RnoINT0113481 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000023760 | Plekhm3
Description
pleckstrin homology domain containing M3 [Source:RGD Symbol;Acc:1307151]
Coordinates
chr9:71520712-71561358:-
Coord C1 exon
chr9:71561295-71561358
Coord A exon
chr9:71520870-71561294
Coord C2 exon
chr9:71520712-71520869
Length
40425 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTACGT
5' ss Score
10.65
3' ss Seq
ATCTTTTTCTGTTTCCACAGGTG
3' ss Score
12.58
Exon sequences
Seq C1 exon
AATTTTCCCCAGAGAATACCTCCTTCAGCAGATCCACCTGTACTCTCTCGCTGACCTGCAGCAG
Seq A exon
GTACGTGCCCAGAGGGTTTTCATTTTCATTTTCTGTCAGAAGTCACTTTGTGGGTTGTGGTTTGGGCACTGAATTAATCTGTCATTGCGGTAATAATTTCTTCCCAGGTAACTCATTTTTATTCAGAATGGGGGAGGTTTGGTATAACAACAGTACTATGAGACCATGACAAATATTGGCAAGAGTGTAGAGTCCCTGAGCACTCATACTTAGGGACTGAGAAAGTTAAGTGGATGAGCCACTTTGGAAAGCAGTTTAGCAGCTCCATATAACCCAGAGATTCTGCTCCCAACTGTATGCCCAGGAGTTTATGAAAGCTTGTCTGTGACAGGTAGGGGTTGTGCCCCTGCCATTCCAGCTACTGTGAGATTGAGGCAACCTGGGCGCCAGAGCTAGTATTGCAAGACTGGTCCCCAAAGCAAATGAAACCAAAGCTTTGTGAGAATGCCAGGGGCAGCATGAGTCACAGTAGAAAAAAGTGGGCAACAGCCAGATGTTTACAAACTGACAGATGGACAGATGGACACGATGTTGTTTGTCATTGTTCTATAACATTATCTAGCCATAAAAAGAAGTGAAATGGTGATACACACTACAACCTGGATGCGCCTTTGAAACATCATGCTAAGTTAAGAATCCAGATAGGAAAAAGTATCTGTCATTACAACTGTTTAAATGGCACGTCCACAATGAGCAAATGAATAACCACTGAAAAGAGATTAGTAGTTCCAGGCTCTGGAAAGAACAGAGGTGAGCAGAGACTGCCGATGGATGCGGGATCTCTTCCAGGTCTGAACTAGGTAGTGATGATGCCTGGTGAATATACTGAAGATAAATTGACTGCTTTCTTTAAAACAATGAGTTTTATGGGATGGGACTATTTCAACTAAAAATTATGTGAAGGAAAAGAAGACGTGCAAAAGGCAGTGAGTGGATGCACAAAGCTTTCATACACCAAAATCTAACATTGGATACAGTTTAATAAAACATAGCAGAGCACAAAAGAGAGGCGAAACCAGCCTTTAGGATTTTGTTAGTACATGCACTTTTAATGATTGACAGGTTAGCAGCCAGGAAGAAAGCAAGGTCTTGTGTGCTCAGCCTGGAGATCCGAGTCTGCTTAGCTTTGGTTAATCATTTAAACCAATCTTACTCACTGCCTAAGAAGCTGTCAGACACTGAATGAAAGTACTAACTTTACTTTCTAAATAAATACTGATTCTTTTAAGAATCAAAAAATAATTGTGACAACTTTAGAAACTGCTAGGAGTCTGTGTTTGTTTCCTCACTGGTTATTTTGCCCAAAAGAGATCAGCTTAAAAACTCACCCATGTCCTGTGCTCACTTCTCAGACTTTCAACCACTTTTCAAGGTTTCTGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTCTGTTTTTAATTTAAGATTTTAAGACTTTTATGGTCAGTGTCATTTGGAGGTAAGCCAGTTGTTTTAAGTGGAAGAAATAGTGTAGCATTTAGTGGACATGTCTGAGAGAAAGCTAGCTTTAATCTGTACTCCTTTTCAAATTTAGACCTACTTGCTCCTTCAGACCTTCTTGCCTTTCCTGCATAGGGAAGCCCCCATGGAAGCTGCTGGACAGGGTGCAGAGGGATGTGTCTTTAGTTACAGTCACCTGGTGATATTCTAGAGGAGAATTGATTTAATTCTTTGGTATACGTTTATTTATCTATTTTCTTAGCAGTCTGTTTCATCCATAGTAGCTGAGGGCCCAGATTCTACCATTGAGATGTGCGTTTAAAGGCACTAAACATCCTTAGAAAGGTGGTTTAAAATAGAATAGCTCCTCTTAAAGGAGGCCCTTCAAAAATGAGTTTTGTGTCAGATGAAGAGAGAATTAGAATAATTCCATAGTCATTTTAGGGTGTTAAAGTAACATATCCATTTAGAATAATAGAGCCTGCTTTTTAAAGCTTCCCTGTACCCTGCTGTCTCCCCACACGACCCTTTCTTTTTCCTTCTTGTAATCATCAAGCCGTAAGTGCCAAGCAGCTGACTTAAGTCGGTGACAGTGGTGTTCTTGGTGGGCCAGGCCATTAGTCCCCCAAACTGCATAAGTAGCTTAATCAGTTTTCAGCTGGGCAGTGGAGTGATAGAAGCCATCACCAGCTTATCACAGTCCCTGTGGGCAGGGGCTAGGGCTCAGTGCATCCCCTTACGCAGCAACTCGCTCTAGCCTGCTTCTTTGTGCCTGGCTTTAAGAGCCCAAACTTATCATATTTAGAGGAAGTTTAATGCAATTACTGTTTCAGCCTGAGGTAAACTAAATTGGATTTAGCTTTTGATCTGTCTGTATCTTGGCTATAAGCCCTGAAGAGCACCCCTGCCCATCTCCCTTTGGTTTCTGGGCAAATACTTGTTTTCTAGGTCTGAAGTGTTCTCAGATATAGGGAAGGGAAGGGACCCAGAGCAGAAAAACAATACTATCATTTATTTTCTGAAAGAGTGGATCAGGATAGCAGGAACCCTTCCTTACTGCCCATGTTGCTGAGCTATCTCGGTCTCTCCCTTCCAGTCTTTGTCAGCTTCGGGAGTGTTACAGTCAGTGATGTTTTCCCATTTCTTACTCTTATTTTTGTTAATGTATTTATTTATTCATATCATATCCCAATATCCAGACCCCATTCCTCTTAAGGGCTTCTGCAAAAGCAAACTTTCTTATTTTATACAATAACTATAGAAAAGGAAATTTTTAGGTGTATTTTATAGTGAAAAAAAGAGAAATCCATAAATTATTGAGCAGCCGTAGCCCCTGAGCAATAACATATTCCTTTTTACAAATTTCTCTTGAATTTGATTGTTTTAAGAAAATTTCAAAGAAAGTTATGATCTAATAGGCACAGTAGCTGTTGAGAGGGCTCTGAGGATAAGATGCTTGCTGCCTGGCGAACTGTGTGTGACCCCGGGACCTCCCATAGCAGAAAGAGAAGTGAATGAAACTTGTTGGCTGGTGTCTGACCTTGCACACGCACACACACACACATGCACAAATAATAGACATAGTAAAGAGGAAGTTGATATTTATGCATAATTTTAAATAGTGTATGTAGTGCACAAACCATTAATATTATTTAAAGAAAATATTCTGGTACTAAAAATTAGCACCCCCACATAAGTTTTATTTTTATAACAATATTCAAAATTTTAGCAAATATACTCGATCAACGATGGCTAAAGACTTTTAGCTACCTAATACAACATTTGTTACAGTCGAGAAACTACTGCTCTCCGACAACTTTGGCCGTATTCAGTTCTCACTACCGTATGCTTAGGTGTGTGGGAATAACTTGCAAATGCAGGCGGTTGTTTAGCAAAGAGCAAATCACCTGCTGGCTGTTGGCACAGAGAGTGCCAGTGCTAAGCCCTCACAGCCTGTGTGTTTCAGCGGTGGTCAGACTGCTCTCTGGGTATTGCATGCACGGAAAGGTAGCAGTTGTTCAGCACACTGTGTGACCAGTCAGTTGGCAGCATCTCCTGGAGCATATAAGATAGAGCCAAGGATCACTCTGACCTCACAGCAGGCCCAAGGGCTATTAGGGCAGGTCAAGGTTCTCCAGGTCCTAGGAGATCTAGGACACAACAGCTCAACTCACTCAGTTCTTAAAACTTGATTCCAAATCAATTTCTGTCAACCAACTGGGTCTTAGAAAATGGTATTCAGGATGAGGTGGTGGCATATGCCTCTCAGCCCAGCATTCAGGACCAGAGCCTGTGGATCCCTGGGTTCAAGTCCACTTTTGTCCACAGAGCAAATTCCAGGACAGCCAGGGTTACATAGTAAGACCCTGACTCAAAGAAAAGAAATATATTAGTTAGGTTTTTAAAAAAGACTTCTTTAAAAATGTCTGTATATCTGTGTATATCTCTATGTGTATATGAGTGTGTCAATAGCCACAGAAGCCAGAAAAGAATGTCAGATACCATGAGGCTGTGGTCATGGTTAGTTGGTTTCGAGCCATTCAAGGTCAGTGCTGAGAACCAAACTCAGGTCCTCTATATGAGCAGCAAGAATTCTCAGATGCTGAGTATCTTTCCAGCCCTGCTATTGAAGTTCTTTGTGGAACACTTTGTTTTTTTGTTTGTTTCTTGACCTATTGGGGGGAGGGGGCTTTCTGTTAGGAAGTGCAAATTCAGTGTTTTTCATACATTTTCAGCATTATCAGGTATCCATGGGAAGACTTTAAGACAGAAATACAATAGAAGGTTGTATATCCCAACAAAATTGCAGATATAGTACCACATTCCCATTGCCTTGGGTTCCCCCTGTTCCCAATGAGTAGTAGACAAGCCAGCCCCTTACTTCTACCTCCTTGATTCTTTTAACAGTGATTTAGAAGGTTCCGCATTTTACCAGCAGACTATGAGTGTAAGAAAGATTCTGTAGAGCGGTACTTAGCTGTTTGTGTGGATCCAGCTAGAATCCGAGTTGACTCTGTCATTCCCTGGAGAATAAATAAGAGAACTCTTGTAAAGTTCCTTCTGAAAGGTTAGGTCAGAGTGAACTTTTGCCTGTGAAAGAAACAAAACCTAAAATCTATGCAAATCACTGTTTCTTCTGGTGTTACTTACCTTCAGGACACTTGTAAGTTAAGTGTTCACTGATTCTAGTTATGTGTGATTCAAGAGAAAGGATCTTGGATGGTCCTAAGGGTGAGGCAGTGGGTGGGCTAACATAGCCCTTCCTTGCCCATTCCCTCAGTACCCACCATCTCACCTCCTCACAAACCTTTCTCTTGGGACAATTTAGGGGACCTCTTCTTCCTCACTATCTACTTTCCCTGGATTCCAAATTTTCTAAACTAGACTTTACTTTTAGGCTACAGTGAGAAAAATTAATAATTATGCTACCACACATTTATTTATGGTACAAATACATTAAAAACAGCATGCTATTTCAGGAAGAAACATTTCAGACATTTCAGCAGA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Seq C2 exon
GTGATAGAGGGAAAGCTGGCTCCGTTCTTGGGCAAGGTCATTAAATTCGCCACCGCACACGTCTACAGCTGCAGTCTCTGTAGCCAGAAAGGCTTCATCTGTGAAATCTGTAACAATGGCGAGATCCTCTACCCCTTCGAGGACATTTCAACAAGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000023760:ENSRNOT00000032782:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF139011=DUF4206=FE(10.3=100)
A:
NA
C2:
PF139011=DUF4206=FE(25.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]