BtaINT0114991 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000021289 | POGZ
Description
pogo transposable element with ZNF domain [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:18801]
Coordinates
chr3:19379948-19389693:+
Coord C1 exon
chr3:19379948-19380072
Coord A exon
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Coord C2 exon
chr3:19389518-19389693
Length
9445 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAACA
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9
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000021289:ENSBTAT00000033883:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.538 A=NA C2=0.521
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
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Suggestions for RT-PCR validation
F:
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R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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INCLUSION PATTERN[edit]