MmuINT0133090 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000075376 | Rc3h2
Description
ring finger and CCCH-type zinc finger domains 2 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2442789]
Coordinates
chr2:37225591-37232310:-
Coord C1 exon
chr2:37232162-37232310
Coord A exon
chr2:37230949-37232161
Coord C2 exon
chr2:37225591-37230948
Length
1213 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TCTGTGAGT
5' ss Score
7
3' ss Seq
TCACTGTCATTTTCTCTCAGGGA
3' ss Score
9.62
Exon sequences
Seq C1 exon
GAAATTTTGGACATACAACTTGGTATCAGTTCTCAAAATGACCAGTTGCTCAATGGAACAGCAGTGGAAAATGGTCATCCAGCCCAGCAGCACCAGAAGGACCCAGGAAAGCCGAAGAGACAGAGTTTAGGTGAAGACCATGTGATTCT
Seq A exon
GTGAGTGTTAGACAGACCCTTCATAATCAGAGGGTAGAGGCGATCAATACTTAGCGCTAGATGTGCTGGTAGATTCTTGGTTTTTTGTTTTTTTTTTGTTTTTTTTTTTTTTTGCCTTTTTCTATTTATGGGGAAACCTTGTATAATAAAGTAATGATTTGGTCAGTCTGTGTTTTTAGAGGAATTTGAACTAGTAAAGCAGTTTATTTTAAAACCAAAACTCAATTTGGGAATGAAAGTTCTCTTATCTCTAACATCAGGTTATAGTTCTTCAATTTGACCAAACTTGAAGATCATAGGATGGAAAAATAAATCCTAGATTATTTCAGTATTTGGGAAGCACAGGCAGAATCTGCTATTTATATGCTCTAAGTTGTCATGGACTCCAGAGGAAGACAAACCACAAAGTCTAAAAAGCAAACCACAAGGGGCTGGAGAGGTGACTCAGCAGTTAAGCGCACTTGTTTTTTGTAGAAGACTCAGGTTTGTTCCTGAGCCTAAGCATTCACATGGTGGCTTATGACCATCCATAACTCTTGTTTCAAGTGATTCAACCCCCCTCTTGCAACCTCCAAGGGCATTGTACACATGTGGTGCACATACATACATGAAAGCAAAATACTGTATACATAAATTTTATTTTAAAAAACCTTAAAAACTAAAGCAAACAAAAACCTGTGCTGAATGTTTCTTGTTTTAAAAAATCTTGTTATGATGTTCTTGGCTATTATATTGCTATTTTGTATAATTTTTGCCAAATATTTGGTCCTGGTCTTAAAATACTGATTAGATGACACAAATTATCAAGTTTAATTTTTAAATTTTGAAAATATGACCTTTTTAGTGACTTGTAATACTTTAAAAATTATTTAATTTTTATTTATTAGCTTTTATGTGTATGGGTGTTTTGACTGCATATATGTCTATGTGTGTGCAAGCTTTGTGCCCAAAGAGGCCCGGAAGGACATTGCTTCCTCTGAGATTGGAGTTACAGACTGCTGTGTGGTTTTGGCTGTTGAACCCCCAGGTCCTCTGGAGTAGCAGTTGTGCTTTAACTTCTGAGCCTTCTCTTTAGCCCCTACTTAATACATTTTTTAATAAAGAAGATAGGCTTTTCTGTGGGCTTAGAGTTTGAAGTAGCTTTCAGAGAGCAAATGTGATAACTCTTAAATTGTACATAAGTTAATTTGCTTTCACTGTCATTTTCTCTCAG
Seq C2 exon
GGAGGAGCAAAAACCAATTCTGCCGGTAACATCTTGCTTTAGCCAGCCACGTCCAATGTCTATTAGCAGTGCAAGCTGCCTCCCCATCACCACATCTGTCAGTGTTGGCAACCTCATTCTGAAAACTCACGTTATGTCTGAAGATAAAAACGACTTTTTAAAACCTATTGCAAATGGGAAGATGGTTAACAGCTGAAAGGAGGCTCAGCTTTCAAATCTGTGACCACACCATGGAAGCATTTACACTAGCTTTTTATATATATAATATATATTATATAATGTATATTTTTTTTAAAAAAAAAGATATTACTGGGGGCATCCATTTCCTGTGGACTCTTTGATACTTCAAGCCCTCTTGCATTAGCATTATGAAAAAAAAGAAAATTTACTTTACTAGGGTAATGTTCACTTTCCAGAAATTATTGGAATTTGGACAACATTTAACTTAAGCTTCAAGCAGCTTTTTATGAGTTTGTAGCAATCCGGTGCAGTAACTGAGCCATTTCCTATTTTAAATGGCTTCTACAGTAAATTAACAACTCAGTTATTAAACTAGCAGGATCCTACAATGATACATCTAGTGAAAGTAGAGTTAATTAACTTATTTCTATTTTATGTTTCACTGAGAGAAATTTCCATCTCATTCCAGCTGCTTTATTTATCTTTTTCATTGGACTTTGCATGGATTTTTCTTTCTTTCTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTCCTTTTCTTTTCTGTCTTTTTTTTTTTTTTTTGAGAGTGGAGTTAGATGTTCTTACCATAGAGTTTTACAGGGTTATAATAGCTTTCTTTACTGCATTATATGTAGAAGTGTAGTGCAGTGCTTTTATCTGTAGCATTTAATTTTTTAATTTTCCATTTTTCAAGAATAGTTTCTGCTTTGTTAATATTTATACACAGGCTACTTGTTGAAGTAATTAATTAAAAATATAACCAAGTGCCTAAGTCTTTCAGCTGATGTACTAGATATTAAATTCTCCTAAGTTATGCAGAATCGTTTTTACAATTTTGATAAATTATGCACTAATGTAATGGCAATTTTTTAAAATGCAGATTTAAGCCTGTACATTATTGAATCTGATGACTTGGCAAAAGAATCAGGTGCTTTCAGCTTTCTTGAGAAAACCCTGTATGTAGCGTTTGCACTGACTAACAAGATGGTATTGCTGGGTCTTTAATTTAAAGAAATTAATTTGGGTGTTCATTGCATTATTTAGTTAGATATTGTTTATTGTTACTTCATGTTGGGTTTAATTTTCTTGTTTTCTGACTGTTAGGTTGATAAGACTTTGAACCATGTAGTAGTAGAACATTGGCTAACATTACCCATACTTAAAAACATGAATAATTTCTGCCCTGCCATAATGTGACTGAAATTTTCACTTGGCATCTGAAAGTATGCAGTATGTTCAACCAGCTCTGCCCCAGATTTGTGGGTAGTAGTTTATTGAAGCTTAAATTTCAGTCAATATTTAAAAACAAAAGCAGGGCATGCCTTTCTGGTAGTAATCTAATAGTTTATCTTTTTGTTTTTCTTCCATTTCTTTAAGATTAGTTTGACTTTTATTATTTTTTAATTAACTTCTGTGAAGTTGTTTACTCTGAAAATTGTACTGGAATATTTTAAGCCAAGCTGATCTTTCACCAGGTGTACTGTATGTAAGGGCTTCTCCTGCTAGCAAGATGCTTAAACAGGATCATGTTATTGGTCGTCTGAGCTATTTAGTTATTTTACAAAAACCACAGCATTGTATCAGAGAAGATTTTGATAAAAGTTTTGTGCACATTTCCAGGGGTGGGAGGGTTAACATTTCCCTGAAATTTCTTGATTGGAATGAGTAAATACTGGTGTTTGATACCTGTCTTAATGAACATGCTCATAAGGTGACTGATACGTTGTAAATAATACCTGAGAAACAAAGGGGTAGTTTTGATATTCTGGTGTCAGTATGGAAGATCTTACACATTTATTTAATACTCAAGTGTATGAAGATGTTTGTTTATAACATAACAGCACAGTAGCCTTGACTTAGTTTTATTTGGTTAGTACTGTACCTTTTTGCCATGGCCAGTGCTCCCCATCCCTACAAAGACATTTTATTTATTTTACTCTGTAACCTGAAATGAAGAGGAACAAGAGTTTTAAACCATGTTACATTAACTTATTTCTGACATTATAAATTAGCCTAGGATATTACAGGAACATGATTGTTATATAATTTATATCAGAACCTTTCTATAAATATGAGCTTATTACATTTGAAATGTTTCCAATGTATTTTTCTTTTCCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTCTTCTCTCTTCTCTCTTCTCTCTTCTCTCTTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTCTGTTTGTAATTCCAAAAAGGTTATGTAAACCAGTCTGTCTATTTCATGGATATTTAATAGTGAGATCTTCCATGTTGAAGGTAATGTATTTTTTTTTAAGATTTTAAAATTGCTATTTTGTTACAAAATAGAGACCTATTAACAGTTGAGAGCTCCTTATGTGCCCTCAGGGAAAGAACCCTCTGTGCAGCAGAGCTACACGAACATCTTCAGCACTTTCTGAGGGTGATTATATACTACATAAATTGATCTTGTGTATTTAACCTTATCTTTTTAATTTTAAAGTTGAAATTTTGAAACGTGGTTGTGCTCTTCTGGAGGGGTTGGGATGCTTAGGTGTTTGCCTACTTGTTCAGTAAACTGCATTTCATCAGTGTATGTGTACACCTGCCAACCTTATTGGTGTGTCTCAAACATTTATAGGAAAATAGTGCTTGTCTTGCAGCAGATGATCCCATAAAACAATAACTTCTAATTCTTAAATGTTTACTCTTTCTCACTAACAACACAGGAATTGTTTCTGTGTTCACATTATTCTGTATTGCATTTTTTATGTGGTGACAGCTTACTGTATGTTTTAGTGGGTATAATTTGAAATAAGGCTATTGGATCTCTGCCACTTAAGAAGAAAGAACAGTTCATCTGACCTTTCTTCAAAATGATACCTGCTGATGTCACAGAGGAAAATAGTACAAACAGACCTAGAATGTGTTTTTTTTTAATTGGGGCAATCATCACTTTGACCCTTTATCAAGATGACATGATGAACACATTTGGAATCAGAGGCTACAAAACAATAGAAGAGAAACTTTGTAATGTCGGTATCTAAAATGCTTGTAAAGCCTATGGGTCTAATCAGGAATCAGTAGTATGAAGTCTGAAAAAAAGCAGGGAAATGGTGTAGGTTTCCTTATATTTTTTACCTGTCAGTTTTCGGAGTCCCAATTCCTAGTCTGTGTGCTGCATTCAGATGCTGTGAATATATCATTAGTTTTGTGTGGGCTTCTTTTATTTTATGAATTCTAAGAGTTCTGTGTATATTTCTTCTAGTTGGTACCTACACAAATTAGATTTCTCTTGCTTTTGCCACTATGACTTATTTCAGTGCCATGCAACGAGTCAGTGTATGTAGGGACAGGGACATTGTACATTGTAATTTTCAAGAAAAGGTATCTCTTAAGGCCCGTGGCACTGATTCTGCTTTCATAGCTACTTACTCTACTAAGAGAATTCAATGAAACTTCATTTAAAAACTAAAATTTCCCATTGGTATGGATCGTAGTCACTTTGACCCAGATTTCAAGTTGATGCTAAGTTTACAAAGCACATCCTGATTTTATATACAGAAGATTACAGAATGCAATGATTTGTAGGACCTTTGAGTGGGATCATTTAACTATTTGAAAAAATTGTTTAAAAACCATCTACCCTATTTTTGCATTTTAGATGTGTTAAAGCCCATGTTGTCTTTTTAGCCAGGGATAGAACTTGTAACATCCAGATTCAGTATGTTAGTTGTAAATCTGAGTATTTCTTCCCTTGCATCTTTGAGTCATTTTCTAAGCAGACTGTCACCAATATTGGTAATTAATCATTAAAGAGAAAAGTTGCATTGCAGCTATATATTAGTGTCTTAGAACTGTTCTTTTGTTTTAGTGAATAAAGAGTACCAATGGGATCACTTACTGTTAACTCCTTCTACTGAAGGGCCCCTTCTGCAAGCAGAACACAAATGAACATGCTCAAGGAGTATCCCGTTTTCTAGAGATTAAGTTTGCTAGTAACTCCTTTACACTAGCTATTTCTTTGTATCCCTTTGCTGGCAAGGGAGTACAAGGAGTCAAACCACAGATCAGAACACCCCACATTTGAGTGGAGACTTATTTTTACTCTAAGGGGAGTTATTCCCCCAAGTCTGAAACTGGCAATTATTTTTTTTTCTCTTACATAAAAATTTAAAAATATCCCCCAAACCAGTGGAAAACAGACACTGGCTGCACTTAGTACTGCCAAGAGCCAAGGTCATTTGCACATATTCCATCAACCTGTCAAAAATTAGGCCTCACTTTATAACCCAAGGCATGGAAGTGCATGCATTCTCTTAGCTGGGCAAGCAATTATACTGTAGTTGTGATACAACACATGTGGCTTTTATTTGTACTGCACATACCCACTGTACAGCCACTTGGGAGTATCGTGGTTAGCTTGCAGCAACTGCCGTCTGCATTTATACTGTTTATTGCATATTCTTTTCCCTGGAAGTGAAAGAGAAATGTTTTTCTTGTTGCATTGATTACATTTTATAAATTTGCTTAGCTGGAAAGTTTGGGAAAAGAGGCCTGTTTGTCAATTGTACAACCGATTGTGAAGCTTAGTGTGAATATTTTTACGTCTGTATTAGACATTTTCTTTGCAAATCTATTGTTCGATTGAAATGTAAATGAAATTAAAGATGGTGTACACCCATCATGTAAAACGCAGGCACCATCTCTAAGATGGATTTAATGCTCATTTTTAAGGCATATACTCAGCTTCTATTTAAAACTATAAAATAATTCTGTACAATGAAATGGGGAATATATATGGGAATAAATTCTATTCCATTTATTTCAATTTGAATTTCCAAATTGTAATGTTTCCCTTTGTGCTATAGGAATAGGATTAAATGGGGGAAGGCTAGGACTTATAAGGCCTGTATATGGGGGGAGGGCAGAGATGGAACAATGAGGGTTGTGATGATAGTGAATAGCAAAGAGTGAATTCTGTGTGTTTTTGCTGTAGCACTGAAGTGAAGAGATATTAGCTTTGGCTGTTCACAAAATAGAGCATCATGATTTTCAGTGTTTGAGAGAAAATTGATGGAAAAAGTTTGCAGTACTTGACATGTATTTGCATGCACAAAATAAAATTATTTGTCCACCTTAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000075376-Rc3h2:NM_001100591:21
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.802 A=NA C2=0.388
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
TGACCAGTTGCTCAATGGAAC
R:
CCATGGTGTGGTCACAGATTTGA
Band lengths:
345-1558
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: