HsaINT0138083 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000146587 | RBAK
Description
RB-associated KRAB zinc finger [Source:HGNC Symbol;Acc:17680]
Coordinates
chr7:5087664-5097052:+
Coord C1 exon
chr7:5087664-5087722
Coord A exon
chr7:5087723-5096925
Coord C2 exon
chr7:5096926-5097052
Length
9203 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGT
5' ss Score
10.67
3' ss Seq
TGATCATGTTGCCATTACAGGGG
3' ss Score
6.77
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCTACCAGCCACAGTCTCTGCACGTTTCCAAGAGCAGCAGAAAATGAACACATTGCAG
Seq A exon
GTGAGTTTTCATGCTTGTGTATATGTTCCTCAACTTTATTTTATGATGCATTTTAAGAGGTTTGTAAGGATTCTTACCTTTTTTTTTTTCTTTTTTTTTGAGATGGAGTCTTGCTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTCGCTTCACTGCAACCTCCACCTCCTGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGCGTGCGCCACCATGCCCAACTAATTTTTTGTATTTTTAGAAGAGACAGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACCTCAGGTGATCCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACCGCGCCCAGCCAGGATTCATACTTTAAAATGGGAATGTGGAAATAGACATTGTCCTGTAAAATATAGTTAGTGTGGCAGATCAGCACCAAAAATGATTTGTGAAGCTTGTATGTGTGGATAGTAGATTTTAAGGCTGTTGAAATTGAGCCGCACCCAGGACTGATATTCTTGGCAGTCATCACAAAAGGAAAATGCCATCTGTATTAGTCCATTCTCACACTGCTATAGAGAAATAACCAAGACTGGGTCATTTATAAAGAAAAGAGGTTTAATTGGCTCACGCCTGCAGGCTCTATCATAGGAAGCATGGCTGGGGAGGCTTCAGGAAACTTACAGTCATGGTGGAAGGCAAAGGGAAAGCGGGTACATCTTCCATCACCAGAGCAGGAGGAAGAGGGAGGGGGAGGCGCTACACACTTTTAAACAACCACGTCTTGTGATAAGTCACTGAGTGTCAGGAGAACAGCACCAAAAGGGAAATTGCCCCCATGATCCAATCACCTCCCACCAGGCCCCACCTCCAACATTGGGGATTACAATTGAACATGAGATTTGGTTGGCGACACAAAGCGAAACCATATCACCATCCATGACATCATTTGCATTCATTATAAGGAGAAACCAACTTTGTTACTTGTGGATTTAAAAGATTTTCTAGGACTTGGAAAAATTTCTTCATTCAAGTTGATATAATTGCGGATAGCTTTCCTAATAACAACCATTAAGTTACCATAACTTATGGCTTATTCTTGGTGCTTATGTAAGCAGAGGGCCTGCCTGCTGCCCAAGGAGAACTTGGTGCATATAATTTTTCCAGGGAAGGAAACATTGTGATCCCAGTAGACAGAATTCTGTTTTTACTGTTGAGTCCTAGATCATGGGGGGAATGAATGACATGATCATCCTTCAAATATTTGTTCGTCTTTCAGTTTGGGTTGCACAGCAAACAATACAGTTACTCTCTTGTGAAGATTTCCTCATTTCTGTTTCTCATTTCAGTTCTCAGTGTTTTAGTTTTGTCCTTTTCACGTTGCTGAGTCAGTCTGTAAAGATTACCAGTGATTTCATTGCAGTCAAATCCAGAGGGGATTTCCTAGCCCCTACCTCCCAGGACCCTTTGTCTGCCTTTGACATCTGTTACTTCCAAACTGATACTTTCTCCATGGAGTCTCTCTTTTCTTGGCTTTTAAAAAGATTCGTCTGTAAGTATTTCTGCTTGTCTTTAAATGATGAAGTCTGTTTTGTTTTGTTTTGTTCTGTTTCTTTTTTTCTTTTTTTGAGATAGGGTCTTGCTGTGTCACCCAGGCTGGAGTGTAGAGACGTGATCACAACTCACTGCAACCTCAGTCTCCTGGGCTCACACGATCCTCCTGCCTCAGCCTCCTGCATAGCTACAGGCGCAAGCTGCCACACCCGACTAATTTTTTTATATTTTAGTAGAGACTGGGTTTCACCATGTCACCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGAGCTCAGGCAGTCTGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAATGCTAGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCTCCCAGCCTAGAGATGTATTCCCACTGTATTGCTCAGACTGGTCTCAAACTCCTGACCTCAAGCAATCCTTTCACTTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTACAGGTGTAAGCCACCACACCTGGCTAATAAGGAATCTTTTTGAAAGGGGCTAGGAATAACCCATAATACTCTCTTAATACATGTGGCAATTGGGTTAAATCTTTTAATAGTTCCTATATTATGTCTCTTGCGTGCTCATTGTTTTGAAGAAACTGGGTTGGTTATCCTCAGTTTGGATTGTGTTACCCTTGTTTCACCTTTAGCACATTTAAAAAATATATCTTTTATGCCTTGTTAAATTGGTAGTTTGATCTGGAAGTCTAATCAGGTTTATGTTCAATTCTTTTCACACAGCTGTACCGTACGTGGCATTTGTCTACTTCTGGAGGCATGTGTTACCTTCTTTGTTTTTGTGAACTTAAGAACTATTGACTGTTGATTATTGCTGTGATTTACTAGTTCATTAGGGGAGGCAAAATGGTGATGTGCTAATTCTACCATTTCTTCTTTATTTACTAGCCAAAATACCTTTCTTTTCTTTTCTTTTTTTGGAAACAGAGTCTCACTCTGTCACCCAGGCTGTCGTGTTTACGGCTCACTGCAGCCTCAAACTCCTGTGCTCAAGTGATCCTCCCACTTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGAGTATAGTCATGTGCCACAATGCCCAGCGAATTTTTTAATTTTTAGTAGAGACAGGTTTTGCTATGTTGCCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGGGCTCAAGTGATCCTCTTCTTTGACCTCCCAGTGTTGGCATTACAGGCATGAGTCACCACAGCTGGCCTAGAATACTTTTCTAAAGATAAATTTCTGTTCTCTATTTGGTTATGTAATTCATGCAGGAAAGACAGTTTCTAAAATGTTGAGTAGGCTTCTAAGCAGGAAGGTTTTTTTGTTTTGTTACCATTATGAGCTCGTGGGTTTAAACAGATAGTAAATATTTCAGTACATCAAAGTTGTGATTCTTTTTGAAAATTAAATGGCTCCATCTTTGGCCAGACAAAATCCCTTTAAGTTGGTTTCTGAGTCCTTTTGAAATATATTTGATATATTTGATAGCAAATCTATACATACAATATATATTTGATAGCATTATTTTCTGTTCAGCATTTTATTTTGAAATCATTTCAAATTTTCAGAAAAATTGCACGGATTTTACAAAGAAATCCCAGCTACTTCCTTTTGTTCAGATACTTCATTCTTAACATTTTCCCACATTAATCATTTATATGCATATATACATATATGTGTGTACATATTTTTATATATTTTTTTTCTGAACTGTTTGAGAGTGGGTATGATTTGTCATGCCTCTTTACCTTATAAAGTTTTAGATTATATCTCATAAAATCAAGAACTTTCTATTAAATACCCATAGCACAGTAATTGAATTCAGGAAATTTATCATTGATTTAATACTTTTATCTAAACTGTAGTTCATTTTCCAGTTTTGCCAATTTCCCAATAATTTCCTTTATAGCAATTTTTAATTTTTGGTAGAAGATTCAGTCTAGGACTGTCAATTGCCTTTAGTTTTCATGCTTTTTAAGGCTGTTTAATACGGATTTGTTCCTCAGTGCCATTATAATATTTGCAGAATACAGGCCAATGATATTATAGAAGTCTTTAAATTTAGGTTTCCCTGATCTTTCTTCATGATTAGATTTAGTTGGTGAATTTTTGTCTGGAACACTACATGGGACCTCTTAAATTTATGGCTCAGAATAGGATCTGTCTTGGGAAACTTCTGTGCATGCTTGAGAAGATGGCTTGTTCTGCTCTGGTTGGGTGGAGTGTTTGATAAATGTTAATGAGATCAAGTTGGTTGGTTGTGTTGTTCAGGTGTATTATATCCTTGTTGATTGTGTGCCTACTTGTATCAATTGTTGGGGAGAGGGGATTGAAATCTGCTGCATTTGTGGTTCTCTTTCTCTTTGCAATTTTACCACTTTTTGCTTTATGTATTATATTAGATACATAAATGTTCAAGGTTATTACATCCTGTTGATTAATTAACCACTTTGTAAAATGGCCTTCCTTATCCCTGCTAGTATTCCAGGCTGAAATGTACTTTGTTATTTATGTAGCATTCTTTTGAGTAATGCATGCATGGTATATCTTATTCCATCCTTTTACTTATAACGTATTTGCATCTTTATATCTAAAGTATTATTTCTTGTAGGCAGCAAGATTTGGATCTTGCTTGTTTTCATCAGTCTATTTCTGCCTCATAATTGGGGATGTATAGACTGTTTACATGTAATGTAATTATTGATAAAACTAGTTAGGTTATAGTCCATTGCCTTTGCTTTCTTTTAGTCTCATCTTCTTTGTTTCTTTTTAAAATGTCTTTGTTTGTCTTCCTTCCTCTTGATTAATTGATAATTTTTTATGATTCTACTTTATATCTTTTGTTGAGTTTTTAGCTATCACACTGTTTTGTTATTTTAGTGAGTTAGAATTTATAGTATGCAACTTTAATTATCATAGTTTATTCTTAAGTGATATACCATTTTTCTTAGAGTAAGAGAAGCTTACAATAGGATACTTTCATTTCTCTCCTCTTGGTCTTTACACCGTTGTTCATTTTATTTTTACAGGTGGTATCAGTGCCACACAGAATCTATTACGTTGTTGTTAATTAAACAGTTATCTTTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTTTGAGTTGGAGTCTCACTCTGTCCCCCAGGCTGGAGTGCAGGGGTGCGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCCAGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGGGTAGCTGGGATTACAGACACCCACCACCACACCCGGCTAATTTTGGTATTTTTAGTAGAGATGAGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACCTCAGGTGACCTGTCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTAAGCCACCACACCCAGCCCAGTTATCTTTTAAAAAGATTTAAGTAATGAG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Seq C2 exon
GGGCCAGTGTCATTCAAAGATGTGGCTGTGGATTTCACCCAGGAGGAGTGGCAGCAGCTGGACCCTGATGAGAAGATAACTTACAGGGATGTGATGTTGGAGAACTATAGCCATCTAGTTTCTGTGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000146587-RBAK:NM_021163:2
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.037
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0135222=KRAB=WD(100=95.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)