HsaINT0129496 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000196313 | POM121
Description
POM121 transmembrane nucleoporin [Source:HGNC Symbol;Acc:19702]
Coordinates
chr7:72400478-72409220:+
Coord C1 exon
chr7:72400478-72400649
Coord A exon
chr7:72400650-72409128
Coord C2 exon
chr7:72409129-72409220
Length
8479 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTACAA
5' ss Score
7.09
3' ss Seq
ATGTCCCTCTTGATTTTTAGCTC
3' ss Score
8.89
Exon sequences
Seq C1 exon
GCCTGGGTCTCTGAAGAGAGGCCTCAATTCTCAGAGCTCAGATGACCACTTGAATAAGAGATCCCGAAGCTCTTCCATGAGCTCCTTGACAGGCGCTTACGCAAGTGGCATCCCTAGCTCCAGCCGCAATGCCATTACCAGTTCCTACAGCTCCACTCGAGGCATCTCACAG
Seq A exon
GTACAAGTACAGCTCTTTTAATGTGGGGGACATGAATTCCCAGCGTTCATTCATTGACTAGGGCCAGACATGGTAGCTTAGCCATGTAATCCCAGCACTTTGGAAGGCCAAAGCGGGAGGATTGCTTGAGCCCAGGAGTTCAAAACCAGCCTGGGCAATATAGTGAAACCTTGTCTGTACAAAAGAATTTTTAAAGAAAATTTTTTAAATAAAGTAATTGATTAGCAAAGGTTTACTGATCACCTTCTATCTGTCAGACATTAGAATTGTCTTTAAGCTAATAGAAAATACAGATCATTGAGTGATCAATATAGGCCAGCGGAATGGAGTAGAAAGCCCAGAATGTACAGCAGTGCATGTGTGCGAGCTGATTCGAGACAGAGCTGTGTTGTAGATAAACGGACAGAGGGTGATTCGAAAGGTAGACTGAGTCCAGCTTGTATTGGGTCGTAAAAGAGATTTATCTTATAGGCGTTTAGAATTGAAAGCGGGGTTTTTAAACAAGTGGTCATGATTTTTTGGAAAAGGGATTATCGCATAGTATAGGGAACAGGGCAGGCTTTGCTGCTGGACAGACTTAGATTCAAATCTTGGCTCTGAGGCTGGGCGGGATGGCTCATGCCTGTAATCCCATCACTTTGGGAGGTCAAGGTGGGAGAACCTCTTGAGTCCAGGAGTTCAAGACTAGCCTGTGCAACAGAGCAAGACTGTGTCTCAAAGAAAAGGAAAAAAATGCTTGGCTCTGACATCTAGTAGCTATAAGGTCTTGGGCAGACAATCACATAACATCTCTTTTTCTTATCTCTGAAGTGCTGTTGCAGTGATTGAGGGTAATATTTAAAAAGCACCTATTACAGTGGCTGTCAGTAAGTGGGTACCCAGTATACAGCAGCCAGACAAAAAGATGTAAAGCATGTATGGAGAAATGTTTTTGAGAGGAGGAAGATTTTGAGACGAGTTCATCAGCCCAGAAGGCTCTGACAGTCATATAAATGAACATTAATGACCGTAATATCATTATCCCTCTTAATAATTTAAGAGGGATAATTAATATTATTTAATATCTAGTTATTATTTTTGATATGCAAACTTTTCCAGCTTTGGACTATGGGTTCCAAACTGGCTCCTGTATCCTTTATTTTGATCCCAGCAGTCTTCGACAGATAGCTTCATTGCTTTTTGCCCACCTTCCCAAAGTCCATTTTTAGCCTATACCGAAGTTGGGTGTTTCTTCAGAAAGCTTTGGTTTCTTCCAGTTAGAACTGTAGAGACTACAGTCTAAGTTTTAGGAGAGATAAGATAGACAGATCCTCTAGAAAGGGGAATATAAATAATTCATAATATTCCAAATTCAAATTTATGATAGTAGGATTTTTTATGTAATTTATTTGATTTTATATTTTTATGTATTACACCAAAAATGTCGGTTTATAATTACTTTGATCCTAGTAACACGCAATTTCTTTTTTTTTTTTTTTGCCGGAGTCTTACTCTTGTCGCCCAGGCTGGAGCACAGTGGTGCGACCTTGACTCACTGCAATCTCCGCTTCCTGAGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGTTGAGACTATAGGTGCCCGCCACCATGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGAGATTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGCATCGAACTCGTGACCTCAGGTGATCCACCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACCACGCCTGGCCCATGCAATTTCAAAATAGCGGTATCAGTGTCATTGTTAACACTGTCATTATTAAGACGGCTGAAGTCAGTTTAAGAATTGTGATTCATTTGTCTTTATATCCCTGTGTGAATGCTACGGACATGTAATCAATATATCGTGTTTTAAAGTAATGTTAATTGTCCTTTGGGTACACCAACTTTATATACAGTGAGGTTCGTTTGTTCAGTATGTTTGAAAGTTACAGGGATTTCTGTGTTTTCCTTTTTGAAATAGTTCTGTTTTAAATTATGTAAAATCTTTGAAACAATAAGTTGTTTCAAAAAAAATACACTAAAACAAGATACACTCAAAAATTCAGTTTCCATCCCTTTCCACTCTACATTTTTCCTTCCTCTCCATTTTTATTTTTTGATTATCCTTTATTGTTTTTTAAACGGTATGCATATCAGTGTATCTGAAAACCGCCACCTTCTAACATTTAAGGTAGTAGACAGTATATACAGATTTGAACCTTGCTTTTTCACATAATAGATAGTTGAGGTCATTCCATAGCAGTACACAGAAACTCATCTTTGGTCTTAAAACTGCATAGGTACTTTAGTCCTCTGTTGACAAATGTTGGGTTGTTTCAGTCTTCTGCTATCACAAATAATGCTGCAAAGAATACATTTGTTCATATGTCATTTCATCCTTGGCAATTTTGCCTCTGGAAAGTTCCTAGAAGTCAGATTCCCAGGTCAAAGGTTAAATGCGCATGTAATTTTGCTGGATATTGTTAAATCCCCCTACAGAGCATGCACCACTCAGCATTCCCCTCAGCGTTGTATGAGAGGGACCATTTCTCCATGGCCTCACCAGCAGATTTGGTTATTGTAGCTCTGGGCTTTTACCAATTTCACAGGTTAAAAATAGTATCTAAGACAGGCGTGGCAGCTCATGCCTGTAATCCCAGCACTTTGAGAGGCCGAGGAAGGCAGATCACTGGAGGTCAGGAGTTCGAGATCATCCTAGCCAACATGGTGAAATCCTGTCTCTACTAAAAACATAAAAATTAGCTGGGCATGGTGGCACATGCCTGTAATCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGAAGGAGAATATCAGGAACCTGGGAGGCAGGGGTTGCAGTGAGCAGAGATAGCGCCACTCCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGTGAGACTCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAGCCAGCCGAGCTTGGTGGCTTACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCAGGTGGATCACCTGAAATCCGGAGTTTGAGACCAGCCTGGCCAACGTGGCAAAAACCGGTTGCTACTAAAAATACAAAAAATTTAGCCAGGCGTGGTCGTGTGTGCCTGTAATCCCAGTTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAACTGCTTGACCCTGAAAGGCAGAGGTCAAGTGAGCCGAGCTCACGCCACTGCCCTCCAGCCTGGACGACAGAGTGAGATTCTGTCTCAAAGAAAAAAAGGTATCTAATTTTTGTCTCTTATGAGTAGTTTGATCATCTGTTCATATGTTGAATGATTATTTTCAGTTCTGTTTCCATGAGTCTTAGTTCATATCCTTTACCCATTTTTCTGAAGGGCTACCAGCCAAATCTCATGTTCAAGAGTTTTTCCTATAGTAGAGAAACCTATTCCAAATGAAGCAAAGTTTTGAACGTAAAATAGAAACCATAGAAGTGCAGTGTTAGAAGAAACAGGCTCCTCACGCGTTGCTGGTGGGAGTGTCAGTTGGTACAGCTCTCTAGAGGGCTTTGTGACAGGAATTGTCCACATAAGAGATACATGCACCCTTTGATCAAGCAGCTTTACCTTTAGGAAGTTATCCTACACACATACTGGGAAATGGATACAAGGATTTAATGTAACATTGTTTTAATAATAGCAGCTTGGAAACAATGTACATGTTATCTTTTCAGGGAGCTGACTGAATAACTTACAGTATTGGTGTAAGTTGGAATATACTATGTAACTATGAAAAAGAATAAGGCAACTGAAGAAGTACTCATGAGAATGATCTCAAAAAGCAATTACATAAAAACAAGGCTCAGAACTGTATAGTATCCTCTATTATTCGGGCTTTTAAAAATCTTTTAATATGCATAAAATAATTCTTACAGGATATATTAAAAACTGGCAATCATTACTGAGATAAAAAGGAAATTTACTTTTTACTGTACAGTCTTTTTTTTTTTCTTTCTTTTGAGACAGAGTCTCGCACTGTCGCCCGGGCTGGAGTGCAGTGCTGTGACCTTGGCTCACTGCAACCTCCACCTCCTGGGTTCAAGCAATTCCCCAGTCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCACCCACCACCATGCCCGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGTTTTCACCATGTTGGCTAGGATGGTCTCGAACTCGTGACCTCAGGTGATCCGTCCGCCTTGGCCTCCCGAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCACACCTGGCCCCAAGTTGTTGTCTTTTTCTTAGAGATTTGAATACGCTCTTTATATGTTCTAGATACAAGCTGTCTGTCATGTATGTGTTGCAACAAAAAAGTGTCCTGCTCTTGCCATTCTACTTCCTTGTGGTTAGCATACTTTGTGTAGTATTCAGGAAATCTTTGCCTACCTAACCTAAGGTCATGATAATTTTCTTCTGTGCTACCTTCTAGAAGCTTTATTATTTTATTATTACTTTTATATGTAAATCCATAAACCACCTGAAATTAATTTTTGTATATGGTGTGAGGTTGGAATCAAAATTAGTTTTTTTTGTGTTTGGTGGTGTTGGTGGTTTTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTTTTTACTGTAGAAATACCCATTTCTCTTAGCAACATTTATTGAAAGGACCATCCTTATTTCTCTGCAGCACCGTCTTTGTCTAATTTAAGTGTCTGTATATATGTGGGTCCATTTCTAGACTCTGTTTTGTTCCATTGGTCTATTTTTCTACCTACCCTTGTGCCAGTCTTTGTTTTACCCCTAGCCTTATACTTTAAGTCTTGATAGAGTCAGTCATCCCACTTTCTCATTTCTCTTCAGGACTGTCTTGTATCTTGGCCTTTTGCATTTTCATATAATTTTTAGATCAACTTGTCAATTTCCACAAAAAAAAAAAAAAGTTCTGAGATACTGATTGGGATTGCCTTTCATCTACTGATTACTTTGGATGGAAT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Seq C2 exon
CTCTGGAAGAGAAATGGCCCCAGTTCATCACCCTTCTCTAGCCCAGCCTCCTCCCGCTCCCAGACACCGGAGAGGCCAGCAAAGAAAATAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000196313-POM121:NM_172020:7
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF152291=POM121=FE(23.9=100)
A:
NA
C2:
PF152291=POM121=FE(12.6=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)