HsaINT0145189 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000133812 | SBF2
Description
SET binding factor 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:2135]
Coordinates
chr11:9838387-9851043:-
Coord C1 exon
chr11:9850903-9851043
Coord A exon
chr11:9838572-9850902
Coord C2 exon
chr11:9838387-9838571
Length
12331 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGA
5' ss Score
10.77
3' ss Seq
CGACTTTGGCTTTTGTGAAGGTG
3' ss Score
4.18
Exon sequences
Seq C1 exon
CTCCTACCTCCTCTTTAGAATCTTCCAGTAGCATAGAACAAGAGAAATACTTGCAAGCCTTACTGAATGCTGTTTCTGTCCATCAGAAACTCAGAGGCAACAGCACTCTTACTGTCAGGCCAGCCTTTGCTCTATCTCCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTGTGTGGGCAAGTCTTCGCTCTAGCACTCGCTTGATCAGCTCTCCAACATCCTTCATTGATGTTGGCGCCCGGCTGGCAGGCAAGGATCACTCGGCCTCCTTCAGTAACAGCAGCTACCTACAAAACCAGCTCTTGAAACGGCAAGCAGCCCTTTACATATTTGGTGAAAAGTCGCAACTAAGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000133812-SBF2:NM_030962:28
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.151 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF066029=Myotub-related=FE(10.9=100)
A:
NA
C2:
PF066029=Myotub-related=FE(14.1=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)