HsaINT0127523 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000178385 | PLEKHM3
Description
pleckstrin homology domain containing, family M, member 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:34006]
Coordinates
chr2:208725829-208773301:-
Coord C1 exon
chr2:208773238-208773301
Coord A exon
chr2:208725987-208773237
Coord C2 exon
chr2:208725829-208725986
Length
47251 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGT
5' ss Score
10.86
3' ss Seq
TCCCATTTCTCTTTCTGCAGGTA
3' ss Score
11.91
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTAATAGAGGGAAAGCTGGCTCCATTCTTGGGCAAGGTCATTAAATTTGCCACCTCACACGTGTACAGCTGCAGTCTTTGTAGCCAGAAGGGGTTCATCTGTGAAATCTGTAACAATGGAGAGATCCTCTACCCTTTTGAGGATATTTCAACAAGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000178385-PLEKHM3:NM_001080475:6
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF139011=DUF4206=FE(11.8=100)
A:
NA
C2:
PF139011=DUF4206=FE(29.2=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)