HsaINT0145761 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000168356 | SCN11A
Description
sodium channel, voltage-gated, type XI, alpha subunit [Source:HGNC Symbol;Acc:10583]
Coordinates
chr3:38891972-38904790:-
Coord C1 exon
chr3:38904686-38904790
Coord A exon
chr3:38892243-38904685
Coord C2 exon
chr3:38891972-38892242
Length
12443 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTGAGA
5' ss Score
7.54
3' ss Seq
TAATTTCTTTTTTTTCTCAGAAC
3' ss Score
8.14
Exon sequences
Seq C1 exon
TTAGGTGGCCAAGACATTTTTATGACAGAAGAACAGAAGAAATACTATAATGCAATGAAAAAATTAGGATCCAAAAAACCTCAAAAACCCATTCCACGGCCTCTG
Seq A exon
GTGAGAGCAATTGAATGACTGTAAATATGTAGAACAGTTGAGTTACTGTGAGGAACTCAAATTTCCGTAATGCCATCCTTCTTTATTCTTAAAATTTGCAGACATTAAGGACTCAACAGAAGTCAAGACATATTCAAACACTTAGGAAAATTAGATACTCAAACTCAAAAGTAAGAGCCTGGACAACAACTTAAATTTATTTTTGAGTGAGCCAGGCAATATGTGCTTAAGTAAATACTTATTGCGACCATGTGAACTTAGTGGTTTGTTTGAACTTAATTTTGACCAGTTTATTTTATTTTATTTCAGTAGTTTTTGGGGAACAGGTGGTTTTTGGTTCCATGTGTAAGTTCTTTAGTGGTGATTTCTGAGAGTTTGGTGCACCTGTCACCCAAGCAGTGTACACTGTACCCAGTGTGTAGTCTTGTATTCCTCACCCTCTTCCCACCCATCTCCTTGATTCCCTGAAGTCCATTATATCATTCTTATGCCTTTATGTCCTCACAGCTTAGGTCCTACTTATAAGTGAGAACATACAATACTTGATTTTCCATTCCTGAGTTACTTCACTTAGAATAATGGTCTCCAACTCCATCCAGGTTGCTGCAAAGGCCATTATTTCATTCCTTTTTATGGCTGACTAGTATTCCATGGTGTAGATATACCACATTTTCTTTATCTGTTCTTTGGTTGGCAGGCATTTAGGTTGGTTTCACATTTTTGCCGTTGCGAATTGTGCTGCTACAAACATGTGGTATGTGTAAGTGTCTTTTTCATATAGTAATTTCTTTTCCTTTGGGTAGGTACCTAGTAGTGAGATTGCTGAATCCAATAGTAGTTCTACTTTTGGATCTTTAAGGAATTTCCATACTGGTTTTCATAATGGTTATACTAGTTTATATTCCCACCAACAGTGTAAAAGTGTTCCCTTTTCACCACATCCATGCCAACATCTATTATTTTTTTGATTTTTAAATTATGATAATTCTTGCAGGAGTAAGGTGGCATCCCATTGTGGTTTTAATTTGTATTTCCCTGATAATTAGTGATGTTGAGCATTTTTTTTCTATGTTTCTTGGCCATTTGTAAATCTTCTTTTGAGAATTGTCTGATTATGTCTTTTGCCTACTTTTGGATAGAATTGTTTTTGTCTTGATGATTTGTTTGAGTTCCTTGTAGATCCTGAAAATTAGTCTTTTGTCAGATGCATAGTTTGTGAATATTTTCTCCCACCTGGTGAGTTGTCTCTTTACTCTGCTGATTATTTATTTTGCCGTGCAGAAGATTTTTAGTTTAATTAGGTCTCATTTATTTATTTTTGTTTTTGTTGCATTTGCATTTGGGTTCTTGGTCATGAATTCTTTGCCTAAGCCAATATCTGGAAGAGTTTTCTTGATGTTATATTCTATAATTTGTATGGTTTCAGGTCTTAGAGTTAAGTCTGATCCATCTTGAGTTGATTTTTGTACCAGGTGAGAGATGAGGATCTGGCTTCATTCTTCTACATGCAAATTGCCAATTATCCCAACACAATTTGTGGGATAGGGTGTCCTTTCCCCAGTTTATGTTTGTTTGCTTTGCCAAAGATCAATTGGCTGTAACTATTTGGCTTTTTTGGGGGGTTCTCTATTCTGTTCCATTGGTCTACATGCCTGTTTTTATACCAGTACCATGCTGTTTCAGTAACTATGGCCTTGTAGTATAGTTTAAAGTCAGGTAATGTGATGCCTCCAAATTTGTTCTTTTTGCTTAGTCTTGCTTTGGCTATGCAGGCTCTTTTTTGGTTCCATATGAATTTTAAGATTTTTTTTTCTAGTCCTGTGAAGGATGACGGTGGTATTTTGTTGGGAATTGCACTGAGTCTGTAGATTGCTTTTGACAGTATGGTCATTTTCACAATGTTAATTCTACCTATCCATGAGCAGGGGATGTGTATCCATTTGTTTGTGTCATTAATGATTTTTTTCAGCAGTGTTTTGTAGTTTTCCCTGTAGAGATCTTTCATCTCCTTGGTTGGGTATATTTCTAAGTATTTTATTTTTTTCTGCAGCTGTTGTAAAATAAATTGAATTCTTGATTTGTTTCTCAGCTTGGTTGTTGTTGGTGTATAGCAGTGCTACTGTTTTATGTACATTGATTTTGTATCCTGAAACTTTACTGAATTTATTTATCAGATCTAGGAGCTTTTTGGATGAGTCTTTAGGGTTTTCTAAGTATACAGTCATAGCCTTGGCAAATAGCAATAGTTTGACTTCCTCTTTTCCAATTTGAATACTCTTTATTTCTTTCTCTTATCTGATTGCTCTGGCTAGGACTTCTGAGTGCTATGTTGAATAGAAGTGGTGAAAGTGGGCATCCTTATCTTGTCCCAGTTGTCATAGGGAATGCTTTCAACCATTACCTGTTCAGTATGATGTTGGCTGTGGGTTTGTCATAAATGGCTTTTACTACCTTGTGCTATGTTCCTTCTATGCCAGTTTTGCTGAGGGTTTTATCATAAAGAGATGCTGAATTTTGTCAAATGCTTTTTCTGTGTCTGTTGAGATGATCATATGATTTTTGTTTTTAATTCTGTTTATGTGATGTATCACATTTATTGACTTGCGTATGTTAAACCATCCCTGCATTCCTGGTATAAAACCTGCTTGATCATGGTGGATTTTCTTTTTGATATGCTGTTGGATTTAGTTAGCTAGTATTTTTTGAGTATTTTTGCACCTATAGTCATCAGGAATATTGGTCTGTAGTTTTCTTTTTTGTTGTGTCCTTTCCTGGTTTTGGTATTAGGGTGATACTGGCTTCATAGAATGATTTAGAGAGGATTCCCTCTTTCTCTATCTTTTAGTGTTAGTGTAACCACCCTTGCCCCCTGCCTAGTCAGAGCCAATTTATCAAGATGGGGGAATTGCAATGGAGAAAGAGTAATTCACACAGAGCTGGCTGTGTGGGAGATGGGAGTTTTATTATTACTCAAATCAGTCTCCCCGAGCATTCAGGGATCAGAGGTTTTTAAAGATAATTTGGTGGGTAGGGGCTAGGGAAATGGGGAGTGCTAATTGGTCAGGTTTGATATGGAATCATAGGGGGTCGAAGTGAGGTTTTCTTGCTATCTTCTGTTCCTGGGTGGAATGGCAGAACTGGTTGAGGCAGATTATGGGTCTGGGTGGTGTCAGCTGATCCATCCAGTGCAAGGTCTGCAAAATATCTCAAGCACTGATCTTAGGTTTTACAGTACTGTACTGATGTTATCCCCAGGAGCAATTTGAGGAGGTTCAGACTCTTGGAGCCCAGGGGCTGCATGACCCCTAAACCTTAATTTCTAATCTTGTAGCTAATTTGTTAGTCCTGCAAAGGCAGACTGGTCCCCAGGCAAGAGCAGGGGTCATTTTGGGAAAGATCTATTATCAATTTTGTTTCAAAGTCAAGCCATGAACTGAATTCCTTCCCAAAGTTAGTTCAGCCTATGCCCAGGAATGAACAAGGACAGCTTAAAGGTTAGAAGCAGATGGAGTCCATTAGGTGTGATTTCTTTCACTATCATAATTTCCTCAGTTATAATTTTGCAAATGCGGTTCCATAAGTAGGACTGGTACCAATTCTTCTTTAAATGTCTGATAGAATTCAGCTGTTAATCCATCTGGTCCTGGACTTTTTTTTGTTGGTAATTTTTTTATTACTGTTTCAATCTTGCTACTTTTTGTTGGTCTGTTCAGAGTTTCTATTTCTTCCTGATTTAATCTAGGATGGTTGTATATTTCCAGGAATTTATCCGTTTCCTCTGGATTTTCTAATTTGTGCATGTATGTGTTTGTAGTAGCCTTGAATGATCTTTCGTATTTCTGTGGTATCAGTTGTACTATCTCCTGTATCATTTTTAATTGAGCTTATTTTGATCTCTCTTCTTTTCTTGGTTAATCTCACTAATGGTCTATCATTTTTATCTTTCCAAATAACCAGCTTTTTGTTTCATTTACCATTTGTATTTTTTTTGTTTCAGTTTAATTTATTTCTGCTTGATCTTTGTTATTTATTTTCTTCTGCTGGGTTTGGATTTGCCTTTGGCTTGTTTTTCTTTCTCTAATTCCTTGAGATCTGACCTTAGATTGTCTGTGAGTGCTCTTTCAGACATTATGATGTACGCATTTAATGCTACAAACTTTCCTCTTAGCACCACTTTTGCTGTATCTCAGTGGTTTTCATAAGTTGTGTCACTGTTATCATTCAGTTCAAAGAATTTTTAAATTTCCATCTTGATTTCATTGTTAACCCAAAGATCATTCAAGAGGAGATTATTTAATTTCCATGTATTTGTATAGTTTTGAAGGTTCCTTTTGGAGTTAATTTCCAGTTTTTTTCCACTGTGGTCTGAGAGGATACTTGATATGATTTCGATTTTCTTAAATTTATTATGACTTGTTTTGTGATCTATCATATGGTCTATCTCCATGTGATATGGAGAATGCTCCATGTGCTGATGAATAGAATGTATATTCTGCAGTTGTTGGGTAGAATGTTCTGTAAATATCTGTTAATTTCATTTGTTCTAGGGTATAGTTTAAGTCCATTGTTTCTTTGTTTAATTTCTGTCTTGATTACCCGTCTAGTGCTGTCAGTGGAATACTGAAGTCTCCCAGTATTATTGTGTTGCCTCATTACTTAGGTCTAATAGTGATTGTTTTATGAATTTGGGAGCTCCAGTGTTAGGTACACATATATTTAGGACTGTGATGTTTTCCTGTTGGACTAATCATTTTATCATTATATAATGTCCCTCTTTGTCTTTTTTAACTTTTGTTGCTTTAAAGTCTGTTTTGTCTGATGTAAGAATAGCTACTCTTGCTCACTTTTCATTTCCATTTGCATGGAATGTCTTTTTCCACCCTTTACCTTAAGTTTATATGAGTCCTTATGTGTTAGGTGAGTCTCTTGAAGACAGTAGATGCTTGGTTTGTATCCATTCTACAATTCTATGTCTTTTAAATGGAGCGTTTAGGCCATTT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Seq C2 exon
AACAAATGTCAAGGTCTCGTGTTCGACATAGTCACAAGCCAGATCTTTGACATCATCATCATAAGTCTCATTATCCTAAACATGATTAGCATGATGGCTGAATCATACAACCAACCCAAAGCCATGAAATCCATCCTTGACCATCTCAACTGGGTCTTTGTGGTCATCTTTACGTTAGAATGTCTCATCAAAATCTTTGCTTTGAGGCAATACTACTTCACCAATGGCTGGAATTTATTTGACTGTGTGGTCGTGCTTCTTTCCATTGTTA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000168356-SCN11A:NM_014139:24
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0052026=Ion_trans=PU(21.1=47.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)