HsaINT0138683 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000144642 | RBMS3
Description
RNA binding motif single stranded interacting protein 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:13427]
Coordinates
chr3:29936086-29944254:+
Coord C1 exon
chr3:29936086-29936196
Coord A exon
chr3:29936197-29944206
Coord C2 exon
chr3:29944207-29944254
Length
8010 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTGAGT
5' ss Score
11.45
3' ss Seq
CATGCTCTTTTCATTCAAAGATT
3' ss Score
8.31
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTGCTGTGATTACACCAACCATGGACCATCCCATGTCAATGCAGCCAGCCAACATGATGGGCCCACTGACACAGCAGATGAATCACCTTTCGTTGGGCACAACAGGAACG
Seq A exon
GTGAGTTGAAGAGATTGTTTTGTTTCCTTGAACTTTTTTGATCAGATGTGATATTCTCCATTTTTACTGGCATTATCAGTGAAACTGTGTCTGTACCATATTCGTTGACTAACACATCTTTCAGGTTTCAGTATGAATAAGCTGCATTCTGCATGTATGTTCAGTTCCAGGGCACATGTACTCACAGTGGCAAGGCTAAAGTTCTATTGTGTCATTCAGTTACTTCTTGTTTTTTATGGTACAATGTACCAGATGTAATGTCTGTTTTTGGAAAGGTGTCCTTTTTGTATGCACCTGCAAATCTAGACCCTTTGACTTAATATACTCAATCCTGGTTTTCTCTTCCCAGCTGCTTACCAGCTCAGCTACTATATTATTAGCAGGTTATACACAACTGAGGGGCCAGATCTATGACTGATACTATTAAATCAATAAAGAGTAATTGAGGTATAATCGAGTTCTTTTAATCCTTCTTTCTGATATGTTGATATGGATGATGTTGAAAAGAAGGAAGGGAACCTAATGTGCTTGATTTTTTCTTATAGGTTGTGATATTTTTGACTAGTCATCTTTCTCCTCAGAGAACAAAAGTGTGCTGAAAAATGCCTATTGCAGCCTGGATTTTGTATCAATGAGGCATTTTAAATCATAAGAAAAACTTTGTTTGATTTTTTTAAAAGATAATTCCCCAAATGTTCAAGGAGGCAAAAGCCTAATACAATCTAGAATACTGAAACTTCATTAGTTGCCATTACAGAGAACAATGAAACCATGAAACCTAACCACTCATGTGACACCTTCAGTAACAGTTTTATTTTCGTAAATGTTAGTGCAGATAATCTTGTCATTTAACAAAACATAGAAATAAAAATATGTTTTCTTTTGACTGAGGCAGCTTAAATATTGAAGAAAGAGCACTGGACTAGGAGTCAGAAATCCTAGATATAAAACTTGCGTAAGCCCTGTAGTTTCTGTCAATTTTTGGGAAAATAATATCTCTAGTCTGAATTTTTTCTCTATCTAGTTGAAGTATTAAACTTGATCATATATGGGTCCCTTTGAATATTCAATTCTGTATTTTTAAGCCTATATGTCTTACAGTTACCACCTCTGTGATTCTTCAATTATGCTGACTCATTCTCCAAATATCTATGTACAATATGCACACTAGTTGTGTATCAGGAATTTTACCCTATAGCAATGGCTTGCTTGCCAAATAAATCTTGTTGACTCATGGGCTTTTAAGAATATAAGAAGTTACTGGCATGTCCACTGAGAACTCACTAATCTGTCCTAAATAGGAAGAAAGTCAATATAATTTAATGGAAAGAGCCACATTCTTTCAATAAAGAAATTTTAGTTTTAGTAACATAAACAAAGTGCCTATCACTAAGATCTCAGTTGCAGAACCTGTAAAAAGCAGTCGATGGTAACTTACCTGTCTGAATGCTTGGGCTGGATCAAATGATCTCTTAGGTTTCTCACCTACACTTTTAGAAATCGTGTCTAAGATATATTTAACTATATGCTGTGGTACAGCTAATTTTCATCATGGAGATAGAGCTTGAAGACAATATTTTATTGCTTTTATCAAAGAATTATTTGTAATTATTTTGTGCGTTACTAATAAGCAGGTCCTAGGAATAGTATCAGAAGGCCTGCAGTTTCTTATTTTTATTAATATATTGTAGATTTCCCTCCATATCAGCCTTCGTGTCCTTCAGTGATCATAAATTCTGAATAAGTGATGTAATGTAATTTTACCGTATTGAATAACAATCTGGAATCTGATTAAAGAGACAATTATAATGCAAAACATAGAAACTCTTTAAAATTTTTACTCATTTGGTTCAAAAGTAAAGCCAACTGACTTGCTAAAATTTAAGTTTGCAAACTAGTAGAAATATAAGAGCTAGTTAACTAAGCATATGACTGAATCCTTTAGGGAATTAAAAAAATAAGCTAAAAGACACAGAACAGACTCAGAATTAAAATAGTTATTGATTCAATAACATATATTATGATTTTGTATTTGAGCATTCCAACAAGAACACATTTGTAAGGGACCATGACTTTTAGGCAGCTGGTGATAGCCAAATGATTCAGTAATAATATATAACATTCTCTTTCTTAGAGAGTAAAAGTTTTAAGCATATGATTTATTATTAATACCAAATTTCCACTAGCTTTTTTCTTTTCACCCTTTACATTTGTTCTAAATAATGCTTAGATACATTATAAGATTTGCATTACCTGATGTTATGGAAAAGTGTAAAATTTAGTAAGGTTTAGAAGAGGTAGAGAGAAAACAGAATTACTTTGTTGATTCGTTTAACAAAATATAATTAAGTGTGGTTGGTGTCCAGAATATTGTTATATTGTTTTCTTAGACTGTCACTCTAATTCTTCGATATGCCTTCATAGATTCATTTTATCTGAATTTTGATTGGCATTTGGAGTGACTATTATCCAGTTGAGGTTGATTTTGGAAAATCAGATTTTTCTACCTTATTGCATCTTTCCAACATTTTCATTGATGGGGAAGGAATCCTGGCATCATGGAAAGATCAGTTGGCTTTGTTTTTAAACTTGAGTTCAAAACCTGACTTTGTTCCCTTATTAGCTCTGCATGTTTAGGCAGGTTACTTAACCTCTCAGAACTTTCTCATTTTACAAAGTGGGAAAAATAATGCTTACATCCCAGAGATGTTGTGAGTGTTAATGAAATGACAATATGCAGCATATCTTATACAGTGTGATACCCAGTATGTGCTTCTCAAATGAGCTGCTCATACCCTTCACCTCCAGTGGCTTCTAACTGGTGGGAGTCTAGTTTAGGTAGCCAGAAGTGATGTAACACACAGTAAAATCCATGGTATAAATCACTTACCTGCACTATTTCACTTGATATAAATAATTTCTTTAACGTCTCCATTTCTTTGGCTGCTAACATTCTCTTTTAAGGTAGCAAATTCAAAAGCCTGTAGAGTCCAGCCAAGTCATATTAATGAATGAAGTGGATCAAGTTCAAACAAAAACCCTTGGAAATATATAATCAATTTTTAAATATTTGCCTATATCATAAACATACTCATACTATATAAACATATATGACATTGGAGATTATATTTTAGAGAAGATGTATTTTCCATGCAATAATAATACTATCTCTGCCTGAGTTTTGGGCAAATAGAAGTGAGAGGTGGTGCCTTTGGCAGCCTGAAATATGGATGCCTTGTCTGAAGAGGACAGCCACTATTCCATTGGTAGTACAGCTGTTGTGATGGCTATTGCCACATGGACATACAGACCCAGGGTGGTCTCACTTTCCAACTTTTAAAGATAAGCTGAATTCTTGAATTTTGATTTGAAATTTCTCCATATTTAAATATTGGGTCCAGTTTGTCCCAAGAACTCCCAGTTTGTGACTCCTGCCCAAGGTTTTTCTGGTTCTCCTCAGACCTCTCTGGCCATTCCTTCTTCTCTTCCTGCACAGATTGGTAAGCCAGAGCTTCATTTTTAACATACTTATGCCACATGATTTTCGTAAGCAATCTCATTCAGTCTCATGGTTTTAAACCCTGGCTTCCACGTTGACTCCTAAATCTCAGTCCCCAATACTAACCTCATCTAATAATTTCAGACTCATTTATCCAACTACTTGCTACATATCTCCATGGAAATCTCCCTCAGACATCTCAAAGTCACCATGACCCAAACTAATCTCATGAGCTTTCCAGAACTTTCTTCTAACTGAAACCTGTTCCTCTTGTGTGTTTCTGCTCCCTGTTTCCCTGCAAGCTAATGACATGACCATTTTCCCTGTAGTCAAACCATACATCTAAGACCCAATCAAGACCCTTTCCTTCTCCCTCACCACCATACACAATTACTTTTCAAGTCCCACTGATTTTCTCTCATAGACATTGGTCAAATACATTCTTTCTTCTACATTTCTGGAGTCTCTGCCCTGGGACTCATTTGATAAACTGTAATAGTTTCCTAACCGTTCTTCCTGCTTTCAATTTCAATTTGCTCCAATCCATTCTCTACCCTGTTGTCACAGGTAGTCAATCTAAAACTATCTGACGTCTCTCTCCTAACTGAAACATTTCAGAGGATTTCAGACATCTGAGCCCACAGAAATTCTGCAAAACAAGGTGTGAACAGTGACAAGTCAAGATTAAGATTAAGATAGGATTCTAAACTCTAGAAACAGATGGGTTCCAAGGGCAGAGCAGAGAGCTATCCAGTGAATAATCTAGAGTAGGAAGTGATCAGGGCTGACGGAAGTTGTAGCTATATTGGAATTTGCCATTTTTAGAAGGGGGATCTTGAACACTGGCTTAGTCCCACTCTTCCTTTTAAAGTCCCTGGCTAAAGGAATTGTATTGGGCCAAAACCTCTTTTTCCTTTTCATGAAAGAAGATATATTCATCTCCCATGACCTCAAATTTTGAAATGAATGCCATGTAGTTTAATTAACCTTTCTCTACAATTTGCCACCTCAAATGTTTATTGTTCAATTCTCTATTTTAAGCTAGACAGAATCTGCAGGCCTCAAAAAAAAAAAAAGTGCATCTTATGCAAGCAGTGTAACTGTTTTATTTCAGGGGTCTGCTGACCCTGAAGGATTTTCCTAGCTTTTCTACTTTTGTTTATTTTTTTGTCACAGCATTCCCTTGATGGAACCAAAGCCCCATTATCCATAACTTCTTATCACTTTATTGTAAGCTTTAGCAGAAACCACTGGAGATTTTACTGTGTTATGAGAACCTCCAAGTTGCATGACAATCTTGTTTTACAAGTTTCTTATCTCCTTTTCATTTGTTCAGTTGCTGGTCACCAGTGGCTTACAATGTCACCAGAATCTGTTGGAAGAAATAAAAAGTTTTTGTTCTGCAGGTTTTGTATCTGCAGTTTGGTTTGTGTTCTCCAAGCCACTGATGATTTGTGATATCATCGATTTCCACAGTGTAACCATAGTCACTCACAAAAATAACCTTGTAATTGTACTCCATTTGTCCCCACAGTTCTCTAGCATTTTTCAGTCACACCACTCCTTCACTGCTCTGAAATTTTGATAGTATCAGGTGAAAATCCTCAATTATTCAGTTTGTTTAGACATTGTTCTTTTTTCTGTTATTAGGTATGAATATAAATATTAAGACAGAGTTTTAAAAAGCTAACAGGATGTTAAATGGACTCTGATTCAGGAAGCAGTATCATAAATGGTAATGGGTACATCTAAAATAGTTTTTTAGGAAAAAATATTAATTAAAACACTCAAATACAAAACAGAAAATATATCTAAAAAGGTAATAGTTTAAAAAAATTGGTTTAGTCTTACTTTAAAATGAAAGACCTTTGAAGGGAGTCTTATAAACAATAAATGAGCTGGCATTAAGTGTAAGTCTAGTAGTACGAGTGTGTATTTGTAAATATTACACTTTTGTTGTTTAAAAAAATGAATTCTGAATTCAAATAAATTACCGACATAGTAAAAAAGCCTCAATAGATAAAATGCCAAAGAACATGAACAGATAGTTGATAAAAGAGTAAATAGAATGCCAAGGAACATGTACAAAAATTGTAATGAAAGAAACAGAAACAGTAATTAAATATACATGTACATATATCCCATCAAATAAAGCTATCAAAATGCAGTACAAATTGCTAATGAAGGTGTAGGAAAATAAGCATTCTCTAGCACTGATTGCTTGATGATAGGAATCTAAATTTGTATAAGTACCAGTTGGATAGCAAGGTAGTCAGTCGAGATACTTCAAAACATTTATACTGACTGACCAAGAAGTTATAGTTTTGAGAAGCTGGTCTATGGAAATATTCTAAAATAACAGAAAAATAATTATACCTCAAAAATATTTGACACGGTGTTCTTTATAATGTCTAACAAAGAAGAATAATTAAATATGCCATAATCCATCCATAAACCAGAATGTAATGCAGCATGAAATCGTAAGAGAAATAATTGGGAAAAAGTTTATTTATAATGTCAAATTTGAAAAAATGGAAGTAAGGCAGGCTGTAGTGGTTCATGCCTGTTATCACAGCACTTTGGGAAGCTGAGGCAGGAGGATTGCTTGAGGTCAGGAGTTGGAGACCAGCCTAGATAACATAACAAGACCCCATCACAATAAAAAAAATTGAAAATTAGCTAGGCATTACATTATTGTGTGCCCTGTAGTCCAACTACTGAGGAGGCAGAAGCAGGAAGATCAACTAAGCCCAGGAGTTTGAGGTTACAGTGAGCTATGATTGTGCCACTGCACTTCAGCCTGAATGATGGAGTGAAACCCTGTCGAAAGAGAAAGAGAGAGAAAGAGAAAGAAAAAAGGAAGGAAAGATGTAAATTTGCATGTGTGGAGTTCAGTATCAACTCTAAAGAAGTATTATAAGGCTAAAGAGAAATATAAAACAAGTGTGGCTATTTCCAGGTGATGGGATTAGGAGTAATGTCTATTTTAATCATTATGCTTTTCTACATTATCCAGCTATTCAGCAATAAACATTATTGGCTTTTATTATTTATTTTAAAATGTCATAAGTATATTCTTGGAAAATGTCTAGTAGCATGGTCCAATAATTAACTTTTTTTTTTTTTTTTGGTTTGGAGTGGAAATGTGTGATTGCAATTTTTCAAAAGGTACTAGGAGTTACTACTATTATTTAAAAAATTGGAAAAACTTTTAAAATGATTCTAATTATTCTAGATTTGGGGATTATAATCAACTCAGTAGTTCAGGTATCTGTTGCAAGAAACAAAATAACTCATGTGTCTGGTTTATTTGCATTTGAATCTTTTGATCATGTTTGCTTTTGTTGCTCAAAGTGCCTTGCAATGTTCAAGTTCTAATCTGTCTTCTCACATGCCATTTACTCAGGAGAGAGTGATTAAAATTGACCTTTTGTGGCAAGGAGATGAAAGTGAGAAATACGTGATAGTCCAAAAGTTGTCACATGGGTGGAAAAAGAAAATTTGGGATTTTTGCTTTTAATAAAGGTCATATAAATGGAATAAGAGTCACACAAGAGGACCTATTTAACCATGTGTTGGCAGTTGATTTGAATCTAAACAATATCAAGTTTCTTTTAGAGTTTACCCCTCCAAGGGGAGTGGGGACAAAATTAGAATTTTCCATTTTTAGAAGGGGACCCTAGGCCTATGCCATATTCCAATCTCCTTTTTAAGATCCCTGGCTAAAGAAATTGCAGTGAGCCAAAAGCTCTTTTTTCATCTTTAAAAAATCAGATATATTTTGTGCCATGTAACCCCTAATTTTGAAATGATTGCCATGTAGTTTAATTAAGCTTTATCTAGAATTTGACACCTTCAATGCTAGGAGACTTGGGATAAAGATAACCGTCACGTTCAATAGATTCTGTTCTGTGTATCTCTGCTCCCACAGTTACAACACATAAAGCTTTTTGGCCTTGAGGTGAAAGCACCTTCCGCTCTGCCTCACTGACAACCACTGGGATCAGAGCTAGAGCTGAGTAATAAATAATGAAATTTTGCCTTCAAAATGTGTTAGCCTCCATAGAATATGAGAATGTACAAATTTTTTATTTTTCTCTTTTAAATTTTAGTTCTTTCTTTTGTTCTCCAGGACTTTGTTTCGTATCATGCTCTGGGCCCCCTCTAAATGGGCTGCCTTGTAGAACTCTTTTGTCAGCCAGAGAGGGCAAAAATTTTATATTGATTCCCTAAGGGAGGTACCAAACAGGCTGTGGAAGATGACAGTGTTTCAGGAAAAACTGTACTGTCCCAGCAAGTCTAATGGGACCTAATAACATGTACAGTATTGTGGTAATAGGGACCATGGTATCAAATGCAAATGAGGAATCCTAATGCCTTTACTGCTCTAAGGCAGGGTGGGTCAGGCAACCATATGACACACAGCGGACTCTTCCACGTGTTAGGGCTGATTCTATTTTATTTTCTTTTGTACTTCATTGCATTCTTTCTCATGCTCTTTTCATTCAAAG
Seq C2 exon
ATTCAATCCCAAGACAGGATTATGATACTCCACCAGCTGTTGTGTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000144642:ENST00000383767:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.829 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development