HsaINT0136388 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000011454 | RABGAP1
Description
RAB GTPase activating protein 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:17155]
Coordinates
chr9:123090275-123097845:+
Coord C1 exon
chr9:123090275-123090385
Coord A exon
chr9:123090386-123097740
Coord C2 exon
chr9:123097741-123097845
Length
7355 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AACGTAAGT
5' ss Score
10.74
3' ss Seq
GCATATCTTAAATGTTTCAGGCT
3' ss Score
4.89
Exon sequences
Seq C1 exon
CGGGAGAATAGGCGTCTACAAGAAGCTAACATGAGGTTGGAACAGGAAAACGATGACTTAGCCCATGAGCTGGTGACCAGCAAGATTGCACTACGGAAGGACCTGGATAAC
Seq A exon
GTAAGTCCAACGGGTCTGAAGGGAAAGATCTCACTGAGACACTTGACTTTTCCCCTCAAGAGAAATCCTGGAATTTTAGTGATTGTTATTCTAGCCACCTGTAAAGTTTCCCGCTTGTGATACAACTTGCTTGTCAGTGTCACTTCCCTCCTTTCCTTCAGGAATTATCTGTTGTCTCACAAAGCCCTCCTTACCACATTCTTTTCTCATTGTGCACATAATCCTTGAGCTTCTTTCCCAAACATCATTTGATTAAGAGACCTTGTGGTTAATTCTTACATTACTATAATTGGCAGGAGCATTTAATCATTATAATTACGTTAACCTCCCTCCTCAGACAGGAAGAGATTTTGTTATCCTACATATTTGGTGACTGTTGAAAAAGCATTGCCAGTTGGAATGCAGCTCAGTACCTCAGCAACTTGCAGTTTCATCAGGAGTTTCTGTTGACAGATGTTTCATTTTTCTTTGCTTCTCCTAATCTTAACAATTTTGGAATGATGTCTTTCCTGGCAGAAACCCTTTTCTATTTTCTGTACTACAGACTAACCTTAGAAGAAATGGTATAATCTCTCGATCATGGTTTAGGTCAGAAGTTGGCAAACATTTTCTGTAAAGGGATGGATAATAAGTGTTTGAGGCTTATGGCCCTACAGTCTACATTGCTACTACTTAGCAAAAGCAGACATAGATGATATGCAAATGAATGAGCATGGCTATGTTCCAGTTAAAAGCTTTATTTACAAAAACAAGTGACAGGCTGGATTTGGCCCTTGGACTGTAGTTTGCCAACCCTTTAGGTTTCCCTGCTAGGCTCCTAGGATTACCTTTCTACTCATTGGTTTCCTAAAGTTCCAGGGATGGGCTCAGGCTGTTGAGGATTTTTACGGGGGTCTTACATTATATGCACTGAAATAGGGTCCATGAATTTCAGGATGTCCTTGACATCCACCAGAAGCTTACAAAAATTTTGTGTACTCATGCATTTCCTTGAAAGGCTATGCTTTCATTTAGTTCTCCTAGGTAGAAAGACTATGGTTTCATCAGATTCTCAAAGTGGTTAACAGGTGAGACAGAGACCACAGTATCTACCCATTCAGAAAATGTAGGATGGACCTGGATTCTAATGCCAGCTACTCTGCTTTCAGCTCACCTTGGACACCTTGTAAAATGAGGGGTGGTAAAATAATAGCTATGTCACAGGGTATAGAGAGAATTACATAATTAGATGTATATGAAAGCATCATTAAAAAAAAATCAGGCACAGGCATTGTTAGCGCCCTCTGCTTGTCTGCTTGTCATCTACAAATAACTGAATTTAACAGGGAAGGCTCCTCTTTGCAGTTTTTGCAGGGAGAATGTTTCAAGGTCATTAGCCCTCAATGACCAGAACCTGAGGTCTTTTGATGGCTTTTTGGCTTACCACAGTCTGCTCATCAGGGTTGAGTTTCCTCCTTACGGTGCAAATTCCCAGCATATCCTCTGTTCCTCTTTGTAGAAACACTATATGGGTCATTCTCTCCCTGTTCGGGTATTTCTGCCTAGTGAGTGGAGGGAGGCAGGTGTACATGGAGCAGGGACTACTGAAGCAGGGCCAGAGGTGTGTGCCTAACACAGCCCTCATAACAGCCATGGGTCATGCAGAAAGGAGGAAAAAAAGGAAAAGAAAAAAAATATGGGTCTTGAATAGGAGCCTTTGTGTCCTACAATGAAATTAAGAGGCAGCTTAGGCTAAAATTCCAGGTGGATTTTTAGTTTGAGCTGTTGTATTTTCCAGTCTAACAGGCCCAGTATTAACAGTGACACCCACTAGTGAGTCGTAGACTACTTATGTTCTTAAAACCTGCCCCTAAACAGTATAAACCCTTTTTCAAGTCATCTTATCCTGACACAGTAGTGAGAGAACCAGGTTTCATTCCTGATATTAGGAGTGCAAAATAATAAGAATTATAATATGAGCTCCCATTTACTGATGATTTGTGGTGCTAGGCACTATGATAAGCATTTTACTAAACTTTGATCTCTCTTACCCTTACCTCAGCCTTGAGAGAACAGTAATGTAAGTTCCATTTATGGATGAGGATTTGTTTTTTTTAACAGCTATAAAACTTGAGATTCAGTTGAAGGTACCCAGGAAGAAGCAGAGCCAGGCCCATGGAACTGGAATGCCCAGGCTTTTTTTTTACAGTGCCAGCCTGTTTCCACAGTAAATATGGGACAAGGAGCTATGAATCAATGTCATAACCGTATCAAAAACATGAGGACCAGGGATTGTGACATAAGAGCTAACATTTCTTGAGCACTTACCAAGTGCTAGGCACTGTTCTAAGTGCTTTCTATATATTATCAAATCCTCAGAGTAGGCCGTGTTGTAGAAGGGATATAATTATGATCCCCATTTTACTGATGAGGAAACTGAAGCAAAAAGAGGTTAAATATCCCACACAGATCACCCAGCTAGTGGCCAAGCCCTCAAATTGAAGGGCTGACACCAGAGCTCACCCTCCTAAGCAGGCGGCAGGGCTCAGGAGCATCACACCAGGGCCCATCCTGCAGTCATCTAAAATGCTGCAGACACACCTTTCCCACACTCACTTTCCCTTCCCAAGTTAGACTTCTCTCTGTAGTTTCTTCTGAATCATCACTGAAAATCAGCTAGATTCTTCCTCACTGAAGGGAGGAGTGTGGGGCCCTTTCATTATTTTTTTACTTTAGGGACTTAGGTTTTTGAAAGAACGTCATTCCTTTGAGCTCTTTCCTTCCTGCATCTCAGAGAAAAGCTCTGGTGTGAGGCTTTAAAATTTCCAGGGCCCTCTTGTATTTTCGGTTGATTATACATCACTTTTGTTATTCATCACCTGTCACTTTTGCTGTTCTTCACACAACAGCTGTGGAGAAATTCCATGCCAGCCACTTAATTCCTCGGTGACCCCAATCAAGCTTTCTGTATGAAATGGGAGTAATGACTAGACCTGACACTGGTGTTAAAAGGATGAGGGGAAGCTATGGAAGGTCCCTGCAGAGCTGATAGGACCATGTCCGAGTCCCCTCTAGCAGGGTCACTCCTCTGTGTTGAGACAGACATGAGAGTGAAGGAAACTTGCTGGTGAGCCCAACTGCTGTCCAGCAGGATGTAAACTCTGCCTCAGCTCCTTATTAGTTCTGTGACATTTTGCAGATTGCTGAACTTGCCCCATTGAGTTAGCTTGGCCCCTTTATTAAAAATCAATTGACCCTAAATTGGCGGGTTCACTTCTTGATTCTGTCTGCTCCGTCTGTTTCTGTGTCTATCCTTAAGCCAATACCACACTGTCTTGCTTACTGTAGCTTTATAATAAATCTTAAAATCAGTTCATGTGAGTTCTCTGACTTTGTTGTTCTTTGCATTTCTGTATCAGTGTTAGAATCAGCTTATGAATATCTAGAAATAAAAGCCTCTGGCTTTTGAGTGAGGTTCATGGAATCTGTAGATCAATTTGGGGAGAACTGACATCTGAACAACAGTTGAAGCATTCAATCCAGAACATGTTAAAATTTTCCTTTATTAAGATCTTTTTCAGTTTCTCTCAGTAGCAATGTTTTTTAGTGTTCAATTTACAAGACGTGCATGTTTTAATCTATTTTTGTAAAGTGGTATTGTTTTTTAAATTTCATCTTCCAGTTGTGTATTGCTAGTCTCTAGAGATGCAGTTGGTCTTTGTGTTGTGACCTTGTATCCTGTGACCTTGTAAAAACTCATTTGTTAGTCTGGCAGCTTTTTAAATATATTTTTTCAGATTTTCCACATATACAATCATATCATCTCTGAATACAGTTTTTCTTCCTTTCATATTTATCTGCCTCTCTTTTTCTTGTCTCACTGCACTGACTAGCATCTTCAGAATGATGCTGAATGGTTAGAGTGGACATCATTGCCTGGTTCTGGACATTAGCTGTAGGTTTTTCGTAGAGTAGGTTGAGGAAATAAATTCTCCTCTGTTCCTGTTTGCTGAGAGTTTTTGTCATGAATGGGTGTTGAATTTTGTCAAATGCTTTTCCTGTGTCTGTTGAGATAATCATTTGGTATTTCTCCTTAATTTTGTTAATATAGTGAAATAAATTCACTTTTCAATGTAAACCAACCTTGCATTCCTAGGATAAACTCCAGTTGGGGTTTCTATTTTTTATTAAAGATTTTAATTCTTATTAAATATTTATATGTTCATAAGGAATATTTGTCTGGAGTTTTATTTAATGTTTTTGTCTGGTTTTGTCATTAGGGAATGCTGGCCTCGTAAAATGAAGTGAGAAGTGTTCCCTCTTGTTTTCTTGAGGACTTTGTATATGATTGTTCTTTGATTAAGTCTTTAGTTCCCTAGTGAAGTCACGCAGACCTGAAATTTTCTTTGCAGGAAATTAATTGTGAATTCTTTTTCTTTTCTAGATATGGAGCTATGCAAATTTTCTAATTTTTCGTGTGTCTGTTGTTATAATTTGTGTCTTTCAAGTAATATATCCATTTCATCTTAAGTATGTTGATATAAGGTTGTTTGTATTCTTTTAATATTTATAAGATATGTAGAGATGTTTCATTTTCATTCCTGATGTACGTCATTTCTTTTTCCCACTTTTCCATAACCAACTTAGCTAGAAGTTTATCAGTTGTGTTGATCTTTTCAAAAGCCAGCTTTAGCCTGGGCAACATGGCAAAAATTAGCTGGCTGTGGTGTCACATGCCTATATTCCCAGCTACATAGGAGGCTTAGGTGAGAGGATCACTTGAACCCGGGAGGCAGGGGCTGCAGTGAACCGAGATCATGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGTGAAACCTTGTCCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCCAGCTTTTGCTTTTATTGAGTTTTCTCTGTTGTCTTGTTTCATTGATTTCTGCTTTTACTTTCTTTGGGTTTCATTTGCTCTTTTTCTGGCTTCTTAAAGAGGAAGTTTGAATAACTCTGGACCTTTCTTCT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Seq C2 exon
GCTGAGGAAAAGGCAGATGCTCTGAATAAGGAGCTGCTGATGACCAAACAGAAGTTGATTGATGCAGAAGAAGAGAAAAGACGGCTGGAAGAAGAGTCTGCTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000011454:ENST00000373647:21
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.315 A=NA C2=0.457
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development