GgaINT0058207 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000005716 | SBF2
Description
NA
Coordinates
chr5:10146550-10152943:+
Coord C1 exon
chr5:10146550-10146687
Coord A exon
chr5:10146688-10152761
Coord C2 exon
chr5:10152762-10152943
Length
6074 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAAA
5' ss Score
8.59
3' ss Seq
ATATGTTTATCTTAATGAAGGTG
3' ss Score
4.07
Exon sequences
Seq C1 exon
CTCCTGCTTCTTTAGAATCTTCGAGCAGTATAGAACAGGAAAAATACCTTCAAGCCTTACTGAATGTGATATCCGTCCACTGCAAAATGAATGGCAGTAATACTCTCACTGTTAGACCAACAATTGCTCTATCACCAG
Seq A exon
GTAAAATTGTTCTGTGTGGTGTTTTATGTGGTGAAAAGAGAGAAGGGAGTCTTTCATGGCTTTGGTGTTAATTCAGTTTGTCCAATGTGAATTCTGTTGTTTCTTTTATTGCTACACTTTGCAGGTAGTTTATTCATTCTTCCTTTTAGTGAATATGTTCTCTGTTCCTAAAAGATGTTTTTAAACTTTCCCAAAGTACTTTTCCATGTTCTTAATCGGGCAGTAGGTGATTCACAGCTTCAGTCCTTCAGAATATCAAGATGTGAGAACTATCCACATCAGTGGGTTGGGTTGTTTTTTTTTTAACATTATCGAATGAAGCAATTCCATTATATATATCATAATAAAAGACAAAGATGCACTTTAATGTGTTATATAACAAACTAAACATCTTGAAAACCATAGAATAAGAGACTGCCACCCTGAAGAGACTGTGGAATGCTACTCTGTTTCGTATAACTAGAAAATATGAGATTGCAATGTGAACAAATGTACTACAGCAGCAATGGGAGGCATATGGGGATTTTCATGTGTTACATACTCATAATAGTATCTTAATGCCATTTCTGCATAGAACTTGCAATGAAAACTCTTTCAAAAGACATTACTCAGTTAAATATTTTATTTCAATTATTATGTGATGCAACTTGATAAAGTTTATTTGAAAGTATCCCCAGATACTTTGCCAGATTCTTAAAAAGAAAAGAATGCAACTTAAAATTGTGCCTGTCCTGCCTTATCCAGCTAGTGGAAATTTGCATAATATACCCAAACGGTGGCTTCTCTTGTTAAATAACACTGTTTCCAAAGTGTGGATGCTTTGCTTCGTTTATTATAAAAGATGTTGATTGCTTATTTGTATCTAACATCTTCATTCTGTTGCCAGTGTATACATCTGTCTTAAAAAAATGTATCAGAAGTACAAAATTGGCAAGAATTATCTGTATTAAGGGTGGAAAAATATTTTCATCATTTCTGTGAAGTGTTAGTCTGAGTAACACTGTAGTGTTTTTAATCTTGTATTCTTTTCTTGGCTGACTTTAGGCACTGACAGGAGGGCTTCAAGAATGTCTACTGTGTTTAAGCAGGTAGTGCCAGGACATTTGGATGTAAATCTATCCAATAGCTTTGCTCGAGGAGGTTAGTAAGTCTAGCTCAAAGTCTAAGCACCTTTGTTATTTGAAATAATAAGTGATAACAAAATGTTACTGAAATTAGAAGTAATTACACTACTTACAAATCTATTACATTGTGAAACAACATAACAGAAATTACAGATTCACCTCGATCCATAGCATAAGTATCTAATTTCTGTTTTAGTCCTTCACTTACCATTGAAATAAAGGTTATTTCATGATGGAATTGGTGGAAAAGTAATCCCTCAGTAATTATGTCTTTTAATACACTGTGATTTGTCCATATTTTTAATGTACTTGAATTGTGTGGCCTAAACCCACACATTTTGCATTCAAATTGAATGGACTTTTGTAGCAGCCTGAGGTTGGGTTGAGGATTAGCTGACACTTCATCAAATTACAAATCATGTAAACAATTTAACTCTAGGTAAAGGAAGGAGTTACATGGCTGTGCTTTCTTTGGGAAGGTGTTGTTTTTACAGGAAACTCCTTCTGTGATTTCCAGCTGCTTTCCTAGTCTGATGAAATTATGATCATCTTCTCTGTGCACAGAGAATTTACATACCTAAATCAGTGTGGTGAATTCCCTAGGTACGTTATATATTTGTTAGAGCTGAAGGCTACCGAAGAAGTATTTTTACGTATATAAAAGTTGCTTTTCTTCCTTCATGACTCTACTGGAGTTCGTGGAGGTGAAAAAACAGAGAGAGAGCAGTCGGGTAGGTTAAATGCCTGGGAATCAGAGAGGAGCTTAGTGGTGTCTGGAATTGTTAGACAAATCGGTGGCTGTGCTTTATTTCTCTCAGTAATGAAACAGTGAAAACGTTGGGTAGCTGACAGCAGGTGTTTGGTTGTTTTCTGTTTCCTCACATTGGGACAGAAGTGCCAGCAGCAAAGTGCTGTTGAGGACTGGGATTAGTGTTCGTGGTAAATGTGATACGGTGAGCTGCTCAGTGAAGGAAAAGGAGTCTCAAGTCAGATGTTTTTTGTTGGACATTGTCTGTTGACTAGATTTCAGCAGTAATCAGAAAAAGGGCAGGAAAGTTACCATGCATCTTGCTGGACTAATGCCACGCCTGCTCTGTGTATCTGAAAGATGTAACTAGAGACCAGTATCTGCAGTCTGTTCACAGTTTAGTAGGAGTACCTTGCTGAAACATAAGAACGTTTGACAAGGACAACGGGAGCTCTAGTGAGGGTGAGAAGTTGACAAGAAAAGGGAAAGGGAGTATCTTCCTGTGAAGAAGCAAACATGAGGGTTTTTTTTAGATTAGCTAACAGAATTATTTAAGAAGAAACTCTATACAGTACGAGCTAAATATTAAACCTAAAATTGTTCTCAAATAAGTGAATTCACATGGTCTATTATCATATTGATTTTTGCTGCTTTTGCAAGTTACTTACATTGCACATGTGAAGTTACAGGAACAAACGTATTTTATGCAGGCAGTCTAAAGTGATTCCTCTGCATATTCCTCAGAATAACTCAAAAAGCAACAAACAAACACAAACAAGTGCCACCAAATACCCATCACCAAATAAAAAACAAATTAAAAGCAGTGAGATGAGTTAGTTACTCTATCATAGCAAGCAGCTTGTTAATATCCTTCATAAAAGTCGGATCTTTACTCAGAAATGTATACCTTTTCTTACATTACTTAATGCAGTAGTGTGGTTCTAAAGAACAACAATTGTTACTTGGCACTGATGTGTAATTAATAGACTAAAATGCTTTCTCTCTATGATTTGCTCGAAAATACTAGAATATTTATAATGAATAAATATAGACTCAGCTGTTTATTTTTAAAGCAGCATACATTAACTTTGAATATGTTTTAATAGAACATTTATATAAAAAGAAGTTGACTGTGTAGATGTGGCTTTGGAGCCAAAAATATGTTTGTGTGCTCTGATAAGACTCCCACTGACTATGAGTATTTATGCAAGGGATGTGGGGGGGATTTTTTTGTGTGATAGATATTAGAAGTTCTCTAAGTTATATGGTCTTACACAGTCCTTTAAGAATTTGTGTAGGTGTACAGAACTAACATCTTACATTTCAATTTGATCTTAAGGTCCATTAAGTTACCTACTTACAGTAGACTGAAACAGTTTTTGGAAAGTGCACTGCAGTGTGGGATTTTTAATTAAGCTAGTTTTCAGCTGGTGGGAAGCTTTCAATAAAGGATTCAGCTGAATGATGTAATCATTAAGTATCCTTTGTTATTAGGGATTATTAGAAAACCACCCGATGGCTGTGTTATGTGTTTAAAACTATTGCAATTGTAATGAAAAATACTCCTTTTTGATAAATGGATACTTCCCACTTTATGCTGGTTTTCTATCTTGACTCATGTTTTGTCTTGTGATGACTAAGATTTGTACTGTCTGATATATAATGTACTATAAAGAAATCCAGTATGTACTAGATCTTTGGAAATTAATAAGTAACCCTTTTCTTTTCTCCTGCAATGTGTCTTGCTGCAATGTGCCTTGCTGCAATGTGCATTCCATTCCTCCTCCTTCTGTCTTTACTGTTTATCTGCCAGTGGTTGGGTACAGAGATAAATGTTTCACTCATTCCAATTCCAAATCAGCAACTAAGGGAAGAGTCCATCAAGGTACTGTACTCTGTGTCCTGGAAGCACATTCTTATTTACTGTGTTCATACTTACATGCTGTGTCTGTAACCACTACTATATTTTAATATATATTAATATATGCTAAAGCAAAACTGTCACAAAGCCTTAACTCTAAAAACATTAACAAACTCTGAGGGTTTTTAGATTTACCAGGCTTTTACATTATGGCTTCATTATGTTTTGGGTTTTGGGTTTCTTTTGGACATTGAATGTATGATGAAATAACAGTTAATAGCCACACGCTTCACTATATTATGCCTTAGTAATATTGTGATCTCATGCAAAGGAACACATATGATTTTTAAGTTCTTTCAAAAGAATATTGTTCTGCACCAAAACTTCAAGCAGAAAAAAAACATTTAATACTCCTATTGCTTAAGTAGAACACTTAACAAATGTTGTTACCCAGTCAATGACCTTCCTTTCCAAAATTATTGATATTGTTCATGACCAGGGAAAAACTGACTGTACCAGATGAGAAACTTAAAATAATACAATGAAAATGAAATGAAAGACTAAATCAAGAAAGCTAGATCCTGCTAAAAAAAAAATAAGATACTAGGCAAAGCTAGAAAACAGTTATCCATCAGTGGTACATATGTTCATCTGCATGTATTTTTAACTAGTTGTGTTGTTTTTGTTGTGCTACAGGCATTGGTAGAATGTTAGAAAGCGTGACTGATAAGTTAGAGTGGTTTTGTGTGCATCATCTTGAGGGAGCAGTTGTCTATTGGAACTAACATTTTTTCAAACGAAATGAACAGGACCTTAATTCTTTTATTAAATGCTTGCTGTGAATTCTGTTAGTGCGATAAAGTCTTCCTTCTGTTGATTGTTTTAGTCCAGTCAAACAAAACTTTGCAGTAAACACGCTACTATATGAGGTGTGTTATAAATCTGGATGTCCCTGAGATTGGAACTGTTTAGAACTATTAACCAATTTGTCAGTTTCTAACCAGTCATCCTTAGTTTCTCCTATTCATTTGATCACGTCTGATACTGGGAGCCAGTCAGGCACACGAACTAAATTGTACAAGATTACTGTATAGAGTTATTCTTAAAATGTAGTACCTTTACATATATCACATTGGACATGCTAAAGCAGTCACACAAAATCCAGAAAATACCTACTAATCTCTTCTTCTGGGGCTAAGTAGGCCTTGACAGTCTGGTTTATTACTACTTTATCTGAAGTTGAAATCACAGAACTTATGGAAGCATA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Seq C2 exon
GTGTGTGGGCCAGTCTTCGTTCAAGCAACCGATTTATCAACGCTCAGACTCCATTCATTGATGTTGGTGCAAGACTTGCAGGGAAAGATAATACCACTTCCTACAGCAGCACTTTTTTGCAGAGTCAGCTTTTGAGACGTCAAGCAGCCCTGTATATATTTGGAGAAAAATCTCAGTTACGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000005716:ENSGALT00000009170:28
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.113 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF066029=Myotub-related=FE(10.7=100)
A:
NA
C2:
PF066029=Myotub-related=FE(14.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]