HsaINT0128793 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000143442 | POGZ
Description
pogo transposable element with ZNF domain [Source:HGNC Symbol;Acc:18801]
Coordinates
chr1:151403142-151414681:-
Coord C1 exon
chr1:151414557-151414681
Coord A exon
chr1:151403318-151414556
Coord C2 exon
chr1:151403142-151403317
Length
11239 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAACA
5' ss Score
8.88
3' ss Seq
TTTCTTCCTTTACCCTTTAGCTG
3' ss Score
9.2
Exon sequences
Seq C1 exon
CATGGCGGACACCGACCTGTTCATGGAATGTGAGGAGGAGGAGTTGGAGCCATGGCAGAAAATCAGTGATGTCATTGAGGACTCTGTAGTTGAAGATTATAATTCAGTGGATAAAACTACCACAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
CTGGCAATCCTTTGGTCCAGCAAGGTGGACAGCCACTCATCCTGACCCAGAATCCAGCCCCAGGTCTGGGCACAATGGTTACTCAACCAGTATTGAGGCCTGTTCAGGTCATGCAGAATGCCAATCATGTGACTAGTTCCCCTGTGGCCTCACAACCAATATTTATCACTACGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000143442-POGZ:NM_207171:1
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.622 A=NA C2=0.581
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)