HsaINT0138828 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000056586 | RC3H2
Description
ring finger and CCCH-type domains 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:21461]
Coordinates
chr9:122844556-122851229:-
Coord C1 exon
chr9:122851081-122851229
Coord A exon
chr9:122849823-122851080
Coord C2 exon
chr9:122844556-122849822
Length
1258 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TCTGTGAGT
5' ss Score
7
3' ss Seq
TGTCATTTCTTTTTTCTCAGGGA
3' ss Score
10.09
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGATCTTGGACATACAGCTTGGTATCAGTTCTCAAAATGATCAGTTGCTAAATGGAATGGCAGTGGAAAATGGGCATCCAGTACAGCAGCACCAAAAGGAGCCACCAAAGCAGAAGAAACAGAGTTTAGGTGAAGACCATGTGATTCT
Seq A exon
GTGAGTGTTAGACAGAAAATTCATAAACAGTGGGCATAGGACATAATAAAGAGAAAAAAATGCGAAATTAATTTTTGGCTTTATGCTGTGAGGGGAAGACCTTATATGGGCAATGATTTGGTCAATCTGGATTTTTAGGGAAGAAAAAGTAAAATTGAACTAACAAAGCAGTCCATTTTGGTAGCCTGAAACTTGCTTTTTGTTGAGATAAAGTTAATCTGTGTTCCAGCATCAGGTTATGCTTCTTTAATCTGGTTGCCAAATTTCTAGACTACAAAATGGAGAATGACAACCTAGATTAATGGTTTCTCTTTTTGAAAATCATGTTAAGATTTTCTTGGCTAGGCTGGGCGTAGTGGCTCATGGCTGTAATCCCAGCACTTTGGAAGGCTGAGGCGGGTGGATCACAAGGAGTTCAAGAGCAGCCTGGCCAACATAGTGAAACCCTGTCTCTACAAAAATACAAAAAAATTAGCTGGGCATAGTGGCGGGCACCTGTATTCTCAGCTGCCTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGACAGTGAGCCAAGATCGTGACACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGACTGAGACTCCATCTCAAAATTATCTATCTATCTATCTATCTATAGATAGATAGCATATAATATAGTATATTTTCTTGGCTATAATACTGCCATTTTGAATAATTACTGCCAAAAATATGGGCTTAATCTTCAACTTGGTAGTTTGGCCTTAAACTAACTAGTATTTTAATTTTTATCATAACTTTTGGAAAACAGGACTTTTCAAGCCAGGAGTGGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGTGGATCATTTGAGGTCAGGAGTTCTAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAAATAGCTGGGCGTGGTGGCACATGCCTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAATCCAGGAGGCAGAGGTTGCATTGAGCCGAGATCATGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACGGAGGGAGACTCTGTCTCAAAAATAGGAAAACAGGACTTTTCTAGTTACTTCTGATACTTCTAGTGATAAAGACATGTCTTTGCTAGAGACTCCTAAAGTTTGCTGTAGCTTTCATTAAATATGTATAGTCACCCTTAACAGTTTGCACTTAAAGCTAATTTGTTTTTAATGTCATTTCTTTTTTCTCAG
Seq C2 exon
GGAGGAGCAAAAAACAATTCTGCCGGTAACTTCTTGCTTTAGCCAGCCACTCCCAGTGTCTATTAGCAATGCAAGTTGCCTCCCCATCACCACATCTGTCAGTGCTGGCAACCTCATTCTGAAAACTCATGTTATGTCTGAAGATAAAAACGACTTTTTAAAACCTGTTGCAAATGGGAAGATGGTTAACAGCTGAAAGGAGGTTCATCTTTCAAATTTGTGACCACACCATGGAAGCATTTACACTAGCTTTTTATATATATAATATATATTATATAATGTATATTTTTTTTAAAAAAAAGATATTACTGGGGGCATCCATTTCCTGTGGACTCTTTGATACTTCAAGCCCTCTTGCATTAGCATTATGAAAAAAAAAAAGAAAATTTACTTTACTAGGGTAACATGTTCACTTTCCAGAAATGATTGGAATTTGGACAACATTTAACTTAAGCTTCAAGCAGCTTTTTATGAGTTTGTAGCAATCCGGTGCAGTAACTGAGCCATTTCCTATTTTAAATGGCTTCTATAGAAAATTAACAACTCAGTTATTAAACTAGCAGGATCCTACAATGATACATCTAGTGAAAGTAGACTTAGTTAACTTATTTATTTCTATTTTATGTTTCACTGAGAGAAGTTTCCATCTCATTCCAGCTGCTTTATTTATCTTTTTCATGGAACTTTGCATGGATTTCTTTTTCTTTTTTTAATTTTGAAGAGTGGAGTTAGATGTTCTTACCATAGAATTTTACAGGGTTATATACTAGCATTCTTTACTGCATTATATGTAGGAGTGTGGTGCAGTGCTTTTATCTGTAGCATATAATTTTTTTTTAATTTTCCATTTTTCAAGAGTAGTTTCTGCTTTGTTAATATTTATACACAGGCTACTTGTTGAAGTAATTAATTAAAAATATAACCAAGTGCCTAAGTCTTTCAGCTGATGTACTAGATATTAAATTCTCCTAAGTTATGCAGAATCGTTTTTACAATTTTGATAAATTATGCACTAATGTAATGGCAGTTTTTTAAAATGCAGATTTAAGCCTGTACATTATTGAATCTGATGACTTGGCAAAAGAATCAGGTGCTTTCAGCTTTCTTGAGAAAACCCTGTATGTAGCGTTTGCACTGACTAACAAGATGGTATTGCTGGGTTTTTAATTTAAACTAATTAATTTGGTTGTTCATTGCATTATCTTGGTTAAATATTGTTTATTGTTACTTCATGTTGGGGTTTAGTTTTTCTTGTTTTTTGACTGTTAGGTTGATAAGACTATGAACTGTGTAATAGTAGAACAGTGGCTAACATTTATTCATACTTAAGAACATGAATAATTTCTGCCTTGCTAAAATGTGACTGAAATGGTTTTGACTTGGCATCTGAAAGTATACAATGTGTTCAACAAGTCATGCATCAGATTTGTGGGAGGTATTGTACTGAAACCTAAATTTCAGTCAACATTTGAAAAGAAGAGCTGGGCATTCCTTCCTGGTGATCTTTACCTATAGTTTATCTATCTGTTTTTCTTCTGTTTCTTTAAGATTAGTTTGACTTTTATTATTATTTTTTTAATTAACTTCTGTGAAGTTGTTTACTCTGAAAATTGTACTGGAATATTTTAAGCCAAGCTGATCTTTCACCAGGTGTACTGTATGTAAGGGCTTTTCCTGCTAGCAAGATGCTTAAACAGGATCATGTTATTGGTCGTCTGAGCTATTTAGTTGTTTTACAAAACCACAGCATTGTATCAGATAAGATTTTGATAAAAAGTTTTGTGCACATTTCCAGGGGCGGGAGGGTTGACATTTCCCTGAAATTTCTTGATTAGAATGAGTAAATACTGGTGTTTGATACCTGTCTTAATGAACATGCTCATAAGGTGACTGATAAGTTGTAAATATACCTGAGAAACAAAGGGGTAGTTTTGATATTCTGGTGTCAGTATGGAAGATCTTACACATTTATTTAATACTCAAATGTATGAAGATGTTTGTTTGTAGCATAACAACAGCACAGTAGCCTTGACTTAGTTTCCTTTGGTTAGTACTGTACCTTTTTTGCCATGGCCAGTGCTCCCCATCCCTATGAAGACATTTTATTTATTTCACTCTGTAACCTGAAATGAATAGGAACAAGGGTTTTAAACCATGTTACATTAACTTTTCTGACATTATAAATTAGCCTAGAATATTACAGGAACATGATTGTTATATAATTTATATCAGAACCTTTCTATAAATATGTGCTTATTACATTTGAAATGCTTCCAATGTACTTTATTTGCTGTTTGTAATTCCAAAAAGGATATGCAAACCAGTCTGTCTATTTCATGGATATTTAATAGTGAGATCTTCCATGTTGAAGGTAATGTATTTTTTTTTAAGATTTTAAAATTGCTATTTTGTTACAAAATAGAGACCTATTAACAGTTTGAGAGCTCCTTATGTGCCCTCAGGGAAAGAACCCTCTGTGCAACAGAACTACACAAAACATCTTCAGCACGTTCTGAGGGTGAATATATACTACATAAATTGATCTTGTGTATTTAACCTTATCTTTTTAATTTTAAAATTGAAATTTTGAAACTTGGTTGTGCTCTGCTGGAGGGGGTTGGGATAAACTGCTTAGATGTTTGCCTACTTGTCCAGTGAAATTACATTTGCATCAGTATATGTATATACCTGCCAACCTTATTGGTATGTCTCAGAACATTTATATTAAAATAATGCTTGTCTTGCAGCAGGTGATCCCATAAAACAATAACTCCCTGTTCTTAAAAACTTACTCTCTTTTTCACTAACAACATAGGAATTGTTTCTGTGTTGAGATTATTCTGTGTTGCATCCATTCTCTATGTAGTGGTCACCTTCTGTCTGTCATGGTGGGCTTAATGTGAAGTAAAGCCATTGGTTCTCTGCCACTTTCGAAGAAAGGGCAGTTCATCTGATCCTTCTTCAGAATGGTACCTACTGATATCATCGAGGAAAATGTTACAAATCAGACCTAGGATATGACTTTTTAAAATTGAGGCATTTCCCGTCATTTGGCCTTTTTACCAACAAGATGTGATGTACAAATTTGGAATCAAAGGATACAAAGCAACAAGAGAGGAAATGTGTAATGTGGGTAACCAAACTGCATATGTTACCTATTGTCTAATCAGAAAAAATAGTCTGAGGTCTGGAAAGCAGGAAAGTGGTGGTTATTTTCTTTCATTTTTTGTGTTTTTGTTTTTTAATTTCTAAGTTCCATTCTGAAATCCATGTGCCGCATTCAGTTACTGTGGTTGTAGCATCAGTTTTTTTGTGGTTTCATTTCATTTTATGAATTCAGAGGAAGTTACATATATATTTTTTCTAGTTGGTACCTGAACAAAGCAGATTCCCTTGCCTTTGCTGCCACGTCTTATTTTCAATGCCATGTGATAAACCAGTGTCATACATGAAAGTTGTGCATTGTAATTTTCAAAAAAAAGGGAGTTCATTAGGCCAGTGGCACTGATTTTTCCTTCCCATCATAGCTATTTATTCTAGTAAGAGGATAATAAAAGAAATTTCCTATACAAGAACTGAAATTTTCCATTTGTATGGATCTAGTCACTTTCAGATTTCAATTTGAGGTTAAGTATATAAAGCACATCCCAATTTTATATGCTGCCTTGAGAAAATTACAGGATGCACGGCAATTTGTAGGAATTTCAAATGGGATCATTTAAACATTTGAAAAATTATTTTAAAAACCATCTAGTTTGCTTTTGGATTTTAGACATTAAAGCCTATGTTGTCTTGTTAACAGGGGTGGAATGTATAACCATCAGATTCAGCATGTGATTTCACCTTTGAATCTGAGTATTTCTTCCCTATCTTCTTTGAGTCATTTTTGGAGCAGACTGTCACCAGTATTGATAACTAAGCATTAAAGGGAAAAGTTGCATTGCAACTATGCATTGGTTTCCTGGAAGAACTTTTCTTTTGTTTTAGTGAATGAAGAGGCTTGATGGGATCACTTACTGTAACTCCTTCTACATAAGGACCCCTTCTGCAAGCAGAACACAAAAGAACATGCTCAAGGAGTATCCCATTTTCTGGATAAATTGAAGAAGTTTGCTAGTAATGTCTTTATACTAGCGTCTTCCTTGTATCCCTTTGCTGGCAAGGGAATACAAGGCGTCAAGACCACAGATCAAAACACCCCACATTTGAGTGGAGTCTTATTTTTACTCCAAGAGCAGTTATTCCCTTCTAGTCTAAAATTGGCAGTTTTTTCTTTTTTTTAATAAAATTTTTAAAATATTCCCAAACCAGTGGAACACAGACACTGGCTGCACTTAGTACTGCCAAAAGCCAAGGTCATTTGCACATATTCCATCAACCTGTCGAGAATTAGGCCTCACTTTATAACCCAAGGCATGGAAGTGCATGCATTCTCTTAGCTGGGCAAACAATTATACTGTAGTTGTGATACAACACATGTGGCTTTTATTTGTACTGCACATATCCACTGTACAGCCACTTGGGAGTATCGTGGTTAGCTTGCAGCAACTGCTGTCTGCATTTATACTGTTTATTGCATATTCTTTTCCCTGGAAGTGAAAGAGAAATGTTTTTCTTGTTGCATTGATTACATTTTATAAATTTGCTTAGCTGGAAAGTTTGGGAAAAGAGGCCTGTTTGTCAATTGTACAACCGATTGTGAAGCTCTAGTGTGAATATTTTTACGTCTGTATTAGACATTTTCTTTGCAAATCTATTGTTCGATTGAAATGTAAATGAAATTAAAGATGGTGTACACCCATCATGTAAAAAGCAGGCACCATCTCTAAGATGGATTTAATGCTCATTTTTAAGGCATATACTCAGCTTCTATTTAAAACTATAATTTAAAATAATTCTGTACAATGAAATGGGGAATATATATGGGAATAAATTCTATTCCATTTATTTCAATTTGAATTTCCAAATTGTAATGTTTCCCTTTGTGCTATAGGAATAGGATTAAATGGGGGAAGACTAGGATTTATAAGGCCTGTATATGGGGGGAGGGCAGAGATGGAACAATGAGGGTTGTGATGATAGTGAATAGCAAAGAGTGAATTCTGTGTGTTTTTGCTGTAGCACTGAAGTGAAGAGATATTAGCTTTGGCTGTTCACAAAATAGAGCATCATGATTTTCAGTGTTTGAGAGAAAATTGATGGAAAAAGTTTGCAGTACTTGACATGTATTTGCATGCACAAAATAAAATTATTTGTCCACCTTAAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000056586:ENST00000373670:19
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.750 A=NA C2=0.212
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
ATGGCAGTGGAAAATGGGCAT
R:
AGCTAGTGTAAATGCTTCCATGGT
Band lengths:
343-1601
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development