HsaINT0128791 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000143442 | POGZ
Description
pogo transposable element with ZNF domain [Source:HGNC Symbol;Acc:18801]
Coordinates
chr1:151403142-151413562:-
Coord C1 exon
chr1:151413404-151413562
Coord A exon
chr1:151403318-151413403
Coord C2 exon
chr1:151403142-151403317
Length
10086 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTAAGT
5' ss Score
11.01
3' ss Seq
TTTCTTCCTTTACCCTTTAGCTG
3' ss Score
9.2
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000143442-POGZ:NM_001194937:3
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.752 A=NA C2=0.581
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)