MmuINT0122190 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000051344 | Plekhm3
Description
pleckstrin homology domain containing, family M, member 3 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2443627]
Coordinates
chr1:64866510-64907824:-
Coord C1 exon
chr1:64907761-64907824
Coord A exon
chr1:64866668-64907760
Coord C2 exon
chr1:64866510-64866667
Length
41093 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGT
5' ss Score
9.8
3' ss Seq
TCTTGTTTCTGTTTCCTCAGGTG
3' ss Score
10.68
Exon sequences
Seq C1 exon
AATTTTCCCCAGAGAATATCTCCTTCAACAGATCCACCTGTACTCTCTCGCTGACCTGCAGCAG
Seq A exon
GTATGTGCTCAGAGAGCTTTTCGTTTTCATTTTCTGTCAGAAGTCACTTTGTGGATTGTGGTTTGGGCACTGAATTAATCTGTCATTGCAGTAATTTCTTCACAGTTAACTAATTTCTATTCAGAATGGGGGAGATTCAGTATAAAAAGGTACTATGAGACCATGACAAATACTGGCAAGAATGTGGGGTCCCTGGAGCACTCATACTTTGGTACCGGGGAAGTTAAGTGGAATAGCCACTTTGGACAGAGTTTAGCAGCTCCATGTAACCCAGAGATTCTGCTCCCAACTACGTGCCTGAGAGCTTATGAACGCTTGTCCGTAAATGGTAGGGGTATGCCTTGCGGTTCCAGCCACTTAGGAGACTGAGGCATCGCGGGCTTCATAGCTAGCATAGCAAGACTGGTCCCCAAAGCAAAGAAAACCAAACCTTTGTGAGAATCCCAAGTGCAGCATGAGTCACAGTAGAAAAAATTTGGGGAACAGCCAGATGTCTATAAACTGATAGATGGTTGAATAAGATGTTGTTTGCCATTAGTATATAGCACCTAAGGAGAAAAAGAAGTGCAATAGTGATACACACTAAAACATGGATGAGCCTTTGAATTATCATGCTAAGTTAAGAATCAGATAGGAAAAAATATCTGTCATTACAACTATTTGAATGCCATGTCCACAATGAGCAAATTAACAGCGACAGAAAATTGATGAGTAGTTCCAGGCTCTGGAAAGAATGGCGGTAAGCAGAGACTGCCAATGGATGTGGGATCTCTTCCAGGTCTGAACTAGACAGTGATGCTCCCTTGGGAATATACTGAAGATAAACGGGCTGTTTTCTTTAAAATAATGAATTTTATGTGATGTGAGTATTTCAACTAAAAATTATGTGAAGAAAAAAAAAGACATGGGAAAGGCATTAAGTGAATGCACGAAGCCTTCAGACGCTGAAATCTAACAGTTGGATACAGTTTAATAAAACATAGCAGAGCACAGAAGATAGGCAAAACCAGCCTTTAGGATTTTGTTAGTACATGTACTTTTAATGATTGACAGGTTAGCAGCCAGGAAGAAACCAAGGTCTTGTGTGTTCAGCGCTGAGATCTGAGTCTACTTAGCTTTGGTTAATCATTTAAACCAATCTTACTCACTGCCTAGGAAGCTGTTGGACACTGAATGAAAGCACTGACTTTACTTTCTAAATGAATATTCATTCTTTTAAGAATCAAAAAAGCCAGGTGGTGGTGGCGCACGCCTTTGATCCTGGCACTCGGGAGGCAGAGGCAGGCAGATTGCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTATAGAGTGAGTTCCAGGACAACCAGGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTCGAAAAAACAAAAAATAAAACAAAACAAAAACCAAAACAAACCAACAAAAAAAGAATAAAAAAATATTTGTGACAAAGTTAGAAATCTTAAACTGCTGGGTGTCTGTCTTTGTTTCTTCTCTGGTTATTTTGCCCAGAAGTGAGATCAGCTTAAAAACTCACCCCTGTCCCGTGCTCACTTCTCAGACTGCAAATTACTTTTCAAGGTTTCTGGTCTATGCCTTTTTTTTTTAATTTAAAAATTTAAGACTTTTGTGTTCCTTGTCATTTAGAGGTAAGACAGTTGTTTCAAATGGAAGAAAAAGTGTAGCATTTAGTTGGACATGCCTGAAAGACGGCTGGCTTTAATCTATACTCCTTGTCAAATATAGACCTACTTGCTCCTTCAACCTGCCTGCCTAGATAAGTCCTCATGGAAGCTGCTAGCCAGGGTACAGAGGGATGTGTGTCCAATTACAGTCAACCTGGTGACATTCTAGGGAAGAATTGATTGAATTTTCTGATATACTTTTATTTATCTATCTTCTTAGCAGTCTGTGTGATCCATAGTAGCTGGAGGGCCCAGACACTACCATTGAGACATGTGTTTAAAGGCACCAAACATTCTTATAAAGGTGGTTTAAAATAGAGTAGCTCCTCTATAAGAAGGCCCTTCAAAAATGAATTTTCTGTCAGATGAAGAGAGAATGAGAATAATTCCATAGTCATTTTAGGGTGTCAGAGTAGCATATCCATTTAGAATAATAGAGCCTGCTTTTTAAAGCTTCCCCACTGCCTCCCCCACATGCCCCCTTTTTTTTCCTTCTTGTAATAATCAAACCATAAATACCAAGCAGCTTACTTAAGTCAGTGACAGTGTGTTCTTGGTGGGCCAGGCCATTAGTCCTCCAAACTGCATAAGTAGCTTAACCAGTTTTCAGCTGGGCAGTGGGATAGAAGCCATCGCCAGCTTATCAAACTCCCTGTGGGCAGGGGCTAGAGCGTCCCTTAATGCAGCATCTCCCTCTAGCCTGGTTCTTTGTGCCTGGCTTTAGAGCCCAAACTCATCATATTTAGAGGAAGTTTAATTCTATTACTGCTTCAGCCTGATGTAGACTAAATTGAATTTAGCTTTTGATCTGTCTGTATCTTGGCTATCAGCCCTGAAGAGCACCCCTGCCCATCTCCCTTTGGTTTCTGGGCAAATAATAAGTATGTTTTCTAGGTCTGAAGTGTTCCCAAATGTAGGAAAGGGACCTGGGGCAGAAAAACAATACTGTCATTTTTTTCTGAAAGAGTATATCAGGAAAGCAGGAGCCCTTCCTGGCTCCCCGTGAGCTGAGCCATCTTGGTTGCTCCCTTCCAGTCTTTGTCAGCCACAGAAGGGTTACAGTCAGGGATTTTTTTTCTCCCCATCTCGTACTCTTTTGTTGTTGTTGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTAGTGGTGGTTGTTCATTTATTTATTTATTCACTTTATATCCCATTTTCCGGACCTTCTCTTCCCCCCCCCCCCCCCAAGAACTTCTGTAAAAGCAGAAGTTTCCGTTTTATACAGTCACCTACAGAAAAGGGGTTTGTCAGGTGTATGTTTTATAGTGGAGAAAAAGAGAAATTCATAAATTATTAAGTAGTCATAGCTCCCAAGCAACAACATATCCCTTTTTACAAATTTCTCTTAAATTTGATTGTTTTAAGAATTTGTGGTGTGATAGGCACAGCAGCTGGTGAGATGGTTGTGAGGATGAGGTGCTTGCTGCCAACCCTGGCGAGCCTGTTGCATCCCTGCGGCCTCCTGGAGTGGACGGAGAGAACTGAATGACACTTATCCGCTGGTGTCCCATCTTGCATGTGCAAACGAGTATGTGCATGTGTGTGAGTGCAGTCTCTCTCTCTCCCCCCCCTCTCTGTCTCTCACACACACACACAATTAATAGACAAAGTGGAAGTTGATATTTAAGCATAGTTTTAAAATAGTGTATGCATTACACAGAGCATTAATGGTATTTAAAGATACTGAAAATATTCTGGTAGCACAAAATCACATCCCCTCAAAAGTTTTGTTTTTATAACAGTACTCAAAATTTCAACAAATAGACGCAATCAACAATGGCTGAAGACTTTTATCTACCTAATACAACTTTTGTTACAGTCGAGAAACTACTGTTTTAATTCTCTGACACCTTTGGGTGTATTCATTCTTACTGTGGTACACTTGGGTATGTGGGAATAAATTACAAGTGCTGACAGTTGCTTACCAGAAAGCAAATCACCTTTACATGCATGGAAAGGTAGCAGTTGTTCAGCACATTATGTGACTGTCAGTTGGCAGCATTTCCTGGAGCATATTAATATTAAGACAGAGCCAAGGATCATTCTGACCTAATGGCAGGGCCAAGGGAGTGGCTACTAGGGCAGGCAAAGGTTCTCCAGCTCCTAGGAGATCTAGGGCACACCAGCTCAACTCACTCATTTCTTAAAACTTGATTCCAAATGAATTTCTGTTCATCCAAAAGGATCTTAGAAAATGATACTCAGGCTGAGGTGGTGGCACATGTCTTTCTTCCCAGCAATCGGGAGCAGAGGCATGTGGATCTCTGCATTCAAGTCCACTTTTGTCTACAGAGCAAATTCCAGGACAGCTAGGGTTACATAGTGAGACCCTGGCTCAAAGAAAAAAAAAAAGATATTATTTAGTCTTTTAAAAGACTTTTTAAAAAAATTTCTGTATACCTGTGTATATCTCTGTGTATATATGTATGTGTTGATACCCACAGAAGCCAGAAAAGAATGTCAGATCCCCTGAGGCTGTAGTCACAGGCAGTTGGTTGTGAGCCATCCAACATCAGTGCTGGGAACCAAACTCAGGTCCTCTGCATAAGCAGCCAGAGTTCTTAGCCACTGAGCATCCTTCCTGCCCCTGCTAGTGAAGTTCTTTGTGGGACACTTGGTCTTGTTTGGGGTGCTTTTTGCTGTTTGTTTCTTTTCTTTTTTTCCATTTTATCTCATTTGTTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAATTATTATTATTATTTACTTATTTATTAGGTATTTTCTTCATTTACATTTCCAATGCTATCCCAAAAGTCCCCCATACCCTCCCCCCCTCCACTCTCCTACCCTCCCACTCCCACTTCTTGGCCCTGGCGTTCCCCTGTACTGGGGCATATAAAGTTTGCAAGTCCAATGGGCCTCTCTTTCCAATGATGCCGACTAGGCCATCTTCTGATACATATGCAGCTAGAGTCAAGAGCTCCAGGGTACTAGTTAGTTCATAGTGTTGTTCCACCTATAGGGCTGCAGACCCCGAGCTCCCATATATTGGGGAGAGGCTTTCTGTTAGGAGGTGCGAATACACGGTGTTACACACTCAAAAGGCTAAAAGGCACAGGCAGCCACGAAGCTTTTGTGAACATGTGGACATGTAAAATGGAAATTTTAATAGGAAAATTTCTTCCAAGAGGTTTTCCTTGTTTTGATACCTTGAGAGGAGGGAATAGAATAGAATTTGTTTTGTTGTTTTATTTCATGTGTATAGGTGTTTCCCTGCATGCATATCTGCACACCATATGATGCCTGGTGCCCACAGAGGCCAAAAGAGGACG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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000051344-Plekhm3:NM_001039493:6
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
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Domain overlap (PFAM):
C1:
PF139011=DUF4206=FE(10.3=100)
A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: