATTATCATCGTGTGTGAGTTTTTGGTGCACTGCCATGGGTAGCAAGAATTGAACCTGAGTCTCTTGGGAGAAAACCAATGCTCTTAATGACTGAGCCATTTCTTCAGTTCGCTACTTTGTGCTTTTAAAATCATATTTTTTAGTATAGAGCCTTACCTTCCAAAGAGTTTAATAATGGAAATTATCATGGATACATGTTTATATGGCTATTAAAATGCAAGGACTTTAGAAATAAAAGATTCACATTCAAGAATATATTTTAATATGATTCATACACATATATGTGGACTTATTTTATGAAAATGACATGTTTATCAGAAAGGCTTTCATGTGATAACTTAGTAGTACTTATTTTAGACCACTAAGAATCTTTATGGAAAGTACACCTGCAGAGACTGGACAGATGGCTCAGCTGGGAAGAACACTTGTTTGTCTTCCAGAGGATCCAGGTTTGGTTACCACCTCCTACCTCAAGCAGCTCTGCCAGTAACACATGTTTCAGGAGTCTGACTCTCCTAACTCCCACCAGCCTCTGGACACACATAGTGCACATAAACTCATAGAAGTTCACACCTATGCCTGAAAAATGATAACTGTATCTTTTTGAAAAATAGAACTCATTTATTTCCTGAAACAATAAGAAACTAGTTATATTATGAGCATCCATAATCTAAAGAAAAATCTAAAACCTGAAATGCTCAAAATCTAAACTTTTTTTAACTGAAGGTGTGATGCCAAAATCTATCATTTAGTGTTCAGAAATATTTCATACACAATTATTTAAAATATTATTGTAAAATTACTTTTAGATTTTTGATATATGGTACATTTAAAACTGATAAATTTTATATTGAGACCTGTGACCCATTGCAATGCTATGTCTTTTTATCTGTGATCAGAAACAGCTCTGGCCTCAAGCATTTCAGACATTAAAGTGTATTTAGTCTATCCTATTGTGTTATCCTGATGGTATATATAGATTTTTCCTTCATTGTTACTATGTTGAACCAGATTGTTGCAAAAAGATGCTTTCTAATTAACTCAAGAAGAGTAATCCTAATCCAAAGGTCAGAGGCTAGAACCAGAGCCAGATTCTAGGCCATCATTGCTGGTGAAATTGAACCTAGCTTTAAATAAAGTGACCCAATTTATTTCAGTTTTAAACTTTTCTAGTTTTAGATATCATGGAAACAGAGCTCACATATGAAAACTAAGAGGGGGTTCAGAAATGCTAAGTAAAGCACACTCTTGGAGAAATTTAGGGAAGGTAGTACAAAGAAAGGTAATTTTAAAATGTTACCATGTCTAGAAGACCTCATGAGAAGAATCCGTTCAAACAGTACTCCTGTTGGAGCTGGGGAGCTGACTCAGGCTCAGAGCACCAGCTGCTCTCCACAGGGCTGGGTTCAGTTGCAGCACCCACAGGCCAGCTCACAGTTGTCTGTAACTTCAGTTCTGAGGGATCCAGCGCCCTCACGAAGGCGTACATATAAGTCAATCAATCAATCAATCAATCAATCAATCAATCAGTCTTTTTTTAAAGGCCACTATATATCTTAAATGATATATAACTTGAAAGTATGGCTAGAAAATAAGCTAGTTATAACTAGCAAAATCCTTTATATTTATAGTTTATCCTTGTAATAATTCCATTGAGATCTTTGTTATTCCATGTTACTCTTTTCGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGCTGCTGCTGTTTTGGGGAGGACAAAGATTCTATGTGGCCTAGGCTGGCCTGTAGCTTGCATTTGTCCTGCCTACATGTACAGAGACTACAGGTATTCAGTTGTTCCCCCCTAACCCCCATTCCATTGATCACCCCTCTCTAAATTTGTTCTGTAGTCTAGGTTATATTATTTTTATAATATTTTACTTTGAAACATGCCATTTTGCATAGATTACAATAAATTACAAGTTAGTTTCTTTAAATTATACATAAATTATAGATGAAAACTAAAGTAATTCGTCACACCCAGTTTTATCACCTAATTTTCCTACCACTGTCCTGACACTTACCCACCTCTTCCATCACGGGCACTGTTGTAACTGCTCACGCTGGCTCTTATCAAGTGACATTAAATAGAATAGTAGAACCATTAAATATAACAGTAGAACCAGAAGTTGTTTGGGTGTTTTGGGGTGTGTGTTTGTGTGCGTGCGCGCATTACAGGACAAAGCTTTTCAGGTTATATGGTGATCAATCCTAAAACTTTAGTTTTATTAACAGTTTGATTTTCTACTAAGATATTCATTTATTTCTTTTAAAAATTGATATAAACATTATTCTTTAATATCTTTTTAGTGACTGAGCTCTGAACAAAACCGGTCACTTAGGGAAATAAGACATAAAAAAGCATTTTTAATAAAGAAGACTAGATATGTTTAACCTTAAAATAAACATTATAGTCAGCAGTTTATTAGAAAAATATCATTATATACTGATAAATCTAGGGCTGGGTATGTGTGTGTGTGCGTGCGTGCGTGCGTGCGTGCGTGTGTGTGTGTGTGCGTGCGCATGTGTGCGTTTTAAGAAATTGGATTTATACTGTTCTATAGCAATTGCAGGATACAGCATTTAAAGTTTGAGGAGTTGACAAGATGGCTCAGTAGGTAAAAGTGCGTGCCCCATATCTGGCAACTGAAAACCTGAGTTTATCCTTGGGACATTGCAGAAGGAGACAACCAGCTCTCACAAGTTGCCCTCTGATGACTACATATATGTATGCAGCAGGACATGTACCAACACACATATTCAAATGCACAAAAAAATACATGAATGTAATTAGAAATATTAAAGTATGAATAAGGTTGAATCGTTGTATATTTTAAATTTTCTAGTCATTAATAATGTACTGAGAGAAAATACTTTATCTTTCGTGAGGGGCAGGTTGGGGTTTGTTGGTGGGTTGGTTTGTTATTTGCGTTTTTTTGAGACAGGTCTCTACATAGCCCTGGCTGTCGTGGAATAACTCACTGTATAAACCAGGCTGTCCTCCAGCTTACAGGGATTTGGCTGGTTCTGTGTCCCGAGTGCTATGATTAAAGATATATGTCTGACAGTTTACCATTTTTTAAAAATGCCCAAAAGGAAATGTGTTTCTAATAGCAGTAGTTTACCTTGACATTGGGATGCTTCCATATTGTGTAGAACAACAAAAATCAAAGTATAAGCATTTAAGAATACTTTATGATGATGACCATAATAATGTGTGGGCGTACCCAGGGAGGTGTAGGAAGTCCATGGTGTTGTAAACCTTTATGTCCCAGGCATTGGCAGCTGGCTGCCCACTGAGACAGTGCATTGACTGTGACTTCTTCATTTTCAAATAAAAGTATTAAAGCTTTTTTAAAAAGAGTATCCTTTTTTAACCTGTTTCAATAGAAATGAAGTTTGCTTAGTATTGGAAATTTATATTATTTCTTAACAAGGTTTATCTACTGGTCCCTATTTTGATCAGGTACTAAAAGTTAATAAACTAATTCAAGCTTCATTTGAATAATACTTGACATACTTTTACTTTGAGTTTTAAGTAAAATTAATCTATTAAATACTTTCGGGAGAAGGAAAATTGTTTTGCTTTTGCTGTTTAGGCAACAAAAATGTTCCAAATTCAGAGATTTCTGCCATGTTCCTTTTAAGAATCCATCCTGATGTTACAGAGATTGCTACAGGCATTTTTATGATAGCACAGAAAATTGTGTGGTTCTCAAAGGGTTTCCTTTTGAAACATGTTGTAGAATTCTCTTTGTTTTCCAGTCATTCTTCTGGATTAAATTTTTATAAGTATATAAGCATCTCTCAGCATCCCATTTTATGAGCTAAAAATTTGAATACTCAAACTAATGAATTATAAATGCTGTCCTTGAAATTACCATGGTCACGAACTTTATTTACGTACTGGGTTTCAATAAGTAAATACCTATAATAACTAGTAATAAAATAACTATTATAACTAGTAATTATATTTTTATAAATTTACGCTTACAGTAATGTAATATAATTTACACTAACTATAATTACTAGCCCCATTTGTACCAGGTGTATATATTCATGAATTTGCATAATCTTTAAGTTTCGCTGTACATATTTTTAATGTTTATTAATATATTTTCAGTTACCATTATATATGAAATAGAACATTTCTTATAATATTTCAAAAAATGTTTTTATAATTTTTAAATTCATAAAAGTTTAAAAGTTTATTTCAAGTTTTGGTTATTGTTTTTTCTTACAG
Seq C2 exon
CTTGATGTGTGAAAAAAGAATTTTTGAGACTGTGAACAGTGTCCGGCATCCTTTCCTAGTGAACCTGTTTGCATGTTTCCAAACCAAAGAGCATGTTTGCTTTGTGATGGAGTACGCTGCTGGTGGGGACCTGATGATGCACATCCACACTGACGTCTTCTCTGAACCCAGAGCTGT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000011317:ENSRNOT00000031748:15
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006920=Pkinase=FE(11.5=100)
A:
NA
C2:
PF0006920=Pkinase=FE(22.7=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]